驴Zfy基因cDNA克隆及生物信息学分析

本研究旨在对驴Zfy基因的cDNA序列进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中公布的家牛Zfy基因mRNA序列（登录号：NM_177491.1）设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取驴Zfy基因的cDNA序列,并对Zfy基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明,驴Zfy基因CDS区序列长度为2 325 bp,编码774个氨基酸;蛋白质二级结构预测结果显示,Zfy蛋白没有信号肽及跨膜结构;驴Zfy基因CDS区序列与家牛、绵羊、人、家猫、家犬、马鹿、黑猩猩、藏羚羊的同源性分别为92.9%、92.6%、91.8%、93.8%、92.5%、92.3%、91.6%和92.6%;对驴和其他8种哺乳动物Zfy基因CDS区核苷酸序列构建的系统进化树显示,驴与绵羊、藏羚羊、家牛、马鹿亲缘关系较近,与家犬和家猫的亲缘关系稍远,与人和黑猩猩亲缘关系最远。本研究成功克隆出驴Zfy基因CDS区序列,为进一步研究驴Zfy基因的功能奠定了基础。     

水貂PRLR基因的克隆及生物信息学分析

本研究旨在从水貂卵巢组织中克隆催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因编码区全长序列,并进行生物学信息分析,为研究其结构和功能奠定基础。根据GenBank中登录的犬PRLR基因的mRNA预测序列(登录号:XM_025436332.1)设计1对引物,采集性成熟的健康水貂卵巢组织样本,提取RNA并反转录合成cDNA,以cDNA为模板PCR扩增PRLR基因,将其插入pEASY-Blunt Simple Vector中,筛选阳性克隆测序后进行生物信息学分析。结果显示,水貂PRLR基因编码区序列全长为1 878bp,编码了625个氨基酸,水貂PRLR基因核苷酸序列与海獭同源性最高,为97.7%。系统进化树分析也显示其和海獭亲缘关系最近。对水貂卵巢PRLR基因编码蛋白进行生物信息学分析表明,PRLR蛋白含有1个信号肽,1个细胞外区域,1个跨膜区和1个膜内区;水貂PRLR蛋白为单次跨膜蛋白,其N端的D1部分含有2对保守的二硫键(Cys36—Cys46和Cys75—Cys86),D2部分含有保守的WS-基序(WS-E-WS)。水貂PRLR蛋白具有和其他PRLR蛋白相似的膜外和膜内结构。本试验结果为进一步研究和揭示水貂PRLR蛋白的结构及功能奠定了基础。     

奶山羊LF基因CDS区克隆、生物信息学分析及其乳中含量测定

为了解奶山羊乳铁蛋白（lactoferrin,LF）基因的生物学特性,分析萨能奶山羊不同泌乳时期乳中LF含量的变化,试验扩增了萨能奶山羊乳腺上皮细胞LF基因CDS区序列,运用生物信息学软件对奶山羊LF基因的核苷酸序列特性、编码蛋白的理化性质、保守结构域及高级结构、与其他物种的同源性等进行了分析,并对奶山羊乳样品进行了ELISA测定。结果表明,萨能奶山羊LF基因长为2 127 bp,编码708个氨基酸,编码蛋白质的分子式为C₃₄₀₅H₅₃₆₅N₉₄₉O₁₀₂₄S₄₃,是一个不稳定的亲水性蛋白,二级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲,具有与转铁蛋白相似的折叠方式;羊乳铁蛋白氨基酸残基组成单链,形成77.359 ku具有高级结构的糖蛋白;通过比对发现,牛科LF氨基酸序列的同源性较高（>92%）,与其他物种的差异较大,其中萨能奶山羊与山羊的同源性最高（99%）,且处于进化树的同一个分支。ELISA检测结果发现,奶山羊初乳中LF含量最高,常乳中的含量较低且较为稳定。研究结果初步表明了萨能奶山羊LF序列和结构域特点,揭示了萨能奶山羊乳中LF含量的变化规律,为LF功能研究、产品研发等提供参考。     

巴马香猪TLR2基因cDNA的克隆及生物信息学分析

利用NCBI公布的TLR2基因序列设计引物,RT-PCR克隆巴马香猪(Sus barbatus)TLR2基因。核酸序列分析表明,巴马香猪TLR2基因开放阅读框长2358bp,编码785个氨基酸,该蛋白等电点为7.52,相对分子质量为89480;与普通猪比对发现,巴马香猪TLR2基因有15个碱基发生突变;与小鼠、狗、鸡、牛、羊和人的同源性分别为73.4%,82.4%,59.5%,85.3%,84.6%,82.4%。TLR2膜外区蛋白为背侧多个α螺旋和内侧多个β折叠平行交替排列构成一个弯曲状螺旋结构;N末端存在信号肽,且可能在21～22位氨基酸处存在裂解位点;胞外区有4个明显的LRR,分别位于第76～99、360～385、413～432和457～476位氨基酸区;膜外区含6个N连接的糖基化位点。     

牛GDF9基因5′侧翼区克隆及生物信息学分析

生长分化因子9(GDF9)是转化生长因子β(TGF-β)超家族的一个新成员,对哺乳动物卵泡的发育有重要的调控作用。本研究克隆了牛GDF9基因5′侧翼区1 370 bp的基因组序列,生物信息学分析表明,该区域的平均GC含量为38.5%,利用CpG岛在线预测软件CpGProD分析表明,牛GDF9基因5′侧翼区没有CpG岛;利用Promoter在线工具分析发现牛GDF9基因可能存在2个启动子位点,一个在翻译起始密码子前353bp处,另一个在翻译起始密码子前683 bp处;利用TFSiteScan在线程序分析发现该区域有98个潜在的转录因子结合位点,其中包括一些真核生物启动子的核心元件,如1个TATA-box、4个GC-box等,表明该区域是转录因子结合位点比较密集的区域。     

和田羊毛囊KAP1.1基因的克隆及生物信息学分析

为了分析和田羊毛囊角蛋白关联蛋白(KAP)1.1基因,试验以南疆地方品种羊(和田羊)为样本,从和田羊毛囊中提取总RNA,设计1对引物,通过PCR反应扩增出长度为535 bp的基因片段,连接到pMD18-T载体上。结果表明:克隆得到和田羊毛囊KAP1.1基因成熟蛋白编码序列,序列长度与GenBank上发表的序列长度相同,经生物信息学软件分析,有2处碱基发生突变,同源性为99%,说明试验成功克隆了KAP1.1基因。     

牦牛PRDM9基因的CDS序列及其生物信息学分析

文章通过RT-PCR技术克隆了牦牛PRDM9基因的cDNA序列,利用DNAMAN、MAGA4、ExPASy等多个生物信息学软件进行了分析研究。结果表明:扩增出的牦牛PRDM9基因的编码区长1 533 bp,编码510个氨基酸。与普通牛、人和鼠相应基因核苷酸序列进行比对,其一致性分别为99%、76%和69%。预测的牦牛PRDM9蛋白二级和三级结构显示它是一个具有3种功能结构域的弱碱性螺旋状蛋白。这为今后的进一步研究提供了理论基础。     

羊IL-1Ra基因全长cDNA克隆及生物信息学分析

试验旨在对羊白介素1受体颉颃因子（interleukin-1 receptor antagonist,IL-1Ra）基因进行全长cDNA克隆及生物学分析。根据布鲁氏菌感染羊白细胞层SSH cDNA文库中的IL-1Ra基因序列信息及已知核苷酸序列（GenBank登录号：KC425613.1）设计引物,利用RT-PCR结合RACE方法扩增并克隆IL-1Ra基因,对其进行序列及相关分子特性分析。结果表明,羊IL-1Ra基因全长为1 228 bp,可编码174个氨基酸,含有1个完整的IL-1保守结构域和1个IL-1Ra结构域（PHA02651结构域）。IL-1Ra分子质量为19 765.8 u,等电点（pI）为5.72,其分子式为C₈₈₅H₁₃₈₅N₂₃₅O₂₅₆S₁₁,且含有信号肽。二级结构分析显示,IL-1Ra分子存在较多的β折叠及受体结合位点,与三级结构预测结果一致,且与人/鼠IL-1Ra分子的空间结构相似度极高,达到90%以上。羊IL-1Ra有IL-1特有的三叶草结构,其酶结合结构域位于TYR⁴⁷至GLU⁶⁶之间。将羊IL-1Ra与牛、虎鲸、宽吻海豚、猪、家犬、人、鼠等14个物种进行蛋白质同源性比对,发现在各物种间存在5个高度同源的半胱氨酸位点。系统进化树分析发现,羊IL-1Ra基因全长cDNA所编码的氨基酸序列同山羊、牛单独形成一个分支。本研究结果为今后深入研究IL-1Ra基因的生物学功能奠定了基础。     

山羊BLG基因侧翼区的克隆及序列分析

克隆奶山羊β-乳球蛋白基因5′、3′调控区并对其进行序列分析。从徐淮奶山羊组织中提取基因组DNA,采用高保真长模板PCR法克隆得到山羊β-乳球蛋白基因4.2 kb的5′调控区和1.8 kb的3′调控区。将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-TEasy载体中,经酶切鉴定和序列测定验证克隆的正确性。部分序列分析表明,5′区与GenBank中登录的山羊和绵羊BLG基因5′区同源性分别为100%和95%;3′区同源性则分别为99%和93%。克隆得到的奶山羊BLG调控区与山羊BLG伪基因显著不同,5′区和3′区同源性分别为83%和88%。结果表明,克隆得到的奶山羊BLG调控区可用于构建乳腺特异性表达载体,为指导外源基因在转基因动物乳腺中的高效表达奠定了基础。     

原花青素对动脉粥样硬化模型家兔MMP-9表达的影响

探讨原花青素对家兔动脉粥样硬化模型基质金属蛋白酶-9(MMP-9)表达的影响。将24只新西兰白兔随机分为对照组(n=8)、模型组(n=8)和原花青素组(n=8)。模型组给予高脂日粮,原花青素组在模型组的基础上加用原花青素。采集试验前及喂食12周后试验兔的耳缘静脉血,检测静脉血中血脂水平的变化,观察主动脉病理形态学变化情况,用免疫组织化学方法检测MMP-9的表达。结果显示,在高脂日粮喂养的模型组中MMP-9表达明显升高,主动脉的病理形态学变化严重;而原花青素组主动脉病变明显减轻,MMP-9蛋白表达明显下降(P0.05)。表明原花青素对于动脉粥样硬化的发展具有抑制作用,这一作用可能是通过抑制MMP-9的表达来实现。     

山羊CREM基因的克隆与生物信息学分析

研究旨在克隆山羊睾丸CREM基因cDNA全序列并进行生物信息学分析。通过提取山羊睾丸总RNA,利用qPCR和RACE技术,扩增山羊PHGPx基因cDNA序列。结果表明,山羊睾丸CREM基因cDNA全长序列为1 183bp(登录号:HM 802260),包含有960bp的开放阅读框,编码319个氨基酸;山羊CREM蛋白二级结构功能区域属于bZIP转录因子家族,在319个氨基酸的序列中,73到115之间有一个"pKID"区域,259~316之间含有一个典型的"BRLZ"结构。构建蛋白质氨基酸分子进化树,结果显示山羊与牛亲缘关系最近。该研究结果将为CREM基因表达分子调控研究提供一定的理论依据。     

牛Smad4基因cDNA克隆及生物信息学分析

Smad4基因在TGF-β细胞内信号传导过程中起重要作用,通过生物信息学方法,结合RT-PCR技术和SMART RACE技术,对牛Smad4基因进行了克隆,得到了3 503 bp cDNA全长序列并向GenBank递交了该序列,登录号：DQ494856。通过核酸序列分析发现,牛Smad4基因由12个外显子组成,编码553个氨基酸。该基因与绵羊、猪、人、大鼠和小鼠在核酸序列上分别有99%、96%、95%、91%、91%的同源性;在氨基酸序列上分别有99%、98%、98%、99%和98%的同源性,牛Smad4基因的组织表达谱很广,在睾丸、胰腺、肝、小肠、卵巢、淋巴结、心肌、骨骼肌、胸腺组织中都有表达。     

梅花鹿S1PR1基因cDNA克隆及生物信息学分析

为了探究梅花鹿1-磷酸鞘氨醇受体1(S1PR1)基因的结构与功能,并为研究S1PR1在鹿茸快速生长机制中发挥的作用提供数据支持,试验利用PCR法对梅花鹿鹿茸的S1PR1基因进行克隆,使用ORF Finder工具查找其ORF,对S1PR1基因进行序列分析并构建系统进化树,利用生物信息学工具对S1PR1编码蛋白的基本理化性质和结构进行初步分析。结果表明：从鹿茸中成功克隆了梅花鹿S1PR1基因,编码序列长度为1 149 bp,编码382个氨基酸;梅花鹿S1PR1基因与加拿大马鹿相似性最高。S1PR1蛋白为疏水性不稳定碱性蛋白;无信号肽,不属于分泌蛋白,存在于内质网的概率最大;S1PR1蛋白具有1个7TM结构域、7个跨膜螺旋区;S1PR1蛋白二级结构中无规则卷曲和α-螺旋占比较高,分别为43.72%、40.84%;S1PR1蛋白序列与模板蛋白(7evz.1D)的相似度为93.77%,并且其三级结构模型与加拿大马鹿间的原子位置均方根偏差为0.01;S1PR1蛋白存在39个磷酸化位点、4个N-糖基化位点和1个乙酰化位点;S1PR1基因与细胞迁移的正调控、跨膜信号受体活性等多个生物过程和功能相关并且...     

肌抑素对PK15细胞MMP-2/7/9表达的影响

本研究旨在揭示肌抑素（MSTN）与基质金属蛋白酶（MMPs）的调控关系,探明MSTN对PK15细胞MMP-2/7/9表达的影响。对MSTN单等位基因敲除猪背膘组织进行转录组测序分析,复苏前期制备的MSTN基因敲除PK15细胞系：单等位基因敲除的PK3108细胞系和双等位基因敲除的L18细胞系,通过实时荧光定量PCR和Wesrern blotting分别检测PK15、PK3108和L18细胞系中MSTN、MMP-2/7/9基因的mRNA和蛋白表达水平。结果发现,与野生型猪相比,MSTN单等位基因敲除猪背膘组织转录因子C/EBPδ、MMP-2/7基因mRNA表达量均极显著下调（P < 0.01）;细胞外基质中纤连蛋白（FN）和层连接蛋白（LN）含量均极显著增加（P < 0.01）。复苏的PK3108和L18细胞呈现绿色荧光。实时荧光定量PCR结果显示,PK3108和L18细胞中MSTN、MMP-2/7/9的mRNA表达量均极显著低于PK15细胞（P < 0.01）;Western blotting结果显示,PK3108和L18细胞中MSTN、MMP-2/7/9的蛋白表达量均明显低于PK15细胞。本研究结果表明,在MSTN基因敲除的PK15细胞中,MSTN功能缺失能显著降低MMP-2/7/9的表达,且MMP-2/7/9蛋白表达降低的趋势与MSTN蛋白表达的趋势相一致。     

芦花鸡HDAC9基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织表达分析

为探索组蛋白去乙酰化酶9(Histone Deacetylase 9,HDAC9)基因的功能,明确其在芦花鸡不同组织中的表达差异,实验采集芦花鸡各组织,克隆获得HDAC9基因完整CDS区,进行生物信息学分析及组织表达分析。结果显示,芦花鸡HDAC9基因CDS区长度为3 210 bp,编码1 069个氨基酸;芦花鸡HDAC9基因氨基酸序列与號鹦鹉、绿头鸭及雉鸡位于一个分支,同源性较高,亲缘关系较近。HDAC9蛋白分子质量约为118.0 ku,分子式为C₅₁₄₅H₈₂₆₁N₁₄₉₉O₁₆₁₃S₃₃,理论等电点为6.33,半衰期为30 h,HDAC9蛋白为水溶性蛋白;HDAC9蛋白存在信号肽,为分泌蛋白;共存在67个潜在的磷酸化位点;存在3个N-糖基化潜在位点。HDAC9蛋白二级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成,三级结构预测结果与其一致。实时荧光定量PCR结果显示,HDAC9基因在芦花鸡不同组织中表达水平存在显著差异,其中在胸肌中表达量最高,其次为睾丸。本实验结果为...     

内蒙古绒山羊KAP 9-2 cDNA的特征分析

内蒙古绒山羊是自治区的优良家畜品种.选择内蒙古白绒山羊毛囊兴盛期角蛋白关联蛋白第九家族的一个成员gKAP9-2的cDNA序列为研究材料,进行了基因序列和氨基酸序列比对,并且对其空间结构和功能位点进行了预测,对于研究其他的角蛋白关联蛋白有重要的参考价值.     

山羊肌生成抑制素(MSTN)基因的克隆及生物信息学分析

试验对山羊肌生成抑制素(myostatin,MSTN)基因序列进行了克隆及生物信息学分析,旨在为该基因的深入研究提供理论依据。结果表明,山羊MSTN基因序列长1128 bp,编码375个氨基酸,GenBank登录号为GU183368。山羊MSTN蛋白序列与绵羊、猪、兔、马、人、牛、鼠同源性依次为93%、89%、88%、88%、88%、87%、85%,同源性较高,说明该基因高度保守;疏水性分析结果表明,该蛋白大多数氨基酸为疏水性氨基酸;蛋白跨膜结构及方向显示,从内向外和从外向内分别含有1个强跨膜螺旋区;信号肽预测显示,信号肽序列长度为70;亚细胞定位预测发现,该蛋白是一个Ⅱ型膜蛋白,大部分定位于高尔基体、质膜和内质网膜,内质网腔内也有少量分布;结构功能域预测发现N-肉豆蔻酰化位点3个,N端糖基化位点2个,蛋白激酶C磷酸化位点5个,酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点5个,络氨酸激酶磷酸化位点1个,EF-hand 钙结合结构域1个,亮氨酸拉链1个,TGF 家族标记1个;二级结构预测显示,α螺旋占25.33%,β折叠占3.20%,随机卷曲占50.13%,延伸链占21.33%。     

鹅ATP5E基因cDNA克隆及生物信息学分析

线粒体ATP酶合成体ε亚基(ATP synthase,H+transporting,mitochondrial F1 complex,epsilon,ATP5E)是ATP合成酶催化中心的最小亚基,在能量代谢过程中具有重要作用。本研究利用RT-PCR和RACE技术获得鹅ATP5E序列,并结合生物信息学方法对鹅ATP5E的序列进行深入分析。结果表明:克隆获得鹅ATP5E基因序列全长为347 bp,包括156 bp的编码区序列,编码51个氨基酸。同源性分析发现,鹅ATP5E核苷酸序列与推测氨基酸序列与原鸡的同源性最高,分别达到87.74%和89.58%,而与其他物种之间的一致性差异稍大。氨基酸序列分析发现该基因编码蛋白理论分子量为水溶性蛋白,相对分子量为5.79 ku,理论等电点为10.01,无信号肽序列和跨膜区,预测含有4个磷酸化位点,二级结构以α螺旋为主,预测ATP5E蛋白主要在能量代谢和脂肪酸代谢过程中有着关键作用。以上研究为进一步探讨ATP5E基因在鹅肝脂肪变性过程中的功能研究奠定了信息基础。     

小鼠Nudt9基因原核载体的构建及其生物信息学分析

利用分子克隆的方法,将小鼠Nudt9基因克隆至原核表达载体,并进行PCR鉴定、酶切鉴定及测序鉴定;再运用DNAMAN和DNATAR对基因进行同源性分析及抗原肽分析,同时在线分析小鼠Nudt9蛋白的信号肽、跨膜区域、结构域、N-糖基化位点以及磷酸化位点。本研究成功获得重组pET28a-Nudt9质粒,并从基因及氨基酸组成上分析该蛋白的特性,从而挖掘出一些基因及蛋白生物信息。