杜洛克猪生长性状全基因组关联分析

对猪全基因组高密度SNP基因型数据及生长性状表型数据进行全基因组关联分析,以期找到影响这些性状的候选基因,更准确地了解这些生长性状的遗传基础。利用Illumina猪60KSNP芯片对191头杜洛克猪进行基因型检测,使用R语言环境下GenABEL 软件包提供的单标记回归分析模型,对体重达100 kg 日龄(D100)、活体背膘厚(BFT)和活体眼肌面积(LMA)3个生长性状的表型分别进行全基因组关联分析。在D100和LMA2个性状中分别检测到1个基因组水平和6个染色体水平显著关联的SNP,均位于5号染色体;没有检测到与BFT显著相关的SNP。生物信息学分析表明,BTG1和EFCAB6可能是影响生长性状的重要候选基因,但其功能有待进一步研究确认。关键词猪;全基因组关联分析;候选基因;生产性状。     

美系杜洛克种猪体尺性状遗传参数估计及其与生长性状的关系研究

通过对杜洛克种猪体尺性状进行遗传参数估计,并评估其与生长性状之间的关系,为目标群体的遗传评估奠定基础。利用SAS软件对影响各性状的非遗传因素(场、年季和性别)进行固定效应分析,利用DMU软件和动物模型REML方法估计体长(BL)、体高(BH)和管围(CC)的加性遗传方差,计算各性状的遗传力,并估计体尺性状与达100 kg体重日龄(AGE)、100 kg体重活体背膘厚(BF)和30~100 kg料重比(FCR)的遗传和表型相关。结果表明,场、年季和性别效应对各性状影响均达显著水平;BL、BH和CC的遗传力估计值分别为0.274、0.352和0.160;窝效应值变化范围介于0.184~0.221之间;体尺性状间遗传和表型相关变化范围分别为0.552~0.674、0.100~0.568;体尺与生长性状的遗传和表型相关的变化范围分别为-0.411~0.083、-0.333~0.039,在杜洛克种猪育种中,可通过对体尺性状的间接选择来加快杜洛克种猪生长性状的遗传改良进展。     

长期选择的杜洛克猪群体经济性状遗传参数及遗传进展分析

目的 对受长期选择的实际杜洛克猪育种群体3个重要经济性状进行遗传参数估计,分析各性状取得的遗传进展,并探讨实际育种群体中长期选择等因素对群体遗传参数的影响。方法 收集广西某种猪场核心育种群杜洛克猪2003—2018年共计15 760条生长性能测定记录。运用DMU软件的DMUAI模块和DMU4模块,利用多性状动物模型估计3个重要经济性状的群体遗传参数和个体育种值。并通过估计该群体的年度累计群体遗传参数以评估该群体在长期选择过程中遗传参数的变化情况。结果 杜洛克猪3个重要经济性状(达100 kg体质量日龄、背膘厚和眼肌面积)的估计遗传力分别为0.354、0.477和0.479,均属中高遗传力性状。3个性状间的遗传相关范围为-0.110~0.039,表型相关范围为-0.076~0.082,均属于弱相关。性状达100 kg体质量日龄在长期选择中取得了较大的遗传进展,而性状达100 kg体质量背膘厚和达100 kg体质量眼肌面积取得的遗传进展较小。分析年度累积群体估计的遗传参数发现,3个经济性状的加性遗传方差出现了不同程度的变化。结论 杜洛克猪群体3个重要经济性状均为中高遗传力性状且性状间相关性较弱。在实际育种群体中,长期选择及引种等因素会导致群体遗传参数发生变化,育种实践中应及时开展遗传参数估计,以获得准确的遗传评估结果,加速群体遗传改良。     

大白猪MUC13基因多态性与生长、肉质性状的相关性

选择对仔猪腹泻有显著影响的产肠毒索大肠杆菌（ETEC）F4ac的受体基因MUC13为研究对象,采用PCR-SNaPshot判型与常规育种技术相结合的方法,对544头大白猪核心育种群进行基因判定及基因型与生长、肉质性状相关性的研究．结果表明,大白猪MUC13基因型分布大小为：腹泻易感杂合基因型GA〉腹泻抗性纯合基因型GG〉腹泻易感纯合基因型从,腹泻抗性有利基因G的等位基因频率为0．669,腹泻易感不利基因A的等位基因频率为O．331．3种基因型个体达100kg日龄及其估计育种值（EBV）、达100kg背膘厚及其EBV的大小为：从〉GA〉GG;眼肌面积、肌内脂肪含量和估计瘦肉率的大小为：GG〉GA〉AA,差异不显著（P〉0．05）．可见,在种猪选育上,逐代选择带有G等位基因的个体,建立抗性纯合GG基因型个体的种猪核心群,即可降低仔猪腹泻率,又不影响生长和肉质的性状．     

Genome-wide detection of selective signatures in a Duroc pig population

The Duroc pig has high adaptability and feeding efficiency, making it one of the most popular pig breeds worldwide. Over long periods of natural and artificial selection, genetic footprints, i.e., selective signatures, were left in the genome. In this study, a Duroc pig population (n=715) was genotyped with the Porcine SNP60K Bead Chip and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP) Porcine Chip. The relative extended haplotype homozygosity (REHH) method was used for selective signature detection in a subset of the population (n=368), selected to represent a balanced family structure. In total, 154 significant core regions were detected as selective signatures (P<0.01), some of which overlap with previously reported quantitative trait loci associated with several economically important traits, including average daily gain and backfat thickness. Genome annotation for these significant core regions revealed a variety of interesting candidate genes including GATA3, TAF3, ATP5C1, and FGF1. These genes were functionally related to anterior/posterior pattern specification, phosphatidylinositol 3-kinase signaling, embryonic skeletal system morphogenesis, and oxidation-reduction processes. This research provides knowledge for the study of selection mechanisms and breeding practices in Duroc and other pigs.     

大白猪主要生长性状的遗传参数估计及育种中存在问题的探讨

【目的】分析温氏某育种场大白猪主要生长性状遗传参数,并探讨不同背膘测定方法的变化(从A超到B超)以及终测体质量的变化(从达100 kg体质量日龄到达115 kg体质量日龄)对育种的影响。【方法】利用DMU软件和单/多性状动物模型计算了达100 kg体质量日龄(AGE)和100 kg体质量背膘厚(BF)的加性方差和窝效应方差,计算各性状遗传力,并分别评估了在只有终测体质量100 kg左右(AGE-100)或只有B超(BF-B)情况下,2016年新测定个体估计育种值(EBV)与正常遗传评估EBV的泊松相关和秩相关。【结果】AGE和BF遗传力分别为0.21和0.41,窝效应分别为0.27和0.15,单/多性状模型基本保持一致;此外,在去除终测体质量115~130 kg内数据或A超测定数据的情况下,新终测个体EBV与正常情况计算EBV的泊松相关分别为0.96和0.94,秩相关分别为0.96和0.92,单/多性状模型基本保持一致。【结论】调整背膘测定方法比调整终测体质量对选种影响小,应该重新选择校正公式。     

不同品系杜洛克三元杂交猪商品猪胴体及肉质特性遗传分析

【目的】对美系杜洛克三元杂交猪与台系杜洛克三元杂交猪的胴体性状和肉质性状进行准确评估,并分析不同杂交组合、性别对胴体及肉质性状的影响。【方法】共选取同一批次杜洛克三元杂交猪203头,其中美系杜洛克三元杂交猪118头,包含50头阉公猪和68头母猪;台系杜洛克三元杂交猪85头,包含57头阉公猪和28头母猪。统一饲养至(110±5)kg,在同一屠宰场屠宰,并测其宰前活体质量、胴体净质量、眼肌面积、背膘厚、眼肌厚度等胴体性状指标和肉色、大理石纹、PSE(Pale,soft,exudative)值、电导率等肉质性状指标,并进行统计分析。【结果】台系杜洛克三元杂交猪除瘦肉率以外的胴体性状均极显著优于美系杜洛克三元杂交猪(P0.01),且台系杜洛克三元杂交猪肉色主观评分、电导率、a*值也显著高于美系杜洛克三元杂交猪(P0.05);而美系杜洛克三元杂交猪的PSE值、剪切力均优于台系杜洛克三元杂交猪(P0.05)。就性别而言,阉公猪较母猪具有更高的背膘(P0.01)和更低的瘦肉率(P0.05);此外,台系杜洛克三元杂交猪母猪具有更高的电导率和L*值(P0.05),而美系杜洛克三元杂交猪阉公猪的大理石纹则显著高于母猪、且眼肌面积更小(P0.05)。【结论】台系杜洛克三元杂交猪胴体性状整体上优于美系杜洛克三元杂交猪,而美系杜洛克三元杂交猪的肉品质部分优于台系杜洛克三元杂交猪。就性别而言,上述2种群体母猪的胴体性状整体优于阉公猪。     

北极狐GH基因的单核苷酸多态性及其与生长性状的关联性分析

以北极狐的生长激素基因(GH)作为候选基因,以大兴安岭图强林业局狐场提供的北极狐为试验群体,采用单链构象多态性(PCR-SSCP)和DNA测序的方法检测了GH基因单核苷酸多态性(SNPs),针对该群体的特点建立合适的统计分析模型,并进行了GH基因多态性与生长性状的相关分析。结果表明,在北极狐GH基因的外显子2、内含子2和外显子3上发现4个多态位点,分别为外显子2上的G81A突变、内含子2上的C186T和T239C突变,以及外显子3上的C583A突变;GH基因C583A多态性与公狐的体长性状显著相关(P0.05)。利用以上点突变对北极狐的体重及皮张长度性状进行标记辅助选择研究,可达到快速选育出优质北极狐的目的。     

湖南黑猪CMYA5基因与肌肉品质的相关性分析

以湖南黑猪为研究对象,采用PCR-RFLP技术对原发性心肌症相关蛋白5基因(cardiomyopathy associated 5,CMYA5)进行多态性检测,并分析其对肌肉品质影响的遗传效应.试验结果:在猪群中发现AA、AC和CC 3种基因型,A、C等位基因的频率分别为0.287 5、0.712 5;湖南黑猪群体在CMYA5基因Bsp TI位点上的多态信息含量和杂合度分别为0.5999和0.409 7,表明该位点处于中度多态;不同基因型个体的肌肉肌内脂肪、丝氨酸、饱和脂肪酸含量等13项指标间存在显著或极显著差异(P＜0.05或P＜0.01),AA型个体的肌内脂肪显著高于AC型(P＜0.05),单不饱和脂肪酸含量极显著高于AC型和CC型(P＜0.01);AC型个体的风味氨基酸含量较AA、CC型丰富,其丝氨酸、精氨酸、脯氨酸、胱氨酸、甲硫氨酸含量显著或极显著高于AA型(P＜0.05或P＜0.01).结果表明,湖南黑猪CMYA5基因多态性与肌肉品质性状相关;该基因可作为猪肉质性状候选基因.     

Genome-wide detection of selective signatures in a Jinhua pig population

The aim of this study was to detect evidence for signatures of recent selection in the Jinhua pig genome. These results can be useful to better understand the regions under selection in Jinhua pigs and might shed some lights on groups of genes that control production traits. In the present study, we performed extended haplotype homozygosity(EHH) tests to identify significant core regions in 202 Jinhua pigs. A total of 26 161 core regions spanning 636.42 Mb were identified, which occupied approximately 28% of the genome across all autosomes, and 1 158 significant(P0.01) core haplotypes were selected. Genes in these regions were related to several economically important traits, including meat quality, reproduction, immune responses and exterior traits. A panel of genes including ssc-mir-365-2, KDM8, RABEP2, GSG1L, RHEB, RPH3AL and a signal pathway of PI3K-Akt were detected with the most extreme P-values. The findings in our study could draw a comparatively genome-wide map of selection signature in the pig genome, and also help to detect functional candidate genes under positive selection for further genetic and breeding research in Jinhua and other pigs.     

Analysis of genetic distribution and population genetic structure of the MyoD gene in 10 pig breeds

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) data was applied to analyze the distribution of the MyoD gene in 10 pig breeds and pig breed crosses. The population genetic information about genetic distribution, variation, and heterozygosity of the MyoD gene in different breed populations were analyzed. Based on the allele frequency, genetic distance and evolution distance among each breed populations were calculated and Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (UPGMA) phylogenetic tree was gained based on the evolution distances between populations. The results indicated that the distribution of the MyoD genotype kept in Hardy-Weinberg equilibrium in most tested groups but not in Duroc (D) and Duroc6(Landrance × Yorkshire) (DLY) population. Generally, the genetic diversity of the MyoD gene was abundant and these tested breed populations had high genetic variations. The evolution of the MyoD gene was under natural selection pressure. On the phylogenetic tree, 10 pig breeds were divided into 4 clusters. The first cluster consisted of four breeds developed from Landrace. The second cluster was two indigenous Chinese pig breeds. The third cluster was three breeds developed from Duroc. The fourth cluster was a Tibetan pig breed. The constitution of the topology of the phylogenetic tree was consistent with the breeding history of each pig breed. From this experiment, we can conclude that some RFLP data obtained from functional gene can be used in the genetic deviation research between some closely related species or between different populations in certain species. __________ Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(1): 1–7 [译自: 畜牧兽医学报]     

近交对马氏珠母贝生长性状、遗传多样性及矿化基因表达的影响

[目的]探讨近交对马氏珠母贝生长性状、遗传结构及矿化基因表达的影响,阐明近交引起子一代性状退化的遗传原理,为贝类品种培育提供参考依据.[方法]以两个黄壳色全同胞家系(M和N)为亲本,按照因子设计构建4个家系组合(F1:M1♀ ×M1♂;F2:M1♀ ×N1♂;F3:N1♀ ×M1♂;F4:N1♀×N1♂),比较4个家系成贝生长性状差异,利用9对SSR引物分析其遗传多样性,并以实时荧光定量PCR检测家系间矿化基因nacrein、pearlin和pif177的表达差异.[结果]4个家系间的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、平均体重和平均壳重存在明显差异,且近交家系(F1和F4)的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、平均体重和平均壳重均小于杂交家系(F2和F3),其生长性状退化率(Ⅲ)为11.7%~29.4%.家系F1、F2、F3和F4的平均观测杂合度分别为0.2525、0.3116、0.3178和0.2752,平均期望杂合度分别为0.3451、0.3822、0.4005和0.3549,平均多态信息含量(PIC)分别为0.4591、0.5389、0.4878和0.4810.杂交家系(F2和F3)矿化基因nacrein、pearlin和pif177的相对表达量均高于近交家系(F1和F4),且4个家系的生长性状平均值与3个矿化基因的相对表达量存在明显正相关.[结论]近交能导致马氏珠母贝生长性状、遗传多样性及矿化基因表达量明显降低,因此制定马氏珠母贝育种方案时应构建合理的交配组合系统,防止因近交导致性状退化与遗传多样性指标降低而影响育种进程.     

杜洛克猪PHKG1基因多态性及其与生产性状的关联性分析

PHKG1基因g.8283 C>A位点是影响猪肉糖原酵解潜能及系水力的因果突变位点。为评估该位点是否对其他生产性状有影响,采用RFLP技术检测该基因位点在153头杜洛克猪群体中的多态性,并分析不同基因型对体质量、日增重、背膘厚、眼肌面积及瘦肉率的影响。结果表明：PHKG1 g.8283 C>A位点CC、AC、AA 3种基因型频率分布分别为0.320、0.536、0.144,优势等位基因C的频率为0.588,劣势等位基因A的频率为0.412;PHKG1不同基因型对体质量、日增重、背膘厚、眼肌面积、瘦肉率均无显著影响（P>0.05）。据此,为提高肉质性状,在兼顾体型外貌及性能测定的前提下,可尽快提高优势等位基因C的频率。     

7世代剑白香猪生长发育及繁殖性能测定

在相同饲养管理条件下，对7世代贵州剑白香猪两品系生长发育和繁殖性能进行测定。结果显示，两品系2-6月龄体重、体高、胸围两两差异不显著（P〉0．05）；2月龄体长、腹围两两差异不显著（P〉0．05）；6月龄体长差异显著（P〈0．05），腹围差异极显著（P〈0．01）；产仔数、初生个体重、初生窝重、断奶个体重、断奶仔猪数两两差异不显著（P〉0．05）；泌乳力、断奶窝重两两差异极显著（P〈0．01），日增重低；7世代剑白香猪体重体尺均小于零世代。全白毛系，体型矮小、生长发育缓慢，是较为理想的实验动物选育群。     

新美系猪的生长肥育和肉用性状分析

试验在湖南新五丰股份有限公司湘潭原种猪场进行,共设杜洛克(D)、长白(L)、大白(Y)猪和长×大(LY)、大×长(YL)、杜×长大(DLY)6个组,每组选取健康、体重25kg左右的猪12头,公母各半,饲养至组平均体重约100kg时,每组选取4头(公母各半)进行屠宰测定和肉质分析.结果表明,美系猪选育群各品种猪的日增重达...     

猪产仔性状的分子标记研究与QTLs定位

猪的产仔性状受多个主基因的控制，比微效多基因控制的性状更易于标记辅助选择（MAS）。目前常用的方法是修选基因鉴定法和遗传连锁分析，如雌激素受体基因（ESR）PvuⅡ酶切有一个有利的B等位基因（3.7kb），其纯合子BB比纯合子AA母猪多产1.5头仔猪；促卵泡生成素受体基因（FSHR）有一个有利的A等位基因（0.5kb），AA纯合子母猪的产仔数较高。另有LHR、OPN、leptin和氟烷基因等均可作为产仔性状的候选基因。与产仔数有关的一些侯选基因和微卫星标记已经定位，国内外正用于优质高产猪的培育。     

湖羊生长性状遗传参数的估测

对湖羊生长性状的表型参数和遗传参数的估测表明，性别对这些生长性状有极显著的影响，在遗传参数的估测中剔除性别的效应可提高估计的正确性。初生重、断奶重、三月龄重、六月龄重、周岁重和日增重等性状都属于高遗传力性状，遗传力分别为０．４１９０，０．３０４２．０．６０２３，０．６０７７，０．３９５６和０．６９４５．根据相关分析结果，为提高湖羊的生长速度和肉用性能，把日增重和三月龄重作为主要选择性状，预期可获得较好的效果     

基于case-control法分析鸡脂肪性状QTL区域SNP与性状的关系

以华南农业大学杏花鸡×隐性白羽洛克鸡全同胞家系为群体,选取腹脂重性状两尾样本共96个个体,在已报道家禽腹脂重性状QTL区域相关基因中选取14个SNP,采取PCR-RFLP法进行基因定型、case-control法进行关联分析,经100000次重排检验后,发现rs16480367、rs15687533、rs16481126、rs15685408均达到显著水平,P值分别为0.0202、0.0215、0.0257、0.0319。说明这4个SNP位点与脂肪性状有一定的相关性,可为家禽的标记辅助选择提供理论参考。     

Integration of genome-wide association study and selection signatures reveals genetic determinants for skeletal muscle production traits in an F2 chicken population

Improving the production of broiler chicken meat has been a goal of broiler breeding programs worldwide for many years. However, the genetic architectures of skeletal muscle production traits in chickens have not yet been fully elucidated. In the present study, a total of 519 F₂ birds, derived from a cross of Arbor Acres broiler and Baier layer, were re-sequenced(26 F₀ individuals were re-sequenced at a 10-fold depth; 519 F₂ individuals were re-sequenced at a 3-f...     

猪IGF-I基因SNP位点与生长性能的相关分析

【目的】分析猪胰岛素样生长因子I（IGF-I）基因SNP位点与生长性能的相关性,为后期猪的品种选育提供理论依据。【方法】采用PCR-RFLP对长白猪、环江香猪、广西巴马小型猪及长×巴F1代、F2代杂交猪的IGF-I基因SNP位点（rs322131043）进行分型,统计不同猪种该位点的基因型频率和等位基因频率,并分析长×巴F2代杂交猪的基因型频率与其生长性能的相关性。【结果】IGF-I基因SNP位点在广西巴马小型猪中以AA型为优势基因型,长白猪中以GG为优势基因型,其中A基因频率在广西巴马小型猪、环江香猪、长白猪3个品种中依次降低。不同基因型的长×巴F2代杂交猪中,基因杂合（AG）型猪的体重、体长、胸围、体高平均值在各日龄基本上都比基因纯合（AA/GG）型的低。【结论】猪IGF-I基因SNP位点与其生长性能密切相关,但该位点是否可应用于品种选育仍需进一步验证。