旋毛虫新生幼虫cDNA文库构建及其特异性基因的筛选与鉴定

构建旋毛虫新生幼虫cDNA文库并对旋毛虫新牛幼虫期特异件基因进行筛选与鉴定,筛选出期特异性的基因片段.用λZAPⅡExpress载体成功地构建了旋毛虫新生幼虫的cDNA文库,并用放射性同位素a-38P标记cDNA探针对筛选出的阳性克隆进行鉴定.所构建的cDNA文库容量为1.92×106,重组效率为98.6%,所有的克隆片段都在0.5～2.0 kb之间,筛选获得7个阳性克隆,其大小在1.4 kb左右;用放射性同位素a-32P标记cDNA探针后,与旋毛虫成虫、肌幼虫、新生幼虫及成虫/新生幼虫cDNA文库质粒DNA进行Southern印迹杂交,结果与新生幼虫和成虫、新生幼虫cDNA文库质粒DNA有杂交而与成虫、肌幼虫cDNA文库质粒DNA不杂交.该基因是新生幼虫期所特有的cDNA片段.     

酵母双杂交技术筛选朊蛋白PrP23-231互作蛋白

利用酵母双杂交技术,以pSos-PrP23-231载体为诱饵质粒,筛选小鼠脑cDNA文库中能与朊蛋白PrP23-231相互作用的蛋白。通过一次筛选,三次验证,从小鼠脑cDNA文库中得到2个阳性克隆,通过BLAST序列比对得到2个候选基因序列,并对验证后的阳性克隆的外源性片段进行测序及同源性分析,得到的蛋白编码基因可能与朊蛋白存在相互作用,其作用可能与疯牛病发病机制有关。     

旋毛虫期特异性基因的筛选与鉴定

对旋毛虫新生幼虫 期特异性基因进行筛选与鉴定,结果表明:对新生幼虫cDNA文库进行核酸杂交筛选，获得7个阳性克隆，其大小在1.4 kb左右；用放射性同位素α³²P标记cDNA探针后，与旋毛虫成虫、肌幼虫、新生幼虫、成虫/新生幼虫cDNA文库质粒DNA进行Southern印迹杂交，结果与成虫/新生幼虫、新生幼虫cDNA文库质粒DNA有杂交而与成虫、肌幼虫cDNA文库质粒DNA不杂交，因此该探针是新生幼虫期所特有的cDNA片段。     

旋毛虫新生幼虫差减cDNA文库的构建及其步筛选

利用差减杂交（减法杂交，subtractive hybridization)技术，以旋毛虫新生幼虫（newborn larvae,NBL)的cDNA作为试验方（tester)，以肌幼虫＋成虫的cDNA作为驱动方（driver)，制备新生幼虫差减cDNA,利用T载体构建NBL差减cDNA文库，获克隆株90个，以试验方的差减cDNA第2次PCR产物＋未差减cDNA为试验方探针，以驱动方的差减cDNA第2次PCR产物＋未差减cDNA为驱动方探针，在NBL差减cDNA文库中初筛NBL的期特异性克隆，获初筛克隆24个。这些初筛斯异性克隆进一步用Southern blot确认鉴定，获直阳性期特异性克隆2个（NBL SSC1，NBL SSC2）.DNASIS以及Blaster的分析结果显示，这2个克隆为旋毛虫的2个新基因，其中NBL SSC1编码糖蛋白，NBL SSC2编码丝氨本蛋白酶，本试验为旋毛虫期特异性基困全长序列的调取，分析，鉴定以及强保护性抗原基因的筛选奠定了基础。     

同源克隆筛选小尾寒羊繁殖性状候选基因

以构建的小尾寒羊卵巢组织cDNA文库为基础,利用最新的生物信息数据资料,采用同源克隆的策略,以已知其他物种与排卵率相关基因片段标记的探针对小尾寒羊发情期卵巢组织cDNA文库进行筛选、克隆,获得小尾寒羊卵巢组织特异表达的与排卵有关的基因ESTs,从而得到小尾寒羊与繁殖性状相关的新的候选基因。     

同源克隆筛选小尾寒羊繁殖性状候选基因

以构建的小尾寒羊卵巢组织cDNA文库为基础,利用最新的生物信息数据资料,采用同源克隆的策略,以已知其他物种与排卵率相关基因片段标记的探针对小尾寒羊发情期卵巢组织cDNA文库进行筛选、克隆,获得小尾寒羊卵巢组织特异表达的与排卵有关的基因ESTs,从而得到小尾寒羊与繁殖性状相关的新的候选基因.     

牦牛外周血单个核细胞抑制消减cDNA文库的构建及部分差异表达分子的克隆分析

为筛选牦牛外周血单核细胞(PBMC)差异性基因,以刀豆素A(ConA)和脂多糖(LPS)联合刺激的PBMC cDNA为实验组,未经诱导刺激的PBMC cDNA为驱动组,利用抑制性消减杂交技术(SSH)构建了丝裂原诱导刺激PBMC的消减文库并对其部分阳性克隆进行了EST序列分析.从消减文库中随机挑取16个阳性克隆,进行PCR鉴定,显示克隆的重组率大于93%,插入片段大小大部分集中在200 bp～1 000 bp之间.随机挑取100个克隆进行测序及同源性分析,初步获得27条差异表达基因片段,其中24个为已知基因,3个为新ESTs序列;随机选择非重复的6个差异表达的序列设计引物,以半定量PCR方法验证其消减效率.结果显示,均从构建的消减文库中扩增到目的片段,其中5个为诱导性差异表达分子,1个为诱导特异性表达分子,说明该文库有较高的质量.本研究应用抑制消减杂交技术构建了牦牛PBMC的差异表达cDNA文库,并高通量克隆鉴定了相关功能基因片段,表明该技术手段有助于快速发现牦牛新功能基因.     

美洲貂BAC文库的构建及毛皮产业重要候选基因的筛选

BAC文库是基因组分析的有力工具,再结合最新兴起且快速的深度测序技术,从而提供了一个很好的基因组计划的信息平台。本研究介绍了一个产于丹麦的雄性美洲貂CHORI-231BAC文库的构建方法及其特点,该文库包含了165888个克隆,平均插入片段在170kb,代表了约10倍的覆盖度。用一个有18432个克隆位点的高密度过滤器复制两份,用于杂交测序及公共使用。基于Overgo探针的表达序列标记,代表21个与毛皮工业关系密切的特征候选基因,用于BAC文库的筛选,这些候选基因包括了毛色、毛发生长、毛发长度和粗细及一些毛皮病毒疾病的感受器受体等。大规模测序以寻找其中19个相关基因。将获得的与这些基因相关的35个克隆进行高通量测序,并对大的重叠群进行组装。知道这些候选基因的全长序列之后有助于确认表型的位置及揭示目的性状的成因。另外,对1577个克隆进行了末端测序,获得了2505个克隆的末端序列(80%的BAC克隆),对剩余2Mb进行了分析,从而获得了貂皮整个基因组的快照。所构建的CHORI-321美洲貂BAC文库可用于基因和基因组兴趣位点的鉴定。试验描述了如何利用此文库进行特殊位点的鉴定,开发遗传标记,用于BAC末端测序和深度测序以选取克隆。这是首次利用454测序来挑选哺乳动物的克隆,确认了利用此技术获得小基因组目的基因序列信息的可行性。文中所获得的BAC末端测序结果已保存到GenBank数据库(HN339419-HN341884,HN604664-HN604702),从所选取克隆中获得的454序列重叠群的参考编码为(GenBank:JF288166-JF288183&JF310744)。     

羊尤氏泰勒虫一个新生多肽复合物α多肽基因的cDNA文库筛选和测序（英文）

为筛选羊尤氏泰勒虫裂殖子功能基因,用羊尤氏泰勒虫裂殖子提取物免疫BALB/c小鼠,将小鼠脾脏细胞与鼠骨髓瘤SP2/0-Ag14细胞融合,融合细胞培养上清用酶联免疫吸附法和免疫印记法检测。提取羊尤氏泰勒虫裂殖子mRNA后,进行cDNA合成与文库构建。文库在免疫学噬斑筛选后,将阳性克隆进行测序和序列BLAST搜索。筛选结果显示有两个阳性克隆。所得序列BLAST搜索结果显示,它与12类寄生虫新生多态相关复合物α多肽基因的同源性在39%到78%之间。结果提示,所筛选的序列为羊尤氏泰勒虫裂殖子新生多态相关复合物α多肽基因不完全序列。该研究为今后使用单克隆抗体筛选羊泰勒虫功能性基因提供了参考。     

96孔板-PCR排除法筛选猪蛔虫雌虫卵黄蛋白原基因

为了从猪蛔虫雌虫cDNA文库中筛选出猪蛔虫雌虫卵黄蛋白原基因,本研究根据猪蛔虫雌虫卵黄蛋白原基因的EST序列为模板设计引物,采用96孔板-PCR排除法对猪蛔虫雌虫cDNA文库进行筛选,并筛选出阳性克隆F993-G10-A10。测序结果表明,该基因序列长621bp,有完整的3'端。经BLAST分析,其推导的氨基酸序列与秀丽隐杆线虫(C.elegans)的卵黄蛋白原基因(Vit1、Vit2、Vit3、Vit4和Vit5)的氨基酸序列的一致性分别为35%、35%、34%、34%和35%,核苷酸序列相似性分别为55%、57%、54%、54%和53%。该阳性克隆的获得为该基因的深入研究奠定了基础。同时也证明了96孔-PCR排除法是一种高效、简便、低成本的筛选文库方法。     

西农萨能奶山羊泌乳中期和后期乳腺组织差异基因的筛选

旨在利用抑制性削减杂交(SSH)技术筛选西农萨能奶山羊泌乳中期和后期的差异表达基因,并用实时定量PCR(Q-PCR)分析差异基因的表达丰度,探讨奶山羊不同泌乳阶段乳腺组织的基因表达规律。本研究以西农萨能奶山羊泌乳中期和后期乳腺组织的mRNA互为检测子(Tester)和驱动子(Driver)构建cDNA消减文库(M-L和L-M),随机挑选克隆测序,进行序列比对分析,并检测部分差异基因在乳腺组织中的表达丰度。结果,成功构建了泌乳中期和后期的cDNA文库,随机挑选30个克隆测序,得到M-L和L-M文库中与细胞凋亡、抗氧化、脂类代谢、能量代谢等生理过程相关的差异基因,对其中的6个基因进行实时定量分析,发现5个均为阳性克隆,表达水平增加了1.3~5.5倍不等。结果表明,利用SSH技术成功构建了泌乳中期和后期乳腺组织正反向消减cDNA文库,筛选出24个差异基因,为进一步研究奶山羊乳腺组织基因调控机理奠定了基础。     

大片吸虫成虫cDNA文库的构建和组织蛋白酶L1基因的克隆

目的大片吸虫cDNA文库的构建及组织蛋白酶L1(Fasciola gigantica Cathepsin L1,FgCL1)基因的克隆。方法提取大片吸虫成虫总RNA,运用SMART技术构建大片吸虫cDNA文库。根据文献设计并合成PCR引物,从上述文库中克隆大片吸虫FgCL1基因,定向克隆至原核表达载体pET28a中。结果文库容量为2.08×106pfu/mL,重组率为98%。扩增后的文库滴度为6.23×109 pfu/mL,插入片段平均大小约为1 000 bp。应用两个已知基因(FgCL1 FgGST)从文库中成功钓取到相应的全长基因。将含有FgCL1的阳性克隆测序,用Genebank Blast进行序列比较,证实为FgCL1基因。结论成功构建了cDNA文库,提供筛选大片吸虫基因资源;从该文库中克隆出FgCL1,为进一步表达该基因,研制诊断试剂盒创造了条件。     

发情期湖羊卵巢组织差异表达基因的筛选与分析

为了筛选与湖羊发情相关的候选功能基因,试验以发情期湖羊卵巢组织cDNA为试验组,乏情期的湖羊卵巢组织cDNA为对照组,采用抑制性消减杂交(SSH)技术构建湖羊卵巢组织消减cDNA文库,并对筛选获得的功能基因进行生物信息学分析。结果表明:应用SSH技术成功构建了湖羊发情期卵巢组织消减cDNA文库;共挑取89个克隆进行测序分析,获得27个已知物种的同源基因序列和3个Novel序列;随机挑取16个阳性克隆进行PCR扩增,插入片段主要分布在150~750 bp之间;对27个已知同源基因进行功能分类,其中酶功能相关基因5个、核糖核酸结合功能相关基因10个、载体运输功能相关基因2个、调节功能相关基因3个、转运功能相关基因3个、未分类基因4个。说明试验成功筛选获得湖羊发情相关候选功能基因。     

马铃薯病毒诱导应答基因抑制消减杂交文库构建及分析

马铃薯病毒积累引起的种薯退化是马铃薯生产中造成产量和品质下降的重要原因之一。本研究以马铃薯病毒病携带植株叶片cDNA为试验组(Tester)、脱毒种苗叶片cDNA为驱动组(Driver),采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization, SSH)技术构建了马铃薯病毒诱导应答基因的cDNA文库;为验证文库构建效果,从文库中随机挑取了98个阳性克隆经PCR验证后测序,获得了45条高质量的有效非重复序列;经与GenBank进行同源比对后发现,其中14条非重复序列属于马铃薯病毒基因序列,22条与已知基因序列同源性较高,9条无同源参考基因;选取文库中出现频率较高的2个ESTs(expressed sequence tag,表达序列标签)用qRT-PCR技术分析发现,其表达量受马铃薯病毒侵染的诱导。结果表明,该SSH文库构建较为成功,为进一步筛选与马铃薯病毒致病、防御相关的应答基因,解析马铃薯与病毒互作的分子机理,利用生物技术手段培育抗病毒马铃薯奠定了基础。     

旋毛虫肠道1期幼虫抗原性基因的筛选与分析

筛选旋毛虫肠道1期幼虫抗原性基因。利用λZAP载体构建旋毛虫肠道1期幼虫cDNA文库。用感染旋毛虫26 d猪血清对其进行免疫学筛选,对筛选出的阳性克隆进行测序与分析;应用RT-PCR方法对编码p46 000蛋白强阳性克隆基因在不同发育时期虫体转录情况进行检测。成功构建了旋毛虫肠道1期幼虫cDNA文库,其库容量为1.5×106pfu,重组率为95%,插入片段在400 bp~2 000 bp之间,扩增后文库滴度为1.5×1012pfu/mL。筛选出阳性克隆33个,序列分析表明,有20个克隆为同一已知基因,称为旋毛虫p46 000蛋白,编码旋毛虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂,且在筛选过程中反应信号均较强;还发现了一些旋毛虫新基因,如编码Ubc蛋白,GM13181蛋白,Rieske硫铁蛋白1等。本研究获得了一个高丰度、反应原性较强抗原基因,其编码蛋白为半胱氨酸蛋白酶抑制剂。     

旋毛虫5日龄成虫期特异性基因片段的克隆及鉴定

利用差减抑制杂交（SSH）技术，以旋毛虫5日龄成虫的cDNA为试验方（tester），以肌幼虫＋3日龄成虫的cDNA为驱动方（driver），制备5日龄成虫差减cDNA，并与pT-Adv载体相连接，转入大肠埃希氏菌TOP 10F。以试验方的差减cDNA PCR产物＋未差减cDNA为试验方探针，以驱动方的差减cDNA PCR产物＋未差减cDNA为驱动方探针，对5日龄成虫差减cDNA克隆进行初步筛选，对筛选到的阳性克隆进一步用southern bolt进行鉴定，并对其测序，进行序列分析。结果表明，获得1个大小为464bp的旋毛虫5日龄成虫期特异性cDNA片段，经BLAST软件分析表明，该序列是1个未见报道的旋毛虫基因序列片段，可能编码1种表皮胶原蛋白。这为旋毛虫5日龄成虫期特异性基因全长序列的钓取、分析及鉴定奠定了基础。     

家蚕单性生殖早期胚胎SSH文库的构建及其序列分析

为了探讨家蚕早期胚胎性别决定的分子机制,以非减数分裂孤雌生殖(AMP)和双精雄核发育(BSA)技术获得的家蚕单一性别早期(2~24 h)发育蚕卵为材料,利用抑制消减杂交(SSH)技术构建了正向和反向抑制消减杂交cDNA文库。在正向与反向抑制消减杂交文库中分别随机选择62个和46个克隆测序,分别获得43种和29种cDNA序列,其中25个为新的cDNA序列。生物信息学分析显示,抑制消减杂交文库中与单性生殖有关的高温、低温、辐射等诱导表达基因出现的频次较高。对部分文库序列进行半定量RT-PCR分析表明,这些基因在两种单性生殖早期发育胚胎中存在差异表达。     

日本血吸虫丝氨酸蛋白酶抑制剂基因的克隆和分析

为筛选新的有潜在保护性的抗原分子编码基因，采用重复感染兔血清免疫筛选日本血吸虫成虫cDNA文库，将阳性克隆的插入序列进行了PCR扩增和序列分析。结果发现，所筛选的阳性克隆中有2个为日本血吸虫丝氨酸蛋白酶抑制剂基因(SPI)。序列分析表明，它可编码分子质量为4．6ku，等电点为5．76的蛋白，与GenBank中日本血吸虫SPI基因(大陆株)、曼氏血吸虫SPI基因和埃及血吸虫SPI基因编码的氨基酸序列的同源性分别为98％、62％和62％。TMpred分析表明，该蛋白具有2个明显的跨膜区即36～55和356～372位氨基酸。     

细粒棘球绦虫成虫表膜抗原特异性基因的筛选及克隆

为筛选细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,Eg)表膜抗原基因或具有诊断性的特异性基因,提取Eg成虫表膜抗原,经ELISA、Western blot对该抗原的免疫学特性进行初步研究.以Eg成虫表膜抗原高免鼠血清为探针,筛选Eg成虫cDNA文库,将阳性噬菌斑的PCR产物和pGEM-T载体连接,转染到DH5α,对得到的重组子进行测序,并进行同源性分析.ELISA检测显示,表膜抗原免疫鼠诱导产生了特异性抗体,Westem blot鉴定该抗体能识别Eg成虫表膜抗原、原头蚴、Eg发育不成熟、Eg发育成熟抗原.筛选出6个阳性克隆,DNA片段大小在1～2kb之间.对阳性克隆进行同源性分析,结果与EgP-29mRNA同源性为99%,与Eg14-3-3蛋白mRNA同源性80%-99%.筛选Eg成虫cDNA文库所获得的基因,证明了Eg虫体表膜抗原的存在,有望成为犬细粒棘球绦虫的诊断抗原以及犬抗细粒棘球绦虫的候选基因.     

应用酵母双杂交系统初步筛选IBDV VP2结合蛋白

用RT-PCR扩增VP2 cDNA并克隆入诱饵载体pSos,与鸡法氏囊cDNA文库中分离的质粒DNA共转化cdc25H,筛选阳性酵母克隆;用酵母质粒DNA转化大肠杆菌,提取质粒再分别与诱饵载体pSosVP2共转化酵母细胞,利用酵母双杂交系统对阳性克隆进行验证.对阳性克隆的插入片段进行序列分析,根据生物信息学分析结果初步确定IBDV VP2结合蛋白编码基因.结果显示,经酵母双杂交共筛选出48个候选阳性克隆,分别转化酵母菌,经酵母双杂交验证后,获得阳性克隆19个.进一步的序列分析显示,在19个插入序列中,共编码8种不同的多肽,分别是Ras超家族中的RRAS2、Rit1和N-Ras,肿瘤相关蛋白TCTP和PARP14,抗病毒Mx蛋白,LAMB3蛋白以及蛋白激酶PRKX.VP2候选结合蛋白的获得为IBDV受体、诱导细胞凋亡或逃逸宿主抗病毒机制等研究奠定了基础.