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相似文献
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1.
<正>从事红掌育种和种植的业内人士都知道,红掌存有一种毁灭性病害——红掌细菌性病害,也称细菌性叶枯病,一旦感染该病害,该区域的红掌基本全军覆没。病原及感染症状病原致病菌为地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种,为黄单胞菌属,侵染包括万年青和红掌等天南星科植物。感染症状根据品种的不同,感染方式也有所不同,主要有两种感染方式:一是叶片感染,二是从主茎开始并且通过维管束系统迅速传染到整个植株,也  相似文献   

2.
以华南8号木薯为材料,采用RT-PCR技术,克隆得到1个具有完整阅读框的木薯膜联蛋白基因,命名为MeAnn1(Gen Bank序列号为:KM975562),该基因CDS序列长度为951 bp,编码317个氨基酸。生物信息学分析发现,其理化性质、蛋白保守结构域及多个蛋白功能位点与已报道的植物膜联蛋白一致。进化树分析表明,木薯MeAnn1与Ptr Ann6、At Ann1、At Ann2、At Ann6和Ann Bj1具有较近的亲缘关系,具有59.9%~84%的序列相似性。细胞定位结果表明MeAnn1蛋白主要定位于细胞质和细胞核中。实时荧光定量PCR分析表明,木薯膜联蛋白基因MeAnn1的表达受多种非生物胁迫的诱导,其中低温胁迫下基因表达量上调幅度最大,为对照表达量的24倍;但对H2O2胁迫不敏感。本研究结果有助于进一步研究MeAnn1基因的功能及木薯抗逆的分子机理。  相似文献   

3.
《分子植物育种》2021,19(15):4920-4925
MADS-box家族基因在植物花器官发育中具有重要的作用。本研究采用同源克隆技术,从黄瓜(Cucumis sativus L.)顶芽中克隆获得B类MADS-box基因Cs PI的cDNA序列。序列分析表明,Cs PI基因cDNA序列的完整开放阅读框(ORF)为636 bp,编码211个氨基酸,分子质量为24 904,理论等电点为8.42。蛋白质序列相似性比对和分子系统发生分析表明,CsPI聚类于PI进化支,其C末端包含保守的PI基序。葫芦科PI同源蛋白序列比较保守,其中CsPI与甜瓜的同源性最高,为98.6%。实时荧光定量PCR显示,Cs PI基因主要在花器官中的花瓣和雄蕊中表达。本研究为探析黄瓜花器官发育提供了一定理论基础。  相似文献   

4.
不同花生基因型脂肪酸脱氢酶基因序列分析   总被引:4,自引:0,他引:4  
殷冬梅  崔党群 《作物学报》2006,32(10):1466-1471
根据Δ12-脂肪酸脱氢酶(FAD)保守的氨基酸序列设计简并引物进行RT-PCR扩增,获得了花生属不同基因型的全长为1 140 bp的cDNA序列。序列分析结果表明,序列编码379个氨基酸的开放阅读框,所编码蛋白质的大小约为42 kDa。推测的氨基酸序列具有膜整合蛋白酶特异性的3个组氨酸保守区;氨基酸疏水性分析结果表明,所编码的氨基酸序列存在2个具有膜固定蛋白(membrance-anchored protein)重要特征的疏水结构,2个疏水区共跨膜4次,这些分析表明所获得的序列为Δ12-脂肪酸脱氢酶。系统进化树分析表明,FAD序列在花生属植物进化过程中较为保守;与其他物种的FAD序列也具有较高的同源性。这为探讨花生属植物之间的进化关系提供了一定的分子水平证据。  相似文献   

5.
植物酰基载体蛋白基因家族序列分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
以拟南芥酰基载体蛋白为查询序列,检索18个植物物种的基因组数据库,获得138个酰基载体蛋白基因和12个基因片段。植物酰基载体蛋白由1个基因家族编码,成员2~16个。植物酰基载体蛋白磷酸泛酰巯基乙胺结合位点(Ser)周围的氨基酸序列高度保守,该位点包含在保守的DSL基序中。植物酰基载体蛋白基因结构类型分为5种,其中类型III酰基载体蛋白基因所占比例最大。绝大多数植物酰基载体蛋白基因家族成员单独或2~4个成员分布在一条染色体上。在138个植物酰基载体蛋白基因中,19个具有不同剪接体。植物酰基载体蛋白基因家族成员可能起源于一个共同的祖先基因。  相似文献   

6.
谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)作为一种抗氧化剂,在植物调节细胞活性氧(ROS)稳态和逆境胁迫响应方面起着重要作用,但至今未对木薯GPX基因家族开展系统研究。本研究利用生物信息学手段在木薯全基因组水平上对GPX基因家族成员进行鉴定,并分析其蛋白理化性质、进化关系、染色体定位、基因结构、启动子顺式作用元件及表达模式等。结果表明,木薯基因组中共有6条GPX基因,编码氨基酸数目在164~238之间,分别在6条染色体上不均匀分布;系统进化分析将木薯、拟南芥、水稻、玉米和毛果杨的GPXs分成7个类群,且类群之间具有相似的保守基序和外显子-内含子结构;启动子顺式作用元件分析发现MeGPXs包含多种激素响应、生长发育和胁迫响应相关的顺式作用元件;表达分析结果显示,MeGPX基因家族成员在植物不同组织之间和不同生物和非生物胁迫下表达,表明各成员在木薯抗逆响应过程中起到的作用不一致;RT-qPCR结果显示,MeGPX1,MeGPX5和MeGPX6的表达量在木薯细菌性枯萎病侵染后呈显著上调趋势(P<0.05)。本研究结果将为深入研究木薯GPX基因家族功能提供理论支持。  相似文献   

7.
E2F/DP转录因子是真核生物中细胞周期进程的关键调节因子,与植物激素共同发挥着重要的调控作用。以杧果全基因组为供试参考基因组,用生物信息学软件预测E2F/DP转录因子家族基因成员,并分析其理化性质、保守结构域、保守基序、进化关系,结合实时荧光定量PCR测定杧果细菌性黑斑病菌(Xanthomonas campestris pv. mangiferaeindicae, Xcm)、胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides, Cg)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)和水杨酸(salicylic acid, SA)处理下基因表达量。结果表明,杧果全基因组中有8个E2F/DP转录因子,命名为MiE2Fs。保守结构域预测发现MiE2F1~MiE2F5均含有E2F_DD,MiE2F7和Mi E2F8同时包含两个E2F_TDP保守结构域;二级结构预测发现E2F/DP家族蛋白质二级结构相似,无规则卷曲和α-螺旋是MiE2F1~MiE2F8蛋白二级结构主要元件,其次是延伸链和β-转角;保守基序预测发现杧果有1个高度保守的基序Motif1;基于杧果和...  相似文献   

8.
针对γ-醇溶蛋白基因家族成员,设计了覆盖其启动子及全长编码区的3对特异引物,从强筋小麦品种陕253中克隆了8条1 000 bp左右的片段(GenBank登录号为GQ871770~GQ871777)。该片段群包含典型醇溶蛋白亚基的完整编码序列,并在重复区存在丰富的插入/缺失(InDel);推导的氨基酸序列显示,8个基因均具有γ-醇溶蛋白亚基的典型结构特征,其中GQ871771为假基因,4条序列(GQ871770、GQ871772、GQ871776和GQ87177)具有9个半胱氨酸残基;启动子区序列分析表明,GQ871770、GQ871772、GQ871774和GQ871776在胚乳框存在6处SNP变异,其中两处变异发生于GCN4基序内,利用WebLogo3在线构建了储藏蛋白更具代表意义的30 bp保守胚乳盒模式。进化分析证实克隆序列属于γ-醇溶蛋白基因家族成员。  相似文献   

9.
易化子超家族转运蛋白(major facilitator superfamily,MFS)在生物中普遍存在,锌诱导类辅助因子(zinc induced facilitator like,ZIFL)是MFS成员,参与小分子有机物运输。本课题组前期利用酵母双杂交(yeast two-hybrid,Y2H)技术从甘蔗(Saccharum spp.hybrid)中分离鉴定了1个与甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)编码蛋白6K2互作的ZIFL,命名为Sc ZIFL1。本研究利用双分子荧光互补技术(bimolecular fluorescence complementation,Bi FC)进一步验证了Sc ZIFL1与SCMV-6K2的互作。生物信息学分析表明,Sc ZIFL1长度为484个氨基酸,无信号肽,具有12个跨膜结构域,为不稳定的疏水性蛋白。序列比对分析表明,Sc ZIFL1具有MFS保守的半胱氨酸模体、特征基序及反向运输基序。系统进化树分析表明,该蛋白在单子叶和双子叶植物之间,以及单子叶C3植物和C4植物之间存在明显分化。亚细胞定位试验表明,Sc ...  相似文献   

10.
WRKY转录因子是植物中最大的转录因子家族之一,在各种生物和非生物胁迫响应及多种生长发育过程中发挥着关键作用。用PCR技术克隆McWRKY16基因并进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR技术分析McWRKY16基因在白粉病菌胁迫下的表达方式。序列分析表明,McWRKY16基因开放阅读框1 007 bp,编码295个氨基酸,其编码蛋白分子量约为32 371.45 kD,理论等电点pl为8.92;蛋白序列中α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占32.2%、1.69%、55.25%、10.85%;McWRKY16蛋白不含信号肽序列,属非跨膜蛋白,预测其亚细胞定位于细胞核;启动子预测结果表明,该基因含有多个响应光照及与生长发育、激素以及胁迫反应相关的顺式调控元件;序列对比与系统进化树分析结果显示,蛋白序列中该基因蛋白序列中包含2个WRKY保守结构域,锌指结构为C2H2型,属于典型的WRKY基因家族中的Ⅱ类;McWRKY16氨基酸序列与拟南芥的AtWRKY18(NP_567882.1, Arabidopsis thaliana)同源性高达97%,表明McWRKY16蛋白氨基酸序列具有高...  相似文献   

11.
为深入了解细胞分裂素脱氢酶(CKX)基因家族在欧李基因组中的特征,本研究利用生物信息学的方法对CKX基因家族进行鉴定,并对其系统发育、染色体定位、基因结构、蛋白保守基序、顺式作用元件和组织表达模式等进行分析。结果表明:从欧李基因组中共鉴定出6个CKX家族基因,且都具有Cytokin-bind和FAD_binding_4结构域,蛋白长度为518~563 aa,分子量为58.08~63.63 kD,等电点为5.38~6.9,其不均匀地分布在欧李的3条染色体上;ChCKX蛋白二级结构均由α-螺旋、β-折叠、延伸链、无规则卷曲四部分组成;亚细胞定位6个ChCKX蛋白中有2个位于细胞质中,4个位于质膜中;ChCKX2基因具有4个外显子,其余成员都具有5个外显子;6个ChCKX蛋白质序列都包含motif 1~motif 10的保守基序且保守基序的数量和排列次序一致;系统进化树上CKX基因家族可分为4组,每组都含有不同数量的基因;启动子顺式作用元件分析表明,本基因家族主要响应光照、低温、干旱、玉米蛋白代谢、激素等多种因子;ChCKX家族中成员在不同品种和不同组织中差异表达,ChCKX2在叶片中的表达...  相似文献   

12.
一个属于Aux/IAA基因家族的毛白杨PtIAA1的克隆和序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
基于NCBI数据库中的序列信息,我们利用PCR技术克隆到一个毛白杨(Populus tomentosa)RtIAAl基因.序列分析表明PtIAA1 cDNA长度为946个碱基,编码一个由258个氨基酸组成的蛋白,该蛋白与PtIAA1、NtIAA28和AtIAA16蛋白的同源性分别高达97%、75%和74%.系统进化分析表明PtIAA1基因可能属于Aux/IAA基因家族中组的成员.与大多数的Aux/IAA基因家族中的基因一样,PtIAA1蛋白是一个短命核蛋白,拥有4个高度保守的区域.  相似文献   

13.
<正>姜细菌性叶斑病又称姜腐烂病、细菌性叶枯病,或烂姜病。姜细菌性叶斑病是生姜的一种重要病害,部分地区发生。发病原因:引发姜细菌性叶斑病的病原为甘蓝黄单胞菌姜致病变种(图1),革兰氏染色呈阴性反应的好氧性细菌,其短杆状的菌体上极生单根鞭毛,有荚膜,不产生芽孢,28℃左右的适温条件下,在  相似文献   

14.
玉米热激蛋白基因ZmHSP90-1的克隆及表达分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
HSP90是普遍存在于原核和真核细胞中的一种高度保守的分子伴侣。本研究从玉米中克隆了一个HSP90同源基因, 命名为ZmHSP90-1基因, 并对其进行了初步的序列分析。该基因cDNA序列全长2 371 bp, 开放阅读框2 094 bp, 编码697个氨基酸, 蛋白质分子量约79.98 kD。蛋白结构预测及同源比对分析表明, ZmHSP90-1基因编码蛋白含ATPase位点和HSP90保守结构域, 并与拟南芥、水稻等多种物种的热激蛋白高度同源; 进化树分析表明ZmHSP90-1与拟南芥AtHSP90.1基因关系较近, 蛋白序列相似性达88.3%。目的蛋白亚细胞定位显示, ZmHSP90-1蛋白在细胞质中表达。实时荧光定量PCR分析表明, ZmHSP90-1对非生物胁迫高温、高盐、ABA、低温、干旱均具有明显的应答反应。推测ZmHSP90-1是玉米的一个胁迫相关基因。  相似文献   

15.
为进一步研究植物中水通道蛋白的表达调控以及作用机制,从香蕉中克隆了一个水通道蛋白(AQP)基因MaSIP2-2,同时运用生物学软件对该基因进行序列分析,并且构建了MaSIP2-2的植物表达载体。序列分析表明,该基因存在一个完整的开放阅读框(ORF)780 bp,编码260个氨基酸。多序列比对和进化树分析表明,MaSIP2-2所编码的蛋白与其他植物中SIP编码的蛋白具有较高的一致性。与马来西亚野生香蕉、油棕、甜橙、海枣、梅、可可、菠萝的AQP编码的氨基酸序列的同源性分别为98%、62%、53%、52%、57%、55%、59%。MaSIP2-2编码的蛋白质分子量为28800.62 Da,理论等电点p I为9.13,其亲水性氨基酸均匀分布在整个肽链中,多于疏水性氨基酸。通过PCR和酶切反应鉴定,成功构建该基因的表达载体。研究结果表明MaSIP2-2是水通道蛋白中小的内在蛋白的一个成员,为后续对其进行功能验证奠定基础。  相似文献   

16.
为了确定北京菊花产区是否发生了番茄斑萎病毒病,了解该病毒北京分离物的序列变异情况,对该地区发生的TSWV进行了分子检测,并对该病毒编码的依赖RNA的RNA聚合酶(RDRP)、多糖蛋白(Gn-Gc)、运动蛋白(NSm)、外壳蛋白(N)、非结构蛋白(NSs)等5个基因进行了序列分析。结果表明,TSWV北京地区菊花分离物(Beijing-jh)的5个编码基因与国内各分离物的进化关系较远,与来自韩国和西班牙的分离物亲缘关系较近。相似性分析表明,N基因是最为保守的基因,核酸平均相似性为97.2%,蛋白为98.6%,RDRP的变异性最大,核酸平均相似性为95.4%,蛋白为96.8%,且Beijing-jh分离物的5个基因编码的氨基酸与来自西班牙分离物的相似性最大,初步表明,该分离物可能是由于贸易活动由国外传入我国。  相似文献   

17.
《分子植物育种》2021,19(9):2889-2898
为探究巴戟天中MoTPS基因的序列特征及其在生长素IAA处理下的表达模式。本研究利用RT-PCR获得3个巴戟天MoTPS基因的全长c DNA序列,分别命名为MoTPS1、MoTPS2和MoTPS3。基因序列分析显示,基因全长分别为2 841、2 126和2 144 bp,开放阅读框(ORF)分别为2 481、1 668和1 943 bp,分别编码826、555和640个氨基酸。序列分析结果显示,3个MoTPS基因编码蛋白均为亲水性的不稳定蛋白,3个基因的氨基酸序列含有萜类特有的天冬氨酸(DDXXD)富集基序及RXR保守基序,并含有萜类ClassⅠ超级家族结构域。同源比对分析显示3个MoTPS基因氨基酸序列与咖啡树匹配的TPS基因同源性均达到75%以上。系统进化树分析表明MoTPS1基因属于TPS-f亚族分支,而MoTPS2和MoTPS3基因同属于TPS-d亚族分支。启动子克隆得到序列长度为739 bp的MoTPS3基因启动子,其含有多种光响应、激素响应顺式元件,如G-box、Sp1、P-box、TGA-element等。荧光定量PCR分析表明3个MoTPS基因在巴戟天根、茎、叶中稳定表达且具有组织特异性;经生长素IAA处理后,3个MoTPS基因在根中的相对表达量均显著上调。因此研究推测,3个MoTPS基因参与巴戟天根中萜类次生代谢物合成过程且生长素IAA对MoTPS基因的表达调控发挥重要作用。  相似文献   

18.
为了探究GhNAC201在棉花色素腺体发育中的作用,应用RT-PCR的方法克隆了有腺体棉花中棉所12中GhNAC201基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。利用荧光定量PCR对有腺体和无腺体棉花材料不同生育时期、不同组织部位和不同激素处理下GhNAC201基因的表达情况进行分析。结果显示,GhNAC201编码区为948 bp,编码315个氨基酸。GhNAC201蛋白分子量为36.8 ku,理论pI 5.97,二级结构预测存在27.94%的α-螺旋、5.40%的β-转角、18.10%的延伸链和48.57%的无规则卷曲。三维结构预测表明,GhNAC201的26-190氨基酸与水稻胁迫应答NAC1蛋白序列高度匹配,模型维度为X:55.229?,Y:36.150?,Z:46.112?。GhNAC201在30-163氨基酸处存在1个NAM结构域,预测有5个苏氨酸、6个丝氨酸和4个酪氨酸磷酸化位点位于NAM结构域内。亚细胞定位预测GhNAC201可能位于分泌通路或除线粒体、叶绿体之外的其他亚细胞结构。不同物种中GhNAC201同源蛋白序列的相似性较高,存在5个高度保守的基序。GhNAC201与亚...  相似文献   

19.
西藏青稞LEA3蛋白新抗旱基因的克隆与序列分析   总被引:8,自引:0,他引:8  
以强抗旱青稞冬青8号和弱抗旱青稞品比14为材料,将幼苗经干旱诱导处理12 h提取总RNA,RT-PCR同源克隆到2个有差异的LEA3蛋白抗旱基因的全编码框序列。冬青8号、品比14的LEA3蛋白基因序列全长分别为661 bp和694 bp,其中,来源于品比14的LEA3蛋白基因编码框全长639 bp,编码含213个氨基酸残基的蛋白质,该多肽含有9个重复的、由11个氨基酸残基组成的保守基元序列。而来源冬青8号的LEA3蛋白基因与之相比较除缺少33 bp核苷酸外,另有6个碱基的差异,所编码的蛋白质也相应地缺少第4个保守基元序列,由8个重复的保守基元序列组成。二者在DNA与氨基酸序列上的同源性分别为94.38%和92.02%。结果证实抗旱性不同的青稞品种之间LEA3抗旱蛋白保守基元拷贝数有差异,推测抗旱蛋白结构的差异可能对植物的抗旱性有影响。  相似文献   

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