基于SSR标记的芋头种质资源遗传多样性分析及抗疫病鉴定

为了了解不同来源芋头种质资源的遗传多样性及其对疫病的抗性,本研究从100对SSR引物中筛选出21对多态丰富的SSR引物,并将其用于109份芋头资源的遗传多样性分析,同时采用人工接种芋头疫霉菌的方法对这些资源进性行了抗性评价。结果表明,21对SSR引物在109份芋头资源中共扩增出71个等位基因,变幅在2～4个,平均有效等位基因数3.38;观测杂合度(Ho)变化范围为0.0481～0.8900,平均为0.3483;预期杂合度(He)的变化范围为0.0841～0.6709,平均为0.3794;种群平均Shannon遗传多样性指数为0.6733;遗传距离在0～1之间,平均遗传距离为0.6014。在分支距离为0.49处,可将供试芋头资源分为3个类群。60%以上的抗性资源集中于Ⅰ和Ⅱ类群。本研究可为筛选、鉴定优良芋头种质资源及遗传育种工作提供科学依据。     

灰木莲种质资源遗传多样性的SSR分析

为探索灰木莲种质资源的遗传多样性,利用SSR分子标记技术,对越南灰木莲13个种源的遗传多样性分析。结果表明:8对SSR引物在13个种源中共检测到133个等位基因,平均每个引物扩增16.63个观测等位基因和5.47个有效等位基因,平均观测杂合度、平均期望杂合度、Shannon's信息指数和Nei's遗传多样性指数分别为0.64、0.71、1.86和0.74。各种源内的有效等位基因数平均为5.47,平均观测杂合度、平均期望杂合度分别为0.60和0.42,13个种源的Shannon's信息指数变化范围为1.41~1.80,Nei's遗传多样性指数的变化范围为0.59~0.75,各种源间的遗传多态性水平存在明显差异。种源间的遗传一致度均值为0.834,变化范围为0.655~0.967;遗传距离均值为0.194,变化范围为0.034~0.423。聚类分析表明,13个种源在遗传距离0.16处可聚为4个类群,种源LC5与其他种源间的亲缘关系较远,在分子遗传水平上的分类结果与其材料来源分类的结果并不完全一致,种源间的遗传距离与地理距离不存在显著的相关性。综上,灰木莲种质资源具有丰富的遗传多样性。     

薏苡种质资源的AFLP遗传多样性分析

薏苡是传统药食兼用经济作物,本研究基于AFLP分子标记技术对来自贵州、云南、广西3省24份优良材料的遗传多样性和亲缘关系进行分析,以期为薏苡杂交组合选配和种质创制提供遗传基础。结果表明:我们筛选出的8对引物组合共扩增条带996个,其中多态性为792条,多态性百分率的平均为79.52%,揭示薏苡种质中存在丰富遗传多样性;24份种质的遗传距离范围在0.189 6～0.485 4之间,相似系数变异范围为0.615 5～0.840 4,平均相似系数为0.730 9,薏苡种质资源的遗传相似系数较小;根据遗传相似性系数进行聚类分析,当遗传相似系数为0.718 5时,24份薏苡种质资源在遗传聚类上被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ大类,其中CK与S1种质资源分别为第Ⅰ、Ⅳ类群,由Y81、Y81F组成第Ⅲ类群,第Ⅱ类又可以分为3个亚类有20份种质;主成分分析发现材料间分布分散,说明24份薏苡种质资源之间存在较大遗传变异,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致。从而说明AFLP是研究薏苡种质资源遗传多态性及亲缘关系的有效手段之一,为薏苡亲本组合选配、种质创制和遗传育种提供遗传基础数据。     

基于叶绿体SSR分子标记的苦参种质资源遗传多样性分析

以来自15个不同产地的150份苦参为材料,采用cpSSR分子标记技术探究不同产地苦参种质资源的遗传多样性。结果表明,18对cpSSR引物共扩增出311个条带,检测出97.47个等位基因,平均每对cpSSR引物扩增出17.28个条带。平均检测到的等位基因数（Na）为5.415,有效等位基因数（Ne）为4.395,Shannon?s信息指数（I）为1.535,多样性指数（h）为0.748,无偏多样性指数（uh）为0.832,多态信息含量（PIC）为0.886,PIC>0.5说明18对cpSSR引物具有较高的多态性。不同产地的苦参遗传多样性丰富,其中山西武乡土河坪种质（THP）的I为1.600,Ne为4.786,其他遗传多样性指数均较大,是遗传多样性较丰富的苦参产地。居群分子方差分析（AMOVA）表明,苦参种质内个体间差异大,苦参种质内遗传变异率大于种质间的。聚类分析、主坐标分析（PCoA）和STRUCTURE软件进行的遗传结构分析结果均将不同产地的苦参分为2个类群,并且分类结果有明显的地理相关性。第1类群中的9个苦参种质主要来自山西、河北、陕西和内蒙古等地,第2类群主要来自山东、河南...     

新疆、甘肃黍稷资源的遗传多样性与群体遗传结构研究

新疆、甘肃是我国古代丝绸之路的必经之地,同时也是黍稷的主要种植区。研究该地区黍稷种质资源的遗传多样性和群体遗传结构,对于开展黍稷起源进化研究,明确黍稷传播路径具有重要的意义。本研究利用103对SSR标记对来自新疆、甘肃的216份黍稷资源进行了遗传多样性分析,共检测到299个等位基因,平均每个位点产生2.9个等位基因,平均Shannon’s指数为0.7360,平均观测杂合度为0.6298,平均期望杂合度为0.5497,多态性信息含量指数为0.0688～0.7786,均值0.4714,具有中度多态性。216份黍稷资源的近交系数为0.5870,遗传分化系数为0.0383,遗传分化程度很小。甘肃资源的等位基因数、Shannon-Weaver多样性指数、Nei’s期望杂合度和PIC值分别为2.8252、0.7347、0.4501和0.4674,其遗传参数值均大于新疆资源,表明甘肃种质资源的遗传多样性较新疆更丰富。基于遗传距离的聚类分析将216份黍稷资源分为5个类群,类群I～IV共包含7份黍稷资源,与别的资源遗传关系较远; 96%的资源集中于类群V,在遗传距离为0.38处,类群V又分为4个亚群,亚群A和亚群D主要包含甘肃资源,亚群B和亚群C主要包含新疆资源,表明新疆与甘肃资源有明显分离和相互渗透现象。聚类分析与群体遗传结构分析结果相似,均与生态地理分布相关。     

基于SSR标记的山西高粱地方品种遗传多样性和遗传结构分析

为了从分子水平分析山西省高粱地方品种的遗传多样性和遗传结构,本研究从140对SSR引物中筛选到22对条带清晰且多态性稳定的引物,对来自于山西省11个地区66个县市的158份高粱材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到147个等位基因的位点变异,平均等位基因数为6.68。每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)平均为0.635,变异范围为0.168～0.870,表明山西高粱的地方品种具有较丰富的多态性。针对11个不同地理居群的遗传多样性分析表明,不同的地理居群间遗传分化水平差异较大,地理居群间存在不同程度的基因交流。无论从等位基因数、有效等位基因数还是Shannon's信息指数上,都可以看出忻州居群的遗传多样性最高,而阳泉居群的最低。针对不同地理居群间遗传距离的分析结果表明,忻州居群和晋中居群的遗传距离最小,两个群体的亲缘关系较近,基因交流比较频繁。而阳泉居群和其他居群间的遗传距离都较大,显示阳泉居群与其他居群之间的基因交流阻隔,进一步显示了阳泉居群的独特性。基于模型的遗传结构分析和基于遗传距离的N-J聚类分析都将种质材料划分为2个类群,不同地区高粱资源居群间的遗传关系远近与其地理信息并没有明显的相关性。本研究旨在为高粱种质资源的收集、鉴定与创新提供理论依据。     

基于SSR分子标记的41份茶树种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

为了对豫南茶树种质资源进行初步鉴定和评价，以豫南茶树种质资源圃内41份无性系品种为材料，利用SSR分子标记技术进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明：从33对引物中筛选出26对扩增较好的引物，26对引物共扩增出102条谱带，平均每对引物扩增条带4条，最少为2条，最多为7条，检测的平均观测等位基因数2个，平均有效等位基因数1.8664个，平均Nei’s遗传多样性0.4626，平均Shannon信息指数0.6550，引物多态信息量最大值0.80，最小值0.23，平均值0.62。聚类分析结果显示，在相似系数为0.5处，将41份材料分为4大类群，地理来源和遗传背景相近的大都聚在一起，供试品种的遗传距离为0.08～1.87，说明资源圃内品种间遗传基础较宽。     

川西高原早熟玉米种质资源的SSR遗传多样性分析

利用均匀分布在玉米10条染色体上的63对SSR分子标记,对川西高海拔地区的32份中早熟玉米种质进行遗传多样性分析。SSR标记在63个染色体位点上共检测出298个等位基因,每个引物检测到2~10个等位基因,平均4.73个;自交系遗传距离范围0.31~0.79,平均0.55,表明川西高海拔玉米育种资源有较丰富的遗传多样性。聚类分析将供试材料分为5个优势类群,分析结果与系谱追踪有较好的一致性;高海拔地方种质遗传类型相对独立。     

采用AFLP和SSR标记对扁蓿豆遗传多样性进行比较分析

为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带.AFLP标记的平均Nei′s遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记.15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近.AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,主成分结果与聚类结果相似,Mantel 检测表明:AFLP和SSR数据有较高的显著相关性,AFLP和SSR标记能够有效地对扁蓿豆进行遗传多样性分析,其结果为扁蓿豆育种和资源保护具有指导意义.     

以SRAP和EST-SSR标记分析芝麻种质资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR分子标记对192份国内外芝麻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,2种标记都能很好地揭示品种间遗传关系;在31对SRAP引物组合扩增的270个等位基因中多态性占62.08%,平均每对引物可以检测5.45个;25对SSR引物扩增的136个等位基因中56.28%呈多态性,平均每对检测引物产生3.04个。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.70时,192份材料可被分为3个类群;阈值为0.75时类群Ⅰ又可分为6组,表明芝麻品种遗传多样性比较丰富。我国南部地区芝麻品种遗传多样性(多样性指数H_i=2.572)较中部(H_i=2.117)和北部地区 (H_i=2.114)丰富。分析结果将有助于更好地保护和利用芝麻种质资源,并为育种工作提供依据。     

贵州旱稻种质资源的SSR遗传多样性分析

本研究利用24对水稻微卫星（SSR）标记对源自贵州部分县乡种植以及早期基因库收集的112份地方旱稻材料的遗传多样性进行分析,结果共检出187个等位基因,每个位点的等位基因变幅为4～13个,平均Nei＇s基因多样性指数为0.6431,平均香农指数为1.3669。籼粳亚种均具有较高的遗传多样性,前者稍高于后者,但差异不明显。黔西南州拥有最多的种质,存在丰富的遗传变异,是贵州旱稻种质资源遗传多样性分布中心。分子方差分析表明,旱稻种质总变异的88%是由各地区内的群体间差异造成,地区间和各个群体内的遗传变异较小,均为6%。不同地区旱稻种质的遗传分化程度不一,变幅为2%～18%。聚类分析将供试旱稻材料较为明显地分为籼粳两个类群,而地理分组不明显。     

采用AFLP和SSR标记对扁蓿豆遗传多样性进行比较分析（英文）

为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带。AFLP标记的平均Nei's遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记。15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近。AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,主成分结果与聚类结果相似,Mantel检测表明:AFLP和SSR数据有较高的显著相关性,AFLP和SSR标记能够有效地对扁蓿豆进行遗传多样性分析,其结果为扁蓿豆育种和资源保护具有指导意义。     

基于分子标记的栽培番茄遗传多样性与遗传结构分析

为分析国内外收集的栽培番茄间的遗传多样性,了解其亲缘关系,本研究选择31对InDel标记与10对SSR标记对96份国内外栽培番茄种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,共检测到87个等位基因,平均每个位点等位基因数为2.122个;主等位基因频率变化范围为0.589～0.995,平均值为0.874;基因多样性指数变化范围为0.010～0.496,平均值为0.200;多态性信息含量为0.010～0.404,平均为0.172。96份栽培番茄种质资源间的遗传距离为0.012～0.728,平均遗传距离为0.216。通过聚类分析,将96份栽培番茄材料在遗传距离为0.306时划分为三个类群。通过遗传结构分析,在K=3时,将96份栽培番茄划分为三个群体,两种类群划分有相似的结果。聚类分析和遗传结构分析结果表明,来自不同国家的栽培番茄混杂分布,具有相似的遗传背景,96份栽培番茄种质资源的类群划分与其地理来源之间无直接关系。该研究可为栽培番茄种质资源的有效利用、亲本选择和新品种的遗传改良提供依据。     

东南亚茄子种质资源ISSR遗传多样性分析

为探讨东南亚和中国华南地区茄子育种资源的遗传差异,研究采用ISSR分子标记对来自泰国和马来西亚的10份茄子材料及中国和南美的8份材料进行遗传多样性分析。结果表明,17条ISSR引物共扩增出433条谱带,其中多态性条带390条,平均多态率为92%。17条引物在18份材料中的平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、平均Nei’s基因多样度和平均香农信息指数分别为1.8971、1.4778、0.2850、0.4336,18份材料间的遗传相似系数GS在0.55~0.81之间。运用NTSYSpc2.10软件的UPGMA方法进行聚类分析,结果表明在遗传相似系数0.67时18份材料可分为2个类群,其中来自于东南亚的10份材料在第1类群,来自于南美的3份材料在第2类群。研究结果表明,东南亚茄子材料与中国和南美茄子材料间遗传多样性丰富,可为茄子种质资源的进一步研究和利用提供理论依据。     

都匀茶树种质资源遗传多样性SSR分析及指纹图谱构建

为了解都匀毛尖茶原产地茶树种质资源遗传背景及差异,本试验利用SSR分子标记技术对都匀茶农村11份茶树资源进行了DNA遗传多样性分析。结果表明,15对SSR引物共检测到138个观测等位基因和89.773 2个有效等位基因,平均每对引物扩增9.2个观测等位基因和5.984 9个有效等位基因,Shannon信息指数及多态性信息含量平均值分别为1.975 8和0.810 4,11份茶树资源间遗传距离为0.667 7～3.736 5,说明所有资源的遗传多样性丰富、遗传变异较大。当相似系数为0.30时,11份茶树资源可聚为3个复合聚类。利用5个核心标记获得每份茶树资源的10位数分子指纹编码,构建的分子指纹图谱可快速辨别这些茶树种质资源。     

新疆薰衣草种质资源遗传多样性的ISSR分析

本研究应用ISSR标记对19份薰衣草种质的遗传多样性进行分析。结果显示:从100条引物中筛选出9条多态性明显的引物,19份材料DNA共扩增出94条谱带,其中多态性谱带40条,多态性比率为42.6%,平均每个引物扩增条带数为10.4条;9条ISSR引物可将所有样品完全分开,当遗传相似阈值为0.69时,可将样品分为3个类群:第Ⅰ类群13个品种(系)可分为2个亚类,第Ⅱ类群5个品种(系)可分为2个亚类,第Ⅲ类群1个品种(系)。样品间的遗传相似性系数为0.325~0.975(平均0.737)。群体的有效等位基因数、基因多样度、Shannon信息指数分别为1.454 0、0.280 5和0.435 4。研究结果表明,19个新疆薰衣草种质资源遗传多样性水平处于较高。     

基于RAPD标记的芥蓝种质资源遗传多样性分析

调查了44份芥蓝种质的植物学性状,并利用RAPD分子标记分析了其遗传多样性。结果从150条随机引物中筛选出20个引物,20个引物共扩增出177条谱带,其中多态谱带105条,平均每个引物扩增出8.9条谱带和5.3条多态性谱,多态性比率为59.32%。基于RAPD标记,利用NTSYS-pc2.11构建了聚类树状图谱,遗传距离为0.70时,44份芥蓝资源可聚成六大类群。芥蓝种质存在着一定的遗传多样性,但原产华南而且主要产区也在华南,遗传多样性要小于芸薹属其他蔬菜。     

42份糯高粱种质资源的SSR标记遗传多样性分析

种质资源遗传多样性是育种的基础。为研究糯高粱品种之间的遗传关系,本研究利用36对SSR引物分析了42份糯高粱种质资源的遗传多样性。结果表明,36个引物共检测到88个等位基因,平均每对引物检测到2.44个;36个引物的平均多态信息量为0.363,变幅0.132~0.685,引物的Shannon指数分布范围为0.271 2~1.354 0,平均为0.692 3。42份糯高粱种质资源的平均遗传相似系数为0.579,变幅0.273~0.977;UPGMA聚类分析将42份糯高粱品种划分为四大类,分类结果基本反映了品种间的亲缘关系,同时说明供试的糯高粱种质资源具有较为丰富的遗传多样性。     

基于ISSR分子标记技术的蓝花楹遗传多样性和亲缘关系分析

利用ISSR分子标记技术对来自不同省份的19个种源共21份蓝花楹种质资源进行遗传多样性分析,探讨其亲缘关系.从33条ISSR引物中筛选出10条引物组合得到53个清晰的电泳条带,其中多态性条带44条,多态性百分率为83.02％,平均每条引物扩增出5.3个条带.21份蓝花楹种质观察等位基因数(Na)平均为1.83,有效等位基因总数(Ne)平均为1.45,Nei's基因多样性指数(H)平均为0.27,Shannon's信息指数(I)平均为0.40.ISSR分子标记聚类分析研究表明,21份蓝花楹种质资源可聚为两大类群,且具有丰富的遗传多样性,其亲缘关系与栽培区地理来源相关性不强.本研究较准确地进行了各蓝花楹种质资源的分子鉴别,可为蓝花楹的良种选育提供理论依据.     

利用SSR标记分析40份糜子资源的遗传多样性

以40份糜子种质资源作为试材,利用6对糜子特异性SSR引物对这些试材进行遗传多样性研究。结果表明:40份试材中共检测出20个等位基因变异,每对引物的等位点数在1~5之间,平均为3.3个。Shannon指数在0.048~1.451之间,平均为0.54。PIC值在0.097~0.681之间,平均为0.34。聚类分析发现:在相似系数为0.82时,40个糜子品种分为9个类群,第一类群有2个品种属华北夏糜子区;第二类群有8个品种属黄土高原春、夏糜子区;第三类群有11个品种属北方春糜子区;第四类群有14个品种属华北夏糜子区;第五类群有5个品种为一类;第六、七、九类群各有一个品种单独为一类;第8类群有两个品种属西北春、夏糜子区。该结果为日后优良糜子种质资源的筛选和分子育种提供一定的理论参考。