基于线粒体控制区的中国近海棘头梅童鱼群体遗传结构研究

为研究我国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构,运用线粒体D-loop区全序列比较分析了中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传结构特征。7个群体共208个样本的D-loop序列中,共检测到83种单倍型,66个变异位点,碱基组成符合AT碱基偏好性特点。7个群体的单倍型多样性为(0.55400±0.00998)～(0.95400±0.00067),核苷酸多样性为0.00183～0.00708,说明我国沿海棘头梅童鱼遗传多样性较高;根据海洋鱼类遗传多样性划分的分布模式,符合高h低π特点,说明其经历了快速扩张期。群体总的遗传分化系数Fst=0.86647 (P=0),两两群体间的遗传距离在0.004～0.039范围内,且明显的分为北方群体(LYG、DF、CM和ZS)和南方群体(WZ、ND和XM),DF和LYG、WZ和ND两两群体间存在显著的基因交流。AMOVA分析显示组间变异百分比为85.97%,符合南北分化特点。基于单倍型构建的单倍型邻接关系树和单倍型简约网络图等结果均表明,棘头梅童鱼以舟山为界,具有明显的南北地理遗传结构。中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分析结果显示,棘头梅童鱼在3.87～12.9万年前(更新世冰期)经历了种群的规模性扩张或定向选择。本研究结果可为棘头梅童鱼资源的保护与利用提供基础数据。     

基于线粒体CO I基因序列的棘头梅童鱼7个野生群体遗传结构分析

利用线粒体CO I序列为遗传标记分析了棘头梅童鱼(Collichthys lucidus Richardson)7个地理群体(江苏连云港、江苏大丰、上海崇明、浙江舟山、浙江温州、福建宁德和福建厦门)的遗传结构特征。在7个群体209个样本的线粒体CO I序列中共检测到44种单倍型。7个群体单倍型多样性为(0.416±0.112)~(0.720±0.076),核苷酸多样性为(0.001 10±0.000 35)~(0.004 44±0.001 64)。两个组群的AMOVA分析显示,南北两个组群分析组群间的变异为40.10%(P0.01),组群间群体间的为–0.15%(P0.05),群体内为60.05%(P0.05),这与基于单倍型构建的NJ树、基于群体间遗传距离构建的UPGMA树的结果均表明棘头梅童鱼群体具有明显的谱系结构,以温州为分界点,温州以北为北方类群,以南则为南方类群。两群体之间的基因流数据表明南方与北方类群的基因交流受阻,结合各方面资料,推测更新世的演化历史因素为棘头梅童鱼南北分支形成的主要原因,而自身的生活习性则是南、北类群内部无明显分化的原因。其结果可以为合理开发和利用棘头梅童鱼野生资源,以及建立和保护棘头梅童鱼种质资源提供必要的参考。     

棘头梅童鱼七个野生群体遗传多样性的微卫星分析

为研究中国沿海地区棘头梅童鱼群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用9对微卫星引物对中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,实验检测到63个等位基因,各位点等位基因数为3~13个,有效等位基因数为1.7510~8.0317;各位点的观测杂合度(Ho)为0.3596~0.7854,期望杂合度(He)为0.4300~0.8780;多态信息含量(PIC)为0.3604~0.8631,其中有2个位点表现为中度多态(0.25PIC0.5),7个位点表现为高度多态(PIC0.5),具有较丰富的遗传多样性水平。Hardy-Weinber平衡分析显示,7个群体的大部分位点未偏离平衡。基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的7个野生群体UPGMA系统进化树结果显示,ND和WZ群体遗传关系最近,ZS和WZ群体遗传关系最远,WZ和ND聚为一支,但总体上没有显著的遗传分化。     

浙江近海棘头梅童鱼生长规律与群体组成的研究

本文根据浙江近海棘头梅童鱼的生物学测定资料,应用Von Bertalanffy鱼类生长方程分析棘头梅童鱼的生长规律,并与另外几种石首鱼科鱼类进行比较,显示出梅童鱼具有寿命短、生长迅速特性。同时,通过对棘头梅童鱼群体组成分析,认为浙江近海捕捞以采用梅童鱼拖网或定置刺网为好,渔期以冬春季比较适宜。     

棘头梅童鱼染色体核型分析

以棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)为实验材料,经胸腔注射植物血球凝集素(PHA)和秋水仙素,取其头肾组织,进行低渗、固定,采用空气干燥法制片,吉姆萨染液染色,观察棘头梅童鱼染色体核型和特征。结果显示,棘头梅童鱼染色体数目为2n=48,占所观察分裂相的83.3%;核型公式为2n=48t,染色体臂数NF为48,染色体相对长度范围为(5.694±0.514)~(3.039±0.161),属于鲈形目原始核型,且符合典型的高位类鱼类核型特征。研究中未发现与性别相关的异型染色体、次缢痕及随体等。本研究为棘头梅童鱼的细胞遗传学研究提供了基础资料,并为其种质鉴定提供参考数据。     

基于线粒体Cyt b基因序列的棘头梅童鱼种群遗传结构

选取线粒体细胞色素b (cytochrome b,Cyt b)基因序列作为分子标记,分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构.2019年9-11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾,共检测到174个单倍型.通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现,棘头梅童鱼可分为北方...     

浙江近海棘头梅童鱼的分布生物学与资源变动

<正> 棘头梅童鱼 Collichthylueidus(Richard-son)属鲈形目、石首鱼科、梅童鱼属。沿海渔民把它与黑鳃梅童 Collichthy niveatus(Jordan & Starks)统称为梅童鱼,俗称大头梅童、圆头梅童。有人把它误称为梅子,其实梅童与梅子并非同物异名,后者应为大黄鱼、小黄鱼幼体的别称。棘头梅童鱼为近海常见的小型鱼类,肉质鲜美,浙江沿     

基于线粒体DNA控制区序列的短棘鲾群体遗传学

物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12～0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.003 3±0.002 4～0.005 3±0.003 4;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52 500～105 000和67 600～135 200年前。     

棘头梅童鱼精子超低温冷冻保存研究

为保护和利用棘头梅童鱼种质资源,以常用无机盐及葡萄糖配制的5种溶液(依次编号A、B、C、D、E)作为稀释液,不同体积分数的DMSO作为抗冻剂,采用2 mL冻存管和两步降温的方式,对棘头梅童鱼精子的超低温冷冻保存技术进行了研究,并利用人工养殖黄姑鱼的成熟卵子对冻存3年的棘头梅童鱼冷冻精子的授精能力进行检验。结果表明,以E溶液为稀释液、10%DMSO为抗冻剂、两步降温方式冷冻保存的棘头梅童鱼精子在37℃水浴解冻后复活率较高,为(76.67±10.41)%^82.33±4.62%;以上述方法冻存3年的棘头梅童鱼冷冻精子与人工养殖黄姑鱼的成熟卵子杂交,受精率达到(20.26±4.12)%。     

黄海、东海近海七个棘头梅童鱼地理群体的形态差异分析

对2013年采自连云港、大丰、崇明、舟山、宁德、厦门和温州的7个棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)群体共238个个体进行形态学比较研究,运用单因素方差分析、主成分分析、聚类分析和判别分析等多元统计分析方法对13项可量性状以及20项框架参数进行形态差异分析。单因素方差分析结果显示,7个地理群体之间确实存在显著性差异;主成分分析得到的4个主成分对不同群体间总差异的贡献率分别为53.131%、9.328%、4.249%和3.406%,累积贡献率为70.113%,躯干部最能用以区分不同的地理种群;主成分分析和聚类分析结果基本一致,认为7个棘头梅童鱼地理群体在形态上不存在明显的南北分化现象;通过判别分析得到14个比例变量并构建判别函数,将7个群体的数据代入函数,得到群体的综合判别率为85.3%,判别准确率P1为62.5%~96.7%(群体判别正确的尾数/群体的实际尾数),P2为78.1%~90.6%(判别正确的尾数/判入该群体的尾数),舟山群体由于其特殊的地理因素,判别准确率较低(P1=62.5%,P2=78.1%)。本研究为棘头梅童鱼地理种群判别、种质资源保护以及良种选育等提供了基础的形态学数据。     

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

根据mtDNA控制区序列分析野生唇 的种群遗传结构

为了掌握不同地理种群唇(鱼骨)(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5.42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的.AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P＜0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内有些群体间差异也达到了显著水平.聚类分析发现,最大简约法(MP)和最大似然率法(ML)结果基本一致,嘉荫群体(HRJY)和四川群体(YRSC)绝大部分个体被聚在一支,鸭绿江群体(YRLJ)聚在一支,这与单倍型网络的分析结果一致,以上结果表明唇(鱼骨)的遗传多样较为丰富,黑龙江流域的唇(鱼骨)保持了祖先单倍型,其他地理群体为黑龙江流域内群体向不同方向演化的结果,并且部分地理群体已经形成了特有的单倍型.     

鲤属鱼类mtDNA控制区（D—环区）序列的变异性分析

采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种，亚种和2个品种共62个个体（其中鲤的样品包括采自长江，黄河，松花江三个水系的共4个种群）。进行了mtDNA控制区（D-环区）始自3‘端共459bp碱基的序列测定。发现其D-环区3‘端至中央保守区之间不似其他鱼类和哺乳类是一个单一的高变区，而是在其内部还插有一段长约110bp的保守区，这很可能是鲤属鱼类mtDNAD-环区自身的一个特点。     

基于线粒体D-loop序列的长江口中华鲟幼鱼遗传多样性分析

采用线粒体DNA控制区(D-loop)序列对2015年和2017年长江口中华鲟(Acipenser sinensis)幼鱼样本进行了遗传多样性分析。2015年的682个样本共检测出11个单倍型,2017年的158个样本共检测出8个单倍型。2015年和2017年长江口中华鲟幼鱼的平均单倍型多样性(h)为0. 857±0. 006,核苷酸多样性(π)为0. 010 2±0. 005 5,均低于截流前数据(h=0. 949±0. 010;π=0. 011±0. 006)。分子变异方差分析(AMOVA)显示,中华鲟幼鱼的遗传变异主要来自于群体内,但其年度样本之间出现了中等程度的遗传分化。     

中国南海康氏马鲛线粒体COI序列遗传变异分析

在测定的采自广东饶平、阳江和广西东兴海域的62尾康氏马鲛( Scomberomorus commerson) 线粒体COI基因711 bp序列中,共检测到26个变异位点,18个单倍型,总体呈现出高单倍型多样性( Hd=0.8080.040)和低核苷酸多样性(=0.004 00.000 6)的特点。邻接树上出现了3个分支, 分支间Fst为0.811～0.833且P0.001,Nm为0.1～0.117;AMOVA分析显示分支间遗传变异占82.61%。表明3个分支间分化程度高,推测分歧时间为(89～22.67)万年前中更新世时期,可能原因是受到更新世冰期和间冰期交替的影响。但分支内与分支间都有不同地理来源的个体,没有出现明显的地理聚群;不同地理群体间Fst为-0.027～0.066,Nm均大于4或小于0;群体内个体间变异为96.34%。均表明群体间基因交流频繁,遗传分化程度并不高。3个分支中Clade A分支经历过种群快速扩张事件,可能是末次冰期期间康氏马鲛进入外海并受洋流及生存空间改变的影响。     

不同地理群体乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性

为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fst)、基因交流值(Nm)和分子方差分析(AMOVA)均表明,3个乌鳢群体具有较高的遗传分化,白洋淀群体和平原县群体间存在一定的基因交流。     

基于线粒体控制区序列的光裸方格星虫群体遗传多样性分析

为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 13~0.028 05,遗传分化极不明显,AMOVA分析显示光裸方格星虫的遗传差异主要来自群体内(99.74%)。中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为负值,核苷酸不配对分布图呈明显的单峰形,提示光裸方格星虫群体在历史上曾出现群体扩张,推算出扩张时间为距今171万年前。目前光裸方格星虫仍具有较高的遗传多样性,6个地理群体间无明显遗传分化,存在频繁的基因交流,推测种群在早更新世曾出现群体扩张。     

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型；控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0．700和0．0045；控制区序列的H和π分别为0．984和0．0480。研究结果表明：16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析；控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。     

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段.用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析.16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型;控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型.该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0.700和0.0045;控制区序列的H和π分别为0.984和0.0480.研究结果表明16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析;控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究.     

3个群体鳙鱼mtDNA D-loop区段的限制性片段长度多态性分析

鳙鱼（Aristichthys nobilis）采自江西瑞昌、湖南氐沙的天然群体以及天津宁河的人工繁殖群体共127尾，对其线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增，使用12种核酸内切限制酶酶切。酶切结果显示，在12种内切酶中，8种有酶切位点，2种个体间有变异，为AfaⅠ和HinfⅠ，共得到7种单倍型。依据单倍型频率的组成情况，计算出瑞昌与长沙、宁河群体间的Rogers遗传距离分别为0．7283和0．5007，长沙和宁河群体间的Rogers遗传距离为0．8135。Afa Ⅰ的酶切类型C和HinfⅠ的酶切类型B组成的单倍型，在长沙群体中占87．5％，而在瑞昌和宁河群体中均为零。由此可以认为鳙鱼瑞昌群体和长沙群体可能是两个隔离的独立群体。