共查询到20条相似文献,搜索用时 31 毫秒
1.
应用叶绿体ndhF和rbcL序列对绿绒蒿属藏药植物欧贝:长叶绿绒蒿Meconopsis lancifolia、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、尼泊尔绿绒蒿Meconopsis napaulensis;刺儿恩:总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula进行鉴别,对其序列特征差异和亲缘关系进行分析。PCR直接测序后获得六种绿绒蒿的rbcL和ndhF的部分序列。用Clustal X2.1和MEGA6.06等软件分析得到任意两种间均有变异位点和遗传距离,根据rbcL和ndhF基因部分序列数据分别建立系统树。rbcL序列分析显示,任意两种间有变异位点;ndhF序列分析显示,除总状绿绒蒿(居群1)和多刺绿绒蒿序列无明显差异外,其他任意两种间均有位点变异。根据叶绿体ndhF和rbcL基因序列数据可以很好的鉴别6种绿绒蒿属藏药植物。 相似文献
2.
《林业科学》2019,(12)
【目的】筛选出适合鉴别蓝莓品种的DNA条形码,用于蓝莓不同品种的区分及遗传分化研究。【方法】以40个蓝莓品种108份样品总DNA为模板,对8个条形码片段(rpo B、psb A-trnH、ycf5、rbc L、rpo C、mat K、ITS、ITS2)进行扩增与测序,分析扩增效率及测序成功率、遗传距离、barcoding gap,并对遗传距离计算结果进行Wilcoxon检验,利用NJ树法对各蓝莓品种进行聚类分析。【结果】在8个DNA条形码中,ITS与ycf5在所有蓝莓样本中均无扩增产物。除mat K序列扩增成功率(96. 30%)、测序成功率(99. 04%)相对较低外,其他5个条形码扩增与测序成功率均为100%。蓝莓的rpo B序列完全一致,为高度保守序列。各条形码的变异位点数依次为:ITS2(11个)mat K(4个)rbc L(3个)psb A-trnH(2个)rpo C(1个)rpo B(0个)。各蓝莓品种的品种内、品种间遗传距离较小,介于0. 000 16~0. 002 58之间,且品种间遗传距离大于品种内。Barcoding gap分析结果显示,各条形码均未形成明显的间隔区,但从分布情况看,ITS2、psb A-trnH、mat K 3个条形码有偏向两端分布的趋势,尤其是ITS2。Wilcoxon检验显示,ITS2、psb A-trnH品种间变异较大,psb A-trnH品种内的变异较大。聚类分析结果表明,psb A-trnH和rpo C可将蓝莓品种分为2个类群,rbc L和mat K将蓝莓划分为3个类群,ITS2将蓝莓分为4个类群。利用条形码组合可提高蓝莓品种鉴定率,其中ITS2+mat K+rpo C+rbc L鉴定成功率最高,为20%。【结论】ITS2对蓝莓品种的鉴定结果优于其他条形码,条形码组合ITS2+mat K+rpo C+rbc L将40个蓝莓品种分为14组,能够将山东省主要的蓝莓栽培品种如伯克利、阳光蓝、北陆等品种区分开来,较适于蓝莓的品种鉴定。 相似文献
3.
4.
5.
基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物种分化 总被引:2,自引:0,他引:2
【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性检验的模拟值都集中在0.65和0.90左右,表明梭梭和白梭梭的生态位分化不明显。【结论】基于ITS和cpDNA序列组合,梭梭和白梭梭物种间的遗传分化明显,分子系统关系清楚; ITS和cpDNA序列组合都可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列;梭梭和白梭梭的生态位分化不明显,说明生态因素很可能对2种植物的分化与进化没有起到明显的作用,2种植物很可能也具有相近的进化历史。本研究的结论可以为梭梭和白梭梭的系统发育、遗传和进化研究提供重要的理论依据和数据支撑。 相似文献
6.
7.
8.
9.
10.
11.
研究中获得了龟鳖类18个个体长度为660bp的COI基因序列。利用MEGA软件采用P-距离法计算龟鳖类种间及种内遗传距离并构建序列间的UPGMA和邻接系统发生树。结果显示,龟鳖类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离。在系统树中,龟鳖类每一物种的个体分别形成各自独立的分支。基于COI基因的DNA条形码在识别龟鳖类物种方面和传统形态学基本一致,而且该基因可以探讨龟鳖类种间的系统发育关系,以COI基因作为DNA条形码,对龟鳖类进行物种鉴定具有一定的可行性。 相似文献
12.
正"绿绒蒿",罂粟科绿绒蒿属植物。它花型硕大、色彩艳丽、姿态优美,是喜马拉雅地区众多高山植物的明星物种,也是著名的观赏花卉。在西方园艺界,它被称为"喜马拉雅蓝罂粟",家喻户晓。在中国,了解它的人不多,仅限于部分植物学者及往来于西南山地或者青藏高原地区的观花爱好者。是的,绿绒蒿是一个美丽多样,甚至 相似文献
13.
《山西林业科技》2018,(4)
为了保护濒危物种丽豆(Calophaca)的生物多样性,测定天然分布于太原天龙山、晋中乌金山、甘肃庆城丽豆的ITS2和psb A-trnH序列,实施了DNA条形码物种鉴定。这3种产地分布的丽豆ITS2序列完全相同,同时psb A-trnH序列也完全相同,证明是同一物种。这两条DNA序列尚未被美国NCBI(National Center for Biotechnology Information,USA) DNA序列数据库收录。依据《中国植物志》记载,山西省分布丽豆种名为Calophaca sinica Rehd,测定的ITS2和psb A-trnH序列可以认为是Calophaca sinica Rehd的DNA条形码系列,可作为基于DNA条形码物种鉴定的对照序列。 相似文献
14.
15.
16.
通过克隆和测定核糖体DNA内转录间隔区(Ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA,ITS)基因序列,研究红榉不同种源间的亲缘关系。测定结果表明:红榉5个种源的ITS序列、ITS1和ITS2长度变异范围分别为561~623 bp、157~210 bp和215~222 bp。软件DNAMAN、遗传距离和UPGMA法系统发育树分析结果表明:南京种源与赣州种源的亲缘关系较近,湖州种源与怀化种源的亲缘关系较近;滁州种源单独聚为一类,与湖州、怀化种源的亲缘关系较远。 相似文献
17.
28种杜鹃亲缘关系ISSR分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为探究杜鹃不同种之间的亲缘关系,从而为杜鹃属植物准确分类提供参考及杂交选育新品种奠定基础。利用ISSR分子标记技术对28个杜鹃品种进行遗传多样性分析。从50条ISSR引物中筛选出12条多样性较为丰富的引物对供试材料进行DNA扩增,共获得132条清晰条带,其中有127个位点具有多样性,多样性比例为96.21%,平均每条引物可以扩增11个片段和10.58个多态性片段。利用NTSYS 2.1软件进行遗传相似系数计算,其值介于0.285 7~0.925 8之间。基于其遗传距离数据进行UPGMA聚类分析,将28个品种分为3个类群,分类与品种形态学如花型、花期等性状相关联且可以反映出品种间的演变。ISSR扩增图谱差异显著,可用于杜鹃属植物的鉴定与区分。 相似文献
18.
《西部林业科学》2019,(6)
以盆栽半年的总状绿绒蒿幼苗为研究材料,探讨不同氮素处理对总状绿绒蒿幼苗表型和光合作用的影响,为确定总状绿绒蒿施肥的最佳形态和浓度,提高其苗期成活率提供理论依据。采用4种氮素形态2种浓度,在20d、40d、60d之后分析了总状绿绒蒿幼苗生长指标和光合参数的差异性。结果表明,施用氮肥可以显著(P0.05)促进总状绿绒蒿幼苗的生长,提高叶片净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、蒸腾速率(Tr)、水分利用率(WUE)、降低胞间CO_2浓度(Ci)。NH_4~+-N对总状绿绒蒿幼苗的生长促进作用大于NO_3~--N,4种氮素形态效果比较:硝铵态氮铵态氮硝态氮甘氨酸,最适合总状绿绒蒿幼苗生长的氮素形态和浓度是NO_3~--N/NH_4~+-N=10/10mmol/L。 相似文献
19.
利用AFLP分子标记和DNA条形码技术,对采自贵州省兴仁县和贵州省安顺市的刺梨、无籽刺梨和光枝无籽刺梨共19份样本材料进行鉴定。结果表明:AFLP标记分析19个样本间的遗传相似系数在0.719 0 0.997 2之间,平均相似系数为0.936 5。采用UPGMA 法进行聚类分析,将19个样本聚类为2组,刺梨为单独1组,其他18份样本为1组。DNA条形码分析结果显示ITS无变异位点,将4种叶绿体序列片段(psbA-trnH、atpF-atpH、psbI-psbK、trnL-F)合并后以联合序列作为数据分析的基础,19份样本的平均误差为0.000 6,除刺梨外,其他18份样本之间的遗传距离均为0,而刺梨与无籽刺梨、光枝无籽刺梨之间的遗传距离均为0.005 8。两种方法的鉴定结果一致,无籽刺梨与刺梨是独立的2个种,兴仁县无籽刺梨与安顺市的光枝无籽刺梨为同一个种。本研究结果明确了无籽刺梨的系统地位,从分子水平和基因水平上解决无籽刺梨的分类分歧,为今后开展无籽刺梨种质资源的收集、保存、开发和应用等奠定了理论基础。 相似文献