猪Myf5基因外显子1的多态性分析

利用PCR-SSCP技术,以民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪共7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的Myf5基因外显子1序列设计了4对引物,进行了SNPs检测,并检测到了多态,发现在1 288 bp处有一个点突变G→C。经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪瘦肉率的升高,等位基因M的基因频率也大致按此顺序呈上升趋势。     

贵州白香猪γ干扰素基因的克隆与序列分析

为获得贵州白香猪γ干扰素基因,以提取的经刀豆蛋白A诱导培养的贵州白香猪外周血淋巴细胞总RNA为模板,扩增全长猪γ干扰素基因,并克隆至pMD18-T Simple载体后测序分析。结果表明,pIFN-γ基因全长501bp,可编码166个氨基酸,其中前23位氨基酸为信号肽序列;pIFN-γ含有2个潜在N-糖基化位点;贵州白香猪与国内地方猪种之间pIFN-γ基因差异不大,具有很近的亲缘关系,其中与藏猪、成华猪、枫径猪、梅山猪的同源性达100%,而与内江猪的亲缘关系相对较远,与荣昌猪(DQ902588)亲缘最远。     

猪肿瘤抑制基因候选5的克隆与序列分析

基于电子延伸序列,克隆了仔猪肿瘤抑制基因候选5(TUSC5),并初步分析其组织分布情况;获得了TUSC5基因的全长序列636bp,包括开放阅读框架(ORF)534bp,编码177个氨基酸。克隆的仔猪TUSC5基因与人、小鼠、大鼠的TUSC5基因序列的同源性分别为83.5%,82.4%,82.6%,推测的氨基酸序列同源性分别为71.2%,77.5%,78%,成功克隆了猪TUSC5基因。     

贵州白香猪的白细胞介素2基因的克隆及其序列分析

为获得贵州白香猪白细胞介素2基因,以提取的经刀豆蛋白A诱导培养的贵州白香猪外周血淋巴细胞总RNA为模板,扩增全长猪白细胞介素2(IL-2)基因,并克隆至pMD18-T Simple载体后测序。结果表明:贵州白香猪IL-2基因ORF长为465bp,可编码154个氨基酸,其中前20个氨基酸为信号肽,后134个氨基酸为成熟肽,具有一个潜在的N-糖基化位点;贵州白香猪除与FJ543109(99.4%)、Neijiang(98.7%)、JN851821(98.7%)、AB194099(98.5%)氨基酸一致性相对较低外,与其他猪源IL-2的一致性均为100%,而与其他种属动物的IL-2基因氨基酸一致性则较低,为11.9%～75%。     

猪Tetherin基因的克隆及序列分析

为研究猪Tetherin基因的功能,应用RT-PCR手段从感染猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒的猪肺脏组织扩增得到猪源Tetherin基因,将其克隆到p MD19-T载体并进行测序,采用分子生物学软件将其编码的蛋白质序列与其他来源的Tetherin蛋白序列进行比对分析,采用真核转染的方法研究其在MARC-145细胞中的定位情况。结果显示,克隆得到的猪源Tetherin基因全长534 bp;猪源Tetherin蛋白与牛、绵羊、猫、人、黑猩猩、猫头鹰、猕猴Tetherin蛋白同源性分别为41.5%、44.1%、42.3%、43.7%、45.4%、35.6%、42.1%;猪源Tetherin蛋白为跨膜蛋白,该蛋白定位在MARC-145细胞的细胞膜中。     

猪HK2基因的克隆及序列分析

为克隆猪己糖激酶2基因,分析其生物功能,采用已报道的人及小鼠HK2的cDNA序列为依据,利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物,扩增新的猪HK2基因cDNA序列。将PCR产物克隆测序,分析获得的核苷酸序列及其编码蛋白的特性,分离的开放阅读框全长2754bp,编码917个氨基酸,与人和小鼠的核苷酸序列同源率分别为90%和87%,与人和小鼠的氨基酸序列同源率分别为96%和94%,利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其蛋白结构,为进一步开展猪HK2基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

猪胰岛素诱导1基因的cDNA克隆和差异表达及蛋白质序列分析

克隆猪胰岛素诱导1(INSIG1)基因,并对其蛋白质序列进行分析。根据人INSIG1基因的保守序列设计1对引物,以猪总RNA为模板,经RT–PCR获得INSIG1基因序列,通过相对荧光定量PCR分析该基因在不同组织中的表达量;将INSIG1基因序列连接到pMD19–T Simple载体上,用PCR检测阳性克隆后测序,并对克隆得到的基因进行生物信息学分析。结果表明,INSIG1基因在肺中的表达量最高,其次是在肝脏,再次是在脾脏,在心脏中的表达量最低;通过克隆,获得了一段999 bp的序列,其中831 bp的开放阅读框编码276个氨基酸;该蛋白不含信号肽序列,与其他动物INSIG1基因氨基酸序列的一致性在71%以上。     

猪2型圆环病毒ORF2基因片段的克隆与序列分析

利用ArrayDesigner2.0软件设计PCV2引物直接从PDNS病料肺组织中PCR扩增获得PCVCQB7基因片段,用pMD18-T载体连接、克隆获得PCVCQB7重组质粒。序列测定和与标准毒株对位比对分析PCVCQB7核苷酸序列全长624bp,系PCV2ORF2基因片段,与PCV2分离株的核苷酸序列相似性在80%以上,与PCV1在66%以下,采用最大似然法构建的系统发生树分析发现PCVCQB7位于PCV2主枝上,并与国内和欧洲分离株Imp.1147、304、375、QD、GD-TS、SH、24657_NL毒株亲缘关系较近形成一小分枝,表明PCVCQB7为引起PDNS的PCV2扩增产物。     

猪Hepcidin基因的克隆与序列分析

通过RT-PCR技术从猪肝脏总RNA中扩增出Hepcidin基因的编码序列,将该序列及其推导的氨基酸序列与其它17个已知物种的相应序列进行同源性分析,并构建系统进化树。结果表明,克隆得到的Hepcidin基因cDNA序列长278 bp,编码82个氨基酸,预测的蛋白分子质量和等电点分别为8.76 ku和9.06;与已知牛的Hepcidin序列同源性最高,达81.71%,不同物种Hepcidin蛋白具有高度的保守性,Hepcidin蛋白物种进化树符合物种进化规律。本研究为今后阐明Hepeidin基因表达特性、表达产物理化性质、抗菌活性及其相关功能等奠定基础。     

猪生殖和呼吸综合征中国分离株ORF5基因的克隆及序列分析

本研究利用对应于ＰＲＲＳＶＡＴＣＣＶＲ－２３３２株及ＬＶ株ＯＲＦ５基因保守序列的１对均为２５个碱基的引物１００５ＰＳ、１００６ＰＲ对ＰＲＲＳＶ中国分离株Ｂ１３进行ＲＴ－ＰＣＲ,扩增出了包括完整ＯＲＦ５基因的ＤＮＡ片段,片段长约７３０ｂｐ。将此片段定向克隆入ｐＵＣ１８载体的ＥｃｏＲＩ和ｓｔＩ位点之间,获得了Ｂ１３ＯＲＦ５基因与ｐＵＣ１８载体的重组质粒。通过ＥｃｏｒＩ／ＰｓｔＩ、ＥｃｏｒＩ／ＨｉｎｄⅢ     

猪IRGC基因的克隆与序列分析

[目的]对猪IRGC基因进行序列分析,为进一步研究其功能奠定基础。[方法]采用EST信息和测序相结合的方法分离了猪IR-GC基因,并与人、牛、犬和猩猩IRGC基因进行序列相似性分析。[结果]获得了1 558 bp的cDNA序列,其登录号为EU703776,与人、牛、犬和猩猩IRGC基因的序列分别有86%、90%、91%和84%的相似性。序列分析表明,该基因编码的464个氨基酸与人、牛、犬和猩猩的相似性分别达到了90%、93%、95%和90%。[结论]成功提取了猪IRGC基因,其具有人、牛、犬和猩猩类似的结构和功能。     

猪MAPK12基因cDNA的克隆及序列分析

目的克隆新的猪MAPK12基因全长ORF,分析其生物特性,为进一步研究该酶的功能提供信息资料。方法:以已报道的人及小鼠MAPK12基因cDNA序列为依据,利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物,RT-PCR技术扩增新的猪MAPK12基因ORF序列,将PCR产物直接进行序列测定。分析此蛋白的特性并预测其结构。结果分离的ORF全长1101bp,编码367个氨基酸,与人鼠氨基酸序列92%同源;利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其一级、二级和高级结构。结论研究分离的基因片段可命名为猪ERK6,通过分析,获取了该酶的基本信息特征,并与现有的报道结果进行对比分析,为进一步开展猪MAPK12基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

Cloning and Sequence Analysis of Y-box Binding Protein Gene in Min Pig

In order to study the gene sequence of Min pig Y-box binding protein(YB-1)gene,the complete coding sequence of Min pig YB-1 gene was cloned by RT-PCR,the sequence features were analyzed by some software and online website.The results showed that the complete CDS of Min pig Y-box was found to be 975 bp long,encoding 324 amino acids.It contained a conserved cold shock domain and several phosphorylation sites,but had no transmembrane domains,and was consistent with a protein found in the cytoplasm.Min pig YB-1 nucleotides shared high similarity(61.37%-97.66%)with other mammals.     

Polymorphism Analysis on Partial Sequence of Pig Obese Gene of Different Breeds by PCR-SSCP

Obese gene (ob gene) was identified in mouse adi- pose tissues in 1954, and it has an autosomal reces- sive genetic pattern[1]. Mouse ob gene is located on chromosome 6, whose mutation will lead to seriously genetic fatness. Human ob gene is mapped on q31…     

6个鸡种腺苷单磷酸脱氨酶1基因克隆及序列分析

 以肌苷酸合成代谢过程中主要的催化酶之一的鸡腺苷单磷酸脱氨酶1（adenosine monophosphate deaminase 1,AMPD1）基因作为候选基因,分析了其在6个鸡种中的序列多样性,发现在525 bp的片段中共存在10个多态位点,其中120位的A→G,355位的A→G的碱基变化仅在泰和乌骨鸡、北京油鸡、茶花鸡肌苷酸含量较高的鸡种中出现,推测这两个位点与肌苷酸含量密切相关。另外该基因与体重也可能具有相关性。     

海南五指山猪SLA-DQA基因cDNA全长的克隆分析

[目的]为猪异种器官移植的免疫识别机理的研究奠定基础。[方法]采用RT-PCR方法扩增五指山猪DQA基因cDNA,然后进行测序和序列分析。[结果]海南五指山猪SLA-DQA基因序列长度为768个核苷酸,其中1～765为完全阅读框编码255个氨基酸残基。五指山猪SLA-DQA基因cDNA序列及其推导的氨基酸序列与我国小型猪同源性最高,与人相应基因的同源性明显高于与小鼠的同源性。[结论]将五指山猪作为适合于进行异种器官移植的中国猪种,对免疫遗传学特性系列研究具有重要意义。     

猪泛素C端水解酶L1基因的克隆与序列分析

从人泛素C端水解酶L1(UCH_L1)基因出发,在dbEST数据库中同源搜索,找到1条与人UCH_L1基因编码氨基酸同源性较高且在香猪背最长肌中表达的EST(BM194679).通过电子克隆和进一步RT-PCR试验验证,获得猪UCH_L1基因全长cDNA序列,其全长 1 105 bp,开放阅读框(ORF)位于60～728 bp,编码223个氨基酸.同源性分析结果表明,与人、鼠UCH_L1基因cDNA编码区(CDS)同源性分别为91.2%和86.5%,蛋白质序列同源性均为96.6%.对该基因编码蛋白的结构和功能预测显示含有2个典型的疏水性区域,不含有信号肽,存在1个UCH_L1(pfam01088)保守结构域和多个磷酸化位点,属UCH_L1蛋白家族,故将该基因命名为猪泛素C端水解酶L1基因(登录号AY495532).