卡特兰DUS测试性状与SSR标记的关联分析

为挖掘与卡特兰（Cattleya）表型性状显著相关的分子标记,对160份卡特兰品种的63个DUS（特异性、一致性和稳定性）测试性状进行鉴定描述,用筛选得到的22对核心SSR引物对这些品种进行遗传多样性分析,并利用TASSEL2.1软件的一般线性模型（generallinearmodel,GLM）和混合模型（mixed linear model,MLM）依次对供试品种8个主要观赏性状进行关联分析。研究结果显示,22对核心SSR引物共得到293个等位变异位点,变异幅度在3～28之间,PIC值平均为0.8531,平均Shannon’s信息指数（I）为2.3280。基于Nei’s遗传距离进行聚类分析,可将160份卡特兰品种分为两大种群。GLM模型分析共检测到17个标记分别与4个性状相关联;MLM共检测到15个标记分别与6个性状相关联;共有15个标记被两种模型同时检测到与表型性状相关联。SSR42和SSR9这两个标记在两种模型中多次出现,与花长度、花颜色和中萼片性状等多个性状相关联,体现了“一因多效”现象。     

与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析

利用40 个EST-SSR 标记,对100 份甘蓝自交系组成的自然群体进行遗传结构分析,采用TASSEL3.0 软件的GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）模型,对甘蓝中心柱长和中心柱长/球高比值性状进行关联分析。结果显示供试材料可分为3 个亚群;EST-SSR 位点间有较高的多态性和一定程度的连锁不平衡;以GLM 模型分析,共检测出5 个标记的7 个位点与中心柱长性状相关联,2 个标记的3 个位点与中心柱长/球高性状相关联,其中2 个位点同时与两个性状相关联;以MLM 模型分析,共检测出3 个标记的4 个位点与中心柱长性状相关联,1 个标记的2 个位点与中心柱长/球高性状相关联,其中2 个位点同时与两个性状相关联。GLM 和MLM 两种模型同时检测到了与中心柱长/球高相关联的1 个标记的2 个位点以及与中心柱长相关联的3 个标记的4 个位点。     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。     

野生毛花猕猴桃叶片和果实AsA 含量的SSR 标记关联分析

 以抗坏血酸（AsA）含量变异丰富的野生毛花猕猴桃（Actinidia eriantha Benth.）种群为试 验材料,对其叶片和果实中的AsA 含量与SSR 标记进行关联分析。结果表明：通过SSR 分子标记技术和 群体结构分析,可将70 份野生毛花猕猴桃种质材料分为4 个亚群;GLM 模型分析结果显示,在P < 0.01 水平上检测有7 个SSR 标记与叶片和果实AsA 含量紧密相关,各标记对叶片和果实AsA 含量变异的解释 率在0.082 5 ~ 0.175 5;MLM 模型分析结果显示,在P < 0.01 的水平上共检测到有6 个SSR 标记分别与 叶片和果实AsA 含量紧密相关,各个标记的解释率在0.073 6 ~ 0.154 6 之间。发现了与叶片及果实中的 AsA 含量关联的优异SSR 标记位点（UDK96-040、UDK96-053、UDK97-408、UDK97-414 和Ke227）。     

香水柠檬×白花柠檬群体子代表型及遗传变异分析

【目的】利用简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)标记和表型性状分析探究香水柠檬×白花柠檬群体子代遗传多样性,为后续柠檬遗传连锁图谱构建、数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)定位及遗传育种提供参考。【方法】对香水柠檬×白花柠檬群体子代的叶、花和果等15个表型性状进行观测描述,并结合SSR和SCoT标记,通过遗传多样性参数、相关性分析和非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析等方法进行遗传多样性分析。【结果】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状遗传变异丰富,变异系数为9.76%~45.37%,其中单果质量变异系数最大;叶形指数、果形指数、单果质量等13个性状在杂种后代中符合数量性状遗传特点,各性状中均存在一定比例超亲个体;嫩叶色和花色性状分离广泛;叶、花和果实之间存在多对性状呈极显著或显著相关。20对SSR标记扩增出57个等位基因位点,多态性为100%;11个SCoT标记共检测到49个等位基因位点,多态性位点35个,占71.43%。基于SSR和SCoT标记得到的基因多样性指数均值分别为0.460 9和0.158 3,这2个标记在杂种群体间的Nei’s遗传距离均值分别为0.247 7和0.176 2;聚类结果显示,在遗传距离小于0.1时,2个标记均表现出较少杂种后代与亲本聚为一组,单株间变异丰富;Mantel检验显示,SSR和SCoT标记在杂种群体的遗传距离相关性不显著(r=0.302 1,p=1.000)。【结论】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状分离广泛,杂种群体内存在一定的基因重组,遗传多样性丰富。     

切花菊瓶插寿命的关联分析与QTL定位

为揭示切花菊瓶插寿命的数量遗传变异机制及其相关的分子标记，以80个切花菊品种和100个‘南农雪峰’ב蒙白’F1代杂交株系为材料，系统调查瓶插寿命的表型变异，并通过关联分析和连锁作图解析瓶插寿命的遗传机制。结果表明，切花菊品种的瓶插寿命为20 ~ 58 d，变异系数为17.96%；F1群体瓶插寿命在24 ~ 56 d之间，基本符合正态分布，且普遍存在超亲个体。基于混合线性模型（MLM）的关联分析检测到6个与瓶插寿命性状显著相关的标记，单个标记的表型贡献率为8.67% ~ 11.26%，其中，标记SSR131-3、SSR149-4和SSR150-5的贡献率较高，分别为10.20%、11.26%和11.14%，应为主效位点；QTL定位分析在‘南农雪峰’连锁图的X2连锁群检测到2个控制瓶插寿命性状的加性QTL（qVLX2-1、qVLX2-2），其加性效应分别为11.60和10.86 d，贡献率分别为6.34% 和3.15%。     

菜薹品质性状与SSR标记的关联分析

为挖掘与菜薹品质性状相关的分子标记,选用具有多态性的84个SSR标记分析了81份菜薹种质材料的遗传多样性,并采用TASSEL3.0软件中混合线性模型(MLM)对菜薹群体材料的单株质量、叶绿素含量、维生素C含量、可溶性总糖含量、可溶性蛋白含量和硝酸盐含量等6个品质性状进行关联分析。结果显示,84个SSR标记在81份菜薹种质材料中共检测出310个等位位点,引物多态信息量(PIC)在0.1878～0.9902,平均值为0.6119;81份菜薹种质材料的遗传相似系数(GS)在0.4742～0.8958,平均值为0.6294;在GS值为0.596水平上,81份菜薹种质可聚为4个类群。关联分析显示,10个等位位点与菜薹4个品质性状显著相关(P 0.01),对表型变异的贡献率为8.59%～11.50%,其中5个等位位点表现为增效表型效应,其余5个等位位点为减效表型效应。基于等位位点的分析结果,鉴定出典型的载体材料11份,分别携带有4～8个优异等位位点。本研究发掘的与菜薹品质性状相关的优异等位位点及载体材料,可为高品质菜薹的分子标记辅助育种提供参考。     

野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析

以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。     

樱桃种质SCoT分子标记与叶片表型性状关联分析

利用本研究中建立的樱桃SCoT标记分析体系,进行适宜引物筛选,进而对12个樱桃品种进行SCoT分子标记、叶片表型性状遗传多样性及两者关联分析.结果 显示:从102条SCoT标记引物中筛选出46条适宜樱桃遗传分析的标记引物,筛选率达45.1％;参试的18条SCoT引物共获得等位位点数77个,其中多态性位点65个,多态性比...     

甜瓜果实可溶性固形物含量的关联作图及优异等位变异发掘

从国家西瓜甜瓜种质中期库(郑州)中抽取192份有代表性的甜瓜种质,于2013、2014和2015年分别测定成熟果实可溶性固形物含量(soluble solid content,SSC),采用在甜瓜染色体上均匀分布的104个SSR标记对SSC进行关联作图,发掘显著性关联位点及优异等位变异。结果表明,192份甜瓜种质果实的SSC变异明显,可划分为2个亚群,即薄皮种质亚群和厚皮种质亚群。应用一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM),共检测到与SSC相关的16个位点,分布在10条染色体上,其中第9染色体的关联位点数最多。6个位点在2个年份稳定表达,3个位点在3个年份均稳定表达,7个位点与已报道的QTL定位结果一致。共检出8个表型解释率高且稳定表达的SSR位点,其等位变异的表型效应变幅为–5.87~4.06。等位变异CMATN22-166的增效作用最明显,平均效应为2.56,典型承载种质为伊丽莎白;CMCTTN166-157的减效作用最明显,平均效应为–5.16,典型承载种质为印度地方种质PI163206。5个优异等位变异是优势等位变异,3个是低频率(0.3)的优异等位变异。     

基于表型和SRAP 标记的切花菊品种遗传多样性分析

 利用45 个表型性状和SRAP 标记分析56 个切花菊品种的遗传多样性。表型变异分析结果 表明：21 个性状表现出品种内一致性高及品种间特异性强;主成分分析发现,主成分贡献值较大的性状 有花序直径、花序类型和瓣型等花部性状,其次是叶部和茎杆性状,说明所选用的切花菊品种在分类时 应以花部性状为主,叶部和茎杆性状为辅;表型性状基于遗传距离UPGMA 聚类,将56 个切花菊品种分 为平瓣类、匙瓣类、桂瓣类、匙瓣-平瓣类和管瓣类,聚类结果大致按照花径-瓣型-花型分类。14 对 SRAP 引物组合扩增56 个切花菊品种的DNA,共扩增出454 条带,其中多态性带423 条,占扩增带数的 93.17%,多态性含量PIC 值在0.72 ~ 0.89 之间,平均为0.82,说明切花菊品种在分子水平上具有丰富的 遗传多样性。基于SRAP 标记的UPGMA 聚类分析显示：品种间遗传相似系数在0.64 ~ 0.97 之间,将56 个切花菊品种分为平瓣类-匙瓣、桂瓣类和管瓣类,聚类结果大致按照花径-瓣型-花型分类。Mantel 检验相关性系数为0.682,两种聚类结果有相似之处,均能很好体现试验切花菊品种间的遗传关系。     

Association analysis of yield,oil and fatty acid content,and main phenotypic traits in Paeonia rockii as an oil crop

Tree peony has been recently recognised as an oil crop in China. To identify the molecular markers associated with nine important oil-related traits, we performed association analysis among 205 P. rockii genotypes for three consecutive years using 102 polymorphic simple sequence repeats (SSRs). As a result, the phenotypic traits showed higher coefficient of variation (CV) level ranged from 7.47% to 72.76%. Based on the general linear model (GLM, Q) and mixed linear model (MLM, Q + K), the marker-trait associations were different; however, a total of 74 allelic variations were repeatedly detected in all the three consecutive seasons, with 15 SSR markers associated with five traits, such as yield per plant (Y), the number of valid fruits per plant (PFN), the produced seed ratio (YFWR), hundred seed weight (HKW), and linolenic acid content (LA). In conclusion, the SSR markers ps207, ps328 and ps356 associated with Y, and ps345 associated with LA, which would provide an efficient reference for oil tree peony breeding.     

菜心重要农艺性状与SSR分子标记的关联分析

菜心是华南地区的主要蔬菜,利用分子标记辅助育种发掘出与重要农艺性状相关的分子,不仅可以加速优良品种的选育进程,还可以定向地优化目标性状,培育出高产优质的菜心品种.本研究选用148 份来自宁夏银川和广东南沙田间种植的菜心种质材料,采集株高、株质量、薹高、薹质量和薹粗5 个重要农艺性状的数据;利用SSR 标记对其进行基因分...     

苹果抗炭疽菌叶枯病基因相关的4个分子标记的准确性验证

利用50个苹果栽培品种(系)对与抗炭疽菌叶枯病基因(R_(gls))位点紧密连锁的4个分子标记S0405127(SSR)、S0304673(SSR)、SNP4236和In Del4254的准确性进行验证。室内离体接种表型鉴定及分子标记基因型鉴定的结果表明,4个分子标记验证苹果炭疽菌叶枯病抗性的准确率分别为90%、94%、96%和92%。     

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。