4种柑橘衰退病毒源单蚜传毒分离株CP基因的分子特征

 对4种柑橘衰退病毒源及其31个单蚜传毒分离株的CP基因做了限制性片段长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)分析,并对其中8个单蚜传毒分离株的CP基因进行了序列分析。实验明确了所研究柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)的CPG/Hinf I RFLP组群和CPG/SSCP模式,二者能较好地对应并有效验证了单蚜传毒对CTV毒源的分离纯化作用;CP基因序列分析结果表明,相同CPG/Hinf I RFLP组群的单蚜传毒分离株间具有高度的序列相似性,而不同CPG/Hinf I RFLP组群单蚜传毒分离株间则存在较大差异;通过与已知生物学特性CTV分离株比较,初步建立了上述CP基因分子特征与病毒生物学特性之间的联系。     

6种柑橘类植物对柑橘衰退病毒分离株TR-L514变异的影响

 柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)存在复杂的株系分化现象,运用弱毒株交叉保护防治柑橘衰退病时需了解不同类型柑橘对CTV构成的影响。作者将CTV分离株TR-L514嫁接接种到6类柑橘植物上获得了18个亚分离株,并对这18个亚分离株和TR-L514进行了指示植物鉴定,p25基因的限制性片段长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)分析,p23基因的序列比较。结果表明,CTV株系对不同柑橘类植株的适应性存在差异。TR-L514嫁接到不同柑橘类植株其构成会发生变化,在甜橙上可以同时检测出p25//HinfⅠ RFLP第1和6组群,并具有比在其它4类柑橘上更为复杂的SSCP谱型构成,因此甜橙可能更适宜于CTV的增殖。TR-L514及18个亚分离株的p23基因序列差异可能与不同类柑橘植株的适应性有关。     

马铃薯A病毒CP基因的克隆与序列分析

利用根据马铃薯A病毒 (PVA)外壳蛋白 (CP)基因序列设计合成的一对引物 ,以带毒植物总RNA为模板 ,RT-PCR扩增得到长 0.8kb的目的片段。将目的片段转入大肠杆菌并进行了序列测定。测序结果与PVA其他分离物CP基因序列比较 ,发现其核苷酸同源性最高可达 99%。依据CP序列建立了PVA病毒的系统进化树并对PVA不同分离物CP氨基酸序列差异性做了分析     

李属坏死环斑病毒新疆分离物运动蛋白基因片段的克隆与序列分析

为进一步揭示李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)新疆巴旦木分离物的分子特征、遗传变异及其与宿主之间的相互关系,采用RT-PCR方法扩增并克隆了4个PNRSV新疆巴旦木分离物运动蛋白(move protein,MP)基因片段,并进行了测序及序列同源性分析。结果表明,4个新疆巴旦木PNRSV分离物MP基因片段分别为259、258、254、260 bp;其核苷酸和氨基酸序列与已报道的PNRSV分离物的同源性分别为72.7%~91.7%和75.6%~92.9%,表现出明显差异,其中与美国分离物CH9同源性最高,分别达88.8%~91.7%和82.6%~92.9%;而与同属03亚组的苹果花叶病毒(Apple mosaic virus,Ap MV)同源性较低,仅为51.2%~58.1%和52.3%~61.9%;新疆PNRSV各分离株之间MP基因核苷酸序列同源性较高。系统发育树显示,4个新疆巴旦木PNRSV分离物与Ⅰ组代表毒株PV32的核苷酸序列同源性达88.4%~91.3%,并与Ⅰ组分离物聚集成簇,表明PNRSV新疆巴旦木分离物属于引起严重症状的Ⅰ组株系,且Ⅰ组中各分离物之间表现出一定的寄主相关性,而Ⅱ组和Ⅲ组中各分离物之间未表现出明显的寄主相关性。     

江西柑橘主产区柑橘衰退病毒分离株组群分析

为检测江西柑橘主产区柑橘衰退病毒分离株组群的构成情况,运用限制性片段长度多态性(RFLP)对收集自江西柑橘14个主产区果园的CTV分离株进行分析。发现209份样品的CP/HinfⅠ酶切结果中182份样品表现出单一CP/HinfⅠRFLP谱型,占鉴定样品总数的87.1%,其中以CP/HinfⅠRFLP第3和第1组群的分离株构成为主,分别占样品总数的55.5%和26.8%;混合CP/HinfⅠRFLP组群样品占12.9%。本次检测中发现有1个分离株为第4组群,5个分离株为第5组群,可能为潜在的弱毒分离株。本次试验中检测的江西柑橘样品以CTV单一组群感染为主。     

河南省小麦全蚀病菌的分离及变种类型鉴定

 从河南省10个地市采集的小麦病根样品中分离得到82株病原分离株, 通过形态特征观察、回接致病性测定、以及分子生物学的方法对所分离菌株进行鉴定。其中47个菌株菌丝分支处都形成典型的“∧”状;子囊壳埋生或半埋生, 子囊棍棒状, 子囊孢子线形, 稍弯曲, 无色, 具有5~10个分隔, 大小为68~94 μm×2~4 μm;对82个分离株rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列测定, BLAST序列比对结果表明, 47株菌株与小麦全蚀病菌的ITS序列同源性达97%～99%, 据此确定47株菌株为小麦全蚀病菌。应用小麦全蚀病菌4个变种的特异性引物进行PCR扩增都得到禾顶囊壳小麦变种(870 bp)的特异性片段, 鉴定47株菌株均为禾顶囊壳小麦变种 (Gaeumannomyces graminis var.tritici)。     

菜豆黄花叶病毒中国和叙利亚蚕豆分离物外壳蛋白的序列分析

 病毒病是影响云南省蚕豆生产的重要病害。对采集的蚕豆病毒病标样进行了组织印迹法检测,表明菜豆黄花叶病毒(BYMV)是最主要的病原。据此,以BYMV基因的保守序列设计了一对特异性引物,用BYMV的5个中国云南蚕豆分离物和1个叙利亚蚕豆分离物侵染的蚕豆叶片总RNA为模板,RT-PCR扩增获得了长度为907bp的目标片段。序列分析显示,此片段中包含822bp的外壳蛋白序列。6个分离物间的外壳蛋白核苷酸和推导编码蛋白质的氨基酸序列的同源性分别为86.4%~100.0%和96.7%~100.0%。与GenBank登录的34个具有完整外壳蛋白序列的BYMV分离物进行同源性和系统进化树分析的结果表明,6个分离物在核苷酸和氨基酸水平上与其它分离物的同源性分别为79.1%~97.9%和83.5%~98.5%,BYMV中国蚕豆分离物与日本蚕豆分离物同源性最高。外壳蛋白基因的序列特征揭示,在BYMV中的蚜传相关基序为NAG。     

桃潜隐花叶类病毒中国分离株P3的克隆与序列分析

 本研究以提取的类病毒cRNA为模板,采用RT-PCR方法,从5株表现明显花叶症状的"雨花露"桃树上检测到桃潜隐花叶类病毒(PLMVd),并对其中的样品P₃通过2次RT-PCR扩增,然后分别将扩增产物回收、克隆测序,确定了该分离株(命名为PLMVd-P₃分离株)的全长核苷酸序列,其cDNA分子全长为337 nt,这与已经报道的PLMVd典型分离株基因组大小相似。序列比较分析结果表明,该分离株与已经报道的不同地区来源的其它分离株相似性为90%~96%。     

我国不同CMV分离物2b基因片段的RT-PCR扩增及其序列比较

 本研究根据黄瓜花叶病毒2b基因的保守序列设计引物,利用一步RT-PCR技术对多个不同寄主和不同地理来源的黄瓜花叶病毒分离物的2b基因片段进行扩增,获得了含该基因全长约90%的cDNA片段(300bp)。序列测定与比较分析结果表明,国内不同CMV分离物2b基因片段核酸序列同源性达93%以上,推测的氨基酸序列同源性超过90%,且均属于亚组Ⅰ。     

水稻条纹病毒中国分离物和日本分离物RNA1片段序列比较

 首次测定了我国水稻条纹叶枯病常年流行区的云南楚雄(CX)及病害暴发区的江苏洪泽(HZ)的RSV 2个分离物RNA1片段的全长序列,这2个分离物RNA1片段的全长序列均为8970 nts。同源性分析结果表明,HZ与日本T分离物的亲缘关系较CX与T分离物的亲缘关系更为接近。通过对纤细病毒属病毒RNA1编码的依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)氨基酸序列分析的结果表明,该蛋白除了具有RNA聚合酶特征的基元序列结构外,还存在mRNA的转录过程中所采取的加帽起始机制的保守性结构域位点,这表明,纤细病毒属病毒和布尼安病毒科病毒及甲型流感病毒一样,都是采取加帽起始机制进行转录的。     

水稻草矮病特异蛋白抗血清的制备及应用

 采用不同pH值沉淀法及超速离心获得提纯的水稻草矮病特异蛋白。提纯的S-蛋白具有典型的蛋白紫外吸收曲线,提纯产量为28 mg/100 g病叶。从SDS-PAGE精提纯的S-蛋白免疫兔子上获得抗血清,经微量沉淀反应、琼脂双扩散测定,其效价分别为1:1024和1:256。获得的S-蛋白抗血清与提纯的S-蛋白及感病植株,在琼脂双扩散反应中,均有明显的沉淀线出现,对照健株及提纯的水稻草矮病毒则无反应。利用制备的S-蛋白抗血清经A-蛋白酶联免疫吸附法检测,结果表明:S-蛋白抗血清与提纯S-蛋白及感病植株有专化性反应,且不同品种、不同部位、接种后不同发病时间的水稻病株中S-蛋白的积累量有差异,这就为RGSV的检测提供了一种快速、简便的方法。     

瓜类褪绿黄化病毒山东分离物全基因组序列扩增及分析

为明确分离自山东省寿光市甜瓜上的瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)分离物的全基因组序列信息和遗传变异情况,利用毛形病毒属Crinivirus简并引物进行RTPCR检测,利用RACE技术结合RT-PCR方法克隆CCYV山东分离物2条RNA链的全基因组序列,通过与GenBank中其它地区CCYV分离物的全长序列进行比对分析其同源性,并基于CP基因序列构建系统进化树分析其遗传变异情况。结果表明,山东分离物经RT-PCR检测和测序后确定为CCYV。CCYV山东分离物与其它CCYV分离物的RNA1链和RNA2链的全基因组序列一致性的平均值分别为99.82%和99.88%,且2条链的5′末端均比较保守,没有碱基突变的情况发生;RNA1链3′末端存在2个碱基变异,RNA2链3′末端存在1个碱基变异。CCYV不同地区分离物主要分为3个簇群,其中山东分离物和中国其它地区分离物、日本分离物、苏丹分离物、黎巴嫩分离物和塞浦路斯分离物聚类在一起。研究表明CCYV基因组序列比较保守,该病毒的分化可能与地理来源存在一定的相关性。     

Molecular comparisons amongst wheat bymovirus isolates from Asia, North America and Europe

To study the variation between wheat bymovirus isolates and to resolve uncertainties about the identity of the virus in some countries, leaves of infected plants were obtained from nine sites in China and from one each in Italy, Germany, USA and Canada. The German isolate was obtained from rye and the Canadian isolate was the type strain of wheat spindle streak mosaic virus (WSSMV). In RT-PCR, using primers designed from a partial sequence of a French isolate (tentatively described as WSSMV), genome fragments were obtained from the Italian and the French isolates but not from the Chinese ones. Conversely, products were consistently obtained from the Chinese isolates, but not from the Italian or French ones, when primers were designed from the sequence of a Japanese isolate of wheat yellow mosaic virus (WYMV). Nucleotide sequences were obtained from regions at or near the 3'-terminus of RNA1 of six Chinese isolates and the four from Europe and North America, usually including the coat protein. Nucleotide and amino acid sequence comparisons demonstrated that the European and North American isolates were extremely similar and were therefore WSSMV, while the Chinese isolates were close to the Japanese isolate and were thus WYMV.     

烟草花叶病毒丁香分离物的分离与鉴定

 从表现花叶症状的丁香病株上获得一病毒分离物,其在电镜下为约300 nm×18nm的杆状粒子;电泳分析表明感病组织中ds RNA大约为6.4kbp,而其外壳蛋白分子量约为17.6k Da。以上实验结果初步将该病毒分离物鉴定为烟草花叶病毒属(Tobamovirus)。根据该属病毒复制酶基因序列设计通用引物,进行RT-PCR检测,扩增出约1000 bp的预期特异片段(Gen Bank AY566703)。将PCR产物克隆后测序,序列分析表明,与从蚕豆中分离的TMV-B株系序列(Gen Bank AJ011933.1)同源性为99.90%。根据烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)的RNA CP基因序列设计引物,进行RT-PCR,扩增出约800 bp的预期特异片段(Gen Bank AY56672),序列分析表明,与TMV-B株系序列(Gen Bank AJ011933.1)同源性达99%,上述实验结果表明,该病毒分离物为TMV。由于该分离物与TMV-B在指示植物上的症状存在明显差异,所以,作者把该分离物暂命名为TMV-S。     

应用RAPD技术快速鉴定蔬菜上的弯孢类炭疽菌

 应用筛选的14个随机引物,对分离自广州不同蔬菜上的12个弯孢炭疽菌菌株进行RAPD扩增。所有引物对分离自辣椒、香葱等蔬菜上的11个菌株都产生非常相似甚至一致的扩增带型,仅来自姜上的菌株的带型显著不同;UPGMA聚类分析将12个菌株聚为2群,其中11个菌株(Cap₁~Cap₁₁)以很高的Dice相似系数(>82%)组成一群,姜上的菌株(Cap₁₂)为另一群。根据这些结果,将上述来自辣椒等蔬菜上的11个菌株鉴定为同一个种——辣椒炭疽菌(Colletotrichum capsici);而姜上的炭疽菌可能是另一个种。结果不支持将来自葱属植物的3个菌株鉴定为葱炭疽菌(C.circinans)。     

一个马铃薯Y病毒山东分离物的分离与鉴定

 从具有典型花叶症状的马铃薯叶片中分离到马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)(本文称PVY-SD-TA分离物),扩繁后,提纯病毒,电镜下可观察到700~900 nm×11 nm的病毒粒体,病组织超薄切片观察可见风轮状的内含体结构,寄主反应特性研究表明其能侵染2科13种植物。SDS-PAGE电泳检测病毒编码的外壳蛋白亚基的分子量为33 kDa。以PVY-SD-TA基因组RNA为模板,应用RT-PCR方法和特异引物合成了外壳蛋白基因。对cDNA全序列分析表明,PVY-SD-TA CP基因核苷酸序列与N株系的同源性为96%,与GenBank中登录序列号为AJ390306的O株系分离物的同源性最高,为99%;与国内不同学者报道的PVY中国流行株的同源性分别为96%,97%和98%。通过以上生物学特性和分子水平的研究将PVY-SD-TA鉴定为普通株系(PVY^O株系)。     

Molecular characterization of Cucumber mosaic virus strain causing severe mosaic disease on petunia in India

Severe mosaic, yellowing and stunting symptoms were observed on petunia (Petunia hybrida L.) growing in pots at NBRI and in various gardens of Lucknow, India. The association of Cucumber mosaic virus (CMV) with the mosaic disease was detected based on positive bioassay on susceptible hosts, isometric cored virus particles of ~28?nm during electron microscopic observations in leaf dip preparations and positive amplification of expected size (~650?bp) during RT-PCR using coat protein gene specific primers. Further, the complete RNA 3 genomic fragment of virus isolate was amplified by RT-PCR using RNA 3 specific primers. The obtained amplicons of ~2.2 Kb were cloned and sequenced. The analysis of sequence data of RNA 3 revealed highest sequence identities (96%) with several CMV strains which belong to subgroup IB. The virus isolate also showed closest phylogenetic relationships with banana strain of CMV of subgroup IB (Acc. EF178298) reported from India. To the best of our knowledge, we report the first molecular characterization of CMV strain of subgroup IB causing severe mosaic disease on petunia in India.