新城疫病毒ShD-5-04株F基因和HN基因序列分析

从山东潍坊某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒(暂命名:ShD-5-04),其生物学特性表明该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。通过RT-PCR特异性地扩增出F和HN基因序列,并对其进行核苷酸序列测定和分析,结果表明ShD-5-04株的F和HN基因开放性阅读框架(ORF)为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸,与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84.1%～88.7%之间,氨基酸同源性在88.1%～93.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82.1%～87.4%之间,氨基酸同源性在88.6%～90.9%之间;F蛋白裂解位点区(112-117)氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株(ShD-5-04)为新城疫强毒株。     

新城疫病毒长春株F基因和HN基因的序列分析

从长春地区分离到一株新城疫病毒,经过对其进行生物学研究表明该毒株具有新城疫病毒弱毒株的一些特性,本试验通过ＲＴ－ＰＣＲ方法测定出该毒株Ｆ基因的核苷酸序列为１７５８ｂｐ,编码有５３３个氨基酸残基;ＨＮ基因核苷酸序列为１７３１ｂｐ,编码５７７个氨基酸残基,与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较。Ｆ基因核苷酸序列的同源性在８８．２％～９６．７％之间,氨基酸序列同源性在９０．１％～９     

云南省新城疫病毒分离株F基因和HN基因克隆与序列分析

为了确定云南NDV毒株F基因和HN基因的结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,应用RT-PCR技术对云南省部分地州养殖场采集的鸡或鸭喉气管组织样品4 700份进行新城疫病毒(NDV)检测,共检出阳性样品25份。对其中8份阳性样品进行NDV F基因与HN基因扩增后,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前流行疫苗毒株进行比对及系统发育分析。结果表明,云南省NDV毒株F基因与国内代表性毒株核苷酸序列同源性介于93.0%～99.2%之间,氨基酸同源性介于90.7%～99.1%之间;与疫苗毒株的核苷酸同源性在83.3%～86.9%之间,氨基酸同源性在86.0%～88.7%之间。HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性介于96.4%～99.1%之间,氨基酸同源性介于95.6%～99.3%之间;而与当前疫苗毒株相比,同源性较低,核苷酸同源性介于81.3%～82.0%之间,氨基酸同源性介于87.6%～88.8%之间。系统进化分析表明,云南NDV F基因有2株属于基因Ⅱ型,其余6株均属于基因Ⅶe型。云南NDV HN基因则均属于基因Ⅶ型。     

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)和1株鸽源NDV.经血凝HA试验鉴定,NDv分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均口J被NDV阳性血清所抑制.而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制.本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定.序列分析表明,5株NDV的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分别编码553、528、553、520和553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明.鸡源XJ/10/08株属于强毒株.XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5个NDV新疆分离株与La Sota疫苗株的核苷酸同源性在83.7%～99.8%之间,与TaiWan95株核苷酸同源性在84.7%～93.3%之间;遗传发育进化树分析表明,分离到的4个弱毒株与La-Sota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型.     

新城疫病毒广东分离株HN基因的克隆与序列分析

用RT-PCR方法从6个新城疫病毒(NDV)广东分离株中扩增HN基因cDNA片段。并将其克隆至pGEM-T Easy载体进行核苷酸序列测定。结果表明，6个NDV分离株HN基因片段长度均为1704bp，编码568个氨基酸；彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为96．0％～99．8％和98．6％～100％，与其他基因Ⅶ型毒株的氨基酸序列同源性为96．8％～98．4％；但与其他基因型毒株如D26、Ulster/67、B1、LaSota以及GB Texas的氨基酸同源性较低，为88．2％～91．0％。     

新城疫病毒西藏分离株HN基因克隆与序列分析

为确定西藏新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)分离株HN基因结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,本试验应用RT-PCR技术对西藏NDV分离株HN基因进行扩增,然后克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前疫苗株进行比对及系统发育分析。结果表明,NDV分离株HN基因片段长度为1734 bp, 编码577个氨基酸;推导的氨基酸序列均有5个糖基化位点, XZ10和XZ17有12个半胱氨酸残基,XZ20只有11个半胱氨酸残基。NDV西藏分离株HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性在81.1%~93.0%之间,氨基酸同源性在81.1%~93.6%之间;与疫苗株核苷酸同源性在87.8%~98.7%之间,氨基酸同源性在88.0%~98.9%之间。系统进化分析结果表明,NDV西藏分离株HN基因均属于Ⅱ型。     

新城疫病毒地方分离株HN基因的序列分析

使用RT－PCR的方法扩增得到有代表性的地方分离株新城病毒（NDV）的保护性抗原HN基因，经序列测定及分析发现，该毒株HN基因与日本1985年分离的CHI／85株亲缘关系最近，氨基酸同源性达97．0％，与中国标准强毒株F48E8氨基酸同源性为89．8％，其抗原位点Ⅰ发生突变，在347位由Glu变异为Gly，系统进化树归于C族。     

2株新城疫病毒广西分离株HN基因的克隆与序列分析

用设计的特异性引物,通过RT-PCR法对2013年间分离自广西的具有一定代表性的2株鸡新城疫病毒(GX-79-13-Ch,GX-117-13-Ch)进行HN基因的扩增和克隆,并对其进行核苷酸序列测定和分析。2毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为1 716 bp,二者之间的核苷酸序列同源性为99.5%,氨基酸同源性为99.0%。2个分离株HN基因核苷酸序列与国内外报道的相关序列同源性为81.2%~97.5%,推导氨基酸序列同源性为88.2%~97.6%。由系统发育树可见,与现今流行于国内的Ⅶ型病毒株有较高的同源性,表明2个分离株与现今流行于国内的Ⅶ型病毒株有密切联系。     

新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2对引物，对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定，其基因序列全长均为1662bp，编码553个氨基酸，均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV参考株的F基因序列进行了比较。结果表明，核苷酸序列的同源性为82．6％～98．1％，氨基酸的同源性为87．7％～98．7％。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(^112R—R—Q—K／R—R—F^117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明，10株NDV广西分离株中GX1／00、GX2／00、GX4／00、GX6／02、GX7／02、GX9／03、GX10／03和GX11／03为基因Ⅶd亚型，GX3／00和GX5／00为基因Ⅲ型。     

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）和1株鸽源 NDV。经血凝HA试验鉴定,NDV分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均可被NDV阳性血清所抑制,而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制。本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定。序列分析表明,5 株 NDV 的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分別编码 553、528、553、520 和 553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明,鸡源XJ/10/08株属于强毒株, XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5 个 NDV新疆分离株与 La Sota 疫苗株的核苷酸同源性在 83.7%～99.8% 之间,与 TaiWan95 株核苷酸同源性在 84.7%～93.3% 之间;遗传发育进化树分析表明, 分离到的4个弱毒株与LaSota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型。     

新城疫病毒广东分离株F基因的克隆与序列分析

为研究新城疫病毒(NDV)基因变异情况,用RT-PCR扩增了9个广东分离株的F基因cDNA片段,并将其分别克隆到pGEM-Teasy载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1 662 bp,编码553个氨基酸,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.1%~99.2%和96.0%~99.8%;但与LaSota、Roakin、F48E9及B1等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为87.6%~92.2%。9个NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q/R-K-R-F-I-G119,与平均致死鸡胚时间(MDT)、脑内接种指数(ICPI)等病毒致病力测定结果相符,均属于基因Ⅶ型NDV。     

3株新城疫山东分离株HN基因全序列测定和分析

用设计的特异性引物,通过RT-PCR法对1999和2004年间分离自山东省的具有一定代表性的3株鸡新城疫病毒(ShD-2-04,ShD-3-99,ShD-5-04)进行HN基因的扩增和克隆,并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明:3个毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为1716bp,编码571个氨基酸,属强毒的C群;3株山东分离毒的核苷酸同源性为98.2%~98.8%,氨基酸同源性为98.4%~98.8%,其中ShD-2-04和ShD-5-04核苷酸及氨基酸同源性均为最高,达到99.8%和99.8%;将3株山东分离毒株与国内外标准强毒株及弱毒株的HN基因核苷酸及氨基酸同源性分别进行比较:3毒株与国内外标准毒株HN的核苷酸同源性为82.7%~87.2%,氨基酸同源性为87.6%~90.0%,表明已发生一定的变异。     

新城疫病毒贵州分离株F基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的新城疫病毒（NDV）F基因序列设计了一对引物,用RT-PCR方法扩增了8个NDV贵州分离株的F基因片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1662bp,编码553个氨基酸,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.0%～99.7%和87.5%～99.3%,但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的氨基酸同源性为87.2%～97.7%。F蛋白裂解位点的氨基酸序列分别为112R-R-Q-R/K-R-F^117（其中P1、H2、N98、DQ、FW、BY、GZ7株为强毒）和112G-R-Q-G-R-L^117（TN1株为弱毒）。利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树,结果表明,4个分离株（P1、H2、、N98、DQ）为基因Ⅶ型,2株（GZ、TN）为基因Ⅱ型,2株（FW、BY）为基因Ⅸ型。     

新城疫病毒地方分离株HN基因的克隆及遗传变异分析

对河北省保定地区两个NDV分离株用RT-PCR技术扩增其HN基因片断,产物经转化、克隆和测序,参照国内外已发表新城疫代表株绘制NDV系统发育进化树并分析其遗传关系,结果表明,两个分离株HN基因在遗传上同源性高达99.7%,两个分离株HN基因核苷酸序列与国内外报道的相关序列同源性为82.8%～93.2%,推导氨基酸序列同源性为90.0%～96.0%,由系统发育树可见,与现今流行于国内的Ⅶ型病毒株有密切联系.     

野禽新城疫病毒F和HN基因的遗传变异趋势

野禽携带的新城疫病毒是新城疫流行传播的重要的潜在传染源.结合本实验室克隆测序的鸽NDV(PB9601)、企鹅NDV(QE01)以及GenBank下载的44株野禽(包括野鸭、鹦鹉、鸽子、天鹅、鸳鸯、雁、火鸡等)的NDV毒株的融合蛋白(Fusion gene,F)基因和血凝素蛋白(Hemagglutinin-neuraminidase gene,HN)基因分别进行了F蛋白裂解位点、基因分型以及F和HN基因氨基酸全长的遗传距离分析.结果表明:野禽感染NDV F基因的基因型以Ⅶ和Ⅵ为主,同时I、II、V和IX多种基因型并存.同一种属、同一地区的毒株间的遗传距离较近,具有明显的种属性和区域性,且绝大多数分离株与经典毒株LaSota、V4、B1、TEX-48等的遗传距离相对较远;对HN基因的遗传进化关系分析得出了相似的结论.     

不同动物来源的新城疫病毒F基因序列分析

为了解广西地区新城疫病毒（NDV）在不同动物宿主内的分布流行情况,对从广西地区鸡、野鸟、猪、鹅、马等5种不同动物体内分离到 NDV 毒株,进行了 F 基因的克隆扩增和序列分析。结果表明,5个NDV 分离株 F 基因的核苷酸序列同源性为85．2％～98．6％,推导氨基酸序列同源性为88．9％～98．6％,同源性差异较大;5个毒株的 F 基因与国内贵州、长春、福建等地的当前流行株同源性较高;以 F 基因前374 bp核甘酸同源性比较分型表明,鸡源、鹅源、马源毒株为当前流行的基因Ⅶ型,而猪源毒株和野鸟源毒株为传统的基因Ⅱ型。     

野禽新城疫病毒F和HN基因的遗传变异趋势

野禽携带的新城疫病毒是新城疫流行传播的重要的潜在传染源。结合本实验室克隆测序的鸽NDV(PB9601)、企鹅NDV(QE01)以及GenBank下载的44株野禽(包括野鸭、鹦鹉、鸽子、天鹅、鸳鸯、雁、火鸡等)的NDV毒株的融合蛋白(Fusion gene,F)基因和血凝素蛋白(Hemagglutinin-neuraminidase gene,HN)基因分别进行了F蛋白裂解位点、基因分型以及F和HN基因氨基酸全长的遗传距离分析。结果表明:野禽感染NDV F基因的基因型以Ⅶ和Ⅵ为主,同时Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ和Ⅸ多种基因型并存。同一种属、同一地区的毒株间的遗传距离较近,具有明显的种属性和区域性,且绝大多数分离株与经典毒株LaSota、V4、B1、TEX-48等的遗传距离相对较远;对HN基因的遗传进化关系分析得出了相似的结论。     

新城疫病毒四平株HN蛋白基因的克隆与序列分析

新城疫病毒（ＨＤＶ）四平株在鸡胚增殖后纯化，提取ＲＮＡ，然后利用特异性引物，经ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出了ＮＤＶ四平株的全长ＨＮ基因。将该ＨＮ基因插入ｐＫＳ后测序。序列分析表明，该ＨＮ基因核苷酸长度为１７４２ｂｐ，编码５７１个氨基酸，序列中有５个糖基化位点，１２个半胱氨酸残基。同源性分析表明，四平株ＨＮ基因与目前国外发表的其他ＮＤＶＨＮ基因相比，核苷酸序鲁同源性在８３．４￣８９．２％之间，推导的氨基