民猪HB-EGF基因第4内含子的克隆与分析

为了研究民猪肝素结合EGF样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor,HB-ECF)第4内含子的序列及其突变位点,试验采用PCR鉴定及基因克隆测序的方法对民猪HB-EGF基因第4内合子序列进行克隆与分析.结果表明:在民猪的HB-EGF基因第4内含子序列中共发现3个点突变,即第27个碱基处插入1个T,78A→78G,101T→101C;第27个碱基处插入的T造成了NlaⅢ酶切位点的改变.     

中国地方黄牛GH基因遗传多态性研究

以鲁西牛、南阳牛为试验动物，利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究了以上2个地方黄牛品种生长激素（GH）基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3’端和5’端位点的遗传多态性。检测结果表明：GH基因第3内含子1547bp处发生碱基C→T的替换；GH基因第4内含子位点多态的产生是由于1947bp处发生碱基T→G的替换；GH基因第5外显子2141bp处碱基C→G的突变，使得亮氨酸变成缬氨酸，造成氨基酸发生变化。GH基因3’端的PCR-RFLP结果表明：由于2639bp处碱基GCC→GGC的突变造成HaeⅢ酶增加1个酶切位点；GH基因5’端位点多态的产生是由303bp处碱基C→T的突变造成。     

民猪磷酸葡萄糖酸脱氢酶(PGD)基因部分片段的克隆与分析

试验采用比较基因组学结合克隆测序的方法首次获得了民猪的磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因的第9,10,12内含子序列,并对测序结果进行了比对。结果表明:磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因的第9内含子存在2个点突变(120 G→C和185 C→G),后者造成NlaⅢ酶切位点的缺失;第10内含子存在1个点突变(129 T→C),该点突变造成AceⅠ酶切位点的缺失;第12内含子处没有发现突变位点。     

草原红牛生长激素基因遗传多态性研究

为寻找可用于标记辅助选择的分子标记,研究以草原红牛为试验群体,采用单链构象多态性（PCR—SSCP）方法检测了GH基因遗传多态性,并对GH基因多态片段进行了克隆、测序,确定了多态位点的变异位置和碱基类型。检测结果表明：在GH基因5’末端、第3内含子、第4内含子、外显子5和3’末端存在多态性位点,其中在5’上游431处有一个A→G碱基的突变,在1435处发生了T→C的突变,第4内含子1918处发生了C→A的突变;外显子5的2291处发生了碱基A→C突变;3’末端2639处发生了碱基C→G突变,并导致一个HaeⅢ酶切位点的增加;同时与GenBank中序列（accession numberM57764）相比较,草原红牛在1692处有C→T的突变,在2735处有碱基T→C突变,这些突变位点为草原红牛所特有。     

戴云山羊高繁殖力候选基因BMPR-IB、BMP15、GDF9的研究

为了初步探索戴云山羊高繁殖力遗传分子机制,采用PCR直接测序法检测BMPR-IB、BMP15、GDF9基因在戴云山羊群体中的单核苷酸多态性.结果表明:在GDF9基因内含子区域发生了2处点突变(2471A→T,884bp处插入T碱基),但均未引起氨基酸的改变;BMP15基因1176处发现3个碱基(TGG)的插入,导致280位一个Gly(甘氨酸)的插入,一处A→T突变(227位Ser丝氨酸→Thr苏氨酸的改变);BMPR-IB基因外显子区域未发生突变.     

6个品种猪Cstb基因的PCR—RELP分析

Cstb基因在人类中已经得到全序列，共5873bp，含有3个外显子、2个内含子，3个外显子的长度分别为66，102，129bp。在猪上的研究还不是很全面，只测得了第2内含子和第3外显子，有待于更深入的研究。在猪Cstb基因第3外显子区内第19个碱基处，检测TapI多态性位点，突变为G→A，是一个错意突变，导致天冬氨酸→天冬酰胺。     

6个品种猪Cstb基因的PCR-RFLP分析

Cstb基因在人类中已经得到全序列,共5873bp,含有3个外显子、2个内含子,3个外显子的长度分别为66,102,129bp。在猪上的研究还不是很全面,只测得了第2内含子和第3外显子,有待于更深入的研究。在猪Cstb基因第3外显子区内第19个碱基处,检测TapⅠ多态性位点,突变为G→A,是一个错意突     

浦东白猪Nramp1基因第6内含子独特突变位点分析

Nramp1是学术界近年研究的猪重要抗病基因之一,其第6内含子作为Nramp1的分型重点片段,国内外的诸多猪种均有清晰的测序分析结果。本研究通过提取浦东白猪血液组织DNA,使用PCR技术分离和克隆Nramp1基因的第6内含子基因片段,测序后与以往文献中的其他猪种进行比较。结果发现,浦东白猪在该段基因中有3个特异的突变点普遍存在,分别是259 bp的A→G突变,331 bp的G→A突变和29 bp后1~2个T碱基的插入。这些突变的发现可以为浦东白猪的育种和Nramp1的抗病性研究提供遗传数据。     

猪垂体特异性转录因子基因多态性的研究

对香猪、上海白猪、大约克夏猪的垂体特异性转录因子(PIT-1)基因进行了单核苷酸多态性(SNP)分析。结果显示:在3个猪种PIT-1基因的第5和第6外显子中均未发现SNP;而在第4外显子中出现SNP,即在公布序列的第272位上有1/2的大约克夏猪为碱基C,其余1/2的大约克夏猪和全部的香猪、上海白猪均发生了C→T突变,这是一个沉默突变。根据研究结果推测,PIT-1基因第4外显子中的碱基突变及这3个外显子的序列状况可能与香猪的矮小性无关。     

不同猪种TGF-β1基因单核苷酸多态性分析

以二花脸猪、大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪共计861 头为研究材料,采用PCR-SSCP技术,对猪TGF β1基因6 7外显子区的1156 bp序列进行多态性分析,发现一个多态位点。经克隆测序分析,位于第6内含子区内存在C→T突变,该突变位点为第7外显子上游的第9位碱基(序列:AJ621785中的第1043位点)。对不同猪群的基因型和基因频率统计结果表明,二花脸猪以等位基因T为主,而大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪则以等位基因C为主,且各猪群均处于Hardy Weinberg平衡。     

甘南牦牛GH基因的SNPs分析

[目的]甘南牦牛是分布在甘南境内的牦牛类群,是当地优势畜种之一.为了揭示甘南牦牛GH基因的结构特征,[方法]采用PCR-SSCP技术,对202头甘南牦牛生长激素基因(GH)5个外显子及部分内含子序列进行SNPs分析.[结果]表明:甘南牦牛GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子及第5外显子表现遗传多态性,其中第3内含子有AA、AB、BB 3种基因型,第5外显子有CC和CD 2种基因型,未发现DD基因型.序列分析发现,第3内含子1 694 bp处发生T→C单碱基转化;第5外显子2 154 bp处发现G→A单碱基突变,导致由甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser).甘南牦牛在2个基因位点上均表现为低度多态(PIC<0.25),χ2检验表明其处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).结论 初步推测甘南牦牛GH基因的多态性相对贫乏.     

Leptin基因对陆川猪和大白猪产仔数的影响

根据leptin基因在GenBank中的已知序列设计两对引物,采用PCR-SSCP技术在陆川猪和大白猪群体中进行单核苷酸多态性（SNPs）检测,发现了两个SNPs位点,并对其不同基因型个体PCR回收产物进行测序,同时对这两个SNPs位点与产仔数进行了关联分析。结果表明：这两个SNPs位点分别是在第3 469碱基处发生了T→C突变和第3 714碱基处发生了T→G突变,这两个突变都是同义突变;T3714G SNP对陆川猪产仔数影响显著（P〈0.05）,而对大白猪产仔数影响不显著（P〉0.05）,T3 469C SNP对陆川猪和大白猪产仔数影响均不显著（P〉0.05）。     

7个猪种MyoD基因家族中3个基因外显子的SNPs检测分析

本研究利用PCR SSCP技术,以7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的MyoG、MyoD和Myf5基因序列设计了17对引物,对此三基因的外显子进行了SNPs检测。检测结果:MyoG和MyoD两个基因均未检测到多态;在Myf5基因的3个外显子上都检测到了多态:第1外显子上有1个点突变G→C;第2外显子上有3个点突变C→A、A→G、G→A;第3外显子上,3387bp处有1个碱基A缺失,3417bp处有3个碱基T缺失,3443bp处有1个点突变T→C。Myf5基因的高度多态性,说明7个猪种含有丰富的遗传变异信息,具有很高的选择潜力。     

广西百色马生长激素基因的克隆与序列分析

为了丰富优良地方品种百色马的分子遗传学基础数据,试验设计1对特异性引物,利用PCR技术成功克隆百色马的生长激素基因全序列。结果表明:百色马GH基因碱基序列全长1922bp(GenBank登录号为FJ604598),包含完整的5个外显子和4个内含子;与蒙古马比较,百色马GH基因DNA序列出现12个碱基的变异,有3个变异位点处于编码区,均为有义突变,突变方式都为G→A的转换,其中第981位碱基G→A致使第89位氨基酸由Arg突变为Lys,第1739位碱基G→A使第185位氨基酸由Gly→Arg,第1764位碱基G→A使第193位氨基酸由Gly→Asp。基于GH基因构建的不同,动物亲缘进化树的拓扑结构与物种树一致,哺乳动物的GH基因在进化中比较保守。     

早胜牛CD36基因多态性分析

为研究CD36基因在早胜牛群体中的遗传变异及其与肉质性状的关联性,本试验采用DNA混合池测序技术检测了320个样本的SNPs位点,并估算了SNPs位点的等位基因频率。结果表明,外显子区域有2个多态位点,分别是外显子8的79201bp处A缺失和外显子12的86351bp处T→A突变。内含子区域有3个多态位点,分别是内含子8的79309bp处C→A突变和内含子12的86446bp处C→A突变、86447bp处G→A突变,其余区域未检测到碱基突变。外显子8的A缺失可能引起氨基酸序列发生改变。外显子12的T→A突变属同义突变,未引起氨基酸改变。后续我们将对CD36基因多态性与早胜牛肉质性能相关性进行分析,以期寻找到与肉质性能关联的SNPs位点,为研究提高早胜牛肉质性能的工作提供参考。     

广西百色马生长激素基因的克隆与序列分析

为了丰富优良地方品种百色马的分子遗传学基础数据,试验设计1对特异性引物,利用PCR技术成功克隆百色马的生长激素基因全序列.结果表明:百色马GH基因碱基序列全长1 922 bp(GenBank登录号为FJ604598),包含完整的5个外显子和4个内含子;与蒙古马比较,百色马GH基因DNA序列出现12个碱基的变异,有3个变异位点处于编码区,均为有义突变,突变方式都为G→A的转换,其中第981位碱基G→A致使第89位氨基酸由Arg突变为Lys,第1739位碱基G→A使第185位氨基酸由Gly→Arg,第1 764位碱基G→A使第193位氨基酸由Gly→Asp.基于GH基因构建的不同,动物亲缘进化树的拓扑结构与物种树一致,哺乳动物的GH基因在进化中比较保守.     

中国6个地方猪种与3个外种猪氟烷基因PCR产物序列比较研究

本文应用PCR方法 ,体外扩增了中国地方猪和外种猪共 16个个体的氟烷基因 1814 9～ 1876 0位之间 6 12bp的片段 (包含完整的外显子 17和cDNAC1843 →T1843 突变位点 ) ,并进行了序列测定。结合网上下载的 5个中外猪种相同区段的序列进行了比较研究。结果表明 ,本文所测序列比网上公布的序列少 2bp ,在 1815 3,1815 4处有两胞嘧啶(C)缺失 ;皮特兰猪在cDNA的C1843 位点存在C1843 →T1843 突变 ;6 12bp的片段中共有 14个变异位点 ,皆为转换型突变 ,内含子 16中有 3个位点存在转换型杂合子 ;所有突变中 ,有 4处发生在外显子 17内 ,除香猪和皮特兰猪外均为同义突变 ;这些变异位点共形成 12种单倍型 ,其中扩增片段 5 14位 (全序列中为 186 6 2位 )的C→T突变为内江猪独有 ,构成了内江猪独特的单倍型 ,C18662 →T18662 突变具有品种特异性     

藏猪天然抗性相关巨噬细胞蛋白基因克隆及变异研究

采用克隆及测序相结合的方法,研究了藏猪、甘肃黑猪、大白猪、约克夏猪和杜洛克五个猪种天然抗性相关巨噬细胞蛋白(natural resistance associated macrophage protein,NRAMP1)基因全序及其结构和变异。分析表明,猪NRAMP1基因全长12779bp,其中包含14个内含子、15外显子,编码区全长1614bp,编码538个氨基酸。5'端非编码区存在2个核苷酸突变,3'端非编码区存在有10个核苷酸突变和1个碱基缺失,14个内含子存在11个变异位点。外显子有18个碱基突变,仅有4个有义突变位点(T2551G、A2552T、C4881A、T12113C),分别导致四个氨基酸(100(V→G)、100(V→G)、137(P→T)、471(L→P))的改变,有可能引起NRAMP1基因编码所蛋白质的跨膜结构域、三级结构或更高级结构以及其空间排列发生变化,导致藏猪和其他猪种抗病性存在差异,为揭示猪NRAMP1基因抗病性的分子机理奠定了理论基础。     

猪TYR基因外显子1的克隆测序及序列分析

本研究对荣昌猪和内江猪的TYR基因外显子1进行了克隆测序及序列分析，结果发现3个新的突变位点：319C→T，537C的插入，551A→G。部分突变序列已被GenBank收录，登录号为：AY236997。将突变序列翻译成氨基酸序列后发现，319C→T和551A→G是同义交变。537C的插入是移码突变，其是否会对猪的毛色造成影响，还有待进一步研究。     

犬细小病毒南京株(CPV-GN)衣壳蛋白vp2基因的克隆与序列分析

通过对结构蛋白vp2基因序列的分析可以对犬细小病毒进行分型的确定。本文以常规PCR技术扩增犬细小病毒南京株CPV-GN衣壳蛋白VP2基因,并将之插入到pMD 18-T中,构建克隆载体pMD-vp2。经测序,目的片段长1548 bp,编码516个氨基酸与CPV-d、CPV-15、CPV-N等其它标准株和参考株进行序列比较,CPV-GN株vp2基因第1276碱基处发生了A→G替换,使天冬酰氨426变为天门冬氨酸,从而确定CPV-GN株为CPV-2b亚型;与其它CPV参考株CPV-2b亚型进行序列比较,CPV-GN株vp2基因第18、354、405、1465和1543碱基处的突变是独有的,在这几处分别发生了T→A、A→G、G→A、G→A和T→A替换前三处替换并未改变所编码的氨基酸,而第1465位的G→A点突变使缬氨酸489变为异亮氨酸,第1543位的T→A点突变使丝氨酸515变为苏氨酸,推测这两处的突变很可能与该病毒株的毒力特性有关。