腾冲雪鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.016 41±0.000 28,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。     

藏绵羊DQA1基因多态性分析

 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。     

西藏牦牛mtDNA ATP8全序列测定及遗传多样性分析

对西藏16个牦牛类群共367头个体的mt DNA ATP8(Adenosine Triphosphate 8)基因进行克隆及序列分析。结果表明,西藏牦牛mt DNA ATP8基因全长201~203 bp,T、C、A和G 4种核苷酸的平均比例分别为29.3%、23.0%、41.8%和6.0%,A+T含量明显高于G+C,表现出一定的碱基偏倚性;在367头牦牛中,共检测到19个变异位点,其中单一信息位点15个,简约信息位点4个,存在转换和插入2种变异类型,碱基替换中存在转换73次,以A/G、T/C为主,占98.63%;在插入变异类型中以A碱基插入为主;367头牦牛共捡出20种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.332和0.001 89,说明西藏牦牛具有较贫乏的遗传多样性;聚类分析显示,西藏牦牛可分为2类,其中桑日牦牛、类乌齐牦牛和桑日牦牛为1类,其余牦牛类群为另1类。20种单倍型可以分为2个聚类簇(I和Ⅱ),其中聚类簇I包含17种单倍型,占全部单倍型数的77.27%,包含了本次研究中的所有西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有3种单倍型,囊括了除错那、嘉黎、康布和帕里类群外的12个类群,显示西藏牦牛存在2个母系起源。     

昭通牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01～H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10～H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,...     

南阳牛HCRTR1基因编码区单核苷酸多态性分析

 【目的】研究南阳牛HCRTR1基因编码区单核苷酸多态性,为利用遗传标记进行肉牛选育奠定基础。【方法】以122头南阳牛为试验动物,利用PCR-SSCP及测序方法研究了HCRTR1基因全部编码区序列的多态性,并对发现的SNP位点进行了遗传特性及单倍型分析。【结果】在该基因的编码区首次发现11个SNP位点,分别为G322A、G384C、T420C、C423T、T481A、C510A、T627C、C631T、G690A、G714A和C736T,其中在322、481、631和736bp处的突变都导致了氨基酸的改变,而其余7处均为同义突变。在322、510和736 bp处的SNP表现为中度多态,PIC分别为0.3731、0.3190和0.2851,其余8处的SNP位点均呈现低度多态。对多态位点进行单倍型分析,发现在南阳牛122个个体中共检测到29种单倍型, 其中有2种单倍型的频率超过了10%;7种单倍型的频率小于1%;其余20种单倍型的频率均在1%～10%。【结论】本研究测定了南阳牛122个个体的HCRTR1基因的多态性,在全部编码区检测到11个多态性单核酸变异,构成了29种单倍型。     

藏绵羊基因OLA-DQA2第2外显子多态性分析

 【目的】针对藏绵羊腐蹄病所带来的死亡现象,选择与该病相关的基因OLA-DQA2为研究对象,分析群体中该基因的遗传多态性及变异特征,为进一步寻求抗病分子育种提供依据。【方法】采用PCR-SSCP检测216只表型正常和患病藏绵羊OLA-DQA2基因第2外显子的多态性,克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确藏绵羊OLA-DQA2基因等位基因之间的遗传关系。【结果】藏绵羊DQA2基因第2外显子中表现了15个基因型。发现藏绵羊群体中OLA-DQA2基因第2外显子有8个新等位基因,分别命名为OLA-DQA2*H、*I、*J、*K、*L、*M、*N和*O,使绵羊基因库中该座位的等位基因数量从23个增加到31个。序列分析中发现71个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换39个(占54.9%),颠换23个(占32.4%)。【结论】藏绵羊DQA2基因第2外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源。     

太湖大银鱼(Protosalanx chinensis)细胞色素b基因序列多态性分析

为科学保护太湖大银鱼种质资源,制定合理的野生资源保护策略,实现太湖大银鱼资源的可持续发展和利用,以细胞色素b基因(cyt b)作为分子标记,对太湖大银鱼野生群体进行遗传多样性分析。通过PCR扩增与序列测定获得了cyt b基因全长序列(1 141 bp)。在35条同源cyt b基因序列中,A、T、G和C碱基的平均含量分别为21.67%、29.25%、16.71%和32.36%,A+T的含量(50.92%)略高于G+C的含量(49.07%)。Cyt b中共检出13个变异位点,总变异率为1.14%,其中9个为简约信息位点,4个为单一信息位点。35条cyt b序列共定义12个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,NJ法构建的单倍型系统进化树显示所有单倍型聚为一支,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.850±0.045和0.002 96±0.000 17,平均核苷酸差异数为3.378。中性检验分析结果显示Tajima’s D值为0.224 52,且差异不显著(P0.10),这表明太湖大银鱼种群稳定,没有经历种群扩张。     

苦瓜MAP30基因克隆与单倍型分析

【目的】以揭示苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型为目的,为研究MAP30基因表达调控机制提供参考。【方法】以34份苦瓜初级核心种质为材料,参考苦瓜基因组序列,克隆MAP30基因,利用多种生物信息学软件分析苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型。【结果】苦瓜MAP30基因全长920 bp,包括52 bp的5′-UTR,7 bp的3′-UTR,861 bp的ORF,无内含子序列,编码286个氨基酸。系统进化分析表明:MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白亲缘关系较远,MAP30蛋白在苦瓜属植物中保守性较强。通过比较34份苦瓜种质资源MAP30基因序列,共发现6个SNP位点,第1个SNP位于5′-UTR区,其余5个SNP位于编码区。SNP分组发现:34份苦瓜种质资源MAP30基因共存在3种单倍型。3种单倍型编码的氨基酸序列比对显示:共存在3个氨基酸变异位点,分别是第2位M/V、第69位R/H、第74位N/D,3个氨基酸变异位点分别对应于第2、3、4 SNP位点,第5、6 SNP位点并未引起氨基酸的改变。【结论】本研究克隆了MAP30完整基因结构并分析了MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白的亲缘关系,另外分析了不同苦瓜种质MAP30基因SNP分布情况及单倍型种类。     

乌骨绵羊NR5A2基因编码区序列克隆及特征分析

为了研究NR5A2基因在乌骨绵羊中的序列特征,利用PCR和克隆测序技术获得乌骨绵羊NR5A2基因的外显子序列,用DNAMAN软件和DNAStar软件对序列进行比对和拼接、运用Clustal软件与其他物种相应序列进行同源比对分析,MEGA5.1软件用来构建哺乳动物NR5A2蛋白质系统进化树,用DNA池方法对其编码区序列的SNPs位点进行筛选。结果显示:乌骨绵羊NR5A2基因编码区全长1 488 bp,共编码495个氨基酸;乌骨绵羊的NR5A2基因编码区核苷酸序列与湖羊和牛的同源性分别为99.87%和85.51%;氨基酸序列的一致性分别为99.41%和89.66%。与湖羊相比,乌骨绵羊NR5A2基因编码区共发现3个单碱基突变(C1069A、C1419T和G1485A),其中C1069A位点突变引起了氨基酸的改变,从亮氨酸变为异亮氨酸。在乌骨绵羊的编码区现了一个单核苷酸突变位点G999C。     

“云新高原”核桃及其亲本的叶绿体DNA差异分析

【目的】研究核桃人工种间杂交种云新高原与其亲本(母本为漾濞泡核桃,父本为云林A7)的叶绿体DNA的差异,了解核桃叶绿体DNA的遗传规律,并挖掘多态性高的叶绿体基因片段。【方法】基于NCBI数据库中深纹核桃和核桃叶绿体全基因组序列的比对和分析,针对其中的变异位点设计引物,进而对云新高原及其母本漾濞泡核桃、父本早实核桃云林A7的目的基因片段进行多态性检测。【结果】深纹核桃与核桃的叶绿体基因组存在14个变异位点、30个碱基的差异,其中7个为核苷酸多态性变异(SNP),7个为碱基插入/缺失变异(InDel)。对云新高原及其亲本的这14个位点及其附近片段进行检测,发现三者有33个变异位点,云新高原与其母本在其中21个位点上保持相同碱基,占全部变异位点数的64%;云新高原与其父本在余下12个位点上保持相同碱基,占全部变异位点数的36%。这33个变异位点分属11个基因或基因间隔区片段,可以分为11个单倍型,云新高原的这11个单倍型中有10个与母本相同,1个为双亲的嵌合体。【结论】核桃叶绿体DNA的遗传方式为以母系遗传为主的双亲遗传;核桃ndhF-rpl32DNA片段存在多个变异位点,是多态性高的叶绿体基因片段,可广泛应用于核桃系统发育、群体遗传和种内品种鉴定等研究。