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相似文献
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1.
4个猪种H-FABP基因5'-上游区和第二内含子的遗传变异   总被引:2,自引:0,他引:2  
利用PCR-RFLP技术(限制性内切酶采用HaeⅢ,HinfⅠ,MspⅠ)检测了杜洛克、长白、大约克、湖北白猪等4个猪品种共计161头猪H-FABP基因位点的遗传变异。结果在4个猪品种H-FABP基因5’-上游区验证了HinfⅠ-RFLP,在该位点上,杜洛克猪和长白猪的基因型分布相似,二者与湖北白猪、大白猪之间的差异达到显著水平,湖北白猪与大白猪的基因型分布差异达到极显著水平;在4个猪品种H-FABP基因第二内含子验证了HaeⅢ-RFLP和MspⅠ-RFLP,在HaeⅢ-RFLP位点上,杜洛克猪、长白猪、湖北白猪3个品种的基因型分布差异不显著,大白猪与上述3个品种的基因型分布存在极显著差异;在MspⅠ-RFLP位点上,长白猪、湖北白猪、大白猪的基因型分布差异不显著,三者与杜洛克猪之间的差异达显著水平。  相似文献   

2.
猪SLA-DQA一个新SNP的发现及其遗传效应的研究   总被引:14,自引:0,他引:14  
 采用PCR-RFLP方法对新发现的一引起氨基酸改变的SNP位点(读码框第722位碱基)进行了检测,初步探讨了DQA基因作为影响经济性状候选基因的可能性。经在6个中国地方猪种及大白猪中PCR-RFLP检测,发现除小梅山和大白猪外,其它几个猪种均存在多态性,同时对6个地方猪种间的基因型频率的差异进行了χ2检验。在通城猪、长白猪、大白猪及其三元杂种猪长大通和达长通猪中检测了该位点的基因型,并运用GLM进行基因型与生长、胴体性状间关联分析,发现该SNP位点与平均背膘厚、6-7肋间背膘厚存在显著相关(P<0.05),与胸腰椎间背膘厚也接近显著性水平(P=0.06),与内脂率、眼肌高、肌肉失水率亦存在显著相关(P<0.05),但未发现与生长性状间的相关。  相似文献   

3.
为探讨猪转化生长因子β1(TGFβ1)及其受体(TGFβRⅠ)基因多态性与大白猪和长白猪产活仔数的相关性。采用PCR-SSCP方法检测了TGFβ1第6内含子和TGFβRⅠ第7内含子中与猪繁殖力相关的2个突变位点在大白猪和长白猪(共计232头)中的单核苷酸多态性,同时分析多态位点基因型与大白猪和长白猪产活仔数的关联性。结果发现:TGFβ1基因第7外显子上游的第9位碱基存在C→T突变,在大白猪和长白猪中均检出CC和TT 2种基因型,且不同基因型对2猪种产活仔数的影响差异不显著(P0.05);TGFβRⅠ基因第7内含子第808位碱基存在A→G突变,在大白猪中检出AA、AG、GG 3种基因型,长白猪中未检出GG基因型,大白猪中GG型母猪产活仔数极显著高于AA型(P0.01),长白猪中,AA型和AG型产活仔数的影响差异不显著(P0.05)。研究结果表明,TGFβ1基因的突变位点对大白猪和长白猪的产活仔数没有显著影响,TGFβRⅠ基因多态位点与母猪产活仔数显著相关,可作为猪分子遗传育种的候选基因,加快猪育种进程。  相似文献   

4.
[目的]明确猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因中可能存在的SNP位点,并探讨BPI基因外显子10在上海地区5个猪群体中的多态性及其与抗病相关的优势基因型,为揭示BPI基因在仔猪腹泻抗病机制中的作用及开展猪抗病育种提供理论依据.[方法]采用在线生物信息学软件分别从碱基序列、SNP位点和蛋白氨基酸序列等角度比对分析猪BPI基因全长cDNA序列与电子克隆序列的差异,采用PCR-RFLP检测分析猪BPI基因外显子10的多态性,并检测BPI基因外显子10在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪群体中的基因型及基因频率.[结果]猪BPI基因电子克隆编码区(CDS)序列长度1452 bp,编码483个氨基酸,存在44个SNP位点,其中22个为同义SNP位点、22个为非同义SNP位点.猪BPI基因全长cDNA序列(EF436278.1和FJ810853.1)与电子克隆序列相比存在14处碱基差异,而对应的翻译蛋白序列存在4处氨基酸差异.猪BPI基因外显子10存在AA、BB和AB 3种基因型,各基因型在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体中的分布情况各不相同.在杜洛克猪群体中AA基因型和AB基因型呈中度多态分布(0.404和0.416),BB基因型检出比例较低(0.180);在长白猪和申农猪群体中均未检测出AA基因型,BB基因型检出比例较高,而AB基因型检出比例较低;在大白猪和梅山猪群体中均以BB基因型检出比例较高,AB基因型次之,AA基因型检出比例最低.总体来看,除了杜洛克猪群体的A等位基因频率较高外,其他4个猪群体均以B等位基因频率较高.[结论]猪BPI基因外显子10 AA基因型频率在杜洛克猪群体中最高,在大白猪和梅山群体中较低,在长白猪和申农猪群体中未检出,即AA基因型在杜洛克猪群体中比例高与其仔猪腹泻发病率低的情况一致.因此,在大白猪和梅山猪育种过程中需提高AA基因型比例,而在长白猪和申农猪育种过程中需引进AA基因型个体,降低BB和AB基因型比例,以增加仔猪的抗病能力.  相似文献   

5.
在梅山猪保种群和法系大白猪群体中采用直接测序法和PCR-RFLP法对基因VEGFA、HIF1A和EPAS1进行了基因多态位点的寻找及多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数等繁殖性状进行了相关分析。在所获得的基因VEGFA的扩增片段中共检测到17个多态位点,其中有4个位点可进行PCR-RFLP检测,分别为BstH2I-RFLP,PspEI-RFLP,Eco32I-RFLP和BcnI-RFLP,而在HIF1A和EPAS1扩增片段中未获得可进行PCR-RFLP检测的多态位点。在2个实验猪群中对VEGFA基因的4个多态位点进行基因型及等位基因频率分析,结果表明:VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI 3个多态位点在梅山猪群体中A等位基因占优势,BcnI多态位点在梅山猪群体中B等位基因占优势,而在法系大白猪群体中VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI和BcnI 4个多态位点的相关基因型和等位基因分布极不均衡。BstH2I和PspEI多态位点相关的A等位基因频率在法系大白猪群体中为0,而Eco32I和BcnI多态位点相关的A、B等位基因频率在法系大白猪群体中不到1%。单倍体型推断结果表明VEGFA基因4个多态位点在梅山猪群体中共存在10种单倍体型,而在法系大白猪群体中只存在2种单倍体型BBBA和BBAB,且只有一个个体的单倍体型是BBAB。通过性状关联分析,发现梅山猪群体中VEGFA基因单倍体型BBBA对初产总仔数影响显著(P0.05);单倍体型BABA对经产总仔数和经产活仔数影响显著(P0.05);单倍体型BBAA对初生窝重影响显著(P0.05)。使用辐射杂种克隆板将基因VEGFA定位于SSC7q11-12;基因HIF1A定位于SSC1;基因EPAS1定位于SSC3q11-14。而所获得的基因HIF1A和EPAS1的扩增片段无PCR-RFLP可识别的SNP位点。研究结果表明猪VEGFA基因具有成为影响猪繁殖性状分子遗传标记的潜力。  相似文献   

6.
猪Myf5基因外显子1的多态性分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
利用PCR-SSCP技术,以民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪共7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的Myf5基因外显子1序列设计了4对引物,进行了SNPs检测,并检测到了多态,发现在1 288 bp处有一个点突变G→C。经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪瘦肉率的升高,等位基因M的基因频率也大致按此顺序呈上升趋势。  相似文献   

7.
八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
本研究采用PCR-RFLP方法,对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性,在三种基因型中AB基因型出现频率最高,山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异(P<0.05)。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0.3265~0.5062和0.2655~0.5019之间,多态信息含量分别在0.2688~0.4268和0.2264~0.3736之间。研究结果提示:杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低,其遗传一致性最好,其余猪种均表现为中度多态,表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。  相似文献   

8.
[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据。[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据GenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性。[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB)。在ACSL4基因3′UTR区3862 bp处发生T→C碱基突变。仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现。杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05)。[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据。  相似文献   

9.
采用PCR-SSCP检测猪CACNA2D1基因第19外显子和内含子在6个猪群中的DNA多态性,对纯合子个体测序检测,发现在CACNA2D1基因第19内含子中存在1个多态位点(C 2667 T,FJ156361).x2独立性检验结果表明,CACNA2D1基因扩增片段基因型在大白猪和皮特兰猪及金华和野猪猪群间分布差异不显著(P>0.05),而在其它猪群间的分布差异极显著(P<0.01).对金华×皮特兰F2资源家系猪进行该多态位点的基因型判定,并分析不同基因型对猪腿臀肌电导率的遗传效应,结果显示:TT基因型猪腿臀肌电导率最小二乘均数分别比CC和CT基因型猪大2.58和2.44,差异显著(P<0.05).  相似文献   

10.
[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据.[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据CenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性.[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB).在ACSL4基因3'UTR区3 862 bp处发生T→C碱基突变.仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现.杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05).[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据.  相似文献   

11.
精子黏附蛋白基因家族是公猪精液中精浆蛋白的最主要成分,对精子的活力、获能和与卵子的结合都会起到调控作用。为了研究不同猪种之间繁殖力的差异,试验以陆川猪、长白猪和杜洛克猪为研究对象,以常规方法检测新鲜精液的精子活力、活率及畸形率,并应用半定量RT-PCR技术检测精子黏附蛋白基因家族m RNA的表达,最后采用单因素方差分析法分析数据之间差异的显著性。结果表明,陆川猪的精子活力及活率与长白猪、杜洛克猪差异不显著(P>0.05),但是精子畸形率极显著低于2种外来猪种(P<0.01);陆川猪精子黏附蛋白基因家族中仅AQN1基因m RNA表达水平显著低于杜洛克猪(P<0.05),其余与长白猪、杜洛克猪之间无显著差异(P>0.05);长白猪精液中精子黏附蛋白基因家族的AQN3、AWN和PSP-II基因m RNA表达水平显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于杜洛克猪。总之,不同猪种精子黏附蛋白基因家族m RNA表达水平存在明显差异,但与精子活力、活率及畸形率等精液质量指标的高低没有规律性的关联。  相似文献   

12.
精子黏附蛋白基因家族是公猪精液中精浆蛋白的最主要成分,对精子的活力、获能和与卵子的结合都会起到调控作用。为了研究不同猪种之间繁殖力的差异,试验以陆川猪、长白猪和杜洛克猪为研究对象,以常规方法检测新鲜精液的精子活力、活率及畸形率,并应用半定量RT-PCR技术检测精子黏附蛋白基因家族mRNA的表达,最后采用单因素方差分析法分析数据之间差异的显著性。结果表明,陆川猪的精子活力及活率与长白猪、杜洛克猪差异不显著(P>0.05),但是精子畸形率极显著低于2种外来猪种(P<0.01);陆川猪精子黏附蛋白基因家族中仅 AQN1基因 mRNA表达水平显著低于杜洛克猪(P<0.05),其余与长白猪、杜洛克猪之间无显著差异(P>0.05);长白猪精液中精子黏附蛋白基因家族的 AQN3、AWN和PSP-II基因 mRNA表达水平显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于杜洛克猪。总之,不同猪种精子黏附蛋白基因家族 mRNA表达水平存在明显差异,但与精子活力、活率及畸形率等精液质量指标的高低没有规律性的关联。  相似文献   

13.
猪FSHβ亚基基因结构区插入突变的研究   总被引:5,自引:0,他引:5  
通过聚合酶链式反应(PCR)对长白猪、杜洛克、大白猪、民猪和野猪的卵泡刺激素β亚基基因(FSHβ)结构区插入片段进行扩增,统计了不同基因型在不同猪种内的分布情况以及5个群体的平衡状况,并对0.5 kb的扩增产物进行了克隆和测序。结果表明:A、B基因频率在民猪内的分布与在大白猪、长白猪和杜洛克内的分布均差异显著,而与野猪差异不显著,杜洛克则与其他4个猪种均差异显著;序列分析表明,在已发表的猪FSHβ亚基基因全序列的+809与+810碱基之间,5个猪种内均存在插入片段,对插入片段进行BamHⅠ多态性分析发现本研究所检测样品中存在多态性,无BamHⅠ酶切位点的插入片段为典型的逆转座子结构,有BamHⅠ酶切位点的则不是,所有插入片段中均存在一个RNA聚合酶Ⅲ启动子及2个AluⅠ内切酶识别位点,插入片段的位置正好是FSHβ亚基上的2个糖基位点之间,它的存在很有可能会影响到FSH的生物活性。  相似文献   

14.
SLC6A14基因是影响猪脂肪沉积的候选基因,本研究利用白色杜洛克×二花脸资源家系祖代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的池DNA,通过直接测序法在猪SLC6A14基因第10外显子1483 bp处检测到1个G→A错义突变,导致相应编码的氨基酸由缬氨酸转换成异亮氨酸。采用引物创造性酶切法,通过HpyCH4 IVPCR-RFLP判型技术,检测了白色杜洛克×二花脸资源家系3代623个个体在此错义突变位点的多态性,并开展了与脂肪和生长性状的相关性分析。结果表明:该突变位点与腹脂重和46日龄个体重存在显著的相关性。  相似文献   

15.
为获得猪β防御素-119(PBD-119)基因mRNA序列以及在不同品种猪体内组织表达量模式,该试验以民猪、大白猪和野杂猪为试验动物,采用RT-PCR方法扩增PBD-119基因mRNA并进行生物信息学分析,利用qRT-PCR的方法检测该基因在不同品种猪组织中的差异表达情况。RT-PCR扩增结果表明:在3个群体猪3种类型组织(肝脏,脾脏和血液)中均能扩增出特异性片段,测序结果显示片段长度为408bp,通过对PBD-119基因序列的比对分析,该基因在第263位碱基上存在多肽位点的改变(C263T),并在第53氨基酸位点发生改变,由脯氨酸变为丝氨酸(P-S),但并不影响二硫键结构;进化树分析表明,猪与人、倭黑猩猩和马的亲缘关系较近,与羊驼和双峰驼亲缘关系较远。qRT-PCR结果显示,PBD-119基因在3个品种猪的各组织中均有表达,且表达存在差异,以品种为研究对象比较相同组织的差异表达,PBD-119基因在肝脏中的表达为野杂猪民猪大白猪,在脾脏中表达为大白猪民猪野杂猪,而在血液中的表达为民猪野杂猪大白猪;以相同品种为目标,考察不同组织间PBD-119基因差异表达,结果发现大白猪不同于民猪和野杂猪在肝脏、脾脏和血液中的表达,表现为脾脏最高,其次为肝脏、血液,而民猪和野杂猪的表达为肝脏和血液中较高,脾脏最低。该试验结果为进一步探究PBD-119基因的生物学功能及免疫防御相关的候选基因提供基础依据。  相似文献   

16.
本研究利用HRM分型的方法检测了大白猪生长激素(pGH)的多态性,并对其与生长性状进行关联性分析。以246头大白猪作为研究对象,利用DNA提取试剂盒提取耳组织DNA,对20个样本进行PCR扩增后,通过测序方法寻找该基因在该群体中的多态性位点,针对已发现的多态性位点设计HRM专用引物,利用HRM方法对剩余226头大白猪进行多态性检测,将所得结果与生产数据进行关联性分析。结果表明,在pGH基因中检测到一个突变位点1856CT,两个等位基因C和T,三种基因型CC、CT和TT。通过χ~2适合性检验显示,该基因的基因型频率和等位基因频率在小种群中分布差异不显著,符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05),但在大种群中该基因的基因型频率和等位基因频率分布差异显著,不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05)。根据多态信息含量(PIC)分析显示,pGH基因在小群体中该群体处于低度多态(PIC0.25),但在大种群中属于中度多态(0.25PIC0.5)。在与生长性状的关联分析中发现,pGH基因对于20天重以及二月龄重具有较为显著的影响(P0.05)。综上所述,pGH基因对大白猪的生长发育具有一定的影响,为后续大白猪肉质性状与生长性状的现代分子选育提供一定的参考。  相似文献   

17.
为探究猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性,在DNA水平上对藏猪、大白猪ARID5B(AT-rich interaction domain 5B)基因5′侧翼区进行了单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选;在mRNA水平上对两猪种的肝脏、背脂和背最长肌组织中的ARID5B基因表达量进行了RT-qPCR检测;并对两猪种的背膘厚和背最长肌组织中IMF(Intramuscular fat)含量进行测定。结果表明:在ARID5B基因5’侧翼区,存在T-2 216C和In-2 029Del缺失2个连锁突变位点,藏猪与大白猪呈极显著差异(P0.01);在相同组织不同品种间,ARID5B基因在肝脏、背脂和背最长肌中mRNA相对表达量趋势完全一致,且藏猪ARID5B基因表达量均极显著低于大白猪(P0.01);藏猪背膘厚和IMF含量均极显著高于大白猪(P0.01);经DNA、mRNA水平、背膘厚和IMF含量相关性分析发现,ARID5B基因mRNA相对表达量与背膘厚和IMF含量呈显著负相关(P0.05)。  相似文献   

18.
为鉴定对猪生产性状有重要影响的新分子标记,采用电子克隆技术结合PCR方法获得了猪氧化型低密度脂蛋白受体1(oxidized low-density lipoprotein receptor 1,OLR1)基因编码区序列,在OLR1基因第4内含子246bp处发现了1个新SNP位点A246G,并建立了PCR-Pag1-RFLP基因分型方法,分析了4个不同品种猪群中该等位基因频率,发现国外品种大白、长白猪群G等位基因频率高于A等位基因频率,而国内品种梅山、大梅群体A等位基因频率高于G等位基因频率。在大梅猪群体中的关联分析结果发现,A246G位点与胸腰椎间膘厚、平均背膘、背最长肌含水量、背最长肌肌内脂肪含量、屠宰率、板油质量、6~7腰椎间膘厚、背最长肌大理石纹、股二头肌大理石纹显著或极显著相关。通过RT-PCR分析发现,OLR1在恩施黑猪和大白猪群中心脏表达量最高,其次是背脂,同品种不同组织间表达量差异大,表明OLR1基因是脂肪相关的候选基因。  相似文献   

19.
猪Nramp 1基因多态性与免疫功能的相关性   总被引:3,自引:0,他引:3  
【目的】探讨Nramp1基因第6内含子多态在大白猪和松辽黑猪(是由杜洛克、长白猪和民猪合成)中的分布及其与猪免疫抗病的关系。【方法】采用PCR-RFLP法对165头大白猪和109头松辽黑猪Nramp 1基因第6内含子多态性与免疫功能(中性粒细胞还原力和单核细胞细胞毒百分率)的相关性进行了研究。【结果】两个品种在该位点均存在多态性,品种间、合并基因型间免疫功能差异不大,但同一品种内不同基因型间差异显著;大白猪BB基因型个体的单核细胞细胞毒百分率显著高于AB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的中性粒细胞NBT还原力值极显著高于AB基因型个体(P<0.01),而在松辽黑猪中则是AB基因型个体的中性粒细胞NBT还原力值显著高于BB基因型个体(P<0.05);从断奶到出栏的死亡率分析显示大白猪BB基因型个体死亡率明显低于AB基因型个体,松辽黑猪则是AB基因型个体的死亡率明显低于BB基因型个体。【结论】品种内不同Nramp1基因型与免疫功能间存在着显著相关,Nramp1基因可作为抗病力性状的一个主要候选基因。  相似文献   

20.
PRDM6属于PRDM蛋白家族的一员,PRDM6基因编码1个转录抑制因子,具有与DNA、RNA、蛋白质结合的能力,同时还具有组蛋白赖氨酸N-甲基转移酶活性.全基因组关联分析结果显示,PRDM6基因遗传变异与骨密度和体质量等性状显著相关,且该基因插入/缺失(Indel)遗传变异还被发现与陕北白绒山羊的多个生长性状显著相关.因此,本研究将PRDM6基因作为研究对象,以期挖掘到与内蒙古绒山羊生长性状相关的关键遗传变异位点.结合Ensembl数据库提供的山羊PRDM6遗传变异信息和已发表文章中的遗传变异位点,本研究探究了2个InDel位点(rs656578433、rs651603667)多态性及其在内蒙古绒山羊群体中的分布规律.发现在本研究检测的群体中,只有第一内含子区的12 bp InDel(rs651603667)存在多态性.不同基因型与生长性状的关联分析结果显示,rs651603667存在3种基因型,即纯合插入型(Ⅱ)、杂合型(ID)和纯合缺失型(DD),频率分别为0.399、0.444、0.159.在育成羊群体中,此rs651603667突变与体质量、胸深显著相关(P<0.05);在成年羊群体中,rs651603667突变与体长、髋宽显著相关(P<0.05),和体高、胸深极极显著相关(P<0.01);此外,皮尔逊(Pearson)相关分析结果显示,该突变位点显著影响的生长性状均与体质量存在极显著相关(P<0.01).综上,PRDM6基因12 bp InDel突变位点与内蒙古绒山羊体长、髋宽和体高、胸深具有显著或极显著相关性,可作为内蒙古绒山羊生长性状选育的有效分子标记.  相似文献   

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