NCOA1基因多态性与邵伯鸡父系公鸡精液品质相关性分析

采用PCR-SSCP技术检测优邵伯鸡父系公鸡NCOA1基因的SNPs,并分析其与精液品质的关联性.结果表明,第3外显子区域10155007位点发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB 3种基因型;第10外显子区域108273257位点发生了T→C突变,检测到SS、ST、TT 3种基因型; 第12外显子区域108273423位点发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD 3种基因型.AA型个体的精液量显著高于BB型个体(P<0.05),精子密度显著高于AB型个体(P<0.05),但AA型个体与BB型个体间精子密度无显著差异(P>0.05).CC、CD、DD型个体间精液量差异均不显著(P>0.05),但CC型个体的精子密度显著高于DD型个体(P<0.05).SS、ST、TT基因型个体间的精液量及精子密度均无显著差异(P<0.05).上述所有基因型个体间的精子畸形率及精子活力差异均不显著(P>0.05).AACC基因组合型个体的精液品质最好,其在精液量、精子密度方面均显著地优于BBDD基因组合型个体(P<0.05).研究结果显示,NCOA1基因可能是影响公鸡精液品质性状的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁,能够作为候选基因用于精液品质的分子标记辅助选择.     

娟姗和荷斯坦奶牛HSPA1A基因SSCP多态性与耐热性能的相关分析

设计引物扩增HSPA1A基因的5′侧翼区,通过PCR SSCP技术分析启动子区的多态性,寻找SNPs位点,分析发现:扩增片段大小280 bp,扩增产物具有基因多态性。供试的70头娟姗牛和荷斯坦奶牛共发现4种基因型,分别为AA型、BB型、AB型和AC型,卡方检验奶牛在该位点基因频率差异极显著(P<0.01),未达到Hardy Weinberg平衡。AC型奶牛耐热性能高于其他基因型(AA,AB,BB)奶牛,差异显著(P<0.05),建议作为抗热应激的奶牛选育分子遗传标记。     

黄牛BMPR-IB基因外显子8的多态性及其与体尺性状的关系

采用PCR-SSCP技术,对秦川牛(QC)、鲁西牛(LX)、南阳牛(NY)、郏县红牛(JXR)4个品种共计459个个体BMPR-IB基因第8外显子进行SNPs多态性检测,并分析基因型与部分体尺性状的相关性。在QC、LX和NY中分别检测到AA、AB和BB 3种SSCP多态型,且QC、LX和NY 3个品种中A和B等位基因的频率分别为0.4949/0.5051、0.4663/0.5337和0.4118/0.5882。测序结果显示,A等位基因与GenBank公布的序列(NC_007304.3)相比在43 933位发生T→C突变。最小二乘法分析表明,3个品种中BB基因型个体的体高显著高于AA和AB基因型个体(P0.05);在LX和NY中,BB型个体的腰高显著高于AA和AB型个体(P0.05);体长方面,LX中BB型个体大于AA和AB型个体(P0.05),NY中BB型个体大于AB型个体(P0.05),但与AA型个体差异不显著(P0.05);3种基因型对黄牛其他体尺性状没有显著影响(P0.05)。结果表明,BMPR-IB基因对黄牛体尺性状有一定影响,可以作为黄牛标记辅助选择的候选基因。     

京海黄鸡骨桥蛋白基因第七外显子多态性及其与生长繁殖和屠宰性状的关系

研究骨调素基因对京海黄鸡生长、繁殖及屠宰性状的效应。结果表明:该基因有2个位点出现多态,SSCP分析后出现3个基因型。3个基因型对初生重、12周龄重、16周龄重和成年体重影响达到显著水平(P<0.05)。AA型个体初生重、12周龄体重和16周龄体重最低,显著低于BB型和AB型的个体(P<0.05)。AA型个体的4周龄、8周龄体重最低,但与BB型和AB型个体差异不显著(P>0.05)。对成年体重而言,BB型与AB型个体之间差异达显著水平(P<0.05),但与AA型个体差异均不显著(P>0.05)。3个基因型与繁殖性状的相关分析表明,基因型对开产日龄、300日龄产蛋数、300日龄蛋重和66周龄产蛋数均无显著效应(P>0.05)。基因型与屠宰性状的相关分析表明,基因型与性别间的交互作用不显著(P>0.05)。AA型个体的胸肌重和腿肌重均低于BB型和AB型个体。值得注意的是AA型个体的腹脂重均低于BB和AB型个体,但其腹脂率均高于BB型和AB型个体(P>0.05)。推测OPN可能是影响鸡体重的候选基因,该基因可以作为遗传标记对鸡体重进行分子标记辅助选择。     

京海黄鸡苹果酸脱氢酶基因多态性遗传效应的研究

以京海黄鸡为试验素材,采用PCR-RFLP方法研究苹果酸脱氢酶(malate dehydrogenase,MDH)基因单核苷酸多态性(SNPs)对京海黄鸡生长、屠宰及繁殖性状的遗传效应.结果表明,MDH基因的3种基因型对京海黄鸡母鸡的初生重,4、8、12、16周龄体重,和成年体重无显著影响(P＞0.05).母鸡的AA基因型个体和BB型个体的腹脂重差异显著(P＜0.05);BB型个体的腿肌重显著低于AA型和AB型的个体(P＜0.05).公鸡的AB型和BB型个体的腹脂重显著高于AA型个体(P<0.05);AA型和AB型个体的胸肌重显著高于BB型个体(P<0.05).母鸡BB型个体的300日龄产蛋数和66周龄产蛋数极显著低于AA型和AB型个体(P＜0.01).说明MDH基因可能是影响鸡屠宰性状和繁殖性状的主效基因或与之存在紧密遗传连锁的一个标记.     

荷斯坦奶牛HSP70-A8基因多态性及其与DHI测定性能的关联分析

以319头荷斯坦奶牛为材料,采用PCR-SSCP方法检测牛群HSP70-A8基因的多态性,并对其与DHI测定性能进行关联分析。结果表明,在荷斯坦奶牛HSP70-A8基因的第1外显子1522 bp处发生GC突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型,其中AA基因型频率为38.56%,AB基因型频率为31.03%,BB基因型频率为30.41%;多态信息含量(PIC)为0.3733,在该位点均处于中度多态;卡方检验表明该荷斯坦奶牛群体处于哈迪-温伯格非平衡状态;群体HSP70-A8的第2至8外显子都没有检测到多态。关联分析结果表明,BB基因型荷斯坦奶牛个体总产奶量、标准乳总产奶量、305 d标准乳产量、305 d乳脂产量、305 d乳蛋白产量、总乳脂产量和总乳蛋白产量皆极显著高于AA型个体和AB型个体(P0.01),AA基因型个体体细胞数极显著低于AB型个体和BB型个体(P0.01)。因此,HSP70-A8基因第1外显子该位点的多态性可以作为奶牛生产性能选择的候选分子遗传标记。     

五指山猪H-FABP基因与生长性状的关联分析

以五指山猪为试验材料,采用PCR-SSCP和测序技术相结合,对五指山猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行多态检测,并分析其与生长性状(体质量、体高、体长、胸围)的相关性.在五指山猪H-FABP基因Exon2中发现了3种基因型,分别命名为AA、AB、BB,对其中的纯合子AA、BB进行测序,发现Exon2的第30、120位点处发生了突变,都是由碱基C→T的转换造成的,并且导致脯氨酸突变为亮氨酸,苏氨酸突变为异亮氨酸.AA、AB、BB三种基因型频率分别为15.2%、66.7%、18.1%,A、B等位基因频率分别为48.6%和51.4%.不同基因型与生长性状的方差分析表明,8月龄体质量、体长和10月龄胸围AB与AA、BB基因型差异显著(P<0.05),其余分析无显著差异(P>0.05).     

脂联素基因对京海黄鸡体重及屠体性状的遗传效应

以京海黄鸡为研究对象,探讨脂联素基因第1内含子1个突变的多样性,并研究该突变位点对鸡活重、半净膛率、腹脂重、腹脂率、胸肌重和腿肌重的遗传效应.结果表明:该基因1 251处发生了C→T突变,PCR扩增产物SSCP后出现3种基因型(AA、AB、BB).这3种基因型间半净膛率、胸肌重和腿肌重差异不显著,3种基因型个体均值较接近.该位点的3种基因型对公鸡的活重有显著效应,BB基因型个体的16周龄活重达(1 755.14±223.85)g.就腹脂重而言,公鸡AA和AB型与BB型差异极显著,但母鸡3种基因型间差异不显著.公、母鸡AA和AB型腹脂重均值较接近,差异不显著.AA、AB和BB型腹脂重的变化趋势由低到高依次为AA、AB、BB型.公、母鸡的BB型个体腹脂率最高,分别为(2.20±1.18)%和(2.95±0.78)%,极显著高于AA和AB型个体,而AA和AB型个体均值却较接近.提示该基因可能是调控脂肪性状的主效基因或与主效基因连锁.     

多浪羊NCOA1基因多态性与产羔数的相关分析

分析研究了新疆多浪羊核受体辅激活蛋白基因(Nuclear receptor coactivator1 gene, NCOA1)的多态性及其与产羔数的相关性。结果表明:NCOA1基因存在两个多态位点,分别为内含子12的g.166 397 AC突变位点和外显子17的g.187 501 GA突变位点; g.166 397 AC突变位点的优势基因为A等位基因,基因频率为0.968; g.187 501 GA突变位点的优势基因为B等位基因,基因频率为0.643,且在该突变位点发生了错义突变,由原编码的丝氨酸(Ser)改变为谷酰胺酸(Gln);在多浪羊NCOA1基因的g.166 397 AC突变位点,AA基因型个体的产羔数显著高于BB基因型个体的(P0.05);在多浪羊NCOA1基因的g.187 501 GA突变位点,BB基因型个体的产羔数显著高于AA和AB基因型个体的(P0.05)。由此推断NCOA1基因可以作为多浪羊多羔性状的候选基因。     

白羽番鸭脂联素基因外显子1与肉质、TC和TG的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因外显子1进行SNP检测,并分析SNP对肉质、血清总胆固醇(TC)和甘油三酯(TG)的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(AA、AB和BB)和2个等位基因(A和B),AA和A分别为优势基因型和优势等位基因,序列比对发现在外显子1存在1个SNP位点:A167G,为沉默突变,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,AA基因型个体的肌内脂肪(IMF)和血清总胆固醇(TC)显著高于BB基因型个体(P<0.05),而失水率则显著低于BB基因型个体(P<0.05)。结果揭示,A167G位点对脂肪沉积、失水率和胆固醇浓度可能有显著的遗传效应。     

奶牛HSP基因多态性与血清生化指标的相关性

采用PCR-SSCP技术对荷斯坦牛和娟-荷F1牛2个群体奶牛的热应激基因(HSPA8和HSPA3)进行了单核苷酸多态性(SNP)分析,对部分基因型个体的PCR产物进行测序和序列比较,并分析了标记基因型与奶牛血清生化指标间的相关性.测序发现:HSPA8座位存在T缺失突变以及C→G颠换和T→C转换突变;HSPA3座位发现C→A颠换突变.相关性分析表明,HSPA3和HSPA8位点多态性与2个群体奶牛血清中总抗氧化能力(T-AOC)没有关联,而与血清中的总超氧化物歧化酶(T-SOD)活力、丙二醛(MDA)含量有一定的相关.     

鸡源性沙门氏菌氟喹诺酮类耐药株与拓扑异构酶IV关系研究

采用常规PCR法,以雏鸡沙门氏菌NCTC5776作为质控菌株,取临床分离的对5种氟喹诺酮类药物(环丙沙星、氧氟沙星、恩诺沙星、单诺沙星和沙拉沙星)均耐药的9株鸡源性沙门氏菌耐药株,提取其染色体DNA.设计引物parCF和parCR、parEF和parER,分别扩增菌株拓扑异构酶IVparC基因和parE基因的氟喹诺酮类...     

广西巴马小型猪与长白猪的BMP2和FGFR3基因序列及表达差异分析

【目的】明确广西巴马小型猪与长白猪的BMP2和FGFR3基因序列及表达差异,为进一步阐明大型猪与小型猪的体型形成机制提供理论依据。【方法】以1日龄的广西巴马小型猪和长白猪为研究对象,采集其四肢骨生长板软骨组织提取总RNA,反转录合成cDNA后用于扩增BMP2和FGFR3基因的编码区（CDS）序列,采用PCR-RFLP检测FGFR3基因SNP位点多态性,并通过实时荧光定量PCR分析BMP2和FGFR3基因在1日龄广西巴马小型猪和1日龄长白猪生长板软骨组织中的表达差异。【结果】1日龄广西巴马小型猪与1日龄长白猪的体型差异明显,其体重、体长和体高的差异均达极显著水平（P<0.01,下同）,股骨长的差异达显著水平（P<0.05,下同）。广西巴马小型猪和长白猪的BMP2基因CDS序列全长1188 bp,且2个品种猪的CDS序列完全一致;广西巴马小型猪和长白猪的FGFR3基因CDS序列全长808 bp,与NCBI已公布的FGFR3基因序列（XM_005666479.1）比对发现存在8个碱基突变位点及1个碱基缺失位点。广西巴马小型猪和长白猪共有5个错义突变位点,分别为A124G、C190G、A204C、C205A和C245T,另外3个突变位点是广西巴马小型猪A438G和C549T的同义突变及长白猪A752C的错义突变;碱基缺失位点为长白猪第328~330个碱基（GCA）缺失。FGFR3基因A2374G和C2620T位点的基因型及基因频率在广西巴马小型猪与长白猪间的分布差异极显著,对应的等位基因分布均不符合Hardy-Weinberg平衡,且2个基因座均处于连锁平衡状态。1日龄广西巴马小型猪生长板软骨组织中的BMP2基因相对表达量显著低于1日龄长白猪,而FGFR3基因相对表达量极显著高于1日龄长白猪。【结论】BMP2和FGFR3基因在猪的软骨和骨骼形成方面具有重要意义,其中,BMP2基因对猪骨发育起促进作用,而FGFR3基因对猪骨发育起抑制作用。广西巴马小型猪体型矮小与FGFR3基因高表达及BMP2基因低表达存在直接关联。     

牦牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因的克隆及序列分析

为了解牦牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因的特点,根据GenBank已公布的牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因序列设计4对引物,每个基因分两段扩增,测序并拼接,首次克隆牦牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因。序列分析表明,扩增到的牦牛应激型 HSPA1A基因全长2 134 bp,开放阅读框全长1 926 bp,编码641个氨基酸,分子质量为70.26 ku; HSPA2基因全长1 911 bp,开放阅读框全长1 911 bp,编码636个氨基酸,分子质量为69.85 ku。将 HSPA1A和 HSPA2基因开放阅读框编码的氨基酸序列进行ScanProsite分析,均得到3个HSP70蛋白家族标记。核苷酸序列同源性分析表明, HSPA1A和 HSPA2基因具有较高的保守性,牦牛与牛的 HSPA1A和 HSPA2基因核苷酸序列同源性最高,分别为99.8%和99.1%。遗传进化关系分析表明,牦牛与牛的应激型 HSPA1A和 HSPA2基因亲缘关系最近。     

利用rbcL基因序列比对分析广西优质红锥种质资源的遗传多样性

通过PCR扩增得到10个红锥品系的rbcL基因全序列,均为1.513 kb.核苷酸序列比对结果表明,在256-1 455 bp区间10个红锥品系共有16处碱基发生变异,变异率为1%,其中在306 bp和634 bp处10个红锥品系较同属对照castanopsis lucida均发生相同的变异,可以看作属内进化信息碱基.对表达的氨基酸序列进行比对分析,发现16处碱基变异共引起8处氨基酸序列变异.     

鸡腺苷琥珀酸裂解酶(Adsl)基因多态性及其与肌苷酸含量相关研究*

 腺苷琥珀酸裂解酶是嘌呤核苷酸合成过程中的关键酶之一,催化嘌呤核苷酸合成过程中的两个重要反应:(1)由SACIAR生成AICAR的反应;(2)由腺苷酸琥珀酸生成腺苷酸单磷酸的反应。本研究对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因的cDNA进行了克隆,并对序列进行了分析,共发现有6处碱基突变:249 G→A(TH),717 C→G(TH),985 A→G(TH)仅在泰和乌骨鸡中出现;992 T→C(RW),1400 C→T(RW)仅在隐性白羽肉鸡中出现;而在泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡中均检测到突变1179 A→C(TH,RW)。其中985 A→G(TH),1400 C→T(RW)处突变导致两处氨基酸突变:Thr→Ala(305),Ala→Val(443),其它4处碱基突变均为同义突变。     

金定鸭FSHR基因第1～7外显子的克隆及SNP位点的筛查

动物的繁殖活动主要受内分泌生殖激素的调控,FSHR存在于卵泡颗粒细胞膜上,属于G蛋白偶联受体家族,对动物卵巢细胞的发育、成熟和排卵具有重要的作用。本研究以高产和低产金定鸭基因组为模板,通过PCR扩增、目的基因片段克隆和测序等方法,获取金定鸭FSHR基因1~7外显子序列,并对基因序列进行比对分析。结果显示,序列a包含第1外显子(185bp)的完整序列,第1内含子(145bp)的部分序列;序列b包含第2(75bp)、3外显子(75bp)、第2内含子(463bp)的完整序列,第1(40bp)、3内含子(47bp)的部分序列;序列c包含第4外显子(75bp)的完整序列,第3(180bp)、4内含子(55bp)的部分序列;序列d包含第5外显子(78bp)的完整序列,第4(232bp)、5内含子(56bp)的部分序列;序列e包含第6(69bp)、7外显子(75bp)、第6内含子(117bp)的完整序列,第5(133bp)、7内含子(146bp)的部分序列。根据基因序列特征,对获取的5段金定鸭FSHR基因序列进行扩增序列测序比对。结果发现:在外显子1第50bp处存在A/G突变;在外显子2第30bp处存在A/G突变;在外显子4第33bp处存在C/T突变;在外显子5第45bp处存在A/G突变,第19bp处可能存在A/T突变,33bp处可能存在C/T突变。金定鸭FSHR基因序列的克隆及SNP突变位点的发现可为后续开展FSHR基因的多态性与金定鸭产蛋性能的相关研究奠定一定的基础。     

济宁青山羊MTNR1A基因外显子2的克隆与序列分析

对常年发情的山羊品种济宁青山羊和季节性发情的山羊品种辽宁绒山羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A,MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析.结果表明,济宁青山羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的山羊序列(GenBank登录号AF419334)完全相同.济宁青山羊与辽宁绒山羊MTNR1A基因外显子2的差异由11个核苷酸变化(A52G、T232C、T253C、A256G、T358G、T410A、A414T、C424T、A554G、T559C和C589A)组成,核苷酸同源性为98.7%.济宁青山羊与绵羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠、鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.5%～98.4%,氨基酸序列同源性为79.2%～98.5%.     

慢性冷热应激对三河牛血液生化指标及相关基因表达的影响

为研究冷热应激对三河牛血液生化指标及相关基因表达量的影响,利用实时荧光定量PCR和ELISA方法检测冷热应激期和非应激期血清中肌酸激酶(CK)、乳酸脱氢酶(LDH)、葡萄糖(GLU)和尿素氮(BUN)含量及淋巴细胞中HSP70家族基因(HSPA1A、HSPA1B、HSPA8)mRNA表达量。结果显示:1)冷热应激期血清中CK和LDH活性相比非应激期均升高,热应激期升高尤为显著(P0.05);热应激期GLU含量相比非应激期显著降低(P0.05);热应激期BUN含量略低于非应激期,差异不显著;冷应激期GLU和BUN含量相比非应激期均显著升高(P0.05)。2)冷热应激期淋巴细胞中3个HSP70家族基因mRNA表达量相比非应激期显著升高(P0.05)。结果表明,慢性冷热应激改变了血液中酶的活性、糖和蛋白质的代谢,从而导致奶牛的一些组织细胞的损伤和营养代谢的紊乱,并冷热应激时血液淋巴细胞中HSP70家族基因mRNA表达量的上升,可在一定程度上反映其对动物机体的保护水平。     

团头鲂MHCⅡ α基因的SNP位点开发、鉴定及与抗病性状关联分析

用嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染团头鲂(Megalobrama amblycephala)区分抗病和易感组,通过PCR扩增及测序在MHCⅡα基因上筛选单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphisms,SNP),利用高分辨率熔解曲线法和限制性内切酶酶切法对SNP进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。在MHCⅡa基因上共筛选出35个候选SNP位点,占MHCⅡa基因总碱基的1.45%,包含30个转换位点、5个颠换位点。其中外显子部分有16个,内含子部分7个,5′非编码区有1个,3′非编码区有11个。有13个SNP位点位于编码区,占总氨基酸位点的5.56%,位于839bp的T/A颠换和1 663bp的A/G转换是无义突变,其余11个SNP位点为有义突变。α1结构域的SNP位点分别占总碱基和总氨基酸位点的4.88%和10.98%,明显高于α2结构域的1.08%和3.22%。MHCⅡα基因的21个抗原结合位点(peptide binding region,PBR)中,有4个位点变异,变异率为19.05%;而non-PBR的变异率仅为8.20%(5/61)。用SPSS软件对分型成功的5个SNP位点在易感和抗病组各100尾中的基因型频率和等位基因频率进行了统计。通过卡方检验分析发现位于1 395bp(T/A)位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组中差异极显著,位于221bp(G/T)和1 859bp(G/T)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组中差异显著。本研究结果表明团头鲂MHCⅡα基因的多态性和抗细菌性败血症性状显著关联。