1株西藏H5N1亚型禽流感病毒HA和NA基因的遗传进化分析

分析1株西藏H5N1亚型禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征。利用RT-PCR法对H5亚型抗原阳性流感病毒核酸检测,并分子克隆、核苷酸测序,再利用DNASTAR、MEGA7.0软件进行同源性分析和基因遗传进化分析。经基因遗传进化分析表明,H5N1亚型禽流感病毒和2012年孟加拉国分离株亲缘关系最近,属于同一分支,HA蛋白裂解位点处有较多碱性氨基酸,从分子上表明西藏毒株H5N1是高致病性禽流感病毒。对西藏分离株H5N1亚型禽流感病毒HA和NA基因进行遗传进化分析,为西藏H5亚型禽流感病毒感染防控具有指导意义。     

H5N1亚型流感病毒分子生物学研究进展

H5N1亚型流感病毒是目前在亚太地区蔓延的人禽流感病毒，在给家禽养殖业造成巨大经济损失的同时也威胁到了人类社会的公共健康卫生。笔者综述了近年来对H5N1流感病毒的分子生物学研究。以助于更好地预防禽流感病毒传播、预测未来大流行病毒的变异和走向。     

H5N1亚型AIV NS1基因在大肠杆菌中的表达

根据已测得的H5N1亚型禽流感病毒的NS基因序列,设计并合成一对特异性引物NS1U/NS1L,利用RT-PCR方法扩增出该毒株的NS1基因。将酶切处理后的基因片段定向克隆到原核表达载体pET-32a( )上,通过酶切分析及序列测定,鉴定出了NS1基因片段的阳性重组子。转化BL21大肠杆菌感受态细胞后,经IPTG诱导和SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定,成功表达出大小约45.0kD的NS1融合蛋白,表达产物主要存在于包涵体中。用West-ern-Blotting证实重组融合蛋白可以特异性地被标准阳性血清所识别。     

欧亚类禽H1N1与古典H1N1亚型猪流感病毒NA基因遗传进化分析

本研究对2011年分离自吉林省猪群的3株流感病毒进行了遗传进化分析。结果表明欧亚类禽H1N1猪流感病毒和古典H1N1猪流感病毒在吉林省猪群中共同流行,因此加强猪流感流行病学调查具有重要意义。     

欧亚类禽H1N1与古典H1N1亚型猪流感病毒NA基因遗传进化分析

本研究对2011年分离自吉林省猪群的3株流感病毒进行了遗传进化分析。结果表明欧亚类禽H1N1猪流感病毒和古典H1N1猪流感病毒在吉林省猪群中共同流行,因此加强猪流感流行病学调查具有重要意义。     

我国鸡源H9N2亚型流感病毒NS1基因遗传相对稳定

据中国农业大学动物医学院刘金华、史为民、吴清民、郭玉璞等研究,从1996年至2001年间分离鉴定了8株H_9N_2亚型禽流感病毒,非结构蛋白基因(NS_1)扩增和序列测定的结果:NS_1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96.5％～99.5％和94.59％～98.6％,说明NS_1基因在遗传进化上高度保守,稳定遗传。与中国香港、韩国、巴基斯坦及人源H_9N_2分离株相比较,发现中国大陆的鸡源H_9N_2分离株的NS_1基因在其羧     

H5N1亚型禽流感病毒NS1基因的克隆与表达

根据GenBank中收录的H5N1亚型禽流感病毒NS1基因序列设计合成了一对引物AI-N1/AI-N2,利用RT-PCR方法扩增AIVNS1基因并克隆到pMD18-T载体上,对所得到的重组质粒进行酶切分析及序列测定,与GenBank中收录的其他分离株NS1基因进行序列比较分析,同源性达96%~99%,含有NS1基因的1个开放性阅读框(ORF)。将该基因克隆到pET-28a中构建NS1基因原核表达质粒pET/NS1,转化E.coli BL21(DE3)感受态细胞,在IPTG诱导下获得了预期的蛋白表达,所表达的蛋白质分子质量约为30kD。Western-blotting结果表明表达的NS1蛋白有良好的生物学活性,与H5N1 AIV感染鸡血清发生特异性反应,而与H5N1 AIV灭活疫苗免疫鸡血清无反应,为建立区分野毒AIV感染家禽与AIV灭活疫苗免疫家禽ELISA方法的建立提供了生物学材料。     

H5N1亚型禽流感病毒NS1基因的克隆及表达

利用RT-PCR扩增了2株H5N1亚型禽流感病毒NS1基因,并将其克隆到pMD 18-T载体上,进行序列分析.结果显示,这2株禽流感病毒NS1基因核苷酸序列的同源性为70.2%,分别属于NS等位基因群A和等位基因群B.再将克隆的NS1基因插入到pET-28a质粒中构建原核表达载体,将其转化到DH5α大肠埃希氏菌感受态细胞中,经双酶切鉴定及序列分析,表明获得了重组质粒pET-52NS1和pET-174NS1.经SDS-PAGE分析,重组质粒转化BL21（DE3）（pLysS）感受态细胞后,经IPTG诱导,获得了分子质量约为30 ku的NS1融合蛋白.用AIV多克隆血清做Western-blotting分析,发现来自2个等位基因群的NS1蛋白都具有较好的抗原活性.     

H5N1亚型禽流感病毒NA和NS1蛋白原核表达及多克隆抗体制备

为了获得检测禽流感病毒神经氨酸酶(NA)蛋白和非结构蛋白(NS1)的抗体,试验采用扩增NA、NA+、NS1和NS1+基因,连接原核表达载体p ET-32a进行原核表达,蛋白纯化后免疫Balb/c小鼠,获得NA、NA+、NS1和NS1+的多克隆抗体血清。结果表明:NA、NA+、NS1和NS1+多克隆抗体血清反应性良好,可以检测NA和NS1自身蛋白,且NA和NA+及NS1和NS1+多克隆抗体血清之间均具有良好的交叉反应。说明基因部分缺失对整个NA蛋白和NS1蛋白的抗原性影响不大。     

类人源猪H3N2亚型流感病毒HA,NA遗传进化分析

2007-2008年从吉林省某猪场采集疑似流感发病猪的鼻咽拭子,经病毒分离鉴定获得3株H3N2亚型流感病毒,分别命名为A/swine/Jilin/5/2007（Sw/Jilin/5/07）、A/swine/Jilin/19/2007（Sw/Jilin/19/07）、A/swine/Jilin/37/2008（Sw/Jilin/37/08）。HA进化树分析结果表明：3株H3N2亚型流感病毒属于近代人源病毒谱系;但是在NA进化树中,Sw/Jilin/37/08株与早期人源和近代人源关系密切,暗示它可能是早期人源和近代人源H3N2亚型猪流感病毒之间的过渡毒株,进一步证实猪在流感病毒种间传播过程中充当＂中间宿主＂作用。     

鸭源H9N2亚型流感病毒NS基因的克隆及表达

根据GenBank中收录的H9N2亚型流感病毒的NS基因序列设计合成了1对引物NSU／NSL，利用RT—PCR扩增出了H9N2株NS基因；将该基因片段克隆到pMD18-T载体上，并对所得到的重组质粒进行酶切分析及序列测定。结果，获得了NS基因片段的阳性重组子，扩增的NS基因包含NS1基因完整的阅读框架和部分NS2基因，其序列与GenBank中收录的其他分离株NS基因比较，同源性达96％～99％。再将克隆的NS基因插入到原核表达载体pET-28a后，转化E．coli BL21(DE3)感受态细胞，在IPTG诱导下获得了预期的蛋白表达，所表达蛋白质的分子质量约为30ku。     

福建省H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的进化分析

为进一步了解福建省H9N2亚型禽流感病毒的基因遗传进化关系,本研究将福建省2011年分离的毒株FZ-04、FZ-11与GenBank上登录的2000～2011年福建省分离的H9N2毒株及国内外典型代表株进行HA、NA基因的序列比对和遗传进化分析。结果表明,分离株FZ-04和FZ-11的HA基因与CK/FJ/G9/09株核苷酸同源性最高,属于国内常见的CK/BJ/1/94亚系。HA裂解位点处的氨基酸序列为-PSRSSR/GL-,符合低致病性禽流感病毒的分子特征。NA基因在遗传进化关系上呈现独立的分支,与CK/FJ/10954/05毒株核苷酸序列同源性最高,属于CK/HK/G9/97亚系,且NA基因推导的469个氨基酸序列中没有缺失。同时,从HA和NA基因的遗传进化树上可知,2000～2011年福建省H9N2禽流感病毒进化相对比较稳定,可能有一个共同的起源。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物，对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT—PCR扩增，并将其克隆到pMD18-T载体上，分别获得了全长为817、851、854、854bp的全基因序列。序列分析结果表明，新疆毒株间的核苷酸同源性为97．8％～98．9%，氨基酸同源性为96．5％～98．7％，与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较，同源性为90．0％～99．4％；与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较，同源性为81．4％～99．3％。系统进化树分析表明，新疆株独立分支。     

H5N1亚型禽流感病毒进化的研究进展

H5N1亚型禽流感病毒是重要的人兽共患病病原,其基因组为分节段的负股单链RNA,这种特殊的基因组结构使得流感病毒的进化机制跟其他病毒有所不同。本文对流感病毒的进化机制、H5N1亚型禽流感病毒的进化规律和生物信息学在流感病毒进化中应用等方面的研究进展予以综述。     

H5N1 亚型禽流感病毒NS1的克隆和原核表达

利用RT-PCR技术扩增了一株H5N1亚型禽流感病毒(AIV)的NS1基因,克隆到pGEM T-easy载体上,经序列测定和分析正确后,将该基因插入到pET-32a载体中构建原核表达载体pET-NS1,阳性重组质粒转化BL21感受态细胞,用1mmol/L的IPTG诱导和SDS-PAGE电泳后获得了分子质量约为51ku的NS1融合蛋白。通过Western-blotting发现NS1蛋白可与H5N1亚型AIV单因子血清反应。为建立H5N1亚型AIV野毒株和疫苗株的特异性鉴别方法奠定了基础。     

我国H5N1亚型流感病毒疫情及病原特性

2003年底,东南亚多个国家开始暴发H5N1亚型高致病性禽流感( HPAI),我国自2004年1月26日第一起疫情出现以来,相同疫情时有发生,我国青海湖于2005年5月暴发了流感史上第一起野鸟H5N1亚型HPAI,此后,随着野鸟的迁徙,该病由亚洲逐渐传播到欧洲、非洲等地.目前,全世界多个国家遭受H5N1亚型高致病力禽流感病毒(HPAIV)的侵害,不仅养禽业损失惨重,人或其它哺乳动物也有感染及死亡病例的发生,2011年8月19日,WHO报道全世界已有565人感染,331例死亡,中国有40人感染,26人不幸死亡.     

1株鹅H5N6亚型流感病毒的分离鉴定与遗传进化分析

在散养鹅群中检测到流感病毒,经全基因组测序和遗传进化分析,结果显示该分离株为H5N6亚型流感病毒,其HA基因属于Clade2.3.4.4分支,裂解位点序列符合高致病性禽流感病毒的特性。NP基因与M基因均与人源H5N6亚型同源性最近,提示该分离株可能与人源H5N6亚型流感分离株发生过基因重组,并具有感染人类的潜在风险。对SPF鸡致病性试验结果显示,攻毒组和同居组中的所有鸡均死亡;在肺脏、肝脏、肾脏、脾脏、心脏、脑等组织器官均检测到病毒,表明该分离株对鸡具有高致病性和水平传播能力,这警示应该继续加强对H5N6亚型流感病毒的监视和防控。     

鸭源H5N5亚型禽流感病毒HA和NA序列分析

<正>2010年从长春地区患病鸭体内分离得到1株病毒,应用胶体金检测技术、血清学试验、RT-PCR检测技术及BLAST比对分析,最终证实该病毒为H5N5亚型禽流感病毒。本试验利用Primer Premier 5.0引物设计软件,依据NCBI上禽流感病毒序列,设计血凝素(HA)基因、神经氨酸酶(NA)基因的引物,对分离病毒株的HA和NA基因进行克隆及序列分析,在     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NA基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对3株H5N1亚型高致病性禽流感病毒新疆株的NA基因进行了扩增,分别得到了3个毒株的NA基因,序列分析表明,3个毒株NA的全长核苷酸序列均为1 380 bp.同源性分析表明,3个分离株之间的核苷酸同源性在95.1%～97.9%之间;与来自青海、浙江、广东、东南亚等不同地区水禽禽流感病毒毒株的同源性为90.3%～98.8%;与分离自香港、浙江、越南等地区的流感病毒同源性为86.7%～97.9%.     

H3N2亚型猪源流感病毒NS基因的克隆与序列分析

根据Gen Bank上已发表的H3N2亚型的猪流感病毒NS基因序列,设计合成一对引物,对四个猪流感病毒广东株提取RNA,运用RT-PCR方法获得了4株H 3N2亚型猪源流感病毒广东分离株A/Swine/Guangdong/01/04(H 3N2)、A/Swine/Guangdong/02/04(H 3N2)、A/Swine/Guangdong/03/04(H 3N 2)、A/Swine/Guangdong/04/04(H3N2)的NS基因序列,并对所得序列进行比较分析.序列分析表明,四个毒株NS基因的核苷酸序列与参考毒株的NS基因相似性高迭90%以上,说明近年来广东的H 3N2亚型猪流感病毒NS基因变异较小.遗传进化关系表明本实验四个毒株的NS基因和香港2000-2002年间的猪流感病毒的NS基因与1998-2002年间美洲流行的人流感病毒的NS基因在遗传进化树中位于同一个分支,这说明它们可能有着相近的亲缘关系.