野猪、家猪及其杂种猪CAPN1基因PCR-RFLP分析

为了进一步揭示猪CAPNl基因变异与肌肉生长的关系,试验采用直接测序的方法寻找SNPs及利用PCR-RFLP检测技术分析不同基因型在野猪、民猪、大白、长白、杜洛克及野家杂种猪中的分布规律.结果表明:在2个分别引起NaⅢ、EcoRⅡ酶切位点改变的SNPs位点,各基因型在6个品种(品系)间的分布存在着极显著差异(P<0.01),并且NaⅢ位点等位基因的分布在瘦肉型猪中以B为优势基因,在脂肪型猪中以A为优势基因,NaⅢ位点的突变可能与瘦肉率有关.     

部分小型猪与大型猪IGF-1基因的SNP分析

利用PCR-SSCP技术对版纳微型猪、西藏小型猪、军牧猪和大白猪4个品种的IGF-1基因进行了多态性分析.结果表明,在外显子3上存在1个SNP(G201A),在外显子4上存在2个SNPs(A440G和T455C).各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示,在G201A位点,A为大型猪的优势等位基因;在A440G和T455C位点,AT为大型猪的优势等位基因,小型猪的上述2个位点均没有共同的总体特征;2个等位基因型分布差异极为显著(P＜0.01),西藏小型猪的多态信息含量最低,而军牧猪的杂合程度最高.     

猪IGF-1R基因启动子区单核苷酸多态性检测分析

本试验对猪混合基因池中胰岛素样生长因子-1受体基因(IGF-1R)启动子区进行克隆并测序,筛查不同猪种间的突变位点并对其转录因子结合位点进行预测。采用AS-PCR方法,对巴马香猪、西藏小型猪、军牧1号白猪、东北野猪和大白猪5个品种猪的IGF-1R启动子区进行了单核苷酸多态性分析。结果表明该基因启动子区上存在2个SNPs位点(G-1 440C,C-1 165T),但均未引起转录因子结合位点的变化。在G-1 440C位点,5个猪种出现3种基因型,分别为GG,GC,CC,其中巴马香猪的等位基因频率G%=C%,其余4个猪种优势等位基因为G;在C-1 165T处,存在CC,CT,TT 3种基因型,西藏小型猪的优势等位基因为T,其余4个猪种优势等位基因为C。2个突变位点的基因型分布差异极显著(P<0.01)。     

五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析

旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA：PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。     

不同遗传背景猪群体黏病毒耐药蛋白1基因多态性分析

为探讨不同遗传背景猪黏病毒耐药蛋白1（myxovirus resistance,Mx1）基因的遗传多态性,本试验采用RT-PCR方法扩增克隆出猪Mx1基因并进行生物信息学分析,采用高分辨率熔解曲线法（HRM）对民猪、长白山野猪与民猪杂交猪（简称野杂猪）和大白猪3个群体Mx1基因外显子2区多态性进行分析。结果显示,从民猪及野杂猪中成功克隆出4条Mx1基因mRNA序列。该序列含有1个1 992 bp的完整开放阅读框（ORF）,编码663个氨基酸。比较发现4条Mx1基因序列中共含有30个SNPs位点,其中17个SNPs位点引起了氨基酸序列的变异。功能结构域分析发现,大部分氨基酸突变位点位于Mx1基因功能结构域两侧。HRM多态性分析显示,Mx1基因外显子2区DD基因型作为优势基因型在3个群体中具有最高的基因型频率,其中大白猪中DD基因型频率为100%,野杂猪为62.5%,民猪为56.2%。基因多态性分析还发现该区域存在更多的核苷酸及氨基酸突变位点,表明民猪和野杂猪Mx1基因存在更丰富的基因多态性。     

猪Calsarcin-2基因第1内含子遗传多态性分析

以大约克猪、长白猪、杜洛克猪和贵州白香猪杂交及回交的后代为研究对象,根据NCBI公布的序列设计了4对引物,采用测序、PCR-SSCP技术对Calsarcin-2基因第1内含子进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨Calsarcin-2基因第1内含子多态性与肉质性状的关系。结果发现2个SNPs(T613C、C936G),群体遗传学分析表明,在所检测的各多态位点上,不同群体间不同基因型的分布都存在着极显著差异(P＜0.01),结合品种特性分析表明,613及936位点所检测的不同基因型和肉质可能具有一定的相关性。     

猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。     

五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5′侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究。找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A。针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G。     

杜洛克猪MAP3K5基因多态位点与生长、饲料利用性状的关联分析

试验旨在研究MAP3K5基因多态性与杜洛克猪生长、饲料利用性状的关联性。利用Illumina SNP60芯片测序结果比较发现了MAP3K5基因的4个SNPs位点（Ssc1：30769583 A>C;Ssc1：30781169 A>G;Ssc1：30940839 A>G;Ssc1：30962276 G>A）。统计获得MAP3K5基因的4个SNPs位点的基因型频率及等位基因频率,发现4个SNPs为低度－中度的多态突变位点。对MAP3K5基因多态性与生长、饲料利用性状的关联性进行分析,结果表明,杜洛克猪Ssc1：30769583 A>C位点CC基因型个体与AA基因型个体相比剩余采食量（RFI）性状降低了133.08 g/d（P<0.05）;Ssc1：30781169 A>G位点的GG基因型个体与AG基因型个体相比RFI性状降低了116.18 g/d（P<0.05）,ADFI性状降低了0.23 kg/d（P<0.05）;Ssc1：30940839 A>G位点的GG基因型个体与AG基因型个体相比饲料转化率（FCR）性状降低了0.10%（P<0.05）;Ssc1：30962276 G>A位点的AA基因型个体与GG基因型个体相比ADG性状降低了0.04 kg/d（P<0.05）。试验初步认为MAP3K5基因4个SNPs位点的多态性对杜洛克猪的RFI、ADFI、FCR和ADG具有一定影响。     

五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5'侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究.找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A.针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G.     

不同猪种肉质相关基因FTO多态性研究

为了研究肉质候选基因FTO(fat mass and obesity associated)在中外不同猪种群体中的遗传变异,本试验以杜洛克猪、大白猪、宁乡猪、大围子猪4个猪种为研究对象,运用PCR-RFLP的方法检测了FTO基因g.276GT(AM931150)位点的基因频率和基因型频率。结果表明,宁乡猪、大围子猪的优势基因型均为GG,G是杜洛克猪、宁乡猪和大围子猪的优势等位基因,而大白猪的优势等位基因是T。本研究发现FTO基因的基因型分布在国外2个猪种群和地方猪种群之间存在较明显的差异,且这种差异极有可能是影响不同猪种肉质性状的原因之一,为以后更深入的研究打下了基础。     

杜洛克猪HLCS基因多态位点与生长发育性状的相关性分析

本研究旨在明确羧化全酶合成酶(holocarboxylase synthetase,HLCS)基因突变与杜洛克猪生长发育性状的相关性。利用Illumina SNP60芯片测序结果研究HLCS基因的突变位点,分析突变位点的多态性信息、突变位点与生长发育性状的关联性及突变位点的单倍型。结果显示,杜洛克猪HLCS基因具有4个SNPs位点:Ssc13:200455646 TC、Ssc13:200458655 GC、Ssc13:200504530 GT、Ssc13:200551864 TG,均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),呈现中度多态性。关联分析结果发现,Ssc13:200455646 TC位点TT基因型100 kg背膘、剩余采食量均显著高于TC和CC基因型(P0.05);Ssc13:200458655 GC位点GG基因型个体100 kg背膘、剩余采食量均显著高于CG和CC基因型(P0.05);Ssc13:200504530 GT位点GT基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于TT基因型(P0.05),GT基因型个体100 kg日龄显著小于TT基因型(P0.05);Ssc13:200551864 TG位点TG基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于GG基因型(P0.05),TG基因型个体100 kg日龄显著小于GG基因型(P0.05);其余性状各位点不同基因型间无显著差异(P0.05)。Ssc13:200455646 TC和Ssc13:200458655 GC位点呈现高度连锁,Ssc13:200504530 GT与Ssc13:200551864 TG位点呈现高度连锁。结果表明,HLCS基因4个SNPs位点的多态性与杜洛克猪的剩余采食量、平均日采食量、平均日增重、100 kg日龄和100 kg背膘均具有显著相关性,可为猪的生长发育遗传改良奠定基础。     

不同遗传背景猪TNF-α基因启动子区多态性与其血清含量的关联分析

为研究不同遗传背景猪TNF-α基因启动子区多态性及其与血清含量的相关性,本实验采用克隆测序方法对3个不同遗传背景猪群体(长白山野猪民猪杂交猪,简称野杂猪、民猪和大白猪) TNF-α基因启动子区进行基因多态性检测并测序,选取特定区域采用高分辨率熔解曲线(HRM)方法分析其基因型,并分析了其不同基因型与血清TNF-α含量的相关性。测序结果显示3个群体猪TNF-α基因启动子区存在7个单核苷酸多态位点(SNP)。选取其G-1256、G-1239位点区采用HRM分析显示3个猪群体TNF-α基因启动子区存在4种基因型,其中CC基因型作为优势基因型,在野杂猪群体中该基因型频率高达73.0%,民猪次之为52.0%,大白猪最低为31.0%。差异显著性分析显示,野杂猪、大白猪群体中CC基因型个体血清TNF-α含量显著高于其它基因型个体(p0.05)。将所有猪看做统一群体,差异显著分析显示CC基因型个体血清中TNF-α含量同样显著高于其它基因型个体(p0.05)。转录因子结合位点预测显示CC基因型G-1239位点A构成NF-κB亚基RelB潜在转录结合位点。上述结果表明NF-κB信号通路在猪TNF-α基因转录表达调节中具有重要作用,本实验为研究影响猪群抗逆表型性状的调控通路奠定基础。     

枣庄黑盖猪群体中脊椎数候选基因的多态性与遗传分析

为了解枣庄黑盖猪种质特性,研究利用PCR和PCR-RFLP方法对影响脊椎数的2个候选基因NR6A1和VRTN在枣庄黑盖猪群体中的多态性进行检测,并应用生物学软件进行群体遗传分析及Hardy-Weinberg平衡检验。结果表明:枣庄黑盖猪群体中NR6A1基因c.575 AG位点有AA、AG和GG 3种基因型,AA基因型为优势基因型,VRTN基因存在ins/ins、ins/-和-/-3种基因型,缺失型基因型(-/-)为优势基因型,而且NR6A1和VRTN基因突变位点为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可见枣庄黑盖猪以前没有对NRA61和VRTN基因的突变位点进行选育,利用分子标记辅助选择可快速提高这两个基因的有利基因型频率,从而提高黑盖猪群体的脊椎数。     

6个猪品种PODXL基因中ALGA0105966位点多态性与体尺指标的关联分析

采用等位基因特异性PCR方法,对香猪、黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪、大白猪6个中外猪品种足细胞标记蛋白(podocalyxin,PODXL)中的1个单核苷酸多态性位点ALGA0105966进行基因分型,研究该位点的多态性与猪的体尺指标之间的关联。从6个猪品种的PODXL基因中检测到ALGA0105966位点的基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪中以AA纯合型为优势基因型,A等位基因的频率明显高于G(P0.01);黔北黑猪、糯谷猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P0.05);关联分析结果表明:ALGA0105966位点的基因型与香猪的管围、柯乐猪的体高、体长、胸围、腹围、体重以及黔北黑猪的胸围、体重存在弱的正相关关系,与荣昌猪的体宽呈中度正相关。推测PODXL基因中ALGA0105966位点可能与地方猪的体尺和体重变化有关。     

11个猪群体BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异分析

本研究旨在对猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因的多态性进行系统分析,为今后探讨猪BPI基因与疾病抗性的关系提供理论依据。采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外10个猪品种BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异进行检测及序列分析。结果表明:11个猪品种中共检测到AA、BB和AB 3种基因型,2个等位基因,其中野猪、藏猪、荣昌猪和淮猪群体中AA基因型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因;外来商业化猪品种中,杜洛克群体AA基因型频率较高。序列分析表明AA基因型与GenBank中的序列一致,BB基因型存在A27G同义突变位点和T118G错义突变位点。基于BPI基因的等位基因频率构建11个猪群体的系统发生树,第1类群包括野猪、淮猪、藏猪、荣昌猪、杜洛克;第2类包括约克夏、长白猪、枫泾猪、梅山猪、二花脸、苏太猪。本研究结果显示,猪群体间基于BPI基因多态性上存在的差异与体型、生产类型及地理分布等因素没有显著的联系。     

猪毛色基因MC1R的SNPs位点研究与应用

本研究旨在鉴定MC1R基因中与猪毛色紧密相关的SNP位点，明确不同SNP位点不同基因型与毛色的关系，并用于后代毛色的快速、高效预测和精准选育。通过采集不同猪种及杂交组合个体的耳组织样本共257个，提取耳组织DNA，采用Snapshot技术检测MC1R基因708bp、730bp、788bp位点SNP基因型。结果表明，在所研究群体中，可将MC1R基因708 bp、730 bp和788 bp位点作为黑毛色的分子标记，任一亲本在这3个位点基因型为AA、GG或CC时，子代(F₁代)毛色均为黑色。将鉴定的毛色相关SNPs应用于川乡黑猪世代选育，实现了川乡黑猪黑毛基因型的纯合。通过对MC1R基因的708 bp、730 bp和788 bp 3个位点中任意1个SNP进行检测，即分别选择AA、GG或CC基因型，可实现对黑毛色基因型的纯化，解决猪育种中后代毛色分离问题。     

从江香猪BMP15基因多态性研究及单倍型构建

研究BMP15基因多态性及单倍型与从江香猪繁殖性状的相关性,寻找影响从江香猪繁殖性状的QTL,为分子标记辅助选择提供依据。以从江香猪母猪为研究对象,利用DNA直接测序技术,对BMP15基因多态位点进行筛选和基因型分析,采用SHEsis在线软件构建单倍型。结果表明:在受试群体中,发现BMP15基因存在3个SNPs位点,其中C122T位于exon1,T111C位于exon2,A13G位于intron1;C122T和T111C突变均为错义突变,分别导致半胱氨酸(Cys)变为精氨酸(Arg),组氨酸(His)变为酪氨酸(Tyr)。基于上述3个SNPs位点,构建了6种单倍型,其中H1和H3为主要单倍型,频率分别为64.2%、24.3%;最小二乘分析发现,H3单倍型在初产和经产母猪中,总产仔数、产活仔数、乳头数均为最高,但差异性均不显著(P0.05);C122T位点与初产母猪的总产仔数、产活仔数、乳头数显著相关(P0.05),而T111C位点与初产和经产母猪的总产仔数、产活仔数、乳头数差异性均不显著(P0.05),但CC基因型和EE基因型均为最多;在A13G位点上,经产母猪AB基因型总产仔数、产活仔数、乳头数均比AA基因型多,且差异显著(P0.05)。可以考虑将H3单倍型和CC基因型、AB基因型及EE基因型作为影响从江香猪产仔数和母猪乳头数的有利单倍型和基因型。     

Leptin基因第3469位点基因型对合作猪繁殖性能和体尺的影响

以Leptin基因作为控制猪产仔性状和生长性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术在合作猪群体中进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,分析Leptin基因的遗传多样性及突变位点基因型频率与基因频率。同时,结合生长性状和母猪产仔性状记录,研究了不同基因型对产仔性状、生长性状的遗传效应。结果:通过对合作猪Leptin基因SNPs分析,检测到了2个等位基因,3种基因型。Leptin基因第3469位点的基因型效应对合作猪体重、体高、胸围、头长、头胎总产仔数、2胎总产仔数、2胎活产仔数、3胎总产仔数、3胎活产仔数和4胎活产仔数影响均显著(P0.05),而对体长、头胎活产仔数和4胎总产仔数影响不显著(P0.05)。这表明Leptin基因第3469位点的突变与合作猪的产仔数和生长性状有密切关系,Leptin基因可作为控制合作猪产仔性状和生长性状的候选基因。     

晋岚绒山羊多胎性能4个候选基因的研究

为探寻辅助育种的分子标记,提高绒山羊产羔数,本实验在山西省某绒山羊养殖场分别选取20只经产双羔母羊和单羔母羊,检测多胎性能候选基因GDF9、BMP15、FSHβ和GnRHR所有编码区SNPs位点;选取有差异的基因位点在171只经产母羊(90只双羔母羊和81只单羔母羊)中进行SNPs位点检测,统计基因型频率、等位基因频率、多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He),并与母羊产羔数进行关联分析。结果显示:共发现17个SNPs位点,仅GDF9基因A959C位点和BMP15基因G735A位点在单、双羔母羊间有差异。SNaPshot检测表明GDF9基因A959C位点有AA、AC、CC 3种基因型,A为优势等位基因,AA为优势基因型,含CC、AC基因型个体的产羔数显著高于AA型。BMP15基因G735A位点共检测到GG、AG、AA 3种基因型,G为优势等位基因,GG为优势基因型;含AA、AG基因型个体的产羔数显著高于GG型。本研究结果表明GDF9基因A959C位点C等位基因和BMP15基因G735A位点A等位基因与晋岚绒山羊高产羔数呈极显著正相关,可作为分子标记对晋岚绒山羊进行辅助育种。