禽多杀性巴氏杆菌ompW基因的克隆与序列分析

提取禽多杀性巴氏杆菌分离株Pm27基因组DNA,参考GenBank中Pm70株ompW基因序列设计引物,应用PCR技术扩增了细菌ompW基因,将扩增片段克隆到pMD18-T载体后测序。生物信息学分析表明,该基因编码区长度为615bp,编码204个氨基酸;氨基酸序列与参考株Pm70 OmpW蛋白的同源性最高,达98%;与睡眠嗜血杆菌的同源性77%,与琥珀酸产生菌的同源性为69.3%,与霍乱弧菌、大肠杆菌、耶尔森菌的同源性为50%左右。OmpW蛋白前21个氨基酸残基为信号肽序列,潜在的糖基化位点位于第122位氨基酸残基。     

禽多杀性巴氏杆菌C48-1株omp基因克隆及序列分析

根据Genbank中禽多杀性巴氏杆菌的omp（outer membrane protein）基因核苷酸序列设计1对特异性引物,应用PCR方法扩增出禽多杀性巴氏杆菌（5∶A）C48-1株的omp基因全长片段,与克隆载体pmD18-T连接后,转化感受态细胞,对经PCR鉴定和酶切鉴定均为阳性的克隆进行测序。结果表明omp基因全长2 376bp,编码791个氨基酸。序列分析表明该菌株与PBA100株、P52株、EU570212、PM70株核苷酸同源性为48.7%～98.6%,氨基酸同源性为34.8%～99.0%。     

11株禽多杀性巴氏杆菌OmpA基因克隆测序及其序列分析

为了解国内禽多杀性巴氏杆菌流行株（Pasteurella multocida,Pm）OmpA基因的变异情况,参考GenBank中已发表的多杀性巴氏杆菌序列设计一对特异性引物,采用PCR方法对11个禽Pm菌株和3个荚膜型参考株（A,B,D）的OmpA基因进行扩增,将各菌株纯化回收的扩增产物与pMD18-T载体连接,筛选阳性克隆进行测序。结果表明：14个菌株的OmpA基因开放阅读框在1 047～1 077 bp之间,其中长度为1 062 bp的有9个菌株;Signal IP 4.0预测表明,信号肽均为N端21个氨基酸残基,成熟蛋白氨基酸残基数量在327～332之间,推测的分子量为35.19～36.35 kD。与GenBank中12个菌株OmpA基因核苷酸序列比对及遗传进化分析发现,核苷酸同源性为85.3%～100%;氨基酸同源性为83.1%～100%;其中C48-1,1010,9003,890920,921012,xj等6个国内禽Pm分离株OmpA序列同源性为100%。由此可见国内禽Pm菌株OmpA基因非常保守。     

禽多杀性巴氏杆菌外膜蛋白H基因的克隆表达及抗原性鉴定

为了对禽多杀性巴氏杆菌(Pm)外膜蛋白H(Omp H)的免疫学活性进行鉴定,本研究根据已发表的多杀性巴氏杆菌X-73株(U50907.1)设计了两对引物,用PCR方法扩增了禽多杀性巴氏杆菌CVCC44801株的Omp H,扩增片段为1 348bp(ORF为1 056bp)。扩增的Omp H与GenBank中登录号为AE004439.1(Pm70株)、EF635422.1(C44-1株)、EU016232.1(P52株)、JQ082510.1(XJ121株)、U50907.1(X-73株)、U52200.1(P-1059株)的序列比对分析结果表明,其核苷酸同源性范围在80.2%~98.4%,氨基酸同源性范围在79.6%~98.5%。扩增了去信号肽的Omp H基因,构建原核重组表达质粒pET-Omp H,转化BL21并诱导表达,SDS-PAGE结果表明,表达蛋白约为56ku,与预期分子量的大小相符;蛋白免疫印迹试验结果表明,该蛋白具有良好的免疫学活性,为建立禽Pm血清学检测方法以及禽多杀性巴氏杆菌外膜蛋白疫苗的研究奠定了基础。     

鸭多杀性巴氏杆菌外膜蛋白A基因表达及抗原性鉴定

根据已发表的Pm70株的序列(GenBank登录号:AE004439)设计了两对引物,用PCR方法扩增了鸭多杀性巴氏杆菌标准株C48-102的外膜蛋白基因A(ompA),扩增的片段为1062bp。将测序结果与GenBank中多杀性巴氏杆菌P52、PM70、T931317、T94289的ompA序列比对结果表明,核苷酸水平上同源性为89.0%～98.9%;在氨基酸水平上同源性为90.7%～99.2%。全ompA序列在大肠杆菌中干扰蛋白的正常表达,因此截断ompA蛋白的信号肽序列,将去信号肽的ompA基因插入到pPRO-EX-Htb载体上,构建了原核表达载体Htb-ompA,转化BL21,并诱导表达,SDS-PAGE结果表明,表达蛋白约为35kDa,与预期的分子量大小相符。Western-blot结果表明,表达的蛋白具有良好的抗原活性。本研究重组蛋白ompA的获得,为敲除ompA基因多杀性巴氏杆菌突变株的血清学检测奠定基础。     

西藏牦牛源多杀性巴氏杆菌OmpH基因的遗传进化、分子特征和抗原性分析

本研究旨在分析一株西藏牦牛源多杀性巴氏杆菌OmpH基因的遗传进化、分子特征和抗原性。从一株西藏牦牛源B型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序中获得OmpH基因序列,对其核苷酸序列进行遗传进化分析,通过生物信息学软件在线对OmpH基因编码的氨基酸序列进行理论分子质量、理论等电点、亲水性和疏水性、跨膜结构、结构域、二、三级结构及抗原性分析。结果表明OmpH基因全长1 002 bp,编码333个氨基酸;遗传进化分析发现,西藏牦牛源Pm的OmpH基因与新疆牦牛源的同源性最近。OmpH蛋白的分子特性分析发现该蛋白为亲水性蛋白,较为稳定,具有信号肽结构,所有序列均在膜外,无跨膜结构,属于分泌型蛋白,在PFAM数据库中存在Porin＿1结构域及低复杂性区域;该蛋白的二、三级蛋白结构分析发现分子同源三聚体构成,其中无规则卷曲占比45.35%,结构较为稳定。抗原性分析OmpH蛋白的保护性抗原的总体预测为0.6945,高出正常阈值0.2945。OmpH具有抗原性的可能性较大,可作为免疫原性蛋白和多杀性巴氏杆菌疫苗的较佳候选抗原。     

兔多杀性巴氏杆菌株外膜蛋白A基因克隆及序列分析

参考GenBank中登录的多杀性巴氏杆菌序列设计了一对特异性引物,采用PCR方法分别扩增出兔多杀性巴氏杆菌C_51-2-499株、C_51-3-500株的OmpA全长片段,克隆到pMD18-T载体上进行序列测定和分析。结果表明：OmpA全长1068 kb,含有一个1068 kb的开放阅读框(ORF),编码353个氨基酸,相对分子量为37 969.8 kD,等电点pI为8.90。与6株参考菌株比较,核苷酸同源性为897%～99.1%,氨基酸同源性为82.9%～98.6%。     

3株不同毒力巴氏杆菌外膜蛋白H基因克隆及序列分析

参照GenBank中巴氏杆菌外膜蛋白H(ompH)基因核苷酸序列,设计了一对特异性引物,通过PCR方法,扩增了3株不同毒力猪源巴氏杆菌CA4-1株、679-230株、3397A株ompH全基因.PCR产物克隆至pMD18T载体,进行序列分析,发现3个菌株ompH基因完整的ORF大小分别为1008 bp、1008 bp和1047 bp,分别编码336、336、349个氨基酸,它们的前20个氨基酸均组成信号肽.与已知的15个Heddleston血清型的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较,核苷酸同源性在83.3%～99.8%,氨基酸同源性在79.2%～99.4%.序列分析结果表明,ompH基因在不同血清型之间具有较高的同源性.     

多杀性巴氏杆菌分离鉴定及序列分析

旨在了解新疆地区多杀性巴氏杆菌主要流行株的特性。通过病原的分离纯化、PCR扩增及测序,分析8株多杀性巴氏杆菌的血清型,16S rDNA基因、ompH基因和ompA基因的差异。结果表明,3株羊源、2株牛源和1株禽源分离株为荚膜A型,1株牦牛源分离株为荚膜B型,1株标准株为荚膜E型,均具有很强的致病性。分离株与GenBank公布的代表株的16S rDNA基因、ompH及ompA基因同源性分别为93%~100%、93%~100%、98%~100%。ompH基因的ORF氨基酸C端最后10个氨基酸变化较大,分离到5株ompA基因的ORF氨基酸序列N端多出6个氨基酸（M-K-R-I-I-Q）替代原先的起始位置。可见：新疆主要流行株为强致病性的荚膜A型,且有出现变异趋势。     

一株鹅源多杀性巴氏杆菌强毒株的分离鉴定及其血清型鉴定相关基因的克隆

为探索某鹅场鹅巴氏杆菌病疫情发生的原因,采集初诊为鹅巴氏杆菌感染病例的肝脏、心脏等样品进行细菌分离纯化,经过染色镜检、培养特性、生化试验、种与血清型PCR鉴定、致病性试验和药敏试验等进行鉴定,并根据GenBank中多杀性巴氏杆菌血清型相关基因设计引物进行其血清型相关基因的克隆分析。结果显示,分离到1株荚膜A型鹅源多杀性巴氏杆菌,属于多杀亚种,血清型Ⅰ型,具有较强致病性,对实验小鼠最小致死量为5 cfu。该分离菌株具有多重耐药性,仅对头孢三嗪、头孢噻吩、头孢他啶、头孢唑肟和氟苯尼考5种药物敏感。成功克隆的该分离菌株荚膜合成相关基因hyaD hyaC的开放阅读框4 155 bp,与已发布基因序列同源性高达99%;血清型Ⅰ型PCR的扩增基因片段303 bp,与巴氏杆菌C48 1株扩增基因片段序列完全相同。综上,该株血清型Ⅰ型荚膜A型的鹅源多杀性巴氏杆菌强毒株,是鹅场疫情发生的病原,克隆的荚膜合成相关基因和菌体血清型特异性基因遗传相对稳定。     

绵羊痘病毒甘肃流行株膜蛋白ORF23基因的克隆及序列分析

从甘肃景泰县疑似患羊痘的绵羊皮肤组织中提取基因组DNA,PCR扩增膜蛋白ORF23基因.序列分析表明,该基因由1113个核苷酸组成,编码370个氨基酸,A+T含量占69.90%,G+C含量仅占30.10%.绵羊痘病毒甘肃株ORF23基因与A株、NISKHI株之间的核苷酸同源性分别为99.6%和99.5%,氨基酸同源性分别为98.7%和98.4%;与皮肤疙瘩病病毒NW-LW株和山羊痘病毒Pellor株之间的核苷酸同源性均为98.2%.结构预测显示,ORF23膜蛋白为非分泌蛋白,具有一个O连结糖基化位点.可见,ORF23膜蛋白在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,具有潜在的疫苗和诊断研究价值.     

猪Sirtuin3基因的克隆与进化分析

从猪十二指肠肠道组织提取总RNA,采用RT-PCR方法克隆了猪Sirtuin3基因,并与GenBank中的9个其他物种的核酸序列进行了同源性分析,采用邻接法构建了分子系统进化树。结果表明克隆的猪Sirtuin3基因长999bp,编码332个氨基酸,前21个为信号肽;猪Sirtuin3与牛、人的同源性最高,分别为86．3％、79．6％,分子进化树也表明猪的Sirtuin3与牛、人的亲缘关系最近。     

猪链球菌ZKHY株gdh基因的克隆与序列分析

对猪链球菌ZKHY株的谷氨酸脱氢酶基因(gdh)进行克隆和序列分析,以ZKHY株的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出谷氨酸脱氢酶基因片段,克隆于pMD-18T载体,转化宿主菌JM109中进行序列测定。将测序结果与GenBank已登录序列进行核苷酸和氨基酸的同源性分析。序列分析显示,成功克隆了猪链球菌ZKHY株的gdh基因,ZKHY与已报道的猪链球菌gdh基因有密切的亲缘关系,核酸序列与血清2、7、9型的同源性为97.2%~98.4%,其中与2型菌株同源性为97.2%~97.3%;与7型菌株同源性为98.4%;与9型菌株同源性为97.6%。其编码的氨基酸序列同源性则更高,与GenBank中已收录的序列同源性在98.9%以上。ZKYH株可能是属于2、7、9型之外的其他血清型;所克隆的基因在猪链球菌之中非常保守,可以进行表达以用作免疫学方面的相关研究。     

猪捷申病毒中国株3ABC基因的克隆及序列分析

根据已报道的Swine/CH/IMH/03基因序列设计1对引物,从已分离的中国株捷申病毒中提取总RNA,经RT-PCR扩增得到3ABC基因.并将该基因克隆到pMD18-T载体中,经序列测序,并与GenBank上的14种毒株序列进行比对.结果表明:猪捷申病株中国株(PTV-3ABC)与F65毒株、PTV-1毒株、Swine/CH/IMH/03毒株和Talfan毒株的同源性比较高,分别为96.5%,99.5%和99.4%分别为99.4%,氨基酸同源性分别为95.6%,98.8%,98.4%和98.8%.系统发育树表明,此中国株捷申病毒属于PTV-1型.     

三元杂交猪IL-18全基因的序列测定及分析

白细胞介素-18（IL-18）又称γ干扰素诱导因子（IGIF）,研究表明IL-18是一种重要的新型免疫佐剂分子。为探讨猪IL-18的免疫佐剂作用,该研究根据已发表的猪IL-18基因序列,设计并合成1对特异性引物,从猪脾脏中直接扩增得到猪IL-18全基因,并进行克隆和序列测定、分析。     

烟草花叶病毒蚕豆分离物移动蛋白基因克隆及序列分析

根据已报道的ＴＭＶ Ｕ１株系（ＴＭＶ－Ｕ１）的序列设计了特异性引物,利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,从烟 草花叶病毒蚕豆分离物（ＴＭＶ－Ｂ）上扩增移动蛋白（ＭＰ）基因及其邻近序列。将此ｃＤＮＡ片段克隆于 ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＳＫ质粒上,进行测序分析。结果表明：ＭＰ基因由８０７个核苷酸组成,编码２６８个氨基酸。与 ＴＭＶ－Ｕ１的ＭＰ基因序列比较,核苷酸序列及推导出的氨基酸序列的同源性分别为９９．０１％和 ９８．８９％。与ＴＭＶ－Ｙｕ的ＭＰ基因序列比较,同源性分别为９８．１４％和９８．８９％。说明ＴＭＶ的ＭＰ基因 在不同株系中是非常保守的。     

产甲酸草酸杆菌oxc基因的克隆及其蛋白结构预测

参考GenBank中已公布的产甲酸草酸杆菌(Oxalobacter formigenes,OxB)的参考序列(M77128)设计了一对扩增OXC酶蛋白基因的引物,对产甲酸草酸杆菌(ATCC 35274)的DNA抽提物进行扩增,获得了特异性的扩增片段.运用Lnternet网络上的数据库及程序,对OXC酶蛋白的理化性质、结构和功能进行生物信息学分析.结果显示克隆序列与参考序列的核苷酸序列以及推导的氨基酸序列的同源性达到99.9%和99.6%,预测该酶蛋白是分泌到胞外行使生物学功能的胞外酶,具有良好的抗原性和亲水性,二级结构是以α-螺旋为主的混合型蛋白而且其二级结构预测显示OXC酶蛋白属于硫胺素焦磷酸依赖酶家族,和其它酶家族成员一样能够发挥降解草酸的功能.     

猪心脏脂肪酸结合蛋白基因的克隆和测序分析

 根据GeneBank发表的猪心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因序列,设计合成一对引物,从杜长大三元杂交猪的腰大肌中提取总RNA,对H-FABP基因进行RT-PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,呈现一条约124 bp的条带,回收纯化后,将其克隆至pMD18-T质粒载体中,然后进行核苷酸序列分析。与GeneBank中报道的H-FABP基因比较后发现,该基因片段与其它的核苷酸的同源性为94%～100%,推导的氨基酸的同源性为100%.     

弓形虫自然弱毒株棒状蛋白2基因克隆及序列分析

应用PCR法从弓形虫QHO株速殖子基因组DNA中扩增ROP2的基因片断,连接到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌JM109,经酶切及PCR鉴定后进行测序,并进行序列分析.结果表明,自然弱毒株的开放阅读框架(ORF)与ROP2基因已知序列(Z36906)的ORF具有97%的同源性,氨基酸序列具有95%的同源性.