与鲤鱼抗寒性状相关的RAPD分子标记的筛选及其克隆

以黑龙江鲤（Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、荷包红鲤抗寒品系（Cyprinuscarpio var.wananensis）、荷包红鲤（Cyprinus carpio var.wananensis）、柏氏鲤（Cyprinus pellegnini Tchang）以及荷包红鲤抗寒品系和柏氏鲤的杂交F2的DNA样品为材料,用200个随机引物对其进行PCR扩增,获得了1个与鲤鱼抗寒性状相关的分子标记RAG20,并在F2代分离个体中得到验证.至此,本实验室共获得10个与鲤鱼抗寒性状相关的分子标记,更加证明抗寒性状是数量性状（QTL）受微效多基因控制.此外,将其中4个标记从琼脂糖凝胶上进行回收,并与pMD18-T vector连接,将其转入感受态大肠杆菌E.coli DH 5α,对克隆片段进行序列分析,旨为根据每一序列重新设计引物,将RAPD标记转化为稳定的SCAR标记.[中国水产科学,2006,13（3）：360-364]     

对虾抗病性状遗传标记的RAPD分析

对人工选育的第3代中国对虾和选育的第1代凡纳对虾进行个体人工感染WSSV后，选取感染WSSV十余天但仍健康的对虾为实验材料，用220个随机引物进行RAPD分析，得到抗病性状相关的特异性遗传标记99个。其中中国对虾抗病组特异性片段出现了18个，片段大小在460－2305bp之间；凡纳对虾抗病组特异性片段产生81个，片段大小在435－2287bp。77个引物在两种对虾的抗病组扩增出特异性遗传标记，其中有4个引物各获得了三个特异性片段，有13个引物各获得了两个特异性片段，其余61个引物各获得了1个特异性片段。     

鲤鱼的遗传连锁图谱（初报）

建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有ＲＡＰＤ分子标记５６个,鲤鱼的ＳＳＬＰ标记２６个,鲤鱼ＳＳＬＰ标记１９个,斑马鱼的ＳＳＬＰ分子标记７０个,鲤鱼基因标记９１个,共有标记２６２个;图谱有５０个连锁组,连锁图给出鲤鱼的基因组大小在５７８９ＣＭ左右。     

四种淡水鱼的RAPD分析

用RAPD技术分析了四种淡水鱼-鲫鱼、鳊鱼、草鱼及鲢鱼的种间和种内的遗传变异。用30个随机引物进行了RAPD扩增，其中29个引物得到扩增产物，选取其中11个带纹清晰、多态性较丰富的引物的扩增图谱进行遗传距离的计算，并进行聚类分析，同时获得四种淡水鱼各自的特异性标记。     

我国五个青蛤地理群体遗传变异的RAPD分析

本文利用RAPD方法对我国浙江、江苏、辽宁、天津和福建沿海青蛤地理群体的遗传变异和遗传结构进行了分析。从60条随机引物中,筛选出其中12条扩增效果好、条带清晰的引物进行扩增。结果表明,青蛤遗传多样性较丰富,五个群体的多态度在0.249～0.307之间,平均为0.278,按递减依次为江苏>福建>辽宁>浙江>天津;经分子方差分析(AMOVA),10.69%的遗传变异来自于群体间,89.31%来自于群体内,遗传分化除辽宁与江苏、天津群体间不显著外,其它群体间分化显著;根据遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析表明,浙江群体与江苏群体,辽宁群体与天津群体分别先聚在一起,最后与福建群体聚类;S11、S424、S228、S4254个引物可以区分这五个青蛤地理种群,作为群体特征标记。     

采用RAPD技术筛选马口鱼性别差异相关分子标记

选用SBSA和SBSB两组随机引物（各20条）分别对马口鱼卵巢DNA和精巢DNA进行RAPD扩增,并用1．5％的琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果。结果表明,在40条随机引物中,有11条引物可以扩增出明显的雌雄性别差异条带,条带范围以SBSA5、SBSA6、SBSA9、SBSA16、SBSA19、SBSA20、SBSB2、SBSB3、SBSB9、SBSB16、SBSB17为主。运用RAPD筛选获得马口鱼性别DNA标记将有助于了解其调控雌雄性别发生的差异基因,为进一步的遗传育种提供基础。     

RAPD技术在水产动物种质资源研究中的应用

对水产动物的种质资源进行鉴定和评价 ,其方法主要是从形态学、经济性状、同工酶、线粒体DNA和核 DNA等几方面分析。对 DNA的研究以前主要测量 DNA的含量和分子量的大小 ,现在已深入到 DNA序列的测定和功能基因的标记等层次。 RAPD技术目前已被广泛应用。　　一、RAPD技术的原理　　随机扩增多态性 DNA(Random AmplifiedPolymorphic DNA,简称 RAPD)技术由 Williams等 (1 990 )首先运用 ,它是建立在聚合酶链反应 (Polyinerase Chain Reaction,PCR )技术基础上的一种检测基因组 DNA多态性、基因组遗传标记的方法。其原理是…     

RAPD技术在鲍育种中遗传关系分析与应用

本研究通过对盘鲍、皱纹盘鲍、两者的杂交子一代（F1）及本地多年养殖的杂交鲍的DNA进行RAPD分析,探讨鲍种质演变遗传学现象。结果表明杂种子一代与两亲本的遗传差异并不对等,更偏向皱纹盘鲍：本地鲍的多态位比例最低,表明本地杂交鲍在遗传上发生了种质变化。     

合浦珠母贝3个养殖群体的RAPD分析

利用RAPD标记技术检测了广西省北海市、海南省三亚市、广东省深圳市等 3个地理种群养殖合浦珠母贝(Pinctadamartensii)基因组DNA的多态性 ,并对其遗传结构进行了初步分析。从 4 0个随机引物中筛选出 13个10bp引物 ,它们在 3种群中共扩增出了 14 0条DNA片段 ,3种群共有片段 16条 ,DNA片段数分别为 5 8、91和 71条 ,多态性位点比例分别为 4 1 4 % ,6 5 0 %和 5 8 4 %。遗传距离分析表明 ,广西种群与广东种群的亲缘关系较近 ,而与海南种群亲缘关系较远。 13个引物中 ,引物S11和S3 58扩增出的 3种群指纹图谱差异显著 ,可作为 3种群鉴定的分子标记。     

建鲤与兴国红鲤RAPD分子标记的研究

利用随机扩增多态DNA(RAPD) 技术对鲤鱼的两个品系, 即建鲤和兴国红鲤进行了遗传分析。在所用20 个10 碱基随机引物扩增产物中, 找到了建鲤与兴国红鲤品系间的RAPD分子遗传标记, 为鲤鱼主要品系的保存和保护以及品种的选育工作提供了一种新的技术手段和基础资料。     

斑马鱼微卫星分子标记检测鲤鱼种间多态性

用6072对斑马鱼（Danio rerio）微卫星引物对黑龙江鲤（Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、荷包红鲤（Cyprinus carpio var．wuyuanensis）和柏氏鲤（Cyprinus pellegrini Tchang）进行种间遗传差异分析，共发现563个斑马鱼微卫星标记在鲤鱼种间表现出多态性。从中随机抽选25个标记，对斑马伍和3种鲤鱼的遗传多样性进行分析，使用Phylip3．63软件按照Nei氏标准遗传距离计算种间遗传距离，再用MEGA3．0软件绘制NJ系统发生树，并进行1000次bootstrap检验系统树。结果显示，黑龙江鲤与荷包红鲤首先聚类，然后是柏氏鲤、斑马鱼。这些具有多态性的斑马鱼微卫星标记可用于鲤鱼种间种质鉴定，同时，借用模式生物斑马鱼的丰富遗传标记资源，增加同科的鲤鱼遗传连锁图谱上遗传标记的密度，必将对鲤鱼遗传育种进入分子育种时代起到促进作用。     

RAPD技术分析荷包红鲤抗寒品系与亲本的基因组变化

用４０个随机引物对荷包红鲤、荷包红鲤抗寒品系和黑龙江野鲤三个品系鱼进行ＲＡＰＤ反应,共扩增出３６６条带,获得多态性的ＤＮＡ片段６０条。荷包红鲤抗寒品系与荷包红鲤、荷包红鲤抗寒品系与黑龙江野鲤的基因组变异指数分别为０．７７和０．９０。说明荷包红鲤抗寒品系的基因组与其亲本黑龙江野鲤的基因组较荷包红鲤具有更大的变异。     

3种对虾种间RAPD遗传标记

用RAPD技术对虾属中凡纳对虾、日本对虾和中国对虾基因组DNA的特异性遗传标记进行分析，筛选了OPK和OPE两个系列40个引物，有37个引物获得了片段长度在250-2200bp之间且重复性良好的谱带，其中34个引物均可以将1种、2种甚至3种对虾分别区别开来，共获得了264个扩增片段，其中3种对虾特异性片段95个，每个引物分别获得了1-7个大小不等的片段，凡纳对虾获得了28个特异性片段，日本对虾获得了32个特异性片段，中国对虾获得了35个特异性片段。通过Popgnen1.32种群遗传分析软件包计算结果表明：日本与对虾与中国对虾的遗传距离最大，高达0.9096；日本对虾与凡纳对虾的遗传距离次之，为0.8608；凡纳对虾与中国对虾的遗传距离最小，其值为0.6219。根据遗传距离指数，用UPGMA方法进行聚类分析，构建系统树。     

养殖鲤鱼杂种优势的利用与性状退化现象浅谈

本文概述了养殖鲤鱼杂交与杂交育种研究的成就及杂种优势的利用,分析了不合理的人工选择及滥用亲本引起优良经济性状退化现象的原因,提出了防止和杜绝性状退化现象的措施与建议。     

用RAPD技术鉴定荷包红鲤抗寒品系

本利用RAPD技术对荷包红鲤抗寒品系的基因组DNA进行分析。通过对50个引物,150次的RAPD分析,找出了用RAPD技术从分子生物学角度对荷包红鲤抗寒品系进行鉴定的方法。     

不同鲤鱼种间DNA遗传标记多态性

用８４个随机引物对黑龙江野鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｃａｒｐｉｏ ｈａｅｍａｔｏｐｔｅｒｕｓ Ｔｅｍｍｉｎｃｋ ｅｔ Ｓｃｈｌｅｇｅｌ）和柏氏鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ Ｔｃｈａｎｇ）进行种间ＲＡＰＤ分析,结果共扩增出４８４个片段,二者共有扩增片段为１３个,黑龙江野鲤特有的为２３３个,柏氏鲤特有的为２２５个,这些特异片段可做为黑龙江野鲁和柏氏鲤的分子遗传标记。并对     

中华鳖群体DNA指纹分析中的RAPD技术优化

以中华鳖(Pelodiscus Sinensis)4种不同区域代表性群体黄河鳖、太湖鳖、台湾鳖和日本鳖为研究材料,采用不同反应条件(如退火温度和循环次数等)对RAPD扩增技术进行了优化研究,结果表明,在条件优化后(退火温度为38℃,循环次数为40次)有20个RAPD引物在4个群体中均有扩增条带,其中随机引物S105能将黄河鳖群体和太湖鳖、台湾鳖、日本鳖群体区分开;随机引物S327能将日本鳖群体鉴别出来;而随机引物S474可将台湾鳖群体与其他群体分开.由此表明,退火温度和循环次数的优化有利于中华鳖RAPD鉴定技术的建立.本研究旨在为中华鳖的种质鉴定与保护提供技术支撑.     

抑制消减杂交技术在鲤鱼抗寒研究中的应用

用抑制性消减杂交技术（SSH）研究与鲤鱼（Cyprinus carpio）抗寒性状相关的基因。通过对荷包红鲤抗寒品系（Cyprinus carpio wuyanensis Tchang）和柏氏鲤（Cyprinus pellegnini Tchang）杂交F2代进行降温诱导实验，获得不同温度下的实验材料。利用抑制消减杂交技术构建了一个低温下差异表达基因的消减cDNA文库，共含有2000个克降。对其叶1480个克隆进行斑点杂交筛选，共得到60个阳性克隆，选取其中29个克隆测序。通过序列分析比对，13个克隆与已知基因序列高度同源，同源性为85％-98％；另外的13个克隆为未知新基因序列。在13个同源性较高的克隆序列巾，有brevican基因、AMP—acid连接酶、CFL2基因、催产素基因、主要组织兼容复合体（MHC）Ⅱβ链、锌指蛋白、细胞色素氧化酶、EPD-1基因、透明质酸结合蛋白多糖类、核受体／类视色素信号调节器等，其中9个基因上调表达，另有4个则抑制表达。这些基因的获得可为研究鱼类抗寒性状以及从分子水平上阐明其机制提供重要依据。     

青岛文昌鱼遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对青岛文昌鱼雌、雄各11条个体共22个样本进行遗传多样性检测。从40个寡聚核苷酸随机引物中筛选出17个扩增重复性好、条带清晰、特异性强的引物,对每个个体基因组DNA进行了扩增。得到RAPD产物的分子量在200～2200bp之间,产物总计127个位点,其中,多态位点60个(占47．24％)。计算个体间遗传相似系数平均为0．8656,个体间遗传距离平均为0．1344。用Shannon多样性指数量化的遗传多态度(Ho),雄性群体(0．1912)高于雌性群体(0．1125),平均遗传多态度(Hpop)为0．1519。文昌鱼遗传多态度所占的比例在群体内为0．2553,而雌、雄群体间为0．7447。在文昌鱼雌、雄个体RAPD产物中,两个电泳图谱上能读出明显的雄性特征带,估计可能与雄性文昌鱼具有异型性染色体有关,这与XY型性别决定机制相吻合。引物OPC12扩增产物250bp为雄性文昌鱼所特有,可能为区别性别的分子标记。用NJ法进行聚类分析,结果表明,22个个体明显按性剐聚成两类,文昌鱼雌、雄个体基因组间的差异较大。