牛TLR4基因生物信息学分析

为了更加深入地了解牛TLR4基因的功能、结构及与该基因有关联的疾病识别及其致病机理,利用牛TLR4基因的氨基酸序列对其编码蛋白的基本理化性质、蛋白质译后的磷酸化位点和糖基化位点以及跨膜结构域和蛋白质结构进行预测。结果显示,牛TLR4基因一共编码841个氨基酸,负电荷残基总和(Asp+Glu)为84,正电荷残基总和(Arg+Lys)为76,不稳定指数小于40,表明该基因编码产物稳定性较好。在该基因整个编码产物中,亲水氨基酸占比较多,平均分值为-0.011,由此得知TLR4基因编码的蛋白质是一种易溶蛋白。有9个潜在的N-糖基化位点;78个磷酸化位点以及存在一个跨膜蛋白和存在信号肽,其切割位点在第25和第26个氨基酸之间。蛋白质的二、三级结构预测结果显示,二级结构和三级结构均由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,其在生物合成、基因表达与调控等方面有重要作用。本研究结果可为牛TLR4基因深入研究提供理论基础。     

不同鸡种TLR1和TLR2基因SNP检测分析

本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。     

务川黑牛常见疫病防治

务川黑牛是贵州省务川县的一个耐粗饲、抗病力强的地方肉用优良品种。主要介绍了务川黑牛犊牛腹泻病、肝片吸虫病、螨虫病、虱病、瘤胃臌气病、口蹄疫病等6种常见疫病的症状及防治,供参考。     

务川黑牛品种简介

就务川黑牛的分布、品种特性、适应性、抗病力、生产性能等进行了详细的介绍。     

巴马香猪TLR2基因cDNA的克隆及生物信息学分析

利用NCBI公布的TLR2基因序列设计引物,RT-PCR克隆巴马香猪(Sus barbatus)TLR2基因。核酸序列分析表明,巴马香猪TLR2基因开放阅读框长2358bp,编码785个氨基酸,该蛋白等电点为7.52,相对分子质量为89480;与普通猪比对发现,巴马香猪TLR2基因有15个碱基发生突变;与小鼠、狗、鸡、牛、羊和人的同源性分别为73.4%,82.4%,59.5%,85.3%,84.6%,82.4%。TLR2膜外区蛋白为背侧多个α螺旋和内侧多个β折叠平行交替排列构成一个弯曲状螺旋结构;N末端存在信号肽,且可能在21～22位氨基酸处存在裂解位点;胞外区有4个明显的LRR,分别位于第76～99、360～385、413～432和457～476位氨基酸区;膜外区含6个N连接的糖基化位点。     

务川黑牛繁育和饲养管理要点

从驱虫制度、常见传染病免疫程序、母牛的良种繁育、青年牛育肥期的管理等几个方面阐述了务川黑牛繁育和饲养管理要点。旨在进一步完善务川黑牛的养殖技术,更加充分开发和合理利用务川黑牛的遗传资源。     

务川黑牛饲养管理技术操作规程

结合务川黑牛遗传资源现状,对其具体饲养管理措施进行了研究,并从务川黑牛的饲养管理技术操作规程出发,进一步深入探讨了务川黑牛养殖标准化体系的建立途径,旨在为今后务川黑牛的遗传资源保护提供依据。     

猪TLR4基因SNP位点筛选及生物信息学分析

通过构建基因组DNA混合池对猪TLR4基因进行扩增和测序,并对其编码区的SNP位点进行筛选,运用生物信息学分析软件对猪TLR4基因的理化特性和编码蛋白质的二、三级结构进行预测。结果发现,在扩增的TLR4基因上没有发现SNP位点,猪TLR4基因片段一共编码118个氨基酸,其中缬氨酸(Val)最多,甲硫氨酸(Met)最少,编码产物不稳定指数大于40,说明编码产物具有不稳定性。编码蛋白质片段的亲水性平均值为0.385,说明该基因编码的蛋白质呈现疏水性,猪TLR4基因编码的蛋白质是一种不溶性蛋白质。研究结果为猪TLR4基因深入研究提供理论基础。     

鸭Fas基因SNP和生物信息学研究

试验以鸭为研究对象,构建DNA池,对Fas基因第2外显子、第3外显子和跨第6、第7外显子设计引物,PCR结合直接测序技术,筛选与扩增产物存在的SNP位点。结果表明:Fas基因第2外显子中检测到1个SNP位点(T729A),且引起天冬氨酸(GAT)转变为谷氨酸(GAA);mRNA二级结构最小自由能增加了133.76 k J/mol,α螺旋和延伸链含量和所占蛋白质二级结构比例增加0.53%和0.27%,而自由卷曲数量减少了0.80%,且蛋白质三级结构发生明显变化,有可能影响Fas功能,从而对机体代谢产生影响。     

牛α-乳清蛋白基因5'调控区多态性研究

试验选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种α-乳清蛋白(alpha-lactalbumin, LALBA)基因5'调控区及第1外显子部分序列总长1126 bp。结果表明,LALBA基因5'调控区存在5个SNPs位点:T-114C、C-166T、A-225C、C-344T、T-778C,T-114C仅在务川黑牛表现多态性。生物信息学软件预测LALBA基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点导致11个转录因子结合位点消失,其中1个位于核心启动子区,产生5个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构发生明显改变,目标序列未发现CpG岛。     

务川黑牛不同杂交组合的生长性能比较试验

为开发利用务川黑牛,试验选用安格斯牛、利木赞牛、西门塔尔牛对务川黑牛进行杂交改良,测量初生、6月龄、12月龄、18月龄、24月龄杂交一代牛的体尺和体重;屠宰24月龄杂交一代公牛,测量屠宰指标,比较不同杂交组合效果。结果:杂交一代牛的体长、体高、腰高、胸围、管围、体重在初生、6月龄、12月龄、18月龄、24月龄时均显著高于同期的纯种务川黑牛(P<0.05);日增重在0~6月龄比同期纯种务川黑牛高,差异显著(P<0.05);屠宰率和净肉率均比纯种务川黑牛高,差异显著(P<0.05)。结果表明:安格斯牛、利木赞牛、西门塔尔牛对务川黑牛生长性能和产肉性能均有较好的改良效果。     

牛STAT1基因启动子区多态性研究

 为筛选STAT1基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果表明：STAT1基因5&;apos;调控区及第1外显子存在3个SNPs位点,分别为：T-537G、T-508A、C+10T。生物信息学软件预测得到STAT1基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNP位点导致1个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点。CpG岛范围未受到突变位点影响,但STAT1基因RNA二级结构在突变后显著改变。研究结果为进一步确定STAT1启动子功能奠定试验基础。     

牛αs2酪蛋白、k酪蛋白基因启动子区多态性研究

为研究牛CSN1S2、CSN3基因启动子多态性.选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计特异性引物分别扩增2个牛种CSN1S2、CSN3基因5’调控区及第1外显子部分序列.结果表明:CSN1S2基因5’调控区存在3个SNPs位点:A-253T、A-317G、A-407G,CSN3基因5,调控区发现4个SNPs:T-79G、G-415G、T-421C、T-658G,2个牛品种在不同位点的多态性有显著差异.生物信息学软件预测CSN1S2、CSN3基因核心启动子区及转录因子结合位点,CSN1S2基因A-253T、A-317G位于预测核心启动子区.SNP位点造成CSN3基因7个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点.对于CSN1S2、CSN3基因,突变前后RNA二级结构有明显改变,目标序列均未发现CpG岛.研究结果为进一步确定其启动子功能奠定试验基础.     

务川黑牛不同杂交组合屠宰性能及肉质研究

实验旨在了解安格斯牛、利木赞牛和西门塔尔牛与务川黑牛杂交一代的产肉性能和肉品质。随机选取24月龄安务F1、利务F1、西务F1和务川黑牛公牛各3头,测定其屠宰性能和肉品质指标。结果表明:3种牛对务川黑牛杂交改良效果显著(P<0.05),屠宰率、肉骨比以利务F1牛最高,胴体重、净肉重、净肉率以安务F1牛最高,眼肌面积以西务F1牛最高;利务F1牛的熟肉率最高,安务F1牛的剪切力最低,肉色L45min、a45min、b45min值以西务F1牛色泽最亮,安务F1牛肉粗脂肪含量显著低于务川黑牛,利务F1牛肉与务川黑牛肉大理石纹都为3级,安务F1和西务F1牛肉大理石纹则为2级;系水力、滴水损失、水分、蛋白质、pH在不同杂交组合之间差异不显著。综合产肉性能和肉品质考虑,建议选择利木赞牛和安格斯牛作为务川黑牛杂交改良的父本进行推广。     

务川黑牛遗传资源现状及保种对策

从遗传资源的含义与作用出发,探讨务川黑牛遗传资源的概况,并提出了保护对策,主要包括建立务川黑牛保护区、建立务川黑牛核心保种群、对务川黑牛遗传资源进行开发性保护等。旨在为今后务川黑牛遗传资源保护提供依据。     

鸡胰岛素样生长因子2基因(IGF2)外显子区功能性SNP预测与分析

旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs）位点,为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点,利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其中可能的功能性SNP;使用I-Mutant3.0和Mupro方法对突变位点的氨基酸稳定性进行分析;对鸡IGF2基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测,并结合MutPred2预测突变可能造成的功能后果;最后使用Sopma预测IGF2野生型和突变型的蛋白质二级结构,运用I-TASSER构建它们的蛋白质三级结构。结果发现,rs740391349（E29G）、rs735633122（T30P）、rs739078786（L31P）、rs736255842（E35G）及rs736800980（V37G）这5个nsSNPs可能影响鸡IGF2的蛋白功能,且所有位点突变都会使IGF2蛋白稳定性降低。多序列比对及保守性分析显示,rs740391349（E29G）、rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）为高度保守并暴露的功能性残基,MutPred2与二级结构分析结果表明,rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）这两个位点上的突变都导致了α螺旋百分比下降。三级结构分析表明,rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）这2个nsSNPs均会导致IGF2的蛋白空间结构发生变化。综上所述,T30P和E35G位点突变严重影响鸡IGF2蛋白质的结构,可能是影响鸡生长和体组成性状的重要功能性SNPs。     

牛TLR4基因的遗传多态性与乳房炎的关联分析

TLR4通过识别病原体而激活免疫细胞，在先天免疫和适应性免疫防御中起着重要作用。以中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛共397头为研究对象，利用创造酶切位点PCR法扩增243bp的目的片段，通过限制性内切酶HinfⅠ酶切来检测TLR4第3外显子的多态性，结果发现扩增产物的27bp处C到T的突变使得多态位点产生，编码的氨基酸由苏氨酸变为异亮氨酸。A、B2个等位基因在3个群体中均有分布，A等位基因占优势（大于78％），经χ^2适合性检验，三河牛在该位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0．05）。运用SAS8．2软件采用最小二乘法拟合线性模型，将该基因座不同基因型与奶牛乳房炎进行了关联分析，结果表明：AA基因型为乳房炎抗性基因型（P〈0．05），A等位基因为乳房炎抗性的有利基因。     

TLR2基因多态性与奶牛体细胞评分的相关性研究

旨在分析Toll-样受体2在奶牛隐性乳房炎中的作用。本研究以同一牛场内的中国荷斯坦奶牛和新疆褐牛为研究对象,选取奶牛体细胞数小于20万和大于100万的个体各15头,对TLR2基因进行测序,然后对发现的多态位点进行PCR-RFLP检测,分析这些位点与体细胞评分(SCS)的相关性。结果发现了TLR2基因E+189、E+631和E+2260 3个SNP位点,其中E+631和E+2260位点为本试验首次发现。E+189、E+631和E+2260 3个SNP位点在2个品种内均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);3个位点在2个品种间的基因型分布差异都极显著(P<0.01)。分析每个SNP位点与SCS的相关性,显示TLR2E+189位点AA比BB和AB基因型个体的SCS高(P<0.05),AB与BB基因型个体的SCS差异不显著(P>0.05);说明BB基因型个体的乳房炎发病率低。而TLR2E+631的SCS和TLR2E+189位点表现相似,但各个基因型个体间的SCS差异不显著(P>0.05)。E+2260位点AA基因型个体比AB的SCS低(P>0.05)。新疆褐牛的SCS低于荷斯坦牛(P<0.01),...     

碱地黑牛ELOVL2和ELOVL5基因的克隆测序及表达分析研究

超长链脂肪酸延长酶（Elongation of Very Long Chain Fatty Acids,ELOVLs）是合成脂肪酸过程中的关键酶,与脂类的合成以及脂肪酸的代谢密切相关。本实验旨在研究碱地黑牛ELOVL2、ELOVL5基因CDS区序列及其在机体各组织中的表达情况,探讨ELOVL2、ELOVL5基因理化性质及表达规律。通过克隆获得的碱地黑牛ELOVL2和ELOVL5基因CDS区分别为885、900 bp,编码294、299个氨基酸,均为疏水性蛋白;进化树显示碱地黑牛ELOVL2、ELOVL5基因与牛、山羊、绵羊同源性最高。α-螺旋和无规则卷曲是主要的二级结构,对二者三级结构及氨基酸序列进行对比,发现ELOVL2氨基酸序列中第234位的半胱氨酸等同于ELOVL5中第231位的色氨酸,ELOVL2 C234和ELOVL5等效位置的W231对底物结合的特异性有影响,若将ELOVL5 W231替换到ELOVL2中的等效位置,ELOVL2将DPA转化为24:5n-3的能力丧失。亚细胞定位结果显示ELOVL2、ELOVL5蛋白主要定位在内质网上,荧光定量PCR实验结果显示二者均在肝脏中...     

黑貉TYRP1基因的克隆及生物信息学分析

为探明黑貉酪氨酸酶相关蛋白1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)基因CDS序列并对其进行生物信息学分析,试验采集黑貉背部皮肤组织提取RNA后反转录为cDNA,根据GenBank中犬科TYRP1基因mRNA序列(登录号:NM_001194966.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR扩增TYRP1基因CDS区,将其插入到克隆载体中,对阳性菌落经PCR验证和序列测定后进行生物信息学分析。结果显示,黑貉TYRP1基因CDS序列全长为1 614 bp,编码537个氨基酸,所编码蛋白属于不稳定可溶性的亲水蛋白质。TYRP1基因与狐的遗传距离较近,说明该基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性。TYRP1蛋白二级结构中,无规则卷曲所占比例最高,为54.0%;α-螺旋次之,为29.8%。TYRP1蛋白三级结构主要由大量无规则卷曲和α-螺旋构成,与二级结构相一致。TYRP1蛋白具有氧化还原酶活性,参与DNA修复和复制、蛋白质合成和降解,可与TYR、DCT、TP53、TRPC1等多种蛋白相互作用。本试验结果为进一步探索TYRP1基因在哺乳动物毛色遗传机制中的功能提供了理论依据。