猪流感病毒基因芯片检测技术的研究

根据猪流感病毒(SIV)的M基因序列设计了1对特异性引物M1/M2,扩增出大小为229 bp的目的片段.针对这个基因片段,再设计合成4条寡核苷酸探针,其中反向引物的5'端用荧光素Cy3标记.以荧光标记不对称PCR技术为基础,通过将单链PCR产物与芯片杂交实现对SIV的检测,建立SIV的基因芯片检测方法.利用该方法对39份猪组织样品进行检测,与RT-PCR检测方法相比,本方法具有良好的特异性和敏感性.试验结果表明,用该方法快速检测组织中SIV是可行的,对该病的快速诊断和分子流行病学调查具有重要意义.     

5种常见犬腹泻病毒基因芯片检测方法的建立

为建立一种简便、快速、高效的可同时区分犬腺病毒1型（canine adenovirus type 1,CAV-1）、犬腺病毒2型（canine adenovirus type 2,CAV-2）、犬冠状病毒（canine coronavirus,CCV）、犬瘟热病毒（canine distemper virus,CDV）、犬细小病毒（canine parvovirus,CPV） 5种常见犬腹泻病毒的基因芯片诊断方法,本研究以CAV-1、CAV-2、CCV、CDV、CPV 5种犬腹泻病毒为靶病毒,根据NCBI上收录的病毒基因序列在其保守区域内设计引物,在此基础上根据变异区域设计针对每种病毒的探针2~3条,优化检测体系的各反应条件,确定该检测方法的特异性与敏感性,建立可同时区分5种病毒的基因芯片检测方法。结果显示,建立的基因芯片检测方法可同时检测以上述5种犬腹泻病毒,其中PCR的退火温度为55℃、延伸时间为1 min 15 s;探针与PCR产物的杂交温度40℃、杂交时间2.5 h时,该方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒标准品的检测限分别为0.2 fg/μL、2 fg/μL、2 fg/μL、20 pg/μL和0.02 fg/μL,具有较高的灵敏性;同时对犬副流感病毒进行特异性试验,发现无阳性信号出现,具有较强的特异性;对14份临床腹泻样品检测结果显示,基因芯片方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒的阳性检出率分别为28.57%、50.00%、64.28%、14.28%和85.71%,并且基因芯片检测方法的敏感性较PCR要高10~100倍。以上结果表明,本研究建立的基因芯片检测方法具有特异、敏感等特点,对临床中犬类混合感染病毒检测具有一定的诊断意义。     

基因芯片技术及口蹄疫病毒基因芯片研究进展

口蹄疫的暴发与流行给世界各国的畜牧生产、社会经济和国际贸易构成严重威胁并造成巨大的经济损失，经典的血清学和PCR检测方法越来越不适应进出口动物检疫的快速、准确、高通量的要求。建立一种快速的诊断方法，使其在很短时间能够区别各血清型口蹄疫和其他水泡性疾病是非常必要的。口蹄疫病毒基因芯片包括155个寡核苷酸探针，总长35bp-45bp，设计在VP3-VPl-2A区，既有共有的病毒型别，也包含特异的血清型别。这项技术的优点是能在单一的芯片上检测多元病原体。     

基因芯片技术及口蹄疫病毒基因芯片研究进展

口蹄疫的暴发与流行给世界各国的畜牧生产、社会经济和国际贸易构成严重威胁并造成巨大的经济损失,经典的血清学和PCR检测方法越来越不适应进出口动物检疫的快速、准确、高通量的要求.建立一种快速的诊断方法,使其在很短时间能够区别各血清型口蹄疫和其他水泡性疾病是非常必要的.口蹄疫病毒基因芯片包括155个寡核苷酸探针,总长35 bp～45 bp,设计在VP3-VP1-2A区,既有共有的病毒型别,也包含特异的血清型别.这项技术的优点是能在单一的芯片上检测多元病原体.     

毛皮中6种致病菌基因芯片检测方法的建立和应用

为建立同时检测皮毛中携带的布鲁氏菌、大肠杆菌O157、金黄色葡萄球菌、乙型溶血性链球菌、丹毒杆菌、铜绿假单胞杆菌6种致病菌的基因芯片检测方法,本研究根据NCBI中细菌的16S rDNA和gyrB基因序列,分别设计通用引物和特异性寡核苷酸探针.点样制备检测基因芯片,核酸杂交后,优化并建立同时检测6种致病菌的基因芯片方法.结果表明:使用47％甲酰胺杂交液,42℃摇转杂交4h为最佳杂交条件.建立的基因芯片方法在多种致病菌之间无交叉反应,检测敏感性可达10拷贝.制备的基因芯片稳定,有效保存期为6个月.该基因芯片对临床样品的检测结果与PCR平行检测结果的符合率为100％.本研究建立的基因芯片检测皮毛中6种致病菌的方法具有高通量、灵敏和特异的特点,为临床皮毛中致病菌的检测和监控提供了新的检测方法.     

猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒基因芯片检测技术的建立与优化

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的核衣壳蛋白编码基因序列设计了一对特异性引物P1／P2。扩增出大小为294bp的目的片段；再针对这个基因片段。设计合成4条寡核苷酸探针。其中反向引物的5’端用荧光素Cy3标记。以荧光标记不对称PCR技术为基础。通过将单链PCR产物与芯片杂交实现对PRRSV的检测。建立PRRSV的基因芯片检测方法。利用该方法对39份猪组织样品进行检测。与RT—PCR检测方法相比。本方法具有良好的特异性和敏感性。试验结果表明用该方法快速检测病料组织中PRRSV是可行的，对该病的进行快速诊断和分子流行病学调查具有重要意义。     

可视化猪瘟病毒基因芯片鉴别检测方法的建立

为建立一种能够快速鉴别猪瘟病毒野毒和疫苗弱毒株的临床检测方法,本实验针对猪瘟病毒野毒株及疫苗弱毒株分别设计了特异性鉴别引物及探针,利用RT-PCR方法特异性扩增目的基因后进行芯片杂交反应并显色,直观判定检测结果,经反应条件优化建立了一种鉴别检测猪瘟病毒的基因芯片方法,并对该方法的特异性、敏感性及重复性进行了试验.结果显...     

5种常见犬腹泻病毒基因芯片检测方法的建立

为建立一种简便、快速、高效的可同时区分犬腺病毒1型(canine adenovirus type 1,CAV-1)、犬腺病毒2型(canine adenovirus type 2,CAV-2)、犬冠状病毒(canine coronavirus,CCV)、犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)、犬细小病毒(canine parvovirus,CPV) 5种常见犬腹泻病毒的基因芯片诊断方法,本研究以CAV-1、CAV-2、CCV、CDV、CPV 5种犬腹泻病毒为靶病毒,根据NCBI上收录的病毒基因序列在其保守区域内设计引物,在此基础上根据变异区域设计针对每种病毒的探针2～3条,优化检测体系的各反应条件,确定该检测方法的特异性与敏感性,建立可同时区分5种病毒的基因芯片检测方法。结果显示,建立的基因芯片检测方法可同时检测以上述5种犬腹泻病毒,其中PCR的退火温度为55℃、延伸时间为1 min 15 s;探针与PCR产物的杂交温度40℃、杂交时间2.5 h时,该方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒标准品的检测限分别为0.2 fg/μL、2 fg/μL、2 fg/μL、20 pg/μL和0.02 fg/μL,具有较高的灵敏性;同时对犬副流感病毒进行特异性试验,发现无阳性信号出现,具有较强的特异性;对14份临床腹泻样品检测结果显示,基因芯片方法对CAV-1、CAV-2、CCV、CDV和CPV 5种病毒的阳性检出率分别为28.57%、50.00%、64.28%、14.28%和85.71%,并且基因芯片检测方法的敏感性较PCR要高10～100倍。以上结果表明,本研究建立的基因芯片检测方法具有特异、敏感等特点,对临床中犬类混合感染病毒检测具有一定的诊断意义。     

几种动物病毒的基因芯片检测技术

分别用水疱性口炎病毒、蓝舌病病毒、口蹄疫病毒、猪瘟病毒、牛病毒性腹泻病毒、鹿流行性出血热病毒和赤羽病病毒各一段高度保守的基因片段构建质粒，在此基础上制备了芯片探针。提取样品中的核酸，经反转录和荧光标记后滴加到芯片上进行特异性杂交，对杂交结果扫描检测，可同时对上述7种动物传染病进行快速、准确的诊断，此方法敏感性高，特异性强，适合于大批动物高通量检疫。     

基因芯片检测5种动物冠状病毒的初步研究

采用蔗糖密度梯度离心,纯化浓缩犬冠状病毒(CCV)、猫冠状病毒(FCV)、猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)的细胞培养物,分别设计7,17,11,10和4对引物,构建了49个基因片段的克隆。煮沸裂解法制备质粒DNA,回收PCR扩增产物,点制冠状病毒基因芯片。抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,与芯片进行杂交检测,淘汰交叉的克隆片段。结果表明:克隆CCV1,CCV2,CCV5和CCV7可特异诊断CCV,克隆FCV6,FCV7,FCV8和FCV9可特异诊断FCV,克隆FIPV2,FIPV7,FIPV8和FIPV9可特异诊断FIPV,克隆PRCV1,PRCV2和PRCV3可特异诊断PRCV,克隆TGEV3,TGEV4,TGEV5和TGEV6可特异诊断TGEV。将这些特异克隆扩增片段重新点制基因芯片,与病毒PCR产物杂交,未发现交叉现象。基因芯片检测比传统PCR敏感1000倍,可有效应用于这5种动物冠状病毒的检测与区分。     

鉴别牛5种重要病毒的LAMP-基因芯片方法的建立

为建立牛的主要疫病的快速、准确及高通量鉴别诊断技术,以赤羽病病毒(AKV)、牛白血病病毒(BLV)、蓝舌病病毒(BTV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和小反刍兽疫病毒(PPRV)5种牛传染病病原为研究对象,将LAMP技术与微流控芯片技术有机结合,建立了相应的基因芯片检测技术,并优化了该基因芯片的反应条件。结果表明,建立的基因芯片可同时检测上述5种病原,特异性好,60 min反应时间即可给出检测结果。其中AKV和PPRV的敏感性为10~3 copies/μL,BLV的敏感性为10~5 copies/μL,BTV和BVDV的敏感性为10~2 copies/μL,与LAMP检测的敏感性一致。成功建立了基于LAMP技术的5重RT-LAMP基因芯片,可同时快速准确检测上述5种病毒,为口岸检疫探索出一种能快速、高通量检测动物疫病的方法。     

非洲马瘟病毒、西尼罗病毒和马冠状病毒的基因芯片检测技术研究

为探索建立马病病毒基因芯片检测方法,采用人工拼接的方式拼接了非洲马瘟病毒(ASHV)核酸序列,通过分子克隆技术获得西尼罗病毒(WNV)和马冠状病毒(ECV)的特异基因片段。用芯片点样仪逐点分配到处理过的玻片上,制备成检测芯片。以拼接、克隆的核酸序列为模板通过多重不对称RT-PCR进行特异性扩增和荧光标记后滴加到芯片上进行杂交,对杂交结果进行扫描检测和计算机软件分析。结果显示,制备的基因芯片可同时检测和鉴别上述3种病毒,ECV质粒样品、WNV质粒样品检测灵敏度为10²拷贝;AHSV质粒样品检测灵敏度为10⁴拷贝。其他病毒材料未出现荧光信号,验证了本方法的特异性。证明基因芯片技术可快速、准确和灵敏地同时进行多种病毒的检测。     

五种重要犬病毒微流控芯片检测方法的建立及应用

狂犬病毒、伪狂犬病毒、犬瘟热病毒、犬细小病毒和犬冠状病毒是引起犬科动物重要传染病的5种病毒,严重威胁着犬科动物的健康,是出入境犬科动物重点筛查的致病因子。为提升口岸进出境犬科动物检疫工作效率,建立了上述5种病毒微流控芯片检测方法。在建立5种病毒环等温扩增检测技术(loop mediated isothermal amplification,LAMP)的基础上,将这些LAMP检测体系固化在同一块塑料芯片上,制备了同步高通量快速检测微流控芯片,并将其应用于临床检测。结果显示:微流控芯片检测方法具有良好的特异性,含有目的基因的阳性样本仅在芯片上相应病毒反应槽出现显著扩增,而其他病毒反应槽未出现扩增,彼此无交叉反应;微流控芯片的敏感性与LAMP方法一致;通过检测不同时期收集的感染犬瘟热病毒、犬细小病毒和犬冠状病毒临床样本,证实建立的微流控芯片检测方法具有良好的稳定性和可靠性。与现有核酸检测方法相比,微流控芯片可以在受试核酸上样40 min内完成上述5种犬病毒的快速筛查,从而满足进出境犬科动物快速检疫的需求。     

奶牛传染性鼻气管炎病毒gG基因PCR检测方法的建立

本试验旨在建立一种PCR技术,既能快速检测牛传染性鼻气管炎病毒,又能区分同属病毒牛疱疹病毒5型和伪狂犬病病毒。根据基因库中牛传染性鼻气管炎病毒gG基因的特异性引物,建立PCR方法,对牛传染性鼻气管炎病毒参考毒株和阳性样本进行扩增,结果均能扩增出一条463 bp的特异性条带;对同属的牛疱疹病毒5型进行扩增,获得651 bp和431 bp两条带;对同属伪狂犬病病毒进行扩增,获得493 bp的条带;而非相关病毒(如猪呼吸与繁殖综合征病毒等),不能扩增出条带。对牛传染性鼻气管炎病毒的检测灵敏度为2×10^-3 PFU/mL。鉴于该方法具有良好的灵敏度和特异性,将在牛疱疹病毒感染诊断和标记疫苗免疫后的鉴别诊断方面具有良好的应用前景。     

猪精液中五种病毒的初步检测

为探明猪精液在疫病传播中的作用,应用PCR和RT-PCR技术分别从发病猪场和未发病猪场采集种公猪精液进行猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的检测。结果发现,发病猪场的种公猪精液中CSFV、PRRSV、PRV、PCV-2的感染率分别为30.0%、50.0%、4.0%和30.0%,而未发病猪场的感染率分别为4.0%、20.0%、0.0%和8.0%,这表明精液是多种猪病原传播的良好媒介,提示种公猪对于疫病的发生和传播起着重要作用。     

猪细小病毒检测基因芯片的构建及初步应用

本研究以猪细小病毒VP2基因为目的基因设计引物和探针,通过不对称PCR扩增Cy3标记的DNA片段与固定于芯片上的探针进行杂交,对杂交芯片进行扫描分析,根据荧光信号的强度来确定是否存在猪细小病毒。结果表明,采用浓度为5μmol/L的探针与PCR产物于47℃杂交1 h即可得到清晰的荧光信号,检测灵敏度可达34.5 ng/μL,同时用制备的基因芯片对临床20份疑似猪细小病毒病感染的病料进行检测,检测结果与PCR检测结果符合率达100%,表明基因芯片检侧技术是一种灵敏度高、特异好的检侧方法。该方法的建立可以快速有效地对猪细小病毒做出诊断,具有较好的应用前景。     

牛白细胞黏附缺陷病液相基因芯片检测方法的建立

从福建某奶牛场200头进口荷斯坦牛采血提取牛血液DNA,根据已知牛染色体上CD18编码基因序列383位基由A变为G而引起牛白细胞黏附缺陷症（BLAD）设计特异性野生型和突变型引物,建立液相基因芯片检测方法用于牛白细胞黏附缺陷症（BLAD）的检测,结果检出2头母牛为BLAD携带者,检出率为0．67％,没有发现患病牛。结果证明建立的液相基因芯片检测方法是一种敏感性和特异性很高的筛选奶牛BLAD有害基因的新方法     

荧光定量RT-PCR检测犬瘟热方法的建立和应用

根据Gen Bank发表的犬瘟热病毒(CDV)的F基因序列,经过分析在F片段的保守区域内设计引物,建立了SYBR Green I荧光RT-PCR检测CDV的方法,并通过对厦门市宠物医院收集的临床发病和疑似发病的犬病料(包括眼分泌物、鼻拭子、唾液、血液、尿液等)的检测,结果表明:本研究建立的快速检测CDV的SYBRGreen I荧光RT-PCR方法具有特异性强、灵敏度高、操作简便等优点,值得推广应用。     

原料乳中尿素掺假快速检测方法的研究

针对目前市场上出现的原料奶中掺尿素的现状，研究了一种方法可以快速检测掺假乳中的尿素，利用简单的试纸即可检测出乳中尿素。本文研究了试纸的制作工艺，以及试纸的干扰性。结论：原料奶中Ca、Zn和Cu到了一定浓度会影响试纸显色，其余金属影响不大。