金焰笛鲷rDNA基因转录间隔区ITS-1序列分析

以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G C(69.8%)含量明显高于 A T 含量(30.2%)。将此引物在笛鲷属其他4种鱼类中扩增,发现该对引物有很好的通用性;比较发现在不同种中 ITS-1存在着较大的差异,适合将其应用于分子系统学和种质资源方面的研究。     

兰寿金鱼与虎头金鱼形态性状差异分析

对金鱼(Carassius auratus auratus)中兰寿金鱼与虎头金鱼两大不同品系的28个性状进行了形态学测量。通过统计学分析,结果显示:两种样品主要在体高、体宽和头长3项指标上具有差异,其主成分分析特征值均在0.7以上。另外,鱼体外部各性状之间联系十分密切。其中11项形态参数在经聚类分析与近似性矩阵分析后,获得了由相关性距离构成的环状系统。该系统中的一个或多个性状特征的改变都会对其他性状参数造成不同影响,并进一步影响其鱼体外形和器官功能。     

栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用

以相应引物PCR扩增栉孔扇贝(Chlamys farreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子(ITS-1和ITS-2)，PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序，分别得到了340bp和510bp的碱基序列，序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS-1分别为32.06％，20.59％，22.35％和25.00％，在ITS-2分别为30.00％，21.37％24.12％和24.51％。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大，可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。     

魁蚶核糖体DNA基因转录间隔区的序列特征

以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharca broughtonii)的核糖体转录间隔子ITS-1和ITS-2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21．91％、24．73％、28．20％和25．16％(ITS-1),27．02％、25．52％、25．52％和21．95％(ITS-2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现11S1和11S2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的11S1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入／缺失;对5种蚶科贝类的ITS-2相应片段进行比较,发现中间有75bp的保守区域,与本研究在魁蚶ITS-2群体序列研究中观察到的情况相同。     

福建缢蛏野生群体与养殖群体的ITS-1和ITS-2分析

采用PCR技术对福建缢蛏的霞浦野生群体(WP)和漳湾养殖群体(CZ)进行了ITS-1和ITS-2的多态性分析。利用贝类通用引物扩增了ITS-1和ITS-2序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对,获得长度分别为495 bp的ITS-1和485 bp的ITS-2核苷酸序列,其中分别包括25 bp和22 bp的插入缺失。ITS-1和ITS-2片段的T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为13.6%、30.2%、28.3%、29.7%(ITS-1),16.2%、33.7%、19.5%、30.6%(ITS-2),A+T含量显著低于G+C含量。序列分析显示,野生群体和养殖群体的单倍型多样性指数、多态位点数、平均核苷酸差异数分别为1.0、40、10.54(ITS-1),0.96、27、11.91(ITS-2)和1.0、28、8.23(ITS-1),0.96、28、10.16(ITS-2),揭示出福建两个缢蛏群体的遗传多样性均较为丰富,其变异主要源于碱基的插入和缺失,野生群体的多样性较高于养殖群体,但是遗传组成存在着较高的一致性,群体间没有遗传分化。     

长尾琉金金鱼形态性状的相关与通径分析

测定了637尾1龄长尾琉金金鱼体重、体长、体高、头长、尾柄长、尾柄高、胸鳍长、腹鳍长、背鳍高、臀鳍长、尾鳍长等11个性状,计算性状间的相关系数,同时采用通径分析方法计算以形态性状为自变量对尾鳍长作依变量的通径系数、决定系数,对各性状的影响大小进行削分.结果显示,尾柄高对尾鳍长的直接影响最大,胸鳍长和尾柄长对尾鳍长的直接...     

鲫胰岛素样生长因子-ⅠcDNA克隆及序列分析

利用One-Step RT-PCR技术,从鲫(Carassius auratus)肝胰脏组织中克隆了胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ),并进行了序列分析。结果表明,鲫IGF-ⅠcDNA由486个核苷酸组成,编码包括信号肽、成熟肽(B、C、A、D四个域)和E域的161个氨基酸。核苷酸同源性分析揭示,鲫IGF-ⅠcDNA序列与金鱼的同源性最高,为99.18%;与鲮、三角鲂、团头鲂的同源性次之,分别为94.44%、94.65%、94.44%;与鲤、草鱼的同源性相对较低,为86.03%和85.29%。E区域的分析结果表明,鲫IGF-Ⅰ序列为Ea-2亚型。     

太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了 4个序列在我国几种牡蛎的种类鉴别及相关研究的应用潜力     

福建沿海不同养殖区泥蚶的ITS-1基因片段序列分析

泥蚶是福建省重要的经济海水养殖贝类,不同地区的泥蚶品质相差较大,其中以生长在宁德飞鸾铁基湾和东山湾竹塔的泥蚶品质较佳.本实验克隆了福建沿海六个养殖区的六个泥蚶的ITS-1序列,测序后,进行序列分析,并构建了ME、NJ和UPGMA系统树.结果表明:不同养殖区的泥蚶在DNA水平上的差异不大,遗传相似度为97.01～99.76%;所分析的六个群体未形成明显的地理隔离;福建泥蚶在品质上的差异没有体现在基于ITS基因序列分析的遗传差异中.     

基于rDNA ITS序列研究蚌科6种类的系统发生关系

通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种贝类的相关序列进行比对,ITS1的比对长度包括501个位点,其中有364个变异位点和99个简约信息位点;ITS2的比对长度包括381个位点,其中有259个变异位点和66个简约信息位点。以虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)为外群,采用邻接法(NJ)分析6种贝类的系统发生关系,贝类明显聚合为3个类群:类群Ⅰ包括三角帆蚌(H.culingii)和背瘤丽蚌(L.leai),类群Ⅱ包括扭蚌(A.lanceolata)和圆顶珠蚌(U.douglasiae),类群Ⅲ由背角无齿蚌(A.woodiana woodiana)和褶纹冠蚌(C.plicata)组成。     

红白鲫对不同背景颜色的选择偏好

为探究鱼类对背景颜色的选择偏好,以红白鲫(Carassius auratus)为研究对象,分别记录个体和群体条件下红白鲫在不同彩色(红、橙、黄、绿、青、蓝、紫)背景和白色背景中的停留时间以及往返次数。结果显示,实验连续观测20 min,在个体条件下,红白鲫在白色和彩色背景中的停留时间没有显著差异(P0.05),在各单色背景中的停留时间也没有显著差异(P0.05);且其在白色与不同彩色背景间的往返次数从大到小依次为:绿色(17.5次)蓝色(15.7次)青色(15.3次)紫色(13.4次)橙色(12.0次)红色(10.0次)黄色(9.0次)。在群体条件下,与白色背景相比,红白鲫在橙色、黄色背景中停留时间显著更长(P0.05),在红色背景中停留时间显著更短(P0.05),而在其他彩色背景中停留时间没有显著差异(P0.05);不同单色背景对红白鲫的停留时间有显著影响(P0.05),其中在橙色、黄色背景中停留时间显著长于红色背景(P0.05),而其他单色两两之间停留时间无显著差异(P0.05);且其在白色与不同彩色背景间的往返次数从大到小依次为:红色(15.1次)橙色(14.0次)黄色(13.6次)蓝色(12.2次)绿色(11.8次)青色(10.2次)紫色(9.1次)。研究表明,红白鲫对背景颜色具有一定的选择偏好,特别是在群体条件下偏好于橙色和黄色,不喜欢红色。     

透明草金鱼的皮肤转录组分析

采用Illumina HiSeq技术对体长(45.00±5.42)mm的透明草金鱼和不透明草金鱼皮肤组织透明性状相关基因进行转录组测序.6个组织共产生309364078条过滤序列,组装后获得72083个unigene,平均长度为1321 bp.DESeq分析共筛选出181个差异表达基因(DEGs),其中上调基因66个、...     

非离子态氨对金鱼鱼种的急性毒性试验

采用常规生物急性毒性试验方法,研究了非离子态氨对体长(5.0±0.61)cm,质量为(12.17±1.57)g的金鱼鱼种的急性毒性试验。结果表明,非离子态氨对金鱼鱼种24、48 h的半致死质量浓度(LC50)及95%置信区间分别为0.454(0.393~0.515)mg/L和0.267(0.213~0.322)mg/L,安全质量浓度为0.028 mg/L。非离子氨对金鱼鱼种具有较低的耐受力。     

温度对草金鱼幼鱼生长和耗氧率的影响

观测了不同温度对草金鱼幼鱼生长和耗氧率的影响。分别在20℃、23℃、26℃、29℃、32℃五个温度下喂养草金鱼幼鱼(15.76±0.17g)30d。结果表明:不同温度下草金鱼的特定生长率无显著差异(P0.05)。温度对草金鱼的单位体重耗氧率有极显著影响(P0.001)。不同温度组草金鱼的个体耗氧率有显著差异(P0.05)。     

滁州鲫(Carassius auratus)线粒体全基因组序列分析及系统进化

为探讨天然三倍体滁州鲫的系统进化地位,采用直接测序法获得滁州鲫线粒体基因组。其序列全长为16581 bp,碱基组成为31.6% A、26.2% T、16.1% G和26.1% C,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致。除tRNA-Ser (AGY)外,其他21个tRNA的二级结构均具有典型的三叶草结构;13个蛋白编码基因中,除COⅠ起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;COⅡ、ND3、ND4和Cytb基因的终止密码子为不完整的T,其他9个基因均具有完整的终止密码子TAA或TAG。序列分析表明,滁州鲫与其他鲫属鱼类(方正银鲫A系和D系、鲫、淇河鲫、萍乡肉红鲫、黑鲫、日本白鲫和日本银鲫)在线粒体基因组上均具有较高的序列同源性(>94%)。以鲤(Cyprinus carpio haematopterus)为外类群,基于线粒体13个蛋白质基因的核苷酸与氨基酸序列构建上述鲫属鱼类的系统进化树,结果显示,滁州鲫与方正银鲫亲缘关系最近,与黑鲫最远。综合以上研究结果,认为滁州鲫应为银鲫亚种的一个地方种群。     

鲫血清转铁蛋白cDNA片段的克隆与序列分析

取体重约300g鲜活鲫(Carassius auratus)的肝组织进行总RNA提取。从GenBank数据库查询已发表的8种鱼转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合转运功能位点,设计并合成了2对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的从大约550bp至1450bp的核心片段,长度为0．9kb。同时,比较了几种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,并推导出鲫血清转铁蛋白cDNA核心片段的氨基酸序列,并分析了该氨基酸序列的结构和特性。     

草金鱼总色素稳定性研究(I)——日光、空气、温度和金属离子对草金鱼总色素稳定性的影响

草金鱼总色素光谱吸收峰为400～600nm,是类胡萝卜素色素。在日光、高温和某些金属离子作用下,破坏程度严重;在避光、低温和相关离子作用条件下,色素受到保护或具有增色作用。研究结果提示:在提取、保存该色素以及配制增色饵料时,要特别注意避免有关不良因素的影响,确保试验结论的正确和增色效果的良好。     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及系统发育进化序列分析

鱼类血清转铁蛋白是鱼类血清中一种非血红素结合铁的β—球蛋白。从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合及转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5’端(787bp)和3’端(1081bp)以及全长cDNA,最后在计算机上排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2444bp。比较了14种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,其同源性在30％～80％之间,结果显示鲤科鱼类(鲫、银鲫、鲤及斑马鱼等)具有很近的亲缘关系;同时进行了系统发育进化分析,证实了鱼类血清转铁蛋白进化的保守性和氨基酸序列的高度同源性。     

Effects of different salinity and temperatures on the growth,survival, haematocrit and blood biochemistry of Goldfish (Carassius auratus)

The aim of the present study was to investigate the effects of different salinities (0‰, 6‰ and 12‰) and temperatures (23, 27 and 31 °C) on the food consumption, growth, blood biochemistry and haematocrit of Goldfish. After 45 days of exposure to different salinities and temperatures, Goldfish showed a good adaptation to these salinities and temperatures in terms of blood biochemistry (glucose and triglyceride) and haematocrit. Salinities (0‰ and 6‰) and temperatures (23 and 27 °C) did not affect the weight gain, specific growth rate, final biomass and feed conversion rates, but these parameters were significant (P<0.05) at 12‰ salinity and 31 °C temperature. Plasma total protein levels decreased with the increase in salinity (P<0.05), while they were independent of temperature. In conclusion, Carassius auratus, a freshwater stenohaline fish, showed good growth in saline waters with maximum 12‰ salinity and 31 °C temperature.