基于FIASCO技术的芝麻SSR标记及其遗传多样性分析

采用FIASCO法构建了芝麻(Sesamum indicum L.)GATA\AAAG\AAAC微卫星富集文库,阳性克隆率62%,其中58%为完美型SSR。利用30个芝麻材料对其中10个扩增稳定、多态性好的SSR位点进行了多样性分析,等位基因数介于4~7之间,平均6.2个;有效等位基因数介于2.18~5.13之间,平均3.73。25个育成品种(系)遗传相似系数平均为0.740 7,遗传距离平均为0.258 9;5个地方品种间的遗传相似系数平均为0.659 3,遗传距离平均值为0.312 8,说明地方品种多样性比育成品种(系)丰富。AMOVA分析表明,品种(系)间变异大于品种(系)内变异,地方品种种内变异大于育成品种(系)。聚类分析表明,一把白与所有育成品种(系)聚为同一类。研究还鉴定出一些遗传差异较大的材料。     

引种粗皮桉种源遗传多样性的RAPD与SSR分析

利用RAPD和SSR分子标记对粗皮桉7个种源遗传多样性进行分析,10条RAPD引物共扩增出157个位点,其中多态位点145个,多态性百分率92.34%,遗传一致度范围0.906 1~0.971 4;21对SSR引物共检测到252个等位变异,平均等位基因数为12个,平均有效等位基因数为4.6个,遗传一致度范围0.727 1~0.908 0。2种标记遗传一致度相关分析表明呈显著相关,说明2种标记分析粗皮桉遗传多样性具有较高一致性。聚类分析显示,RAPD标记将粗皮桉7个种源被划分为4个类群,SSR标记将粗皮桉7个种源被划分为3个类群,SSR标记聚类结果与粗皮桉种源地理分布密切相关。RAPD和SSR分子标记均适合粗皮桉遗传多样性分析,SSR标记更具可靠性。     

思茅松EST-SSR标记在几种松属植物中的通用性分析

为验证思茅松EST-SSR标记在松属植物中的通用性,利用已获得的18对EST-SSR标记对其近缘种进行扩增。结果表明:思茅松EST-SSR标记对马尾松、高山松、油松和云南松的通用率为88.89%,多态性百分比率分别为81.25%、81.25%、75.00%和93.75%。因此,基于思茅松转录组序列SSR标记开发是可行的,思茅松EST-SSR标记对近缘种具有较高的通用性和多态性,这些引物可用于分析思茅松及其近缘种间的遗传关系。     

云南松EST-SSR引物在其近缘种中通用性的研究

根据云南松EST序列设计了32对SSR引物,从中随机选取7对引物,对不同群体云南松及细叶云南松、马尾松等近缘种进行了PCR,研究云南松EST-SSR引物在近缘物种中的通用性。结果表明:所选择的7对引物对云南松不同群体及其近缘种的扩增成功率均为100%;且7对引物在云南松不同群体的多态性比例均为100%,在细叶云南松、马尾松、高山松、油松和思茅松等近缘种中分别为71.43%、85.71%、85.71%、85.71%和100%;云南松EST-SSR引物具有较高的通用性,且这些引物可用于分析云南松及其近缘种间的遗传关系。     

结球甘蓝遗传多样性的SSR分析

利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。     

广西非香地方栽培稻与香稻的遗传多样性比较

利用分布于水稻12条染色体上的16对SSR引物,分析24份广西非香地方栽培稻资源和18份广西种植香稻的SSR等位变异、多态信息含量、基因多样性等。结果表明,在广西非香地方栽培稻资源中,每对引物检测到的等位基因数为2~7个,平均每个位点的等位基因数为4.38个,平均多态信息含量(PIC)和平均基因多样性(Hs)分别为0.53和0.60;而在广西种植香稻资源中,每对引物检测到等位基因数2~9个,平均每个位点的等位基因数为3.44个,平均多态信息含量(PIC)和平均基因多样性(Hs)为0.41和0.47。说明广西非香地方栽培稻资源比香稻资源具有更为丰富的遗传多样性。聚类结果表明,广西非香地方栽培稻和香稻资源各自聚为一类,说明二者存在较大的遗传差异。     

利用SSR标记分析19份山羊草属种D基因组遗传多样性

具有D染色体组的山羊草属种是六倍体普通小麦的二级基因源,蕴藏着丰富的抗性基因和遗传变异丰富,可供现代小麦改良利用。选用24对D染色体组特异性微卫星(SSR)标记引物,将19份山羊草属种的D染色体组与3个普通小麦的D染色体组的遗传多样性进行了比较分析。共检测出679个等位基因,每个SSR位点上能检测到1~44个等位基因,平均28.29个。聚类分析结果表明,同一属种的材料基本上聚为一类,19份山羊草属种的D染色体组与普通小麦的D染色体组之间存在较大的遗传差异,可供小麦远缘杂交以丰富栽培小麦遗传多样性。     

23份烟草种质遗传多样性的SSR和ISSR标记分析

利用SSR和ISSR标记分析23份烟草种质遗传多样性。结果表明:8个SSR引物和8个ISSR引物分别检测到66个和113个多态性位点。不同烟草种质之间的遗传相异系数在0.3259~0.8588(SSR)或0.1369~0.8161(ISSR)。以SSR、ISSR标记分别聚类以及两种标记混合聚类均在0.63处将23个材料分为4类:2个类群和2个独立个类Coker147、Val16或G140,一类群以红花大金元为基础聚类,另一类群以NC82为基础聚类。两种标记的结果相似,均可用来进行烟草种质资源的遗传多样性分析。     

SRAP结合SSR标记分析油菜自交系的遗传多样性

为了掌握陕南地区油菜主要育种材料的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各材料间的亲缘关系,为油菜育种提供理论依据。利用34对有多态性的SRAP标记和25对SSR标记,对56份陕南地区油菜自交系材料进行遗传多样性分析。结果表明,SRAP标记共检测到273个等位变异,平均每个标记检测到8个等位基因,每个SRAP位点的遗传多态性信息含量在0.32~0.93,平均值为0.64。供试材料的遗传相似系数集中在0.47~0.93,两两遗传相似系数的平均值为0.69,变幅为0.34~0.93,聚类分析表明。在相似系数0.47处,所有材料被聚为一类。SSR标记共检测到155个等位基因,平均每个标记检测到7个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.03~0.92,平均值为0.54。供试材料的遗传相似系数集中在0.49~0.92之间。两两遗传相似系数的平均值为0.57,变幅为0.30~0.92。在相似系数0.49处,所有材料被聚为一类。因此,SRAP标记的多态性比SSR丰富,56份陕南地区甘蓝型油菜自交系中多数材料亲缘关系较近,在育种中需要创新种质资源。     

利用表型和SSR标记分析河南省玉米地方品种的遗传多样性

 【目的】分析河南省玉米地方品种的遗传多样性,为进一步改良利用提供合理方案。【方法】利用表型和SSR标记基因型,对88份有代表性的地方品种进行遗传多样性分析。【结果】这些地方品种农艺性状表现出较大差异,表型聚类将其划分为7个类群,大部分品种聚在一个类群内,但仍有部分品种独立成群。SSR分析表明,每对引物可以稳定检测到2～10个等位基因,40对SSR引物共检测到198个等位基因,平均每个位点4.95个等位基因,遗传相似系数为0.63～0.89。SSR标记聚类分析同样将此材料划分为7个类群,大部分品种仍主要集中在一个主群内。Mental测验结果表明,表型同基因型距离矩阵间存在极显著正相关(r=0.78,P=0.01)。【结论】河南省玉米地方品种来源较单一,遗传多样性较差,仅少部分品种较为独立,可有针对性地保存和改良利用。     

柿属植物种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】用SSR标记分析柿属植物种质资源的遗传多样性,为其有效利用提供依据。【方法】以7个柿种或变种的48份材料为研究对象,利用30对SSR标记对其进行遗传多样性分析。采用NTSYS-pc2.10e分析软件对SSR数据进行聚类分析。【结果】共检测到83个等位基因,每对SSR引物检测到3～6个等位基因变异,平均为4.9个。供试柿品种间的遗传相似系数介于0.397～1.000,平均为0.698,范围较大,说明柿资源种类较多、来源较广泛、遗传多样性较丰富。48份柿材料在相似系数为0.66水平上分为4大类,第Ⅰ类包括浙江柿和5个美洲柿及1个柿品种;第Ⅱ类只有2个资源,即油柿和野柿;第Ⅲ类为柿种下的大部分柿品种(27个);第Ⅳ类包括2个有核君迁子、3个无核君迁子、2个野柿、3个金枣柿及2个柿种下的品种;不同种类的柿种质资源基本分别聚在一起。同一种类下的不同类型也能区分开来。【结论】SSR标记是研究柿种质资源遗传多样性的有效手段。     

西南区应用的7个玉米骨干系与美国自交系的SSR标记分析

利用41对玉米SSR引物对49份美国玉米自交系和7份西南区骨干自交系进行遗传多样性分析,共检测出169个等位基因有变异位点,每对引物检测到等位基因2~10个,平均4.12个;每对SSR引物的多态信息量(PIC值)变化范围为0.299~0.885,平均值为0.652。按UPGMA方法对供试自交系进行聚类,以遗传距离0.572为基准,可将供试材料划分为七类。56份自交系的SSR标记聚类分析表明,78%的美国自交系与西南区常用自交系之间也存在着较大的遗传差异,被单独聚为四类,而22%美国玉米自交系与西南区玉米自交系具有一定的同源性,被聚在第Ⅰ、Ⅳ和Ⅵ类。通过美国玉米种质和西南区应用种质的SSR标记分析,为加强西南区玉米育种材料的改良、创新和利用,以及品种选育提供参考。     

基于SSR标记的杂交籼稻主要不育系遗传多样性分析

采用SSR标记对我国杂交籼稻15个主要不育系进行遗传多样性分析。结果表明,在水稻基因组中平均分布的99个SSR位点其中71个SSR位点具有多态性,多态性位点率71.7%。71个SSR标记共检测到175个等位基因,每个SSR位点检测到2～5个,平均为2.47个等位基因,He平均为0.716,PIC平均为0.393。供试不育系在遗传距离0.693处聚为两大类群,广占63S单独聚为一类;另一大类包括其余4个光温敏核不育系和所有的三系不育系。聚类结果与系谱分析基本吻合。     

江西省3个地方鸡种遗传多样性分析

为探究江西省3个地方鸡种的遗传多样性,为江西省家禽群体遗传资源的合理利用和种质资源保护提供依据,利用飞行质谱分型技术对宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡3个群体(463只个体) 1号染色体上的25个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型分型,计算每个SNP位点的等位基因频率、表观杂合度、期望杂合度、多态信息含量及群体间Nei氏标准遗传距离。结果显示,所有位点在3个群体中的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量分别为1.636、0.367和0.291,其中白耳黄鸡的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高(1.684、0.387和0.303),安义瓦灰鸡最低(1.562、0.328和0.262)。遗传距离和系统聚类结果显示,3个群体的遗传相似性都比较高,安义瓦灰鸡和白耳黄鸡2个群体聚为一类,宁都黄鸡单独聚为一类。     

基于SSR标记的楸树遗传多样性及核心种质构建

利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 7。用MEGA6.0软件对192份楸树材料进行遗传距离分析,通过聚类分析构建出供试材料楸树种质资源间的聚类图。利用SSR分子标记,采用多次聚类结合位点优先的取样策略,比较了样本数不同的4个核心样本群的等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s指数和Nei’s遗传多样等参数,初步构建了192份楸树种质材料的46份核心种质。核心种质保留了初始种质23.96%的样品。     

陕西7个毛樱桃自然居群遗传多样性的SSR评价

【目的】研究陕西野生毛樱桃自然居群的遗传多样性,为科学保存和利用陕西野生毛樱桃资源提供理论依据。【方法】以陕西野生毛樱桃的7个自然居群140份样本为材料,用SSR分子标记技术研究其遗传多样性和遗传结构。【结果】用10对SSR引物从7个毛樱桃自然居群中共检测出92个等位基因,各引物扩增的条带在6~14个。居群多态位点比率(PPL)为100%,Shannon’s信息指数(I)平均值为1.280,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.655,可观察杂合度(Ho)平均值为0.584,期望杂合度(He)平均值为0.672,表明陕西7个毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平。居群的基因分化系数Fst=0.181,表明陕西野生毛樱桃的遗传变异主要存在于居群(81.9%)内,遗传分化居群内高于居群间,基于Fst测得基因流Nm为1.128。利用UPGMA对7个毛樱桃自然野生居群进行聚类,可以分为3类:麟游(LY)、绣房(XF)、华阴(HY)、哭泉(KQ)归为第1类,小峪(XY)为第2类,鹦鸽(YG)和青化(QH)归为第3类。【结论】李属植物SSR引物在毛樱桃上能够有效的转移利用,陕西毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平,其中华阴居群遗传多样性水平最高,遗传分化居群内高于居群间,7个居群可聚为3大类。     

101份糯玉米自交系的遗传多样性

为筛选出形态学表现好、遗传距离较远的糯玉米自交系类群,利用 SSR分子标记技术对表型不同的101份糯玉米自交系进行 SSR 分子标记遗传多样性分析。结果表明,30对 SSR 引物筛选出23对多态性好、带型稳定的引物,分布在玉米所有染色体上;共检测出128个条带,108个等位基因,平均每个引物检测出4．7个等位基因;23对引物多态性信息量为0．59～0．94,平均为0．85;SSR 聚类结果将101份糯玉米自交系分为10大类群。     

基于SSR标记的思茅松种质资源遗传多样性分析

【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_e)为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_ST)平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_m)平均为4.627(N_m> 1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei...     

小麦抗蚜品种的遗传多样性SSR标记分析

分析小麦抗蚜品种(系)的遗传多样性,为进一步培育和推广抗蚜品种提供依据。在田间对956份小麦品种(系)损失率鉴定结果的基础上,取47份年度间鉴定抗性结果较为一致的材料,按损失率大小,由小到大排列起来,利用筛选的18对多态性SSR标记检测了参试材料的遗传多态性。结果表明,18对SSR标记在47份不同抗性品种中检测到99个等位基因,能够将所有品种区分开来,每对引物可以检测到1~10个等位基因,平均为5.21个。47个小麦品种间的相对遗传距离在0.33~0.94之间,平均为0.65。高抗品种间相对遗传距离平均为0.59(0.39~0.77);中抗品种间的相对遗传距离平均为0.62(0.39~0.83);感虫品种间的相对遗传距离平均为0.62(0.37~0.83);高感品种间的相对遗传距离平均为0.64(0.37~0.84)。SSR标记聚类分析在相对遗传距离为0.67处将供试材料分为7大类群。选育和推广抗虫品种时尽可能选择聚类图中亲缘关系较远的材料。抗虫品种‘临远95-5322’单独聚为一类,同其余品种具有较远的亲缘关系,可作为新的抗源用于抗虫育种。     

乌珠穆沁羊遗传多样性与系统地位的研究

利用7个微卫星标记对乌珠穆沁羊、小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊、长江三角洲白山羊6个绵(山)羊群体进行了遗传多样性检测,结果显示:6个绵(山)羊群体共检测到224个等位基因,每个座位在每个群体都检测到7个以上等位基因;7个微卫星座位在6个群体中呈高度多态性,总群体杂合度为0.9499;6个群体PIC平均值在0.8452~0.9294之间。根据标准遗传距离和DA遗传距离用UPGMA方法分别对6个群体进行亲缘关系聚类,乌珠穆沁羊和小尾寒羊聚为一类,然后与滩羊聚为一类,湖羊和同羊较近聚为一类,五个绵羊品种最后与山羊相聚。研究结果提示:乌珠穆沁羊就血统而言归属与"蒙古羊"集团,这基本符合品种的育成过程,乌珠穆沁羊和小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊共同归属于"蒙古羊"集团。