不同PCR引物对柑桔黄龙病菌的特异性检测

本文对国内外研究者设计的11对PCR引物检测柑桔黄龙病菌的特异性进行了比较。其中包括5对一步法PCR引物(A2/J5、GB1/GB3、MP1/MP2、CQULA03F/CQULA03R和CLA-F2/CLA-R2)和6对巢式PCR引物(P1/P2、P3/P4、LP1/LP2、LP3/LP4、DP1/DP2和DP3/DP4)。结果发现,MP1/MP2和CLA-F2/CLA-R2 2对引物具有非特异性,不能区分亚洲柑桔黄龙病菌和非洲柑桔黄龙病菌,其余的9对引物特异性较好。本文旨在为研究者选择柑桔黄龙病菌扩增引物提供参考。     

不同引物对植原体的检测灵敏度比较研究

用常规PCR和巢式PCR对目前常用的各种植原体引物(fPl/rP7、fU5/rP7、fU5／rU3、fAY/rEY和fFD9/rFD9)的检测灵敏度进行了比较研究。研究发现，它们的检测灵敏度并不相同。最灵敏的引物(fAY/rEY)要比最不灵敏的引物(fFD9/rFD9)的灵敏度至少高出数千倍。因此，按照不同的检测目的选择所用的检测引物是明智的，特别是当待测样品中的植原体浓度极低时，比如葡萄组织样品中植原体的检测。据此提出了用于不同检测目的时的最佳引物。     

柑橘黄龙病菌亚洲种分子检测引物评价及绝对定量PCR体系优化

柑橘黄龙病是对柑橘产业最具毁灭性的病害, 目前没有可用的有效药剂和抗病品种, 分子检测对黄龙病有效防控至关重要。本研究对国内外常用的常规PCR和巢式PCR检测引物进行评价, 针对多拷贝的nrdB和16S rDNA基因, 构建质粒标准品并筛选适用于绝对定量PCR的最佳质粒。结果表明, 使用Es Taq MasterMix对感染 Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas)的柑橘样品进行常规PCR检测时, 在评价的16对引物中, OI1/OI2c、Las606/LSS和HLBF468/R877灵敏度最高, 推荐同时使用检测黄龙病菌含量低的样品;各组巢式PCR检测引物有其适用扩增体系, 部分引物用Es Taq MasterMix扩增时出现非特异性扩增, F1/B1→F3/B3则适用Es Taq MasterMix体系, 且最高可稳定特异检出105倍稀释感染CLas柑橘总DNA样品（2×10-3 ng/μL）, 是灵敏度最高的引物组, OI1/OI2c→S3/S4在Es Taq MasterMix和Ex Taq DNA聚合酶体系中均可稳定特异检出104倍稀释感染CLas柑橘总DNA样品（2×10-2 ng/μL）, 是适用扩增体系最广的引物组;构建的5个绝对定量PCR质粒标准品中, pnrdB83扩增效率最接近100%, 且在2次重复试验中波动最小, 稳定性最强, 并且作为标准品对黄龙病待测样品进行绝对定量时, 各样品在2次重复试验中的拷贝数差值最小, 是本研究筛选的最佳质粒。本研究的结果将为柑橘黄龙病菌的定性和定量分子检测提供参考。     

三种PCR方法检测柑橘黄龙病菌的效果比较

为了比较常规PCR、巢式PCR和实时荧光定量PCR方法在大田检测中对柑橘黄龙病(Huanglongbing, HLB)的检测效果, 首先比较了3种检测方法对柑橘黄龙病菌检测的灵敏度, 结果发现：3种检测方法的灵敏度依次为常规PCR<巢式PCR<实时荧光定量PCR。运用3种检测方法对广东5个柑橘品种上的189个黄龙病疑似病样进行检测, 结果发现：黄龙病检出率依次为常规PCR<巢式PCR<实时荧光定量PCR。研究表明：常规PCR适合以较低成本大规模检测黄龙病; 实时荧光定量PCR具有最大的检测灵敏度; 巢式PCR检测技术同时具有前两者的一些优点, 但操作较复杂, 适合技术熟练的研究者使用。     

不同引物PCR检测向日葵黑茎病菌的灵敏度比较及应用

为准确快速筛查进境油葵种子中携带的向日葵黑茎病菌Plenodomus lindquistii,采用常规PCR方法比较了3对向日葵黑茎病菌PCR检测引物320FOR/320RVE、LEPB/LEPF和LLF/LLR的灵敏度,对哈萨克斯坦进境120批油葵种子样品进行PCR检测,并对检测为阳性的样品进行产物序列测定及病原菌分离。结果显示,引物320FOR/320RVE的检测灵敏度最高,可达10-5ng/μL,引物LEPB/LEPF和LLF/LLR分别为10-4ng/μL和10-3ng/μL。利用引物320FOR/320RVE、LEPB/LEPF和LLF/LLR对120批进境油葵种子样品进行检测,阳性检出率分别为65%、50%和45%,阳性检出率高低与引物的检测灵敏度相一致。阳性样品扩增的产物序列与Gen Bank中向日葵黑茎病菌的序列同源性最高;分离的病原菌菌落为乳白色至灰白色,分生孢子器黑褐色、球形并产生透明状分生孢子液,分生孢子单胞、无色、肾型、两端有油球,与已报道的向日葵黑茎病菌的病原特征描述一致,初步鉴定哈萨克斯坦进境油葵种子中存在向日葵黑茎病菌。     

柑橘黄龙病PCR检测引物比较研究

柑橘黄龙病潜伏期长、尚无可用于大田的有效治疗药剂,快速、准确的早期检测是防控柑橘黄龙病的关键。PCR检测是目前柑橘黄龙病最常用的早期检测方法。为提高柑橘黄龙病PCR检测的准确性和检出率,本研究依据已测序的黄龙病菌全基因组序列对检测引物OI2c进行了改进（标记为OI2c-gj）,将其与其他常用的7对PCR检测引物进行了特异性和灵敏度的筛选和比较。结果表明,8对黄龙病PCR检测引物中,特异性较好的引物为OI1/OI2c-gj、Las606/LSS、P400F/P400R、A2/J5、16SF/16SR、primer1/primer2;灵敏度较好的引物从高到低依次为：OI1/OI2c-gj=Las606/LSS>P400F/P400R=A2/J5>16SF/16SR>primer1/primer2。综合比较引物特异性和灵敏度,本研究改进的引物OI1/OI2c-gj以及Las606/LSS、P400F/P400R、A2/J5对柑橘黄龙病检测有较好的准确性和检出率,建议用于柑橘黄龙病的早期检测。     

柑桔黄龙病菌分子生物学研究进展

柑桔黄龙病菌属难培养韧皮部菌,由其引起的柑桔黄龙病是柑桔产业上的毁灭性病害,本文对柑桔黄龙病菌的菌系鉴别与分类、分子检测以及抗性育种进行了详细阐述。     

三种分子检测体系的比较及柑橘果园黄龙病监测

为了评价3种PCR分子检测体系对柑橘黄龙病(citrus huanglongbing,HLB)大田诊断效果,综合比较了常规PCR、巢式PCR和SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR(SG Ⅰ-qPCR)方法对柑橘黄龙病菌检测的灵敏度、特异性和准确度等参数,并用SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR和巢式PCR监测广西柑橘园疑似HLB样品425个,比较了2种检测体系的阳性检出率。基于CQULA04F/CQULA04R引物对的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR的灵敏度可达10 ag/μL;而巢式PCR灵敏度为100 ag/μL,巢式PCR较常规PCR检测灵敏度高104倍。疑似样品的HLB病原SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR和巢式PCR检出率分别为46.6%、40.0%。各检测体系的灵敏性、特异性、符合度依次为SYBRGreen Ⅰ荧光定量PCR>巢式PCR>常规PCR。研究表明,SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR可作为果园大规模HLB早期诊断和监测的首选,而在缺乏定量检测仪器时,巢式PCR也可用于HLB的检测,但需注意避免空气污染导致的假阳性。     

广东果蔗宿根矮化病菌检测

为探明广东果蔗宿根矮化病发生情况,为果蔗健康种苗生产及推广应用提供科学依据,本研究采用常规PCR与巢式PCR技术分别对广东韶关和广州南沙果蔗产区的主栽品种‘黑皮果蔗’(‘Badila’)及华南农业大学甘蔗育种基地新引进的果蔗品种‘内江蜜蔗’、‘甜城21号’、‘甜城22号’和‘甜城99号’等进行宿根矮化病菌的检测。结果表明,巢式PCR检测的阳性检出率达88.6%,明显高于常规PCR检测(40.4%);广东韶关果蔗产区‘黑皮果蔗’宿根矮化病阳性率为86.8%;广州南沙果蔗产区‘黑皮果蔗’宿根矮化病阳性率为92.7%;华南农业大学甘蔗育种基地新引进的果蔗品种除‘甜城22号’外,其他3个品种‘内江蜜蔗’、‘甜城21号’和‘甜城99号’均感染宿根矮化病菌。甘蔗宿根矮化病已在广东主要果蔗产区普遍发生,健康种苗研究与应用十分必要。     

泰和县柑桔黄龙病发生概况及综合治理措施

贯彻"预防为主,综合防治"的方针,采取行政与技术相结合,运用植物检疫、农业防治、化学防治、物理及机械防治等方法进行综合治理,可有效地控制柑桔黄龙病。     

田间柑橘植株不同部位黄龙病菌的PCR检测及发病原因分析

［目的］了解黄龙病菌在柑橘植株不同部位的分布,为深入研究病菌在植株体内的扩散情况奠定基础;明确病害的发生原因为有效防控该病害提供借鉴。［方法］ 调查浙江省台州市柑橘黄龙病（huanglongbing, HLB）的发生情况,通过常规和巢式PCR,检测了发病情形不同的两个果园内柑橘病株不同部位及不同植株中的黄龙病菌,并对其发病原因进行分析。［结果］ 发现一果园内病株的无症状叶片、有症状叶片和枝条中均含有黄龙病菌,而其周围植株不含病菌;另一果园内病株的有症状叶片、枝条、主干和砧木中均含有黄龙病菌,而其周围植株也含菌。［结论］分析认为这两种果园内柑橘植株发病原因不同,一种可能为通过携带黄龙病菌的柑橘木虱所感染,另一种可能为嫁接过程中通过带菌的接穗感染。     

柑桔黄龙病病原和检测方法研究进展

介绍了柑桔黄龙病病原认识过程、病害田间诊断、指示植物鉴定、病原显微镜观察、血清学、DNA-DNA杂交和PCR检测等方法。     

黄龙病对柑橘叶际微生物组的影响

为明确柑橘叶际微生物组对黄龙病发生的响应规律,采用荧光定量PCR技术检测采集柑橘叶片感染黄龙病菌的情况,通过扩增子测序分析法对PCR检测结果为阴性和阳性叶片的微生物群落进行比较,并通过相关性分析和网络分析对黄龙病菌和叶际微生物的相关性进行解析。结果显示,夏季采集的柑橘叶片中黄龙病菌的检出率为7.5%,而到秋季黄龙病菌的检出率上升到32.3%。黄龙病的发生显著改变了柑橘叶际细菌群落的组成和结构,对于细菌类群的丰度也有一定影响;而对叶际真菌群落的组成和结构无显著影响。黄龙病菌与叶际细菌存在普遍的负相关关系,正相关关系相对较少但相关性更强。黄龙病菌可能通过与厌氧棍状菌Anaerotruncus sp.、梭菌Clostridiales sp.、假单胞菌Pseudomonas sp.、鞘脂单胞菌Sphingomonas sp.、毛螺菌Lachnospiraceae sp.和链球菌Streptococcus sp.的负向互作对柑橘叶际整个细菌群落产生负影响。表明黄龙病发生对柑橘叶际真菌和细菌群落的影响规律不同,同时黄龙病菌可能通过与几种主要细菌的负向互作来实现对叶际微生物组的影响。     

Detection by PCR of Candidatus Liberibacter asiaticus, the bacterium causing citrus huanglongbing in vector psyllids: application to the study of vector–pathogen relationships

Citrus huanglongbing (HLB), previously called greening, is a serious citrus disease in Asia, eastern and southern Africa. It is caused by Candidatus Liberibacter asiaticus (Las), a phloem-limited, nonculturable bacterium transmitted by the Asian citrus psyllid ( Diaphorina citri ) in Asia. A PCR-based assay was developed for monitoring Las in vector psyllids using a rapid DNA extraction from psyllid bodies and PCR amplification. The entire procedure for Las detection in psyllids can be completed within 5 h. Using this method, Las can be accurately detected in psyllid adults as well as nymphs in different instar stages. The assay is sensitive enough for Las detection in single-psyllid extract from adult, fifth, fourth and third instars. In a transovarial transmission experiment, Las was not detected in eggs or in offspring produced by Las-carrying psyllid females. In a retention test, the Las-carrying psyllids remained Las-positive for 12 weeks after they were moved to common jasmine orange, a Las-immune plant. From these experimental results it was concluded that Las persists in the Asian citrus psyllid vector, but is not transovarially transmitted by the vector. These data help in understanding epidemiological characteristics of Las and psyllids in citrus HLB.