枸杞基因组DNA的提取及RAPD反应体系的优化

[目的]研究枸杞基因组DNA的提取及RAPD反应体系的优化。[方法]采用了进一步优化的CTAB法提取枸杞基因组DNA,检测所提取的DNA的浓度范围,并对RAPD反应体系进行了科学、合理的优化。[结果]结果表明,浓度范围在3．5～5．5μg/μl,完全能够满足RAPD—PCR的要求。[结论]该方法具有步骤少、费用低、效率高等特点,比较适用于枸杞基因组DNA的提取。     

单头赤眼蜂DNA提取方法比较及其PCR反应体系优化

为了探明有效的基因组DNA提取方法和PCR反应体系,从而得到符合分子生物学实验要求的基因组DNA模板的数量和质量,以单头松毛虫赤眼蜂为材料,应用CTAB法、SDS法和Chelex法进行基因组DNA提取效果的比较,并将核酸助沉剂用于赤眼蜂DNA的提取中,然后将提取的基因组DNA采用L16(45)正交设计试验,对影响赤眼蜂基因组DNA PCR反应体系的5因素(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、DNA模板、Taq聚合酶)4水平进行筛选。结果表明:CTAB法优于SDS法和Chelex法,且核酸助沉剂的加入明显增强了模板DNA提取效果。同时确立的ITS2的PCR优化反应体系为:总体积为25mL,Mg2+浓度为1.50mM,dNTPs浓度为0.25mM,引物浓度为0.30μM,DNA模板取2.00μL,Taq聚合酶量为2.00U。     

山梨SRAP反应体系的建立

以山梨为试材,提取其基因组DNA,探讨了SRAP反应体系中各组分浓度对扩增的影响。结果表明,采用该方法提取的基因组DNA纯度好、片段完整、无明显降解;在20μL的反应体系中,各成分适宜浓度分别为TaqDNA聚合酶1.0 U、模板DNA 70 ng、dNTPs 250μmol/L、每个特异性引物0.3μmol/L、10×PCR Buffer 2μL,余下的体积用已灭菌的去离子水补充至20μL。     

越橘SSR反应体系的优化

以"美登"、"北春"、"蓝丰"为试材,用TIANGEN植物基因组试剂盒提取基因组DNA,对SSR反应体系中的Mg2+浓度、dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物浓度、DNA模板浓度以及引物CA344F的退火温度进行了优化筛选,探讨了越橘SSR技术中PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响.确定了适合越橘的SSR反应体系:在20μL反应体系中,Mg2+2.0 mmol/L,dNTPs 0.20 mmol/L,TaqDNA聚合酶0.5 U,引物浓度0.8μmol/L,DNA模板1.5ng/μL;引物CA344F的最佳退火温度为58℃.利用此反应体系对部分越橘品种进行PCR扩增并用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,扩增结果清晰且DNA谱带多态性丰富,表明该体系稳定可靠,适合越橘的亲缘关系分析.     

羊角槭基因组DNA提取及SRAP-PCR体系优化

采用CTAB法、SDS法、偏重亚硫酸钠法提取槭属中羊角槭基因组DNA,通过DNA含量测定、琼脂糖凝胶电泳检测对所提DNA质量进行分析.结果表明, 3种提取方法中CTAB法最适合提取羊角槭基因组DNA,所得DNA的质量和纯度较高.以CTAB法提取的DNA为模板进行SRAP扩增反应,对SRAP反应体系的dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度3个主要影响因子进行筛选.获得羊角槭SRAP最优反应体系为:50 μl的PCR体系中含有DNA模板100 ng、10×PCR Buffer (不含Mg2+)、Mg2+ 2.5 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.5 μmol/L、Taq DNA聚合酶 1.0 U.     

西洋杜鹃ISSR-PCR反应体系的建立及优化

以西洋杜鹃(Rhododendron hybridum)叶片提取的基因组DNA为材料,用引物UBC880(序列为GGA GAG GAG AGG AGA)研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对该种植物ISSR扩增结果的影响.确立了可用于西洋杜鹃ISSR-PCR 分析的最适宜的PCR反应体系:20μL PCR反应体积中...     

槟榔SSR反应体系的建立

以鸡心槟榔为试材,用QIAGEN公司的DNeasy Plant Mini Kit提取基因组DNA,对SSR反应体系进行建立与优化,探讨了槟榔SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响。最终确定了引物C7549的最佳退火温度为56℃,在PCR反应体系中最佳条件:Mg2+浓度为3.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.1 mmol/L,Taq酶量为1.5 U,引物浓度为0.8μmol/L,DNA模板为2.0 ng/μL。利用此反应体系对部分槟榔品种进行PCR扩增并Page胶电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合槟榔的亲缘关系分析。     

桃基因组DNA的提取及SSR反应体系的建立

针对桃树树种-大久保桃,进行了其基因组DNA的提取,探讨了SSR反应体系中各组分浓度对扩增反应产物的影响.结果表明,采用的提取方法所得的基因组DNA纯度好、片段完整,无明显降解;在25μL体系中的适宜浓度分别为:1×PCR Buffer,TaqDNA酶2 U,Mgcl22mmol/L,模板DNA80 ng,dNTPs 240~360μmol/L,每个引物0.4μmol/L.     

扁桃SSR反应体系的优化

以南疆部分扁桃品种为试材,利用CTAB法提取基因组DNA,将PCR的主要成分设定4个梯度,优化了扁桃SSR技术中PCR反应体系,试验结果表明,适宜扁桃SSR技术体系为:在20μL反应体系中TaqDNA聚合酶和DNA最适用量分别为1U和100 ng;Mg2 、dNTP和引物最适终浓度分别为1.5 mmol/L、0.20 mmol/L和0.2μmol/L。利用18个扁桃品种验证此反应体系,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物大多在100~300 bp,多态性高,且反应体系的稳定性和可重复性好。     

滩羊生长激素基因PCR—RFLPs反应体系的优化

以宁夏滩羊基因组DNA为模板，研究影响滩羊PCR—RFLPs扩增的因素，实验结果表明：特异性引物的浓度、Mg^ 浓度、模板DNA的完整性，浓度、纯度、TaqDNA聚合酶、变性温度、退火温度和循环次数等诸多因素对PCR—RFLPs扩增影响较大。为此我们对PCR—RFLPs的反应体系和反应程序进行了研究和浓度梯度对比试验，建立了滩羊GH基因PCR—RFLPs扩增的反应体系和操作技术。