发酵豆乳主要乳酸菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

为快速检测发酵豆乳中主要乳酸菌植物乳杆菌、副干酪乳杆菌含量,建立实时荧光定量聚合酶链式反应检测方法。根据植物乳杆菌、副干酪乳杆菌保守区域设计特异性引物和探针,验证建立的实时荧光定量PCR法的特异性、灵敏度和重复性,并与国标法进行比较。结果表明:引物特异性强,实时荧光定量PCR法特异性及重复性较好;植物乳杆菌和副干酪乳杆菌的检验灵敏度分别达到1.3×10^-4和1.0×10^-5 ng·μL^-1。分别建立植物乳杆菌和副干酪乳杆菌标准菌株的实时荧光定量PCR检验法的标准曲线,得出R²分别为0.994 3和0.999 6,表明线性关系较好,可进行发酵豆乳中2种菌株含量的检测,测得供试发酵豆乳中植物乳杆菌与副干酪乳杆菌比例为4∶1。实时荧光定量PCR法测得发酵豆乳中乳酸菌总量为(5.5±0.26)×10⁹ CFU·mL^-1,国标法检测为(5.3±0.43)×10⁹ CFU·mL^-1,2种方法检测结果无差异(P>0.05...     

应用实时荧光定量PCR研究BBTV DNA1在香蕉不同组织中的含量

为准确定量香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)DNA1组分在香蕉组织中的分布和含量,建立以SYBR Green-I荧光染料为标记的实时荧光定量PCR(Real Time Fluorescence Quantitative PCR)方法。利用B1-F/B1-R引物扩增海南BBTV DNA1组分并构建到pMD18T sample载体,再以B2-F/B2-R引物测定该质粒的标准曲线,其线性方程为Y=-3.247×LOG(X)+8.01,相关系数r2=0.997,扩增效率为103.2%,标准质粒检测灵敏度约为214 copies/μL。分别选取染病香蕉的嫩叶、叶鞘、假茎和球茎各100 mg,提取DNA并进行实时荧光定量PCR检测。结果表明:病株各部位均含BBTV病毒,但含量有明显差异,其中嫩叶(3.08×108 copies/mg)叶鞘(2.50×108 copies/mg)假茎(1.29×108 copies/mg)球茎(1.67×107 copies/mg),呈依次递减。     

实时定量荧光PCR法检测马铃薯黑胫病菌

马铃薯黑胫病是国内外马铃薯产区发生比较普遍的一种细菌性病害,严重地影响了马铃薯的产量和质量。本研究根据Potato Black Leg序列,设计出马铃薯黑胫病菌特异性的引物,对10种供试菌株进行了实时荧光PCR检测。结果表明,该方法的特异性好,可以将马铃薯黑胫病菌和其它马铃薯常见病害相区分;灵敏度较高,可检测出最低的黑胫病菌浓度为3.6~3.9 cfu.mL-1;而且检测时间仅用4 h,大大缩短了检测周期。该方法可有效地应用于马铃薯黑胫病菌的检测和监控。     

茶尺蠖核型多角体病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据茶尺蠖核型多角体病毒（Ectropis oblique nucleopolyhedrovirus, EoNPV）基因序列设计一对引物,并从感染该病毒的虫体中提取EoNPV基因组DNA,进行PCR扩增,将该基因片段与载体pMD18-T连接,转化入大肠杆菌TG1中,经单克隆菌落筛选及测序鉴定后得到重组质粒,以该质粒为荧光定量PCR标准品模板稀释后建立标准曲线。构建的标准曲线线性关系良好,相关系数为0.989,检测范围为10³~10⁸拷贝/µL,特异性和重复性较好。该方法可以准确地判断出病毒拷贝数,为茶尺蠖核型多角体病毒在虫体内增殖动态的研究和病毒制剂的质量检测提供了方法依据。     

应用多重SYBR Green-I实时荧光定量PCR检测甘蔗黄叶病毒和高粱花叶病毒

基于已报道的甘蔗黄叶病毒(Sugarcane Yellow Leaf Virus,ScYLV)cp基因和高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)NSP基因序列设计特异性引物,建立了针对这两种病毒的实时荧光定量 PCR(real time-quantitative,RT-qPCR）检测方法。在此基础上,利用扩增产物Tm值的不同,建立了可区分ScYLV与SrMV的多重 SYBR Green-I实时荧光定量PCR方法,两种病毒扩增产物的Tm值分别为80.8～82.8℃和84.6～86.     

牛樟芝不同发育阶段菌丝体实时荧光定量PCR中内参基因的筛选

实时荧光定量PCR（quantitative Real-time PCR,qRT-PCR）技术具有较高的敏感性、准确性和特异性,被广泛应用于基因表达分析。在基因表达分析中,选择合适的内参基因是衡量样品表达量和准确性的重要前提和保障。本研究以液体发酵7、21、35 d的牛樟芝菌丝体为样本,采用qRT-PCR技术检测牛樟芝菌丝体内Actin、TPK、Floxuridine、CAP-Gly、α-Amylase、Phosphatase、HA2-helicase、MAGT1等8个候选内参基因在3组样本中的表达水平,采用geNorm、NormFinder、BestKeeper 3个软件对其分别进行稳定性比较和评价。结果表明,geNorm软件计算得出Floxuridine、HA2-helicase、TPK、CAP-Gly在牛樟芝菌丝体中具有更高的稳定性;NormFinder软件计算得出TPK、CAP-Gly、Floxuridine、HA2-helicase在牛樟芝菌丝体中具有较高的稳定性;BestKeeper软件计算得出HA2-helicase的表达水平最好,其次是TPK和MAGT1。综合分析结果认为TPK和HA2-helicase比其他内参基因更稳定,更适合作为牛樟芝菌丝体研究的内参基因。可见,通过牛樟芝菌丝体转录组数据来筛选和挖掘稳定表达的内参基因具有可靠性、高效性和可行性,为牛樟芝菌丝体基因表达分析提供了可靠的内参基因。     

水稻低丰度表达基因OsAMT1;3实时荧光定量PCR方法的建立及其应用

采用实时荧光定量PCR技术,通过使用特异引物,对水稻中的低丰度表达基因OsAMT1;3进行了转录水平上的定量分析,成功建立了可检测低丰度表达基因的SYBR Green实时荧光定量PCR技术平台。该方法具有很好的准确性和实用性。获得的荧光定量PCR扩增曲线,基线平整,指数区明显,斜率大且固定;线性范围广,17～36个循环都能测出;稳定性、重复性好,变异系数仅为0.47%;标准曲线表明,循环阈值与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系,可对基因表达进行相对定量;缺氮条件下OsAMT1;3 与纯NH4+处理相比表达量增加4倍以上。     

铝胁迫下橡胶苗实时荧光定量PCR内参基因的筛选

铝毒是热带地区酸性土壤上抑制作物生长的主要因素,但目前关于铝活化后对橡胶树生长和产胶的影响及橡胶树耐铝机制的研究很少。为了筛选出橡胶树在铝毒胁迫下稳定表达的内参基因用于实时荧光定量PCR分析,本研究选择了Actin、Actin7、18S rRNA、40S rRNA、YLS8、UBC2、UBC4、GAPDH、FP和ADF等10种常见的基因作为候选内参基因,通过qRT-PCR检测,利用内参基因评价软件geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct算法以及综合评价软件RefFinder对10个候选内参基因的表达稳定性进行评估。综合评价结果表明,铝胁迫后表达稳定性排名前3的内参基因依次分别为UBC4、40S rRNA和FP。进一步选取UBC4、40S rRNA、FP基因和UBC4+40S rRNA+FP基因组合以及稳定性较差的GAPDH基因作为内参基因对橡胶树铝诱导苹果酸分泌转运蛋白基因HbALMT-1和HbALMT-2进行相对表达分析,结果显示2个目的基因相对于3个内参基因及其组合均显示出一致的表达水平,而稳定性较差的内参基因GAPDH未能准确地对目的基因的表达量进行校正。综上所述,筛选出UBC4、40S rRNA和FP基因以及UBC4+40S rRNA+FP基因组合可作为铝毒胁迫不同天数下表达最稳定的内参基因,可用于铝毒胁迫下橡胶树相关基因的表达分析。     

澳洲坚果实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

澳洲坚果是重要的热区经济作物,目前国内外尚无关于澳洲坚果实时荧光定量PCR分析内参基因的报道。选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的先决条件。为筛选澳洲坚果实时定量PCR最适内参基因,以澳洲坚果的根、茎、叶、果皮、果仁为材料,利用实时荧光定量PCR技术,对18S rRNA,Actin,CYP,EF1a,EF1b,GAPDH,MDH,TUBa,TUBb,UBQ,UBC等11个常用的内参基因在澳洲坚果不同组织中的表达稳定性进行了分析。geNorm软件分析的最适内参基因数目为2,最稳定内参组合为MDH和EF1b,TUBa基因的稳定性最差。BestKeeper分析结果认为,MDH基因表达最稳定,EF1b次之,与geNorm结果一致。NormFinder软件稳定性分析显示,GAPDH最稳定,其次是CYP基因;TUBa基因表达最不稳定。ΔCt算法结果表明,18S基因表达最稳定,其次是GAPDH基因,MDH和EF1b排第3和第4。RefFinder综合排序为：MDH>18S>GADPH>EF1b>CYP>UBC>EF1a>Actin>TUBb>UBQ> TUBa。因此,MDH基因在澳洲坚果不同组织中表达最稳定,初步确认可以作为实时荧光定量PCR分析的校正内参基因,在澳洲坚果的基因表达模式分析中具有重要意义。     

SYBR Green实时荧光定量PCR检测利玛原甲藻的研究

建立应用SYBR Green实时荧光定量PCR技术快速定量检测利玛原甲藻的方法。结果表明,理论上,该方法对于4个利玛原甲藻细胞便可检测出,灵敏度较高;实际应用时检测出的细胞数为(505±14.72)cells/L(镜检为600 cells/L,误差为15.83%,符合海洋调查规范中浮游生物调查误差在20%以内的要求)。本检测方法具有快速、特异、准确等优点,可作为海洋环境监测中定性定量检测利玛原甲藻的方法。     

海南万宁槟榔黄叶病毒病发生情况和症状分析

为查明海南省万宁市由槟榔隐症病毒1（Areca palm velarivirus 1, APV1）引起的槟榔黄叶病毒病发生情况,2020年9—11月,对该市13个乡镇（区）的黄化槟榔园进行调查、采样,共采集槟榔叶片1454份。利用RT-PCR技术对所采集样品进行了APV1检测,并对携带病毒的槟榔叶片症状进行归类整理。结果显示,由APV1引起的槟榔病毒病发生普遍,最低检出率为75%,最高检出率最达100%;进一步研究发现,感染APV1的槟榔叶片症状主要有6种类型。本研究结果可为万宁市槟榔病毒病的识别与防控提供依据。     

中国“槟榔黄化病”研究40年——病原、防控措施新进展

自1981年海南省屯昌县首次发现槟榔黄化病（yellow leaf disease of areca palm, YLD）以来,槟榔黄化问题日趋严重,现已成为制约中国槟榔产业可持续发展的最重要的因素。同时,鉴于生产中除槟榔黄化病外,炭疽病、细菌性叶斑病、椰心叶甲、干旱等一些其他因素也可引起槟榔黄化,以及“槟榔黄化病”病原或病因认识上存在混淆的问题,学界暂用“槟榔黄化现象”的表述。近年来,针对上述问题开展了一系列深入研究并取得突破性进展。本文首先简要回顾了中国槟榔黄化病的发生及病原方面的研究进展,介绍了另一种致黄关键新病害——由槟榔隐症病毒1（Areca palm velarivirus 1, APV1）引起的槟榔黄叶病毒病（areca palm leaf yellowing virus disease, ALYVD）,以及其他2种新发现的病毒病害——槟榔坏死环斑病毒病和槟榔坏死环斑病毒病的研究进展。对6个示范基地的病原检测结果表明,部分黄化植株被槟榔黄化植原体（areca palm yellow leaf phytoplasma, AYLP）或APV1单独感染,部分植株被AYLP和APV1复合感染。本文还探讨了槟榔黄化病研究中存在的病原分布不均、含量低引起的检测困难和田间诊断易混淆等问题,并对YLD、ALYVD、叶斑类病害、根腐病害、芽腐病、椰心叶甲、干旱、寒害、除草剂药害等9类因子引起的黄化症状特征进行了总结。进而分析了YLD和ALYVD 防控中存在的问题以及现阶段面临的紧迫形势,从防控策略和具体措施解读了《槟榔“黄化病“防控明白纸》,并指出了其有待进一步完善之处及防控中亟待解决的问题。最后,展望了YLD和ALYVD 2种致黄关键病害综合防控中亟待实施的措施。本文旨在让广大科研工作者和农技人员更好地了解槟榔“黄化病”方面的最新成果。     

海南槟榔黄化植原体分子检测及其系统发育关系研究

由植原体引起的槟榔黄化病是海南特色经济作物槟榔种植上的一种毁灭性病害。本研究通过PCR扩增测序、序列多重比对和系统发育分析,对海南部分代表性地区槟榔致死性病原植原体的序列信息与系统发育关系进行检测分析。结果表明：本研究检测的保亭、屯昌、万宁等海南部分代表性地区的槟榔黄化植原体的16S rDNA序列一致;BLAST分析表明各株系16S rDNA与16SrI组植原体同源性为100%。序列多重比对分析表明,本研究各槟榔黄化植原体株系与海南苦棟丛枝、长春花绿变、马松子变叶、辣椒黄化皱缩、蛇婆子丛枝、细圆藤丛枝和日本洋葱黄化、美国翠菊黄化等植原体同源性为100%;与已报道的海南万宁、印度、海南三亚的槟榔黄化植原体16S rDNA序列同源性分别为99.9%、99.9%、99.8%。系统发育分析表明,本研究槟榔黄化植原体与海南苦棟丛枝、长春花绿变、马松子变叶、辣椒黄化皱缩、蛇婆子丛枝、细圆藤丛枝等株系聚于一个分枝,支持率为100%。此外,在发病槟榔叶片、花穗、心叶等组织部位均可检测到植原体。研究结果表明,海南槟榔黄化植原体与海南苦棟丛枝、长春花绿变、马松子变叶、辣椒黄化皱缩、蛇婆子丛枝、细圆藤丛枝等植原体株系的同源性极高,槟榔黄化病很可能会以这些寄主植物作为病原传播载体进行传播扩散。     

海南省槟榔病理性黄化发生分布情况及其植原体检测分析

槟榔是海南省重要的热带经济作物,受多种病害组成的槟榔病理性黄化的影响,尤其是槟榔黄化病,使槟榔产量造成严重损失。为明确当前海南省槟榔病理性黄化的发生分布情况及槟榔黄化病的危害情况,本研究对全省槟榔病理性黄化的发生分布进行调查,并对全省采集的槟榔黄化样品进行植原体检测分析。结果显示,当前海南省槟榔病理性黄化发生面积为38 300.04 hm²,占全省槟榔种植面积的33.27%,主要发生在海南东部、南部及中部市（县）,三亚市发生率最高,为77.48%,万宁市发生面积最大,为9734.66 hm²,西部市（县）的病理性黄化发生率均低于10%;当前海南省槟榔黄化病发生面积为32 102.38 hm²,占全省槟榔种植面积的27.89%,全省各市（县）均有槟榔黄化病发生,主要在海南中部和东部地区的发病率较高,琼海市、定安县、文昌市、屯昌县及琼中县的植原体检出率分别高达100%、100%、100%、98%、95.38%,除临高县、白沙县及东方市外,其余市（县）检出率均高于50%,万宁市槟榔黄化病发生面积最大,为7909.41 hm²,其次为琼海市;每个市（县）槟榔植原体在各树体间的含量分布差异较大,定安县植原体的平均含量最高,为1443.36 copies/μL,向周边市（县）递减,除了在海南东北部市（县）的槟榔植原体含量较高外,其他市（县）植原体含量较低。以上研究表明,当前海南槟榔病理性黄化发生严重,植原体是造成海南省槟榔病理性黄化的主要病原之一。     

土壤镰孢菌Real-Time QPCR定量方法的建立及应用

基于镰孢菌ITS序列,设计一对应用于实时荧光定量PCR(Real-Time QPCR)反应的镰孢菌属特异性引物TS和TR,并建立了相应的Real-Time QPCR体系.应用该反应体系,绝对定量了无肥(NF)、化肥(NP)以及化肥配施有机肥(NPM)等3种施肥措施下大豆田土壤镰孢菌DNA含量.结果表明:引物TS和TR对镰孢菌属真菌有较好的特异性;Real-Time QPCR反应的扩增曲线中各梯度浓度标准品的循环阈值(Ct值)间隔均匀,熔点曲线无杂峰,标准曲线的相关系数R2=0.993,斜率为-0.2927;在大豆生育时期的苗期,NF、NP及 NPM 措施下土壤镰孢菌总DNA每克干土中含量分别为18.33、44.61和140.83 pg,且NPM 措施含量极显著高于NF 及 NP 措施(P＜0.01).     

水稻细菌性谷枯病菌的实时荧光PCR检测技术研究

 水稻细菌性谷枯病菌Burkholderia glumae于2007年被列为我国进境植物检疫性有害生物,国内急需建立针对该菌切实可行的检测技术, 以有效控制它在我国的传播。采用实时荧光PCR（real time fluorescence PCR）和经典PCR技术进行水稻细菌性谷枯病菌检测。研究结果表明,供试所有谷枯病菌都能产生139 bp左右的特异性片段,非谷枯菌株均无特异性片段产生。两种检测方法的灵敏度比较发现,常规PCR技术在病菌浓度为104CFU/mL时即可检测到,实时荧光PCR技术在病菌浓度为102CFU/mL时即可检测到,后者比前者的灵敏度高100倍。将模拟带菌种子与灭菌种子按1∶100混合,实时荧光PCR技术可以检测到该菌的存在。     

转基因番木瓜 55-1 转化事件定性 PCR 检测方法的建立

为了防止国外商业化生产的转基因番木瓜流入国内市场,建立转基因番木瓜 55-1 转化事件定性 PCR 检测方法,对于保护国内消费者知情权意义重大。本研究以转基因抗环斑病毒番木瓜 55-1 为研究材料,利用外源基因和番木瓜基因组序列设计了 9 对特异性检测引物,通过特异性引物筛选、熔解曲线分析、退火温度优化、特异性验证、灵敏度分析及检测限验证,建立转基因番木瓜 55-1 转化事件定性 PCR 检测方法。结果表明：本研究筛选出的检测引物,可特异的检出转基因番木瓜 55-1 转化事件,引物的检测灵敏度达到了 0.1%的标准,高于欧盟0.9%的检测要求,完全可满足转基因检测标识制度的顺利实施。     

稻曲病菌分生孢子实时PCR定量检测方法的建立及初步应用

 根据稻曲病菌核糖体转录间隔区（ITS）序列的特异性,设计了2对引物及相应TaqMan探针用于建立稻曲病菌实时PCR定量检测技术。结果表明,uvr292rf/uvr397rr/uvrp333组合建立的体系可特异性检测出稻曲病菌,扩增基线平整,指数扩增期明显,重现性好,最低可检出24 fg的稻曲病菌基因组DNA模板量;以梯度稀释分生孢子液提取的基因组DNA为模板,建立孢子数量常用对数值与Ct值的线性关系,理论上最低可检测出0.67个分生孢子。对3个时间点的田间孢子捕捉样品进行检测,结果显示不同月份间稻曲病菌孢子数量存在差异。