几种引物对苏铁共生蓝细菌的DNA多态性分析

选用2种STRR引物和4种Hip引物对15个苏铁品种的25个苏铁共生蓝藻样品进行PCR指纹图谱分析，通过对这6种引物分析结果的比较，表明STRR引物68051能较好揭示苏铁共生蓝藻的DNA多态性，试验结果也表明苏铁共生蓝藻和苏铁的共生并非专一。     

苏铁珊瑚状根及根周围土壤中蓝细菌的PCR指纹图谱

以福建苏铁(Cycas reualuta)珊瑚状根及根周围土壤的蓝细菌分离物的悬浮液作为PCR反应的模板．用引物STRRmod、STRRspecial和Hip TG对分离物进行PCR扩增．比较其指纹图谱。结果表明，苏铁珊瑚状根内蓝细菌的指纹图谱不同于其周围土壤中蓝细菌的指纹图谱；也证实了同一地方不同株苏铁根周围的土壤蓝细菌具有多态性，苏铁珊瑚状根的不同分支的蓝细菌也具有多态性。     

蓝细菌多糖研究进展

蓝细菌是一类含有叶绿素a、具有放氧光合作用的原核微生物,其种类多、分布广,在形态、生理生化特性上各不相同.已知许多蓝细菌可以合成胞外粘性包埋物,并能够将多糖类物质释放到培养基中.这些多糖易于从培养基中回收,并且在工业生产中的多种潜在用途引起人们越来越多的关注.本文对产胞外多糖蓝细菌及其所产多糖的物化性质的研究进行了综述.     

蓝细菌与福建苏铁(Cycad revoluta)的侵染性重组的研究

将苏铁珊瑚状根及根周围的土壤中分离的蓝细菌分离物与福建苏铁(Cycas revoluta)在实验室条件下进行重组。通过比较重组前后蓝细菌分离物的STRR指纹图谱和16S rRNA的序列得蓝细菌分离物RZHA4能重新侵染苏铁的珊瑚状根。通过NCBI比对,蓝细菌分离物RZHA4的16S rRNA序列与蓝细菌NostocaceaeIL13-1的相似性为99%。     

基因工程实验教学中PCR反应条件的正交优化

采用碱裂解法提取大肠杆菌的质粒DNA,检测提取到的DNA浓度和纯度,并以提取的DNA作为PCR反应体系中的模板,采用搜索性正交设计试验法探求PCR反应体系中4个因素(dNTPs、DNA模板、引物和Taq酶)在5个水平上的最适用量,在此基础上,进一步设计细调性正交试验筛选PCR反应的最适条件。结果表明,在20μl PCR反应体系中,DNA模板5 ng/μl,dNTPs 0.25 mmol/L,引物0.6μmol/L,Taq酶1.5 U/μl,Mg2+浓度1.5 mmol/L时,PCR的效果最好。     

瘤胃甲烷生成菌PCR反应条件的优化

[目的]优化适合于瘤胃甲烷生成菌的PCR反应体系。[方法]以1．5周岁健康的藏系绵羯羊瘤胃内容物总DNA为模板,用特异性引物对甲烷生成菌16SrDNA保守序列进行PCR扩增,并通过改变PCR反应体系中的各参数,优化其PCR反应体系中的相关参数。[结果]PCR最优程序为：94℃预变性3min;94℃变性45s,51℃退火458,72℃延伸90s,35个循环;72℃后延伸7min。优化后的PCR反应体系为：5．00山缓冲液,4．00μl d-NTP,2．00μl引物（前引物和后引物各1．00μl）,4．00μl MgCl2,0．25μl TaqDNA聚合酶和1．00μl 1：100倍稀释的DNA模板,然后加水补足25．00μl。[结论]该研究为瘤胃甲烷生成菌功能的研究奠定了基础。     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

两种植原体的PCR检测及其体系优化

用已报道的植原体通用引物对葡萄黄化病和枣疯病植原体进行常规PCR及巢式PCR检测,并对PCR反应体系进行优化.结果表明:常规PCR扩增出了1.5 kb的特异片段,所需PCR模板DNA用量为20 ng/μL;在PCR基础上的巢式 PCR扩增出1.2 kb的特异片段,所需PCR模板DNA用量为2 pg/μL.检测灵敏度提高约10 000倍.优化试验表明:25 μL反应体系中,MgCl2用量对扩增效果影响最大.最终最佳反应体系确立为:25 mM MgCl21.7 μL,2.5 mM dNTP 1.8 μL,5U/μL Taq酶可选用0.2 μL,10mM引物对各0.2 μL,最佳退火温度为45.0℃.     

基于四段基因序列的野牡丹科植物PCR反应条件优化

为了建立植物分子系统学研究中常用的核基因的ITS,CHS和叶绿体基因的psbA-trnH,rpl16序列在野牡丹科植物中的PCR扩增反应的最佳反应体系,寻找最佳反应条件。采用改良的试剂盒法提取了15种野牡丹科植物的基因组DNA,进行了引物筛选,退火温度优化,添加牛血清蛋白(BSA)和二甲基亚砜(DMSO)的优化,反应体系正交设计一系列优化。并采用优化后的反应条件,对这4个基因片段在15种野牡丹科植物中进行PCR扩增验证。结果表明:优化后的反应条件在野牡丹科植物中具有较高的稳定性和良好的通用性。说明优化后的反应条件可以进行后续分子系统学研究。     

SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化(英文)

[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,TaqDNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。     

Multiplex PCR System Optimization with Potato SSR Markers

Potato variety Kexin18 was used as testing materials in this research to study the influence on main components in multiplex PCR system, different primer ratios and annealing temperatures in SSR marker...     

水稻PCR反应体系的正交设计优化及验证(英文)

[目的]筛选经济、稳定性好的水稻PCR反应体系,并检测所选体系在不同的基于PCR反应的分子标记中的通用性。[方法]以CTAB法提取的水稻叶片DNA为模板,应用L16(45)正交设计进行PCR反应体系优化。选用20μl体系的浓度梯度设计,对DNA模板浓度、dNTP、引物浓度、Taq酶、Mg2+浓度5个因素设计4个水平。先以1个SSR标记(MRG6102)对16个不同体系进行筛选。为了验证所选最优体系的稳定性,再选用6个SSR标记(RM213、RM207、RM208、RM155、OSM89、OSM91)对20个水稻品种(系)进行扩增;为检测除SSR标记以外的基于PCR反应标记的通用性,选用2个STS标记(OSR20、OSR32)及2个显性标记(Pibdom,Lys145)进行检测。[结果]16个不同处理组合均扩增出了清晰谱带,但扩增效果及PCR产量有差异。最经济、适用的体系为:20μl反应体系,20ng模板DNA,浓度150μmol/LdNTP,浓度0.2μmol/L引物,1.0UTaqDNA聚合酶,浓度1.5mmol/LMg2+,1×Taqbuffer,剩余体积用超纯水补齐。PCR扩增程序为:95℃预变性3min;94℃变性45s,48～55℃退火45s(不同的引物其最佳退火温度不同),72℃延伸1min(对于其他一些基于PCR反应的标记,如果预期片段较大,可以适当调整延伸时间到1.5min),共36个循环;72℃延伸7min;然后4℃保存。[结论]该研究确定了水稻PCR优化反应体系,该体系也适用于一些其他基于PCR反应的标记。     

滑叶藤ISSR PCR反应体系建立及优化

 为建立和优化滑叶藤 ISSR PCR反应体系,运用正交试验和单因子试验分析模板DNA,TagDNA聚合酶,Primer,Mg2+和dNTPs 5个因子对滑叶藤ISSR PCR反应影响。结果表明了滑叶藤 ISSR PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平：DNA模板为84ng,TagDNA聚合酶为20u,Primer浓度为08mmol/L,dNTPs浓度为068mmol/L,M2+浓度为24mmol/L。该反应体系为利用ISSR分子标记技术研究铁线莲属植物提供了可靠方法。     

松毛虫mtDNA PCR反应体系优化

为了应用线粒体DNA研究松毛虫种群的遗传结构,本研究采用正交试验设计法L16(45)对影响松毛虫mtDNA PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化试验并对PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了单因素梯度比较优化。建立了松毛虫mtDNA PCR反应的最佳体系即在50μL体系中含模板150 ng、0.10μmol/L引物、0.4 mmol/L dNTP、1.0UTaq DNA聚合酶、2.5 mmol/LMg2+。同时通过PCR比较,确定最佳循环次数为35个循环,最佳退火温度为56℃,获得了松毛虫mtDNA PCR反应的最佳扩增程序。     

转基因玉米PCR检测体系的优化研究

以转基因玉米为研究材料,从模板DNA的提取质量、Mg2＋浓度、退火温度、引物用量等方面对PCR检测体系进行优化,建立了检测转基因玉米中外源基因的有效PCR反应体系。在优化体系中,25mm ol/LMg2＋用量由1.5μl降低为1.2μl,12.5mm ol/L引物用量由1μl降低为0.5μl,退火温度提高2℃。TouchDown PCR反应条件：95℃5m in;95℃1m in,62.5℃1m in（以后每个循环递减1℃）,72℃1m in,循环15次;95℃1m in,57.5℃1m in,72℃1m in,循环20次;72℃延伸7m in。     

杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件优化

对杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件进行了优化,建立的最优体系为:20μL反应体积含1μL模板DNA,O.125mM dNTPs.0.5μM 正向引物,1U Taq酶,2.0μL 10 xTaq PCR buffer;退火温度为61℃,在此条件下充分保证了psbA-trnH PCR产物的质量和纯度要求.对该片段进行了直接测序,结果为510bp左右,在NCBI中比较分析表明其测序结果准确可靠.经ClustW分析表明含有丰富的系统学信息.