猪源乳酸菌分子生物学鉴定及黏附性特征

采用16S rDNA序列分析法对实验室分离得到的3株乳酸菌(标号分别为H菌、031菌和HN菌)进行分类鉴定.结果显示H菌、031菌和HN菌16S rDNA序列相似性为99％的对应菌株分别是唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)和约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii);以永生化猪小肠上皮细胞ZYM-SIEC02作为体外模型,通过革兰氏染色法观察,结果表明:H菌在4h、8h、12h、16h、20h、24h和28h对猪小肠上皮细胞的黏附性不同,其中以孵育16h和20h的菌黏附性最好,处于该菌生长稳定期,单个细胞黏附细菌个数分别达到14.61±7.23和15.20±4.18个.     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

以16S rDNA高通量测序法研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响

试验通过16S rDNA高通量测序技术研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响。采用2×2交叉设计,选用4头泌乳阶段相近、胎次相同的中国荷斯坦泌乳奶牛为试验动物,随机分为2组(试验组和对照组),对照组饲喂基础日粮,试验组在基础日粮中添加果寡糖60g/(d·头),每期21d,预饲期14d,正试期7d,交叉试验过渡期14d。分别于饲喂前(0h)和饲喂后2、4、6、9、12h通过口腔导管采集瘤胃液,每期连续采集3d(第16、17、18天),利用16S rDNA高通量测序技术测定瘤胃液中菌群结构及其多样性。结果显示,从Alpha多样性指数(Simpson、Shannon)、丰富度指数(Chao、Ace)及Beta diversity热图可知,果寡糖具有降低奶牛瘤胃中细菌多样性的趋势。从门水平上分析,试验组及对照组中奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门和变形细菌门占总细菌的95%以上,果寡糖显著降低了奶牛瘤胃未注释细菌门的丰度(P0.05),互养菌门丰度有增加的趋势(P=0.075)。从属水平上分析,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃假单胞菌属丰度(P0.05),极显著提高了拟杆菌属丰度(P0.01),而脱盐杆菌属丰度显著降低(P0.05)。与对照组相比,添加果寡糖的试验组奶牛瘤胃中瘤胃球菌属、丁酸弧菌属、琥珀酸菌属、未注释毛螺菌属丰度分别增加80.0%、7.5%、127.9%和20.0%,但差异均不显著(P0.05)。综上所述,本试验条件下,果寡糖的添加对奶牛瘤胃细菌菌群多样性及结构存在一定的影响,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃中不发酵糖类的假单胞菌属的丰度,使碳水化合物为发酵源的瘤胃拟杆菌丰度极显著增加,对瘤胃纤维降解菌丰度的增加具有促进作用。     

一株新饲用乳杆菌的分离鉴定及益生性研究

从猪粪便中分离得到一株新饲用乳杆菌,对其16S rDNA基因进行了测序,该段基因序列已提交GenBank,登录号为HQ641209。将该菌株16S rDNA基因序列进行在线BLAST比对并与其他乳杆菌属菌株的16S rDNA序列建立系统发育树,结果显示该菌16S rDNA序列与NCBI公布的约氏乳杆菌Lactobacillus johnsonii (AB295648)的同源性为99.7%,因此该菌鉴定为约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii),将其命名为"Lactobacillus johnsonii Sun001"。经测试,该菌株对E.coli K88、K99菌株的生长有抑制作用,在pH为2.5的模拟胃液中处理3 h存活率为68.8%,在0.3%胆盐浓度的模拟肠液中处理3 h存活率为21.4%。     

不同开口饵料对美洲鳗鲡白仔苗肠道菌群的影响

为比较不同开口饵料对美洲鳗鲡白仔苗肠道菌群的影响,采集投喂红虫和开口配合饲料白仔鳗的肠道样品,利用16S rDNA高通量测序方法,分析肠道菌群的差异情况。结果显示,开口配合饲料组美洲鳗鲡白仔苗的肠道菌群Chao1指数和Shannon指数高于红虫组。美洲鳗鲡白仔苗肠道以厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为优势菌群。红虫组乳球菌属(Lactococcus)、莱朗河菌属(Reyranella)、浮丝藻菌属(Planktothrix)、土孢杆菌属(Terrisporobacter)和鲁杰氏菌属(Ruegeria)的相对丰度显著增加(P<0.05);开口配合饲料组芽孢杆菌属(Bacillus)、厌氧芽孢杆菌属(Anaerobacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、分节丝状菌属(Candidatus arthromitus)、贪噬菌属(Variovorax)、布劳特氏菌属(Blautia)、志贺氏埃希菌属(Escherichia shigella)和邻单胞菌属(Plesiomonas)的相对丰度显著增加(P<0.05)。试验表明,与投喂红虫相比,投喂开口配合饲料美洲鳗鲡白仔苗的肠道菌群种类和相对丰度存在明显差异,潜在的益生菌增加。     

补饲精料对大青山绒山羊瘤胃细菌及产甲烷菌多样性的影响

本研究利用高通量测序技术,对放牧和补饲条件下大青山绒山羊瘤胃细菌及甲烷菌多样性进行了分析。试验选用10只1岁平均体重为(38.2±1.6)kg的健康大青山绒山羊(羯羊),分成放牧组和补饲组。29 d试验结束后,从抽取的瘤胃液中提取微生物DNA,对瘤胃细菌、甲烷菌的16S rDNA序列V3至V4区进行HiSeq测序。结果表明:在门水平上,与放牧组相比,补饲显著提高了拟杆菌门和变形菌门丰度,显著降低了厚壁菌门和互养菌门的比例;在科水平上,普雷沃氏菌科(40.73%、62.77%)为主要细菌类别,补饲精料后其丰度显著提高,而显著降低了韦荣球菌科、瘤胃球菌科、理研球菌科和互养菌科。补饲显著增加了甲烷杆菌科而降低了甲烷八叠球菌科的丰度;在属水平上甲烷短杆菌属表现出绝对优势,补饲后显著升高,但甲烷微球菌属显著降低,其他甲烷菌属无显著差异。研究表明,补饲精料降低了瘤胃内与纤维分解相关细菌的丰度,产甲烷菌丰度在科、属水平上受补饲的影响也存在差异,但放牧与补饲条件下大青山绒山羊瘤胃中细菌和产甲烷菌的优势菌群并未发生变化。     

甘露寡糖添加方式对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群结构的影响

为利用16S rDNA技术研究甘露寡糖不同添加方式对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群结构影响,本研究选用出生日龄一致、体重接近、健康状况良好的荷斯坦公犊牛20头,随机分为4组。CR组为对照组,饮用乳及开食料中均不添加甘露寡糖;ORa组在饮用乳中添加5 g甘露寡糖,开食料中不添加甘露寡糖;ORb组在开食料中添加5 g甘露寡糖,饮用乳中不添加甘露寡糖;ORc组在饮用乳及开食料中各添加2.5 g甘露寡糖(混合添加)。应用16S rDNA测序技术,研究了甘露寡糖添加方式对犊牛瘤胃细菌构建的影响。结果表明:甘露寡糖添加方式会影响哺乳期犊牛瘤胃细菌总数,但对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群多样性未产生显著影响(P>0.05)。在门水平上,与对照组相比,ORb组颗粒料中添加甘露寡糖显著降低了厚壁菌门与放线菌门的丰度(P<0.05),极显著提高了变形菌门的丰度(P<0.01),优势菌门增加为3种,分别为拟杆菌门、厚壁菌门与变形菌门。在属水平上,甘露寡糖不同添加方式导致哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群结发生了改变,其中甘露寡糖不同添加方式对小杆菌属和脱硫弧菌属在瘤胃内丰度均产生了影响,但对ORa组与ORc组犊牛瘤胃细菌影响不及ORb组;且ORb组犊牛瘤胃细菌功能性菌属普雷沃氏-7属、氨基酸球菌属、优杆菌属和琥珀酸弧菌等均发生显著变化。基于以上结果,得出如下结论:本研究条件下,甘露寡糖添加方式对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群多样性未产生显著影响(P>0.05),但开食料中寡糖添加方式对菌群结构产生部分影响,其中发挥瘤胃蛋白降解作用和淀粉降解作用的琥珀酸弧菌科-UCG-001属、利用乳酸的新月形单胞菌属丰度极显著提高(P<0.01),而利用乳糖的优杆菌属丰度显著降低,降解半纤维素的小杆菌属丰度极显著降低(P<0.01)。     

利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道细菌菌群

利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。     

烟酸对水牛瘤胃发酵指标及微生物区系的影响

本试验旨在研究饲粮添加烟酸对水牛瘤胃发酵指标及微生物区系的影响。试验选用36头健康状况良好,体重接近的杂交泌乳水牛,随机分为4个组,分别在基础饲粮中添加0(对照)、4、8、12 g/d烟酸,烟酸与精料混合饲喂,进行预试期14 d,正试期42 d的饲养试验。试验结束后,胃管采集瘤胃液测定瘤胃发酵指标,并采用Illumina Miseq PE250高通量测序平台分别测序瘤胃细菌和甲烷菌16S rRNA基因以确定二者区系组成。结果表明:1)与对照组相比,添加12 g/d烟酸提高了水牛日均采食量(P0.05)和瘤胃液氨态氮浓度(P0.05),烟酸各组均显著降低了瘤胃液总挥发性脂肪(TVFA)浓度(P0.05),但未显著影响瘤胃液p H(P0.05)。2)水牛瘤胃内细菌在门水平上主要以拟杆菌门和厚壁菌门为主,科水平上为普雷沃氏菌科和黄杆菌科;甲烷菌以甲烷短杆菌属为主,占90%以上,其次为甲烷球菌属和热原体属,水牛瘤胃微生物区系总体上与奶牛等其他利用植物纤维的反刍动物相似。3)与对照组相比,饲粮添加烟酸显著降低了瘤胃内厚壁菌门的比例(P0.05),显著提高了黄杆菌科细菌的比例(P0.05),但对瘤胃甲烷菌区系无显著影响(P0.05)。饲粮添加烟酸改变了水牛瘤胃发酵指标和微生物区系组成,瘤胃发酵指标的变化除了与烟酸对水牛热应激的缓解和消化吸收的影响有关,还与烟酸添加对瘤胃细菌区系的影响有关。     

不同背膘厚猪肠道微生物多样性差异的比较

在军牧1号白猪中挑选背膘厚差异极显著(P0.01)的高背膘(HBF)组和低背膘(LBF)组公猪各5头,对粪便微生物进行16S rRNA高通量测序。结果显示,2组间微生物群落结构存在33.00%的差异;HBF组厚壁菌门和梭菌纲的相对丰度高于LBF组,拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度低于LBF组,但差异均不显著(P0.05);HBF组纤维杆菌门、消化球菌属、萨特菌属、考拉杆菌属、多尔菌属和纤维杆菌属序列量显著高于LBF组(P0.05);HBF组优势属为布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属。结果表明,高背膘猪的粪便厚壁菌门比例增加,而拟杆菌门比例下降,布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属为高背膘猪的关键群属。     

添加植物乳杆菌对低水分稻秸青贮微生物组成影响研究

为了明确乳酸菌添加剂对低水分青贮过程中微生物组成及发酵品质的变化影响,探讨微生物与挥发性脂肪酸间存在的相互关系,采用气相色谱法与高通量测序技术对青贮过程中(3、5、7、10、15、30、60 d)挥发性脂肪酸生成量及微生物组成进行测定,并分析两者之间的互作关系。结果表明,与对照组相比,添加植物乳杆菌(5×10~6 cfu·g~(-1) FM)后可以显著降低低水分粳稻青贮的丙酸、正丁酸、异丁酸、正戊酸和异戊酸的生成量(P0.05),提高乙酸生成量(P0.05),并降低青贮中微生物多样性(P0.05),提高厚壁菌门的丰度,抑制变形菌门的丰度,提高乳杆菌属的丰度,降低其他菌属特别是肠杆菌属所占丰度。低水分粳稻青贮过程中,优势菌门分别为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和蓝菌门,优势菌属分别为肠杆菌属、乳杆菌属、克雷伯氏杆菌属、沙雷氏菌属、乳球菌属、泛菌属、柠檬酸杆菌属、拉乌尔菌属、肠球菌属、沙门氏菌属和梭菌属。乳杆菌属与乙酸、戊酸分别呈正、负相关(P0.05),同时与肠杆菌属、柠檬酸杆菌属、芽孢杆菌属、日沟维肠杆菌属、乳球菌属、魏斯氏菌属等呈负相关(P0.05)。乳球菌属、厌氧杆菌属、肠球菌属和梭菌属均呈现出与丙酸、正丁酸、异丁酸正相关,戊酸与气球菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、梭菌属、肠杆菌属等15属微生物均表现出正相关(P0.05)。肠杆菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、勒克氏菌属、日沟维肠杆菌属等5属微生物与乙酸含量负相关(P0.05),魏斯氏菌属表现出与丙酸、异丁酸正相关(P0.05)。添加植物乳杆菌可以提高低水分粳稻青贮的发酵品质,抑制多种挥发性脂肪酸的生成,同时降低青贮过程中细菌组成的多样性。     

青海地区不同海拔高度牦牛乳微生物多样性研究

牦牛乳作为天然浓缩乳为各类微生物的生长提供了所需的营养物质,为了解青藏高原青海地区高寒草地类不同海拔高度牦牛生鲜乳中微生物组成和结构,本研究利用16S rDNA方法对在不同海拔高度采集的牦牛乳进行微生物多样性分析,牦牛乳采样点海拔高度分别为4 781(yak1)、3 984(yak2)、3 372 m(yak3),每个采样点采集5个样本。结果显示:在97%的一致性水平下获得12 329个操作分类单元(OTUs),3个海拔高度牦牛乳共同拥有2 988个OTUs;微生物Alpha多样性指数在3个海拔高度牦牛乳间无显著差异(P0.05)。在门水平上,3个海拔高度牦牛乳中优势菌门均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes),这2个菌门在yak1牦牛乳中分别占细菌总序列的44.49%和20.93%,在yak2牦牛乳中分别占细菌总序列39.30%和32.66%,在yak3牦牛乳中分别占细菌总序列41.32%和23.90%;在属水平上,yak1和yak3牦牛乳的优势菌属为不动杆菌属(Acinetobacter),yak2牦牛乳中乳杆菌属(Lactobacillus)为优势菌属;在种水平上,yak1牦牛乳中优势菌种为鲁氏不动杆菌(Acinetobacter lwoffii),yak2牦牛乳中优势菌种为奥斯陆莫拉氏(Moraxella osloensis),yak3牦牛乳中优势菌种为Kosakonia oryzae。由此可知,青海地区不同海拔高度牦牛乳中微生物组成和丰度存在差异。     

2种嵩草属牧草休眠期内生细菌多样性研究

采用稀释平板法从两种嵩草属牧草休眠期根和种子中分离到23株内生细菌,测定了其抑菌、溶磷、固氮和产IAA等生物学功能,并通过16S rDNA 基因序列分析进行了鉴定。结果表明,两牧草根和种子中内生细菌的数量和群落组成存在明显差异;线叶嵩草内生细菌的种类比矮生嵩草丰富;矮生嵩草根部内生细菌比种子中丰富,而线叶嵩草种子内生细菌较根部丰富;种子存放时间影响内生细菌数量;20株可继代培养内生细菌中具有抑菌、溶磷、固氮和产IAA生物功能的菌株分别占总菌株数的35%,55%,45%和25%。获得15株内生细菌的16S rDNA 基因序列,经同源性比较,其分别属于芽孢杆菌属(Bacillus)、叶杆菌属(Phyllobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、微杆菌属(Microbacterium)、原小单孢菌属(Promicromonospora)和鞘氨醇盒菌属(Sphingopyxis),且芽孢杆菌属细菌为其优势种群。     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1) HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P0.01)。2) HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P0.01)。3) LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P0.01)。4) LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P0.01)。5) LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P0.05); HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

荷斯坦奶牛瘤胃微生物分离鉴定及多样性分析

研究为分离获得荷斯坦奶牛瘤胃内容物中的细菌,建立系统进化树,获取有益菌种。采用培养组学技术和16S rDNA分子鉴定方法相结合,对3头健康荷斯坦奶牛瘤胃内容物中细菌进行分离培养。共分离得到105株细菌,包括肠球菌属(Enterococcus)共15株14.29%,芽孢杆菌属(bacillus)共11株10.48%,不动杆菌属(Acinetobacter)共14株13.33%,葡萄球菌属(Staphylococcus)共22株20.95%,梭菌属(Clostridium)共1株0.95%,狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)共2株1.90%,短杆菌科(Brevibacteriaceae)共2株1.90%,链球菌属(Streptococcus)共11株10.48%,气球菌属(Aerococcus)共4株3.81%,柠檬酸杆菌属(Citrobacter)共14株13.33%,杆菌属(Brachybacterium)共1株0.95%,克雷伯氏菌属(Klebsiella)共1株0.95%,普罗维登斯菌属(Providencia)共3株2.86%,沙雷氏菌属(Serratia)共4株3.81%。结果中所占比例最高的菌属是葡萄球菌属;系统进化树分析和GenBank中的同源性比对结果发现,从细菌门、纲、目、科、属、种分析,分支明确;26个菌种同源性都在95.01%~100%之间。分离纯化出11株芽孢杆菌属(Bacillus)细菌具有潜在益生菌活性。可作为饲料添加剂饲喂荷斯坦奶牛。     

基于高通量测序的圈养豪猪脓肿脓汁细菌群落结构

利用16S rRNA高通量测序技术对3个圈养豪猪脓肿脓汁样品进行细菌群落结构研究。结果表明:分别获得序列为56 860,71 662,47 059条,分别归类为9 695,13 222,2 057个操作分类单元(OTUs),分别注释到6,7,5个门。3个样品中细菌群落结构以厚壁菌门(Firmicutes,90.85%)为优势菌门,乳杆菌目(Lactobacillales,90.34%)为优势菌目,链球菌属(Streptococcus,86.25%)为优势菌属。     

利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重(400±20)kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4~V5区进行MiSeq测序,分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明:3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列,946个分类操作单元(OTU),锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841,α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5;经过物种注释,15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)(64.37%)、厚壁菌门(Firmicutes)(21.20%)和变形菌门(Proteobacteria)(7.59%)数量最多;在纲水平,主要包括拟杆菌纲(Bacteroidia)(52.88%)和梭菌纲(Clostridia)(17.03%);在科水平,主要包括普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(36.26%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(9.33%)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)(4.89%);在属水平,优势细菌主要包括普雷沃氏菌属(Prevotella)(28.97%)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)(3.08%)、理研菌属(Rikenella)(2.28%)、梭菌_Ⅳ(ClostridiumⅣ)(1.77%)、解琥珀酸菌属(Succiniclastium)(1.62%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)(1.53%)。结果证明,锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低;锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门,其次是厚壁菌门;普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。     

添加植物乳杆菌对低水分稻秸青贮微生物组成影响研究

为了明确乳酸菌添加剂对低水分青贮过程中微生物组成及发酵品质的变化影响,探讨微生物与挥发性脂肪酸间存在的相互关系,采用气相色谱法与高通量测序技术对青贮过程中(3、5、7、10、15、30、60 d)挥发性脂肪酸生成量及微生物组成进行测定,并分析两者之间的互作关系。结果表明,与对照组相比,添加植物乳杆菌(5×10⁶ cfu·g^-1 FM)后可以显著降低低水分粳稻青贮的丙酸、正丁酸、异丁酸、正戊酸和异戊酸的生成量(P<0.05),提高乙酸生成量(P<0.05),并降低青贮中微生物多样性(P<0.05),提高厚壁菌门的丰度,抑制变形菌门的丰度,提高乳杆菌属的丰度,降低其他菌属特别是肠杆菌属所占丰度。低水分粳稻青贮过程中,优势菌门分别为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和蓝菌门,优势菌属分别为肠杆菌属、乳杆菌属、克雷伯氏杆菌属、沙雷氏菌属、乳球菌属、泛菌属、柠檬酸杆菌属、拉乌尔菌属、肠球菌属、沙门氏菌属和梭菌属。乳杆菌属与乙酸、戊酸分别呈正、负相关(P<0.05),同时与肠杆菌属、柠檬酸杆菌属、芽孢杆菌属、日沟维肠杆菌属、乳球菌属、魏斯氏菌属等呈负相关(P<0.05)。乳球菌属、厌氧杆菌属、肠球菌属和梭菌属均呈现出与丙酸、正丁酸、异丁酸正相关,戊酸与气球菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、梭菌属、肠杆菌属等15属微生物均表现出正相关(P<0.05)。肠杆菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、勒克氏菌属、日沟维肠杆菌属等5属微生物与乙酸含量负相关(P<0.05),魏斯氏菌属表现出与丙酸、异丁酸正相关(P<0.05)。添加植物乳杆菌可以提高低水分粳稻青贮的发酵品质,抑制多种挥发性脂肪酸的生成,同时降低青贮过程中细菌组成的多样性。     

早期补饲开食料对羔羊空肠黏膜形态及微生物菌群区系的影响

旨在研究早期补饲开食料对羔羊空肠黏膜形态及微生物菌群区系的影响。选取12只体重相近、胎次一致的10日龄羔羊(湖羊),随机平均分为2组,母乳组(M)和补饲开食料组(M+S)。羔羊在56日龄时,空腹称量体重,晨饲3 h后屠宰采样,取一段空肠黏膜组织用于形态学分析及微生物16S rRNA测序。结果显示：与M组相比,M+S组羔羊的体增重、小肠重量均有降低的趋势(0.050.05)。M组与M+S组羔羊的空肠黏膜微生物α多样性无显著差异(P>0.05)。2组羔羊空肠黏膜微生物测序共检测到16个门,其中拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门是优势菌门。与M组羔羊相比,M+S组羔羊的浮游菌门(P=0.028)和梭杆菌门(P=0.014)的相对丰度显著降低,迷踪菌门的相对丰度有下降趋势(P=0.053)。在属水平上检测到296个属,其中普氏菌属和乳杆菌属为优势菌属。与M组羔羊相比,M+S组羔羊梭菌目的相对丰度(P=0.007)极显著降低,乳杆菌属(P=0.071)、瘤胃球菌科(P=0.071)和克里斯滕森科(P=0.053)的相...     

高通量测序技术分析青海藏羊初乳和常乳微生物多样性

为探究藏羊初乳和常乳的微生物组成及多样性，本试验选取体况良好、2～3胎次的藏羊6头，采集初乳（C）和常乳（OM）。基于高通量测序技术对2组乳样的16S rDNA的V4区进行分析，选用PICRUSt进行功能预测。结果显示：97%的一致性共得到3 413个OTUs，微生物Alpha多样性指数在藏羊常乳中高于藏羊初乳（P<0.05）。变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）是2组乳样中丰度最高的2种菌门，藏羊初乳中2种菌门丰富度分别为77.61%和11.66%，常乳中为71.65%和17.43%。在属水平上，2组乳样的优势菌属均为假单胞菌属（Pseudomonas）、丛毛单胞菌属（Comamonas），且藏羊初乳中假单胞菌属和乳杆菌属（Lactobacillus）丰度高于常乳。16S rDNA基因KEGG水平功能预测，结果发现常乳在遗传信息处理、复制修复和翻译功能上得到显著富集，初乳在氨基酸代谢功能上得到显著富集。表明藏羊初乳和常乳微生物多样性存在显著差异，并发现常乳在遗传信息处理、复制修复和翻译功能上得到显著富集，初乳在氨基酸代谢功能上得到显著富集。