中部地区家养山羊线粒体遗传多样性与母系起源研究

为了解中国中部地区家养山羊遗传多样性及其起源分化,以中部地区伏牛白山羊、槐山羊、济宁青山羊、太行黑山羊和尧山白山羊为研究对象,对线粒体D-loop区遗传多样性及山羊母系起源进行研究,结果共发现140个突变位点,共定义63个单倍型。遗传多样性分析表明5个山羊品种总单倍型多样度(Hd=0.965±0.004)和核苷酸多样度(Pi=0.013 88±0.000 66)较高。系统发育树结果表明5个山羊品种母系起源为捻角野山羊,且大部分个体(89.65%)来源于支系A,少数个体(10.35%)来源于支系B。遗传距离分析结果表明,5个品种间遗传距离为0.013 6～0.018 8,未达到亚种间遗传距离。品种间遗传分化系数Fst为0.016 6～0.169 3,伏牛白山羊与尧山白山羊和太行黑山羊间Fst达到明显分化程度,其他品种间均为中度分化或分化程度很弱,说明品种间存在基因交流,与基因流(Nm=3.92)和遗传距离结果一致。中性检验结果表明伏牛白山羊、济宁青山羊和太行黑山羊近期经历过瓶颈效应,槐山羊和尧山白山羊符合动态平衡。本研究为进一步了解中国中部地区山羊起源分化以及遗传多样性提供理论支持,并为...     

基于Cytb基因多态性研究西藏地区8个藏山羊群体遗传结构及母系起源

旨在基于Cytb基因多态性探讨藏山羊群体间遗传结构及其母系起源。对西藏8个地区157只藏山羊的细胞色素b基因(Cytb)全序列进行扩增和测序,分析群体遗传多样性,计算群体间遗传分化指数,构建系统发育邻接树等。结果显示,藏山羊Cytb全序列为1 140bp,在8个群体中共检测到33个变异位点,定义了30种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.736和0.001 8,表明西藏地区藏山羊群体具有较丰富的遗传多样性。78.6%的群体间发生了显著的遗传分化(P0.05),组内群体间的变异极显著(F_(SC)=0.321,P0.001);系统发育邻接树分为了4个单倍型组(Haplogroup A-D),提示藏山羊有4个母系起源;单倍型网络图显示,不同地理来源的藏山羊没有完全聚类在同一群簇。在历史驯养过程中,藏山羊发生过群体扩增事件。本研究表明,西藏地区藏山羊有4个母系起源,并呈现出较丰富的遗传多样性,虽然群体间有一定程度的遗传分化,但没有形成明显的地理分隔格局,遗传结构差异在缩小。本研究结果为藏山羊遗传资源的保护和利用提供了科学依据。     

西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。     

利用mtDNA Cytb基因分析湘黔川五个山羊品种系统发育

试验对四川板角山羊、贵州白山羊、贵州黑山羊、贵州麻羊及湖南马头山羊5个山羊品种,共计69个个体的Cytb基因片段进行测序分析比较。结果显示,69个山羊Cytb基因序列均为长1140bp的同源基因,共发现17个变异位点,观察到14种单倍型;5个山羊品种的群体遗传多样性在0．442—0．889之间,核苷酸多样度从0．00145—0．00253。表明5个山羊遗传多样性属于中等;5个山羊品种可分为2大类群,即：贵州黑山羊、贵州麻羊、贵州白山羊和湖南马头山羊4个品种为一类,四川板桥山羊1个品种为另一类。     

重庆本地山羊资源——铜梁麻羊的分子系统学分析

为了分析铜梁麻羊线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,鉴别其是否为一个新的山羊遗传资源,试验采用生物信息学方法,对8只铜梁麻羊线粒体D-loop区序列和川渝13个山羊品种的线粒体D-loop区共88条序列一起进行了分子系统学分析。结果表明:铜梁麻羊线粒体D-loop区序列为1 212 bp,共发现39个变异位点,共定义出4种品种特有单倍型,其核苷酸多样度为0.015±0.010,单倍型多样度为0.700±0.008;品种间的遗传距离显示,铜梁麻羊与成都麻羊、黔北麻羊的遗传距离较大;聚类分析显示,铜梁麻羊与成都麻羊和黔北麻羊同在一个支系,但亲缘关系较远。说明铜梁麻羊在外貌和基因层次上均与现有的麻羊品种有明显的区别,很可能是一个新的山羊类群,值得进一步保护和开发。     

都安山羊和隆林山羊mtDNA D-loop区遗传多态性研究

为探究广西都安山羊和隆林山羊2个地方品种的遗传多样性及母系起源,利用PCR测序及生物信息方法,对35只都安山羊和23只隆林山羊的mtDNA D-loop区进行多态性分析,共检测到83个变异位点,定义32种单倍型。都安山羊和隆林山羊的单倍型多样度分别为0.956和0.960,其核苷酸多样度均为0.018,平均核苷酸差异数分别为21.2和21.5,说明都安山羊和隆林山羊具有丰富的遗传多样性。构建的NJ发育树表明,都安山羊和隆林山羊主要分为A与B 2个支系,A支系与弯角野山羊(Capra aegagrus)聚在一起,而旋角野山羊(Capra falconeri)单独聚为一支,揭示弯角野山羊是都安山羊和隆林山羊的母系祖先。     

我国部分地方鸭品种mtDNA D-loop区单倍型分析

为进一步研究鸭品种或遗传资源的遗传多样性,对22个地方鸭品种(遗传资源群体)、2个野鸭群体和2个番鸭群体,共计208个个体的mtDNA D-loop区部分DNA序列的多态性进行了检测,结果发现:单倍型多样度(Hd)为0.886±0.00033,平均核苷酸多样度(Pi)为0.02252,并且在所有群体中共发现了60种单倍型,表明我国地方鸭品种遗传多样性丰富,其中单倍型H8在2种野鸭中均有发现,为我国地方鸭品种起源判定提供了新的参考依据。     

8个山羊品种mtDNA细胞色素b基因序列的变异

本研究对8个山羊品种mtDNA细胞色素b(Cytb)基因克隆,并对序列的变异进行分析。结果表明:山羊的细胞色素b基因序列全长为1 140 bp,编码379个氨基酸和一个终止密码子。所有测定的序列中,共产生22个变异位点,其中包括19个单一多态位点和3个简约信息位点,这些变异定义了8个单倍型,单倍型的多样性为1.0%。根据Cyt b基因序列构建了系统发育树,8个山羊品种聚为两大类,每一类品种间存在生产性能上的联系。     

中国南部地区两个家养山羊品种的遗传多样性研究

为了研究我国南部地区家养山羊的遗传多样性,试验采用mtDNAD-loop区测序法对2个家养山羊品种的20个个体进行分析。结果表明:整个D-loop区为1211～1213bp,共检测到10种单倍型、62个多态位点,其中核苷酸多样性(Pi)为0.01844±0.00183,单倍型多样性(Hd)为0.863±0.055,平均核苷酸差异数(k)为22.35263;构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中一支与捻角野山羊聚为一支,而旋角野山羊单独聚为一支,说明捻角野山羊对中国南部地区家养山羊贡献较大。     

广西梨地方品种的遗传多样性研究

为评价广西梨地方品种的遗传多样性水平,对54份广西梨地方品种的叶绿体DNA高变区域accD-psaI进行测序。经比对后序列长度为683-936 bp不等,检测出单倍型数量为6个,1个简约性信息位点,5个单一突变位点,5个插入/缺失InDels片段,单倍型多样性Hd为0.710,核苷酸多样性Pi为0.64×10-3。单倍型H1、H2和H3为常见单倍型,其中H1在广西各地分布最为广泛。Median-joining Network图显示,单倍型H4和H5为原始单倍型,单倍型H2,H3,H8为较进化单倍型。2个原始单倍型均在横县地区的梨地方品种中检测到,同时横县地区的单倍型类型最多,推测横县地区为广西梨起源与多样性中心。     

Genetic diversity of Chinese indigenous goat breeds based on microsatellite markers

Eighteen microsatellites were used to investigate the genetic diversity and differentiation of eight Chinese indigenous goat breeds. The results indicated that there is a significant difference of genetic diversity between different loci. Chinese indigenous goat breeds have similar genetic diversity to other Asian goats, but with lower Fst. The clustering of individuals and populations showed that Chinese indigenous goat breeds might have originated from two ancestral populations. The genetic differentiation between populations is consistent with the results of archaeology, mtDNA and RAPD.     

Genetic diversity of Chinese domestic goat based on the mitochondrial DNA sequence variation

The aim of this study was to characterize the genetic diversity of domestic goat in China. For this purpose, we determined the sequence of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region in 72 individuals of the Yangtze River delta white goat, and reanalysed 723 published samples from 31 breeds/populations across China. All goat haplotypes were classified into four haplogroups (A–D) previously described. The phylogenetic pattern that emerged from the mtDNA control region sequence was confirmed by the analysis of the entire cytochrome b sequence of eight goats representative of the four haplogroups. It appeared that in Chinese domestic goat, haplogroups A and B were dominant and distributed in nearly all breeds/populations, while haplogroups C and D were only found in seven breeds/populations. Four breeds/populations contained all four haplogroups. When grouping the breeds/populations into five geographic groups based on their geographic distributions and ecological conditions, the southern pasturing area had the highest diversity whereas the northern farming area had the lowest diversity. 84.29% and 11.37% of the genetic variation were distributed within breeds and among breeds within the ecologically geographical areas, respectively; only 4% of genetic variation was observed among the five geographic areas. We speculate that the traditional seasonal pastoralism, the annual long-distance migrations that occurred in the past, and the commercial trade would account for the observed pattern by having favoured gene flows.     

乐至黑山羊与藏山羊HSC70、HSP70.1和基因的mRNA表达差异分析

 试验旨在利用qPCR 技术对热休克同源蛋白（HSC70）、热休克蛋白70.1（HSP70.1）和热休克转录因子1（HSF1）基因在乐至黑山羊和藏山羊五个组织样中的表达量进行研究,以探讨热休克蛋白家族70（HSP70）与山羊生态适应性的关系。结果表明,HSC70 mRNA在藏山羊心脏中的表达量是乐至黑山羊中的4.5倍(P<0.05),但在脑垂体中乐至黑山羊的表达量是藏山羊的3.7倍(P<0.05),在卵巢、肝脏和子宫中两品种间无显著差异;HSF1 mRNA在藏山羊卵巢、心脏中的表达量分别是乐至黑山羊的7.9倍和3.1倍(P<0.05),在肝脏和子宫中乐至黑山羊的表达量却分别是藏山羊的6.3倍和10.4倍 (P<0.05);HSP70.1 mRNA在乐至黑山羊脑垂体中的表达量是藏山羊的6.8倍 (P<0.05)。说明HSC70、HSP70.1和HSF1基因的表达与山羊的生活环境及饲养方式有一定的关系。     

京海黄鸡连续3个世代类胰岛素样生长因子-Ⅰ外显子3的多态性研究

以7、8、9世代京海黄鸡母鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术对IGF-Ⅰ基因外显子3多态位点进行研究,并计算基因型、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,A等位基因随着世代数的增加不断减少;3个世代之间基因型分布达到显著(P＜0.05)或极显著(P＜0.01)差异;遗传杂合度随世代数的增加而升高;该位点3个世代均为中度多态。初步推断选留的确对IGF-Ⅰ基因31位点造成了影响,该位点可应用于育种实践中。     

中国山羊品种资源及其遗传多样性研究

本文论述了中国山羊的起源、品种遗传资源及其遗传多样性的研究进展。最新调查 显示中国的山羊品种达50个,其中43个为地方品种,4个培育品种,3个引入品种,许多品种 具有独特的生产性能或适应能力。大量研究表明,我国山羊遗传多样性较为丰富。     

云南保种山羊血液同工酶遗传多样性研究

采用水平式淀粉胶电泳技术 ,对云南龙陵黄山羊、宁蒗黑头山羊、马关无角山羊和路南圭山羊等 4个保种山羊的 1 2 0个个体共 3 9个基因座位的基因多态性进行了研究。结果显示 ,云南 4个保种山羊品种在AKP、CES - 1、ESD、GOI、LAP、MDH、ME和NP基因座位出现多态。多态座位基因在不同保种山羊中分布不同。多态基因座位百分比 (P)在 4个保种山羊中分别为 0 .2 0 51 ,0 .1 53 8,0 .1 2 82和 0 .1 53 8。平均杂合度 (H)分别为 0 .0 95,0 .0 61 4 ,0 .0 4 67和 0 .0 662。用UPGMA法对由基因频率计算得到的Nei氏标准遗传距离进行聚类分析 ,结果表明云南保种山羊具地理分布及品种特点 ,龙陵黄山羊和其它 3个品种的遗传距离最远。     

新批准的西南地区5个山羊遗传资源mtDNA D-loop遗传多样性与亲缘关系研究

为了研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及其与其他羊种的亲缘关系,试验利用设计的引物对山羊的mtDNA D-loop序列进行了PCR扩增和测序,对序列数据进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区新批准的5个山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊;从亲缘关系来看,渝东黑山羊与板角山羊和南江黄羊亲缘关系较近,酉州乌羊与板角山羊亲缘关系最近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。说明渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯;新批准的5个山羊遗传资源的遗传距离和亲缘关系与其所处的地理位置存在密切关系。     

中国6个山羊群体微卫星标记的遗传多样性分析

利用30个微卫星座位，对中国6个群体山羊（阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善、辽宁绒山羊和陕南白山羊），共计240个个体的遗传多样性进行了分析。计算了各群体的等位基因频率，并以其为基础获得了各群体的平均杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均有效等位基因数（Ne），分别为0．367～0．467、0．533～0．639、2．571～4．915。分析了群体内和群体间的遗传变异，并根据遗传距离，进行了NJ聚类，结果将6个山羊群体分为两大类。为进一步对山羊品种的保存和利用提供科学的依据。     

4个地方绵羊品种系统发生关系的微卫星分析

试验旨在研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据。利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析;基于品种间标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树。4个地方绵羊品种共检测到70个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10~18之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81~5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.6152~0.7373,平均遗传杂合度(H)为0.6711~0.7820;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.0847,标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊为最大(0.5775、0.6126),小尾寒羊与乌珠穆沁羊为最小(0.1542、0.1955),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类。结果表明,4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化。选择的5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析。各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布基本一致。     

云南肉山羊黑色品系内不同家系遗传多样性分析

应用QIAxcel全自动遗传分析仪进行毛细管电泳,对云南肉山羊黑色品系5只公羊134只后代的基因组DNA进行了11个微卫星位点多态性分析,以期为这一品系的选育提高和合理选配提供科学依据。结果表明,在11个微卫星位点共检测到101个等位基因,片段大小在115～249 bp之间,全群平均期望杂合度和平均多态信息含量均在0.5以上,表明云南肉山羊黑色品系遗传多样性丰富。对5只公羊UPGMA聚类分析表明:5只公羊间遗传一致度较高,说明云南肉山羊黑色品系具备了相对统一的遗传基础;系统聚类图直观地显示出公羊N7379和N7373存在较近的亲缘关系,被聚为一支,而公羊N5043、N7303、N5049间也存在较近的亲缘关系,被聚为另一支,分属于不同分支的公羊间亲缘关系相对较远。