怀菊转录组中SSR位点信息分析

以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明,共检测到8 553个SSR位点,它们分布在7 369条Unigene中,出现频率为2.83%,SSR位点的发生频率为2.44%;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主要集中于12～19 bp,多具有中等多态性。对SSR序列设计引物,共得到25 662对引物可供今后使用。总之,怀菊SSR位点类型丰富,具有良好的多态性潜力及可开发性。     

巴西橡胶树转录组中SSR位点的信息分析

从NCBI网站下载橡胶树(Hevea brasiliensis)品种RRIM 600的全转录组数据(登录号:JT914190-JT981478),利用SSR软件MicroSAtellite (MISA),并采用含有1～10个碱基重复、碱基数在12 bp以上的鉴定标准对SSR基元进行鉴定分析.结果表明,从RRIM 600的全转录组数据中,共发现91 846个SSR,分布于42 859条Unigene中,发生频率为63.71％.橡胶树转录组SSR的平均长度为9 bp,平均分布频率是1/0.92 kb.其中含6个碱基重复基元类型最多,共有52 615个,占所鉴定SSR总数的57.29％.同时对这些SSR的可用性进行了评价.     

基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析

为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60 563条unigenes检测出14 928个SSR位点,分布于11 932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分布距离为3.43kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44%、21.54%和14.06%。14 928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31%、18.13%和6.93%。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9 535对,成功率为63.87%。非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据。     

四球茶转录组SSR位点信息分析

对基于高通量测序拼接获得的99 741条四球茶嫩叶Unigenes进行了SSR(simple sequence repeats)位点分析,共揭示了23 732个SSR位点,分布于18 552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79%;含有SSR位点的Unigenes的总长度为226 188 bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07 kb,重复长度平均长度为9.53 bp。在四球茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53%和25.92%;在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38%、22.10%和6.49%,共占总SSRs的比例达69.97%。     

红螯螯虾转录组中的SSR位点信息分析

对红螯螯虾转录组测序数据进行分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。从67 369条Unigenes中共检测到22 727个简单重复序列(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。结果表明,红螯螯虾转录组中微卫星序列的类型较为丰富,其中二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较多,分别占总SSR出现频率的52.67%和44.25%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复类型出现频率较少,分别占总SSR出现频率的2.62%、0.23%和0.24%。SSR重复类型共有68种,其重复次数的范围为5～84次。筛选出SSR引物5对,对浙江本地及台湾2个群体的60个样品进行遗传多样性分析,每对引物平均产生5.6个多态性片段。本研究结果为深入开发红螯螯虾功能性SSR标记奠定了基础,也为开展红螯螯虾分子标记辅助选育提供支持。     

蒙药冷蒿转录组SSR信息分析

利用MISA(Micro SAtelite)软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.51%,共有122种重复基元,平均每18.46 kb出现1个SSR位点。冷蒿转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(56.12%),其次是二核苷酸重复(31.60%)。AC/TG、AT/TA、CA/GT、AAT/TTA和AAC/TTG是二核苷酸、三核苷酸中的优势重复基元。冷蒿转录组SSR以5~12次重复为主,基序长度主要集中于12~36 bp。冷蒿转录组共注释43 415个contigs,其中578个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(397,68.69%)。从分子水平和生物信息学角度介绍了蒙药冷蒿转录组SSR信息的开发利用,其出现频率高、重复类型丰富,将为冷蒿的分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因挖掘提供了候选序列。     

紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析

以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象,运用MISA软件对转录组测序获得的165 570条unigene序列(总长度为240 177 233 bp),进行SSR位点搜索.使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析.结果表明,共在10 058条unigene中找到符合条件的SSR位点11...     

基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析

以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明：从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点,分布于21 732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21 056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5～11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2 064条和1 004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22 090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组S...     

7个茶树全基因组SSR位点的鉴定与特征分析

测序技术的进步有力促进了基因组学的研究进展。近年来,已有7个茶树参考基因组相继发表,但不同基因组间SSR的数量和特征尚不清楚。通过对7个茶树全基因组SSR位点的鉴定和比较分析发现,茶树中二核苷酸重复单元SSR最多,其次是三核苷酸重复单元,所有品种Ⅰ类SSR均含量均低于Ⅱ类SSR。品种间SSR数量在391 815至595 417之间变化,全基因组SSR密度则从131.94 Mb^-1到207.66 Mb^-1不等,不同染色体间存在明显差异。与基因组二核苷酸重复最多不同,CDS区SSR密度更低,且以三核苷酸重复单元为主。二核苷酸和三核苷酸重复最多的类型分别为AG/CT和AAT/TTA。同时发现,不同品种基因组间存在丰富的多态性SSR位点。对这些特征的揭示和多态性SSR的鉴定,将为茶树遗传图谱构建、遗传多样性分析和重要性状的遗传机制解析奠定基础并提供支撑。     

油茶转录组测序与SSR特征分析

以油茶转录组测序数据为基础,利用MISA软件对SSR进行搜索,并对SSR特征进行分析评价。结果表明：油茶转录组中发现104 515个SSR,分布在80 724条Unigene中,分布密度为1/1.48 kb,平均出现频率为33.58%。主要的核酸重复类型是单核苷酸和二核苷酸,A/T和AG/CT是优势重复基元,重复比例最高的是10次。基序长度主要分布在12~20 bp之间,占总数的51.71%。油茶转录组SSR位点具有显著的数量优势、丰富的类型和较好的多态性潜力。     

基于转录组数据的铜藻微卫星标记开发与验证

根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。     

油棕转录组SSR 标记开发研究

从NCBI网站下载4072 条油棕EST,结合文献报道的油棕果肉转录组序列信息,通过聚类拼接和处理,得到全长为32637.947 kb的无冗余序列20054条。在这些序列中共检索出4 538 个SSR袁检出率为22.6%遥其中以单核苷酸重复基序为主导类型袁出现频率为51.2%,二核苷酸、三核苷酸重复基序的出现频率分别为20.4%和17.9%。随机挑选了400对SSR引物进行PCR 多态性检测,获得29对PCR多态性引物,并随机选取11引物进行验证,在4种不同来源的油棕样本中表现出多态性。     

基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究

采用生物信息学方法对茶树(Camellia Sinensis)叶部不同发育阶段(单芽/三叶)转录组中的EST-SSR位点信息进行分析,以期为茶树分子标记辅助育种提供有效的参考。利用SSRFINDER软件,对茶树芽叶转录组的高通量测序获得的97454条Unigenes序列(100.91Mb)进行大通量SSR位点的筛选,共获得36249个SSR位点,分布于27913条Unigenes序列中,其发生频率为28.64%,平均分布密度为1/2.78 kb。在茶树芽叶的转录组序列中共发现962种碱基重复基元,其中占主导的是以(AG/CT)n为主(占总SSRs的23.78%)的二核苷酸重复,占到总SSRs的59.19%,其次是三核苷酸和单核苷酸重复,其占比分别为20.92%和13.13%。茶树芽叶转录组所含不同重复基元SSRs的平均长度,相对全器官转录组较短,其中占比最高的是重复长度为18 bp的中长重复序列,占到总SSRs的23.37%,而大于25 bp的较长序列重复极少。同时对茶树不同器官转录组测序的SSR分布特性进行了分析比较,以期为后续的分子标记开发提供参考。     

利用转录组数据开发意大利蜜蜂的SSR分子标记

意大利蜜蜂(简称意蜂)是自然界重要的授粉昆虫,广泛用于世界各国的养蜂生产,具有很高的生态和经济价值。为了开发意蜂的SSR分子标记,利用MISA软件对基于前期获得的意蜂幼虫肠道转录组数据组装得到的12 115条unigenes进行搜索,共预测出分布于2 149条unigenes的6 312个SSR位点,其中主要的重复类型为二核苷酸重复(54.42%)和三核苷酸重复(32.49%),主要基元为AT/AT(31.2%)和AG/CT(18.6%)。进一步利用软件设计出18 444对特异性引物,随机选取24对引物对国内3个不同来源的意蜂幼虫样品进行SSR位点扩增,有22对成功扩增出目的片段。研究开发出的SSR分子标记可用于意蜂的种群遗传和分子进化等研究,结果表明利用转录组数据鉴定非模式生物SSR位点的方法可行且高效。     

蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征分析

【目的】对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。【方法】以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣（对照）为试验材料,通过Illumina HiSeq^TM 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。【结果】在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主（49.13%）,二核苷酸次之（22.07%）;在284种重复基元中以AG/CT类型最高（16.16%）,其次为AAG/CTT（14.30%）;三核苷酸基元重复次数种类最多（11种）,二核苷酸次之（10种）。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR（长度≥20 bp）有3 130条（38.29%）。【结论】蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。     

43份汉中茶树种质资源叶片解剖结构分析

为了综合评价陕西汉中茶树本地群体种资源的叶片解剖结构特征,以43份汉中茶树资源为材料,比较分析其16项叶片解剖结构指标。结果表明,整体上汉中茶树资源叶片解剖性状表现出较高遗传多样性,较强抗逆性和较高潜在生产力。其平均遗传多样性指数为1.81,平均变异系数为11.83%,多样性较丰富;平均生产力指数达到3 002.38,潜在生产力较高。基于主成分分析,综合得分前3位的茶树资源HCQ04、HCX05、HCM01抗逆性强,生产潜力大,综合性状优良,可在茶树优良品种选育、绿茶产品开发等方面加以利用;而综合得分较低的HCB10和HCZ02,其海绵组织发达,可作为汉中红茶产品开发与创新的候选资源。总体上,该研究为汉中地方优良茶树资源的鉴定,新品种选育和茶产品开发与创新提供参考。     

茶树种质紫阳1号不育性初探

紫阳1号常年不开花不结果，是一种非常罕见的茶树种质资源。通过对紫阳1号、南江大叶、鸠坑、紫阳圆叶和紫阳槠叶5个品种茶树生物学特性及鲜叶中与育性相关的酶的活性的测定。表明紫阳1号鲜叶中游离脯氨酸含量低；SOD、CAT、α-淀粉酶、β-淀粉酶活性低；但其鲜叶中POD活性明显高于其他4个供试品种。