不同日龄家兔肠道微生物群落结构

采用Miseq2×300测序平台对29,45,60日龄3个阶段的断奶幼兔,共30个粪便样品中的菌群16S rDNA V3和V4可变区进行了高通量测序和分析。结果显示:在不同的日龄间ACE指数和Chao1指数差异显著(P<0.05),Shannon指数和Simpson指数差异不显著(P>0.05),说明随着日龄的增大断奶兔肠道中的微生物群落丰度大量增加,但是菌群多样性并没有显著增加,表明在幼兔断奶时肠道微生物已经完成了定植。在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,其中变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门在幼兔的生长过程中丰度有显著性变化。聚类热图的结果显示断奶幼兔肠道微生物群落结构的变化是随着日龄的变化而逐渐变化。     

复合微生态制剂联合低聚果糖对哺乳期犊牛生长性能、腹泻率及肠道微生态区系的影响

本试验旨在探讨复合微生态制剂联合低聚果糖饲喂哺乳期犊牛对其生长性能、腹泻率、肠道微生态区系的影响,选取21头3日龄健康荷斯坦母犊,将其随机均分成3组:ZK组每日每头添加植物乳酸杆菌(1×10~9CFU)和枯草芽孢杆菌(2×10~(10)CFU)各5 g;ZKT组每日每头添加植物乳酸杆菌(1×10~9CFU)、枯草芽孢杆菌(2×10~(10)CFU)和低聚果糖各5 g(上述2组在常规饲喂后1 h将相应的制剂溶解在温水中用奶瓶灌入);C组为空白对照组,常规饲喂。预试期7 d,正试期50 d。结果表明:1)ZK组和ZKT组平均日增重和平均日采食量与C组相比差异不显著(P0.05),但这2组腹泻率显著低于C组(P0.05)。2)微生物群落Alpha多样性分析表明,添加微生态制剂对ZK组犊牛肠道微生物区系丰富度和多样性影响不显著(P0.05),但对ZKT组肠道微生物丰度影响显著(P0.05)。对肠道微生态区系分析发现,在门水平上,优势菌门主要包括拟杆菌门、厚壁菌门、无壁菌门,排名前10位的菌门相对丰度各组之间差异不显著(P0.05);在属水平上,优势菌属为拟杆菌属、未鉴定普雷沃氏菌科、别样棒菌属,排名前10位的菌属在ZKT组拟杆菌属相对丰度显著高于C组和ZK组(P0.05)。3)通过t-检验分析差异物种发现,ZKT组梭状芽孢杆菌相对丰度显著低于C组(P0.05)。综上所述,本研究2种制剂对犊牛生长性能影响不大,ZK组制剂的添加对其肠道微生态区系影响不显著,但ZKT组制剂可显著改变犊牛肠道微生物区系,使其拟杆菌属相对丰度显著增加,尤其可显著减少肠道梭状芽孢杆菌相对丰度,进而显著减少了腹泻的发生。     

3～6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究

本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。     

基于宏基因组测序对奶牛运动场土壤和粪便微生物群落结构的分析

采用宏基因组技术分析规模化奶牛运动场不同位置土壤和新鲜粪便中微生物群落丰度。测序结果显示:土壤的样本中可见丰度最高的是变形菌门,其次是放线菌门,其余依次为拟杆菌门>绿湾菌门>浮霉菌门>芽单胞菌门>酸杆菌门>厚壁菌门>疣微菌门>蓝细菌门,且以运动场中央为圆心,距离越远的样本变形菌门丰度逐渐下降,而放线菌门丰度逐渐增加。研究还发现变形菌门、放线菌门是土壤中的优势细菌,子囊菌门和担子菌门为土壤中的优势真菌,奇古菌门和广古菌门为优势古菌群落。在新鲜粪便中的优势细菌为厚壁菌门和拟杆菌门,而担子菌门、毛霉门和壶菌门为优势真菌群落。     

日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响

旨在研究日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响。试验选用断奶滇太仔猪12头,初始体重为(6.12±0.54)kg,随机分为对照组、杆菌肽组和乳铁蛋白组。对照组饲喂基础日粮;杆菌肽组在基础日粮中添加0.5 g·kg^-1杆菌肽预混剂;乳铁蛋白组在基础日粮中添加150 mg·kg^-1乳铁蛋白,试验期28 d。采集试验第7、21、28天仔猪粪便,通过细菌16S rRNA基因高通量测序检测粪便微生物多样性。结果表明,各组断奶仔猪肠道微生物多样性没有显著差异(P>0.05)。在门水平上,第7、21、28天肠道优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门,试验第7天时,各组间厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度降低1.43%,拟杆菌门相对丰度增加16.4%;试验第21天时,乳铁蛋白组与其余两组相比,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05),但与对照组相比,厚壁菌门相对丰度降低16.4%,拟杆菌门相对丰度增加34.1%。试验第28天时,与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度显著...     

小承气散对便秘母猪肠道菌群的影响

【目的】研究小承气散对便秘母猪肠道微生物菌群的影响,探讨其改善便秘的机制。【方法】选取27头经产二元母猪(大白猪×长白猪,3～5胎),依据排便情况分为健康对照组、便秘组和试验组,每组3个重复,每个重复3头。健康对照组和便秘组正常饲喂,试验组按60 g/(头·d)的剂量在饲料中添加小承气散,每天1次,连续3 d,第4天采集各组母猪新鲜粪便样品,提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。【结果】便秘组母猪粪便中微生物菌群发生显著改变,与健康对照组和试验组的Simpson指数差异显著(P<0.05)。在门水平上,与健康对照组相比,便秘组母猪肠道微生物中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)显著减少(P<0.05),变形菌门(Proteobacteria)极显著增加(P<0.01);与便秘组相比,试验组母猪肠道微生物中拟杆菌门显著增加(P<0.05),厚壁菌门有增加的趋势(P>0.05),变形菌门极显著减少(P<0.01)。在属水平上,与健康对照组相比,便秘组母猪肠道微生物中...     

宏基因组法研究不同堆肥处理下猪粪微生物动态结构特征

试验旨在应用宏基因组测序技术探究两种堆肥处理方式下猪粪中微生物的结构组成与分布特征。试验采集同一粪池中的新鲜猪粪，随机分成添加有效微生物（EM）菌的F组和未添加EM菌的K组，每组粪堆各1堆，堆成圆锥形粪堆，粪堆高1.2 m，底部直径2 m；采集堆肥第0、7、14和21天的粪便样本并提取粪便总DNA，运用宏基因组高通量测序技术，比较F组和K组的微生物多样性（组成及结构）差异，并对功能基因进行注释。结果表明，猪粪便中的细菌共测序获得1 083 607个有效开放阅读框（ORFs）；共鉴定出147个门、118个纲、258个目、593个科、2 343个属和13 193个种；在门水平上，相对丰度前十的细菌界优势菌门有：变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、绿弯菌门（Chloroflexi）、柔壁菌门（Tenericutes）、浮霉菌门（Planctomycetes）、螺旋体门（Spirochaetes）和酸杆菌门（Acidobacteria）；在属水平上，两组平均丰度值排名前三十五的属分别属于变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门和疣微菌门；通过KEGG功能预测分析，新陈代谢通路是最丰富的，氨基酸代谢通路和碳水化合物代谢通路是包含功能基因数量最多的二级通路。两组的菌群结构多样性差异表明添加EM菌后会促进堆肥前期的菌群变化。     

微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响北大核心

研究旨在探索微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响。利用从小龙虾肠道中分离得到的枯草芽孢杆菌CP-3,制备CP-3菌剂,结合乳酸菌菌剂、酵母菌菌剂制备微生物制剂;采用含微生物制剂的饵料投喂小龙虾,高通量测序分析小龙虾肠道菌群结构变化。结果显示,与未添加微生物制剂组相比,微生物制剂组的小龙虾肠道内细菌生物多样性和物种丰富度均明显增加,肠道内菌群结构也改变较大。各组小龙虾肠道的优势菌群均为变形菌门,微生物制剂组小龙虾的厚壁菌门细菌含量由6.10%提高至14.21%,有害菌群弧菌属数量由10.11%降低至4.68%。研究表明,投喂微生物制剂饵料可影响小龙虾肠道细菌群落的生长,小龙虾肠道菌群更趋向丰富和稳定。     

凝结芽孢杆菌对产蛋后期蛋鸡生产性能、肠道免疫因子及肠道菌群的影响

试验旨在研究产蛋后期蛋鸡饲粮中添加凝结芽孢杆菌对其生产性能、肠道免疫因子和肠道菌群的影响。选取840只63周龄海兰褐蛋鸡,分为2组,每组10个重复,每个重复42只。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加0.05%凝结芽孢杆菌粉,试验期45 d。结果表明：与对照组相比,试验组料蛋比、破蛋率均有所降低,但差异不显著;试验组蛋鸡的蛋形指数及蛋壳厚度均无显著差异;试验组IFN-γ、IL-8和TNF-α基因表达量显著降低;门水平上,对照组拟杆菌门丰度高于试验组(P<0.05),厚壁菌门丰度低于试验组(P<0.05);属水平上,试验组拟杆菌属丰度低于对照组(P<0.05),栖粪杆菌属丰度高于试验组(P<0.05);普雷沃氏菌、脱硫弧菌属、另枝菌属指标均无显著差异。本试验条件下,饲粮中添加0.05%凝结芽孢杆菌对产蛋后期蛋鸡的生产性能改善作用不显著,但可以通过降低促炎因子的表达来改善机体炎症反应,同时降低致病菌的相对丰度,调节肠道菌群平衡。     

不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)(J_1(亚成年大熊猫个体)、J_2(成年大熊猫个体)、J_3(老年大熊猫个体))的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析(redundant analysis,RDA)分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明:在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J_2肠道最高,淀粉酶活力在J_3肠道最低,纤维素酶活力在J_1肠道最低,蛋白酶活力在J_1肠道最高,在J_3肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

三种乳酸菌对蛋雏鸡盲肠微生物区系的影响

试验旨在研究3种乳酸菌对蛋雏鸡盲肠微生物的影响。选取1日龄体重相近的健康罗曼褐蛋公雏432只,随机分成A、B、C、D 4个组,每组6个重复,每个重复18只鸡。A组为对照组,饲喂基础饲粮;B、C、D组为试验组,饲喂基础饲粮另分别添加粪肠球菌制剂、嗜酸乳杆菌制剂和乳双歧杆菌制剂(添加量均为:1×107cfu/g),试验期为42 d。试验结束后,每个处理组随机取6只鸡(每重复1只,共24只),收集盲肠食糜样,并应用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明:不同处理组间雏鸡盲肠菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门及变形菌门3种为主。与对照组相比,试验组Faecalibacterium菌属的相对含量升高,而梭菌属、链球菌属、埃希氏菌属/志贺氏菌属等潜在致病性菌属的相对含量不同程度降低。从α多样性上看,粪肠球菌和乳双歧杆菌制剂组盲肠微生物丰度指数下降,而嗜酸乳杆菌制剂组丰度指数上升。同时,3种乳酸菌组多样性指数均下降。从β多样性上看,添加乳酸菌可使盲肠菌群差异变大,与对照组相比,粪肠球菌和乳双歧杆菌制剂组差异性大于嗜酸乳杆菌制剂组。由此可见,乳酸菌可改变蛋雏鸡盲肠菌群结构;添加乳酸菌一定程度上可促进有益菌生长,而抑制有害菌增殖;粪肠球菌和乳双歧杆菌添加效果优于嗜酸乳杆菌制剂。     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

复合酶制剂对新疆伊犁鹅产蛋性能和盲肠微生物菌群的影响

试验旨在研究饲粮中添加复合酶制剂对伊犁鹅产蛋性能和盲肠微生物菌群的影响。选取健康状况良好、体重相近的4岁伊犁鹅200只,随机分为4组,每组10个重复,每个重复5只伊犁鹅。对照组和试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组分别添加0、0.2、0.3 g/kg和0.4 g/kg的复合酶制剂。预试期7 d,正试期35 d。随机选取对照组和试验Ⅱ组(产蛋性能最佳组)伊犁鹅各8只采集盲肠内容物,提取其DNA,用特异性引物扩增细菌16S rRNA基因V3～V4区,使用基于NovaSeq测序平台对细菌16S rRNA基因进行测序分析。结果表明:(1)在试验的第4周,试验Ⅱ组的产蛋率极显著或显著高于对照组(P0.01)、试验Ⅰ组(P0.05)及试验Ⅲ组(P0.05),试验Ⅱ组的料蛋比显著低于对照组(P0.05);综合全期,试验Ⅱ组的产蛋率较对照组显著提高(P0.05),料蛋比显著降低(P0.05)。(2)与对照组相比,试验Ⅱ组的盲肠微生物在门水平上,拟杆菌门相对丰度极显著升高(P0.01),梭杆菌门相对丰度极显著降低(P0.01);在属水平上,拟杆菌属相对丰度极显著升高(P0.01),脱硫弧菌属相对丰度显著增加(P0.05),梭杆菌属相对丰度极显著降低(P0.01)。综上所述,在饲粮中添加0.3 g/kg复合酶制剂可显著提高伊犁鹅产蛋率,显著降低料蛋比,显著或极显著增加盲肠有益菌(拟杆菌门、拟杆菌属、脱硫弧菌属)的相对丰度,极显著减少有害菌(梭杆菌门、梭杆菌属)的相对丰度,利于提高伊犁鹅肠道的消化吸收功能和预防肠道疾病,从而提高伊犁鹅的产蛋性能。     

高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

哺乳期幼驼与成年母驼粪便菌群多样性分析

【目的】探究准噶尔双峰驼哺乳期幼驼和成年母驼粪便菌群结构组成及多样性变化,为幼驼肠道健康发育提供重要依据。【方法】选取6～7岁体况相近的健康成年母驼12峰,以及出生日期相近(3月龄)的哺乳期母幼驼12峰,母驼与幼驼在相同饲养环境下饲养。采用直肠取粪法采集粪样,用于粪便内容物细菌16S rDNA的V3-V4区测序,并对测序数据进行相应分析。【结果】母驼粪便菌群Chao1和Shannon指数均显著高于幼驼(P<0.05);在门水平上,母驼和幼驼粪便中位于前十的菌均为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、变形菌门、软壁菌门、螺旋体门、TM7、放线菌门、蓝藻菌门和纤维杆菌门,其中幼驼粪便中变形菌门和软壁菌门丰度均极显著高于母驼(P<0.01);在科水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌均为瘤胃球菌科、消化链球菌科、毛螺菌科、梭菌科、克里斯滕森菌科、理研菌科、疣微菌科、拟杆菌科、艰难杆菌科和普雷沃氏菌科,其中母驼粪便中消化链球菌科和梭菌科的丰度均极显著高于幼驼(P<0.01),而幼驼粪便中毛螺菌科的丰度极显著高于母驼(P<0.01);在属水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌属均为梭...     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）（J₁（亚成年大熊猫个体）、J₂（成年大熊猫个体）、J₃（老年大熊猫个体））的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析（redundant analysis,RDA）分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明：在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J₂肠道最高,淀粉酶活力在J₃肠道最低,纤维素酶活力在J₁肠道最低,蛋白酶活力在J₁肠道最高,在J₃肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

高粱型日粮对蛋鸡生产性能及肠道群落多样性的影响

为研究饲喂高粱对蛋鸡生长性能及肠道群落结构的影响,本试验以玉米和高粱饲粮饲喂蛋鸡,比较两组蛋鸡产蛋率、平均蛋重和血清指标等,并利用高通量测序技术分析肠道菌群多样性。结果表明：饲喂高粱后,蛋鸡产蛋率增加10.39%(P <0.01)、平均蛋重增加5.20%(P <0.01),蛋鸡血清总甘油三脂含量降低53.18%(P <0.05),血清低密度脂蛋白含量降低17.92%(P <0.05)。16S rDNA测序共获得细菌序列68378条,鉴定出392个OTUs聚类信息,两组共有OTUs 243个,其中饲喂高粱组平均OTU数量显著高于玉米组（P <0.01）。多样性指数分析结果表明,高粱日粮组的Chao1、Simpson、Shannon指数均显著高于玉米饲粮组（P <0.01）。饲喂高粱可显著降低厚壁菌门（Firmicutes）丰度,增加拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、软壁菌门（Tenericutes）、螺旋菌门（Spirochaetes）、互养菌门（Synergistetes）丰度,降低了Firmicut...     

丁酸梭菌后期干预对番鸭回肠和盲肠菌群结构的影响

本试验旨在通过16S r RNA基因测序技术研究饲料中添加丁酸梭菌对番鸭后期回肠和盲肠菌群结构的影响。试验选取49日龄番鸭360羽，随机分为两个组，每组9个重复，每个重复20羽。对照组饲喂基础饲粮（C组），试验组饲喂基础饲粮添加2×109CFU/kg丁酸梭菌（CB组），试验期为21 d。试验结束后，每个重复随机取1羽番鸭进行屠宰并测定腹脂、胸肌、腿肌重量，采集回肠和盲肠内容物，采用16S rRNA基因测序技术分析其菌群结构。结果表明：与C组相比，CB组番鸭的体重无显著变化（P> 0.05），腹脂率与C组相比显著上升19.5%(P <0.05)。16S rRNA基因测序结果表明，α多样性中各组差异并不显著。在门水平上，厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）为番鸭回肠和盲肠的优势菌门；与C组相比，CB组回肠中厚壁菌门、梭杆菌门相对丰度增加，而拟杆菌门相对丰度减少；此外，在盲肠中变形菌门丰度有减少的趋势。在属水平上，回肠优势属...