中国美利奴羊(军垦型)MHC-DRB1基因Nested PCR-RFLP反应体系的优化

试验针对目前对绵羊MHC-DRB1基因的分析,介绍了利用Nested PCR扩增再进行RFLP反应的方法在中国美利奴(军垦型)上的应用.分析了在NestedPCR-RFLP反应中的一些影响因素及它的优缺点,建立了绵羊MHC-DRB1基因Nested PCR-RFLP的最佳反应体系.     

中国美利奴羊(军垦型)MHC-DRB1基因Nested PCR-RFLP反应体系的优化

本实验针对目前对绵羊MHC-DRB1基因的分析,介绍了利用NestedPCR扩增再进行RFLP反应的方法在中国美利奴(军垦型)上的应用。分析了在NestedPCR-RFLP反应中的一些影响因素,及它的优缺点,建立了绵羊MHC-DRB1基因NestedPCR-RFLP的最佳反应体系。     

小尾寒羊MHC-DRB3基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法对小尾寒羊MHC-DRB 3基因第二外显子285 bp的扩增产物进行多态性分析,结果共检测到内切酶P stⅠ的3种基因型,由2个等位基因控制,通过酶切图谱分析结果表明:小尾寒羊的MHC-DRB 3基因第二外显子的第241位的碱基表现出多态性,等位基因B的基因频率为0.81879。x2适合性检验结果表明:小尾寒的MHC-DRB 3基因的第2外显子的P stⅠ酶切位点达到了H ardy-W e inberg平衡状态。     

洼地绵羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析

为了探讨洼地绵羊MHC-DRB1基因的多态性,采用套式PCR扩增82只洼地绵羊的MHC-DRB1基因第2外显子,其296 bp扩增产物经Sac Ⅰ、Hae Ⅲ限制性内切酶酶切后进行RFLP多态性分析.结果表明,洼地绵羊的MHC-DRB1基因外显子2在Sac Ⅰ、Hae Ⅲ的酶切位点存在多态性,测序发现,这些酶切位点分别...     

4个绵羊品种MHC-DRB3基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法分析4个绵羊品种（阿勒泰羊、中国美利奴肉用多胎品系、湖羊和陶塞特羊）MHC-DRB3基因第2外显子的多态性，并进行聚类分析以及基因杂合度和多态信息含量的计算。结果表明：在绵羊MHC-DRB3基因第2外显子第122、154、168、220和241 bp碱基处表现出多态性；χ2适合性检验结果表明，4个绵羊群体MHC-DRB3基因的第2外显子的PstⅠ酶切位点达到了Hardy-Weinberg平衡状态，TaqⅠ和HaeⅢ酶切位点多态性均未达到Hardy-Weinberg平衡状态；4个绵羊群体基因杂合度和多态信息含量值分别在0.693～0.774和0.662～0.738之间，表明4个绵羊品种具有丰富的遗传多样性；聚类结果表明，中国美利奴肉用多胎羊和湖羊亲缘关系最近，阿勒泰羊和陶塞特羊关系较远，与实际选育过程一致，MHC-DRB3多态性可作为绵羊育种标记进一步研究。     

新疆军垦型细毛羊MHC-DRB3基因第2外显子的多态性分析

为了对新疆军垦型细毛羊MHC-DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析,试验采用PCR-RFLP方法,检测内切酶Pst I 的基因型和等位基因.结果表明:基因型BB和等位基因B是军垦型细毛羊的优势基因型和优势基因;经X2适合性检验,新疆军垦型细毛羊MHC-DRB3基因第2外显子的Pat I酶切位点处于Hardy-W...     

绵羊FecB基因非探针法HRM分型技术条件优化研究

本文通过对影响高分辨率熔解曲线(HRM)的因素分析,旨在建立适合绵羊FecB基因分型的最优反应体系。试验分别对扩增子长度、引物量、Mg2+浓度和模板量等因素进行研究。结果表明,不同因素都会对HRM分析结果有影响,绵羊FecB基因非探针法HRM分型的最优反应条件为:引物添加量0.6μL,Mg2+浓度2.4 mmol/L³.2 mmol/L,模板量50 ng,以及扩增产物为115 bp。     

绵羊线粒体DNA细胞色素B基因特异性片段PCR反应条件优化

根据绵羊线粒体DNA的序列设计引物,试用PCR扩增细胞色素b基因的一段序列,退火温度、Mg2+浓度对扩增体系没有影响,只有引物浓度对扩增产物有影响,说明引物的特异性和灵敏性较好,可初步用作绵羊的种属鉴别.     

多浪羊MHC-DRB1基因巢式PCR-RFLP多态性分析

应用巢式PCR-RFLP方法,对200只多浪羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行统计。结果表明:多浪羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacII和MvaⅠ的酶切位点存在多态性,分别检测出了2、2种等位基因,出现了3、3种基因型。由于MHC-DRB 1为多碱基突变的基因位点,综合2种限制性内切酶的酶切结果,在多浪羊中共发现6种基因型;平均杂合度和多态信息含量处于中等多态程度,χ2适合性检验结果表明,多浪羊的MHC-DRB 1外显子2在MvaⅠ酶切位点达到Hardy-Weinberg平衡(P0.05),但Sac II酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。     

不同物种MHC-DRB1基因外显子2生物信息学分析

为了研究不同物种MHC-DRB1基因的遗传多样性,试验采用比较基因组学和生物信息学方法比较了绵羊、驼鹿、狗、野猪和人的MHC-DRB1基因外显子2序列,并对该基因的遗传多样性及分子系统发育进行了分析。结果表明:在95个基因序列中检测到149个多态位点,共生成83个单倍型。说明物种间及物种内MHC-DRB1基因存在较丰富的遗传多样性。     

中国美利奴羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析

应用巢式PCR-RFLP方法,对211只中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行了统计,结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ的酶切位点存在多态性,这些酶切位点分别受2、2和6个等位基因控制,由于MHC-DRB1为多碱基突变的基因位点,综合3种限制性内切酶的酶切结果,在中国美利奴(新疆军垦型)羊中共发现24种等位基因;χ2适合性检验结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2在SacⅠ和Hin1Ⅰ酶切位点均达到Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05),但在HaeⅢ酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01).     

不同MHC-DRB1单倍型哈萨克绵羊感染包虫病初期小肠组织差异表达基因筛选与分析

前期研究发现哈萨克绵羊的单倍型MHC-DRB1基因单倍型MvaIbc-SacIIab-Hin1Iab与细粒棘球蚴病(包虫病)抗性密切相关,但具体分子抗病机制尚不明确。本研究旨在筛选和分析不同MHC基因型哈萨克绵羊感染包虫病早期小肠组织差异表达基因。以PCR-RFLP方法根据MHC-DRB1单倍型选择抗病和非抗病哈萨克绵羊,将实验动物分为包虫病抗性组(A)、包虫病非抗性组(B)和健康对照组(C),A、B两组分别于人工感染包虫病后2、3、4 h采集小肠组织,以C组为对照,采用基因芯片的方法分析不同各组间小肠差异表达基因。结果表明:A组与C组相比差异表达的基因共4 712个,其中表达量上调的有1 959个,表达量下调的有2 753个;B组与C组相比差异表达的基因4 944个,其中2 076个表达上调,2 868个表达下调;同C相比,A和B同为上调或下调,且表达量差异显著的基因有141个,其中32个基因表达上调,109个基因表达下调。综上,差异基因主要涵盖了代谢、细胞进程等方面,KEGG分析显示出现频率最高的补体凝集素通路代谢途径值得关注。     

绵羊和人主要组织相容性复合体DRB1基因外显子2多态性及生物信息学分析

本试验旨在研究绵羊和人的主要组织相容性复合体(MHC)DRB1基因外显子2(exon2)单核苷酸多态性(SNPs)和单氨基酸多态性(SAPs),并进行生物信息学分析。运用生物基因组学数据库,利用生物信息学及比较基因组学方法对人与绵羊MHC-DRB1基因exon2序列多态性进行分析,采用生物信息学软件对绵羊MHC-DRB1的蛋白质结构及生物学功能进行预测和分析。结果显示,人主要组织相容性复合体(HLA)和绵羊主要组织相容性复合体(OLA)的DRB1 exon2均存在丰富的SNPs位点和SAPs位点,单一多态位点和简约多态位点数不尽相同,二者相比仅有14个SNPs位点相同,其余位点均不同。序列分析结果表明,二者MHC-DRB1 exon2序列具有高度相似性。进一步生物信息学分析结果显示序列变异引起的单氨基酸变化引发了蛋白质二级结构和三级结构的改变,可能因此会引起基因功能的异常,从而引发抗病性和疾病易感性的变异。     

不同物种Y染色体特异基因产物的研究

根据牛Y染色体3个特异基因设计3对引物，分别对牛、牦牛、绵羊、山羊、猪、小鼠基因组进行PCR扩增。3对引物在牛和牦牛基因组中都得到了扩增产物，在绵羊的扩增中只检测到了1个性别决定基因的扩增产物，在其他物种中均没有检测到扩增产物。将其扩增产物进行克隆测序，并采用DNAMAN软件对测定序列进行比对分析，结果表明：3对引物的扩增结果在牦牛和牛的同源性分别达到了99％以上，性别决定基因的扩增产物在绵羊和牛间的同源性达到了94％。     

中国绵羊群体Fec~B基因遗传分化的研究

为研究我国绵羊各地区Fec~B基因的遗传多样性,笔者采用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对苏州湖羊、徐州湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊和中国美利奴绵羊的Fec~B基因座位进行了检测,引用其他绵羊品种资料辅助分析,并计算其平均杂合度,对其中立性测验的结果进行了相关分析。结果表明:(1)6个绵羊群体的Fec~B座位基因分化系数Gst=0.2937,说明有70.63%的变异是由群体内的遗传多态现象引起,而只有29.37%的变异来自群体间变异。(2)中立性检测的观察值均在L95和U95之间,表明Fec~B位点为中立性位点,其遗传多样性基本上未受选择等因素的影响。(3)Fec~B基因在地理分布上存在一定的规律,东部绵羊品种Fec~B的基因频率高于西部,东部由北向南依次递加。     

鹰嘴豆ISSR反应体系的正交优化

鹰嘴豆(Cicer arietinum)ISSR反应体系的建立可以为鹰嘴豆种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位提供理论依据和技术参考。本研究以CTAB法提取的鹰嘴豆DNA为模板,采用L₁₆(4⁵)正交设计直观分析法,对鹰嘴豆ISSR-PCR反应中的4个主要因素(Mg²⁺浓度,引物浓度,TaqDNA聚合酶浓度,dNTPs浓度)在4个水平上进行优化,并在最优ISSR-PCR反应体系的基础上对引物UBC826的最适退火温度进行筛选。结果表明:Mg²⁺和引物浓度对PCR扩增结果有显著影响,dNTPs和Taq酶的浓度变化对PCR扩增结果无显著影响。鹰嘴豆ISSR-PCR优化反应体系(25 μL)为:3 mmol·L^-1 Mg²⁺,0.2 mmol·L^-1 dNTP,0.24 μmol·L^-1引物,2 U Taq DNA聚合酶。UBC826最适退火温度为56℃。     

微卫星PCR扩增反应技术条件优化探讨

微卫星PCR扩增反应受诸多因素的影响，不同的Mg^2 浓度、退火温度、引物浓度、dNTP浓度、模板量、不同厂家的Taq DNA聚合酶、不同的PCR仪等都会对扩增反应结果有不同程度的影响，在进行PCR反应前，须对这些条件反复摸索优化，以获得最佳反应体系.     

细粒棘球绦虫埃及分离株间抗原B的遗传变异性

本试验通过PCR-RFLP和DNA测序对20株细粒棘球绦虫埃及分离株编码抗原B2基因（AgB2）的遗传多态性进行了研究。试验分别从人、骆驼、猪和绵羊中采集了5株细粒棘球绦虫株。所有分离株经限制性内切酶AluI酶切消化后,进行模式非常类似的PCR-RFLP扩增。     

澳洲白绵羊美丽臀和肌肉生长抑制素基因基因型的检测

美丽臀(callipyge,CLPG)及肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)是全世界公认的与肌肉生长发育相关的基因,突变后分别产生“美丽臀”和“双肌”的优良性状。为研究国外进口品种澳洲白绵羊是否携带2种基因的突变位点,本试验以澳洲白绵羊为试验动物,采用PCR-RFLP技术对CLPG、MSTN基因的多态性进行分型。结果发现:CLPG基因上有1个C→T的SNP位点,澳洲白绵羊群体中有CC和CT 2种基因型;MSTN基因在3'-UTR区发现1个G→A的SNP位点,澳洲白绵羊群体中有GG和GA 2种基因型。用R语言程序对所测数据进行性别间不同基因型与生长发育状况的单因素方差分析得知,CLPG和MSTN基因不同基因型对澳洲白公羊体重、体高、体斜长、尻宽、背膘厚和眼肌面积均无显著性影响(P>0.05);CLPG基因CT基因型在母羊体重上显著高于CC基因型(P<0.05),在体斜长上极显著高于CC基因型(P<0.01),MSTN基因GA基因型母羊眼肌面积极显著高于GG基因型(P<0.01)。澳大利亚进口澳洲白绵羊中筛选到含有CLPG和MSTN基因的突变位点,且该突变位点对绵羊体尺性状有显著性作用,因此澳洲白绵羊引进后可以作为改良本地羊品种、基因聚合及三元配套系的终端父本。     

自贡黑山羊MHC-DRB_3基因的多态性研究

本实验研究了自贡黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊和成都麻羊MHC-DRB3基因的多态性。MHC-DRB3第2外显子的PCR扩增产物分别经限制性核酸内切酶TaqⅠ、PstⅠ、HaeⅢ消化,结果在第122、154、168、220、241位碱基显示出多态性;4个山羊群体分别检测到9、10、7个和8个等位基因;聚类分析表明:金堂黑山羊和成都麻羊亲缘关系最近,首先聚为一类,再与乐至黑山羊聚为一类,最后自贡黑山羊与其他3个山羊品种聚为一类。