禽流感病毒4个亚型一步法多重RT-PCR检测方法研究

为了建立简便、快速的AIV检测方法,根据禽流感病毒H5、H7、H9亚型HA基因和N1亚型NA基因的保守序列,设计了4对RT-PCR引物,对H5、H7、H9、N1 4个亚型进行了多重RT-PCR扩增,通过多重RT-PCR敏感性和特异性试验,建立了多重RT-PCR检测方法;应用所建立的多重RT-PCR方法和病毒分离的经典方法对395份(4省20多个地区)口岸检样进行了平行检测,并对其检测结果进行了比较。结果表明,H5、H7、H9、N1 4个亚型的扩增产物大小分别为380,641,493和328 bp,对NDVI、BV、ARVI、BDV、MDV、FPV扩增均为阴性,平行检测结果完全吻合,说明所建立的多重RT-PCR检测方法具有较好的敏感性和特异性。     

禽流感病毒广东株HA 基因BLSOM神经网络分型方法的建立

利用25个禽流感病毒及相关流感病毒广东株HA基因序列,建立三、四核苷酸特征基因片段BLSOM神经网络分型方法,对各片段数量进行统计和归一化处理。设计程序由MATLAB函数模拟人脑思维自组织学习,当训练步数为100及以上各毒株能成功聚类。H1、H3、H5、H7和H9亚型主要毒株分别归为一类,其中H3N2和H7N9毒株HA基因聚类图谱高度相似,表明这些毒株起源相同;不同年代H5N1毒株差异较大;H1N1和H9N2各1个毒株聚为一类,表明这两种病毒自然重组变异,为高危毒株筛查和溯源提供参考。     

禽流感病毒A/Duck/Shnghai/02/99(H9)HA基因的克隆及序列分析

根据GenBank已公布的禽流感病毒H9亚型血凝素蛋白编码基因,设计了一对引物(H1和H2),RT-PCR扩增禽流感病毒A/Duck/Shanghai/02/99(H9)的HA基因,扩增片段与载体pUCm-T的连接产物转化大肠杆菌感受态细胞,重组质粒pUCm-T-HA经限制性内切酶酶切和PCR鉴定后进行测序。BlastN分析结果显示该分离株血凝素编码基因与已发表的鸭源禽流感病毒A/Duck/Shantou/1605/01(H9N2)和A/Duck/Hong Kong/Y280/97(H9N2)血凝素编码基因的核甘酸序列同源性为98%,从而从分子水平确定了该分离株为H9亚型禽流感病毒。     

H9和H6亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

为H9与H6亚型禽流感病毒(AIV)的监测及其防控提供技术支撑,依据Genbank中H9和H6亚型AIV的HA基因及所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计3对特异性引物,优化退火温度和引物浓度及其配比等条件,建立并优化可同时鉴别检测H9和H6亚型AIV的三重RT-PCR检测方法,并对所建方法进行特异性、敏感性及临床样品检测验证。结果表明:三重RT-PCR反应的最佳体系为2×PCR Mix 12.5μL,H9与H6亚型AIV cDNA共2μL为模板,特异性引物M-F和M-R(20pmol/μL)加入量为0.6μL,特异性引物H9-F和H9-R(20pmol/μL)及H6-F和H6-R(20pmol/μL)的加入量分别为0.7μL和1μL,用RNA-free水补足至终体积为25μL,退火温度53℃。该方法可在一个反应管内同时鉴别检测H9与H6亚型AIV,特异性强,敏感性高,可推广应用。     

H9和H10亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中H9和H10亚型禽流感病毒(AIV)的HA基因及所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计3对特异性引物,并优化退火温度和引物浓度及其配比等条件,建立了可同时鉴别检测H9和H10亚型AIV的三重RT-PCR检测方法。特异性实验结果表明,该方法可以特异性地扩增出H9、H10亚型AIV及M基因对应大小的目的条带,而对其余亚型AIV仅M基因出现特异性条带,其它禽病病原体均未扩增出任何特异性条带。敏感性实验结果表明,该方法对H9、H10亚型HA基因及M基因质粒的扩增下限均为5×10⁴拷贝/μL。此外,该方法对临床样品的检测结果与病毒分离及测序结果完全一致。     

H9和H10亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中H9和H10亚型禽流感病毒(AIV)的HA基因及所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计3对特异性引物,并优化退火温度和引物浓度及其配比等条件,建立了可同时鉴别检测H9和H10亚型AIV的三重RT-PCR检测方法。特异性实验结果表明,该方法可以特异性地扩增出H9、H10亚型AIV及M基因对应大小的目的条带,而对其余亚型AIV仅M基因出现特异性条带,其它禽病病原体均未扩增出任何特异性条带。敏感性实验结果表明,该方法对H9、H10亚型HA基因及M基因质粒的扩增下限均为5×10~4拷贝/μL。此外,该方法对临床样品的检测结果与病毒分离及测序结果完全一致。     

利用多重RT-PCR对口蹄疫病毒分型

根据已经发表的口蹄疫病毒(FMDV)全基因序列,设计了一套引物,建立多重RT-PCR方法,区分A型、AsiaⅠ型、O型3种血清型的病毒。该方法对O型病毒的敏感性为101.00LD50,对AsiaⅠ型病毒的敏感性为101.25LD50,对A型病毒的敏感性为101.00LD50。该方法具有良好的特异性,能够区分保存适当的病料,可以用于病毒的分型。     

禽流感病毒H5亚型及H7亚型基因的引物设计与多重RT-PCR扩增

RT-PCR作为一种现代分子生物学基因诊断技术,具有高度敏感性和特异性,能在数小时内检出痕量病原,可克服传统的禽流感病毒（AIV）诊断技术病毒分离鉴定试验周期长的缺点,为AIV早期快速诊断提供了敏感、快速、实用的方法。引物设计是保证RT-PCR成功的重要前提。笔者对运用Primer Premier5.0软件设计H5和H7亚型AIV的多重RT-PCR引物进行了探讨。     

禽流感病毒H5和H9亚型RT-PCR检测方法的建立

根据H5和H9亚型的HA基因,设计合成2对特异性引物,分别建立了RT-PCR检测方法,优化了反应体系及反应条件,该方法敏感性可达10^-3,特异性好,与NFV、IBV与H5与H9相互间无交叉反应。利用所建立的RT-PCR检测了10份活禽及禽产品中存在的H5和H9亚型禽流感病毒,其检测结果与病毒的分离培养一致,比电镜和琼扩的检出率高30％,与其他NDV、IBV的病料无交叉反应,证明该方法具有很好的应用价值。     

一步法RT-PCR快速检测猪瘟病毒

对猪瘟病毒(CSFV)5'端非编码区保守序列设计了一对引物,建立了检测CSFV一步法反转录-聚合酶链(RT-PCR)方法,并对其特异性、敏感性进行了研究。该一步法RT-PCR对5株CSFV扩增结果均为阳性,对对照毒株扩增结果均为阴性;对CSFV检测的灵敏性为1.09×10-1ng总RNA量。以上结果表明该一步法RT-PCR特异性强、敏感性高、简便、快速,可用于猪瘟的早期确诊和病毒鉴定。     

鸡新城疫病毒和禽肺炎病毒二重RT-PCR检测方法的建立及应用

[目的]建立一次性可同时扩增鉴别鸡新城疫病毒(NDV)和禽肺炎病毒(APV)的二重RT-PCR,为有效防控鸡新城疫和禽肺炎病毒病提供技术支持.[方法]根据GenBank已发表NDV的F基因序列(GenBank登录号JX840454)和APV的F基因序列(GeneBank登录号AF187154)分别设计2对特异性引物,应用这2对引物建立可同时检测鉴别NDV和APV的二重RT-PCR,对扩增条件进行优化,并通过特异性试验、敏感性试验和临床样品检测等验证其实用性.[结果]优化后的二重RT-PCR可特异性扩增出参试NDV毒株(LaSota株、F48E9株、I株)及APV/MN-10毒株的目的条带,其大小分别为247和424 bp,而其他对照参试毒株在247和424 bp处均无特异条带出现.二重RT-PCR针对NDV和APV的最低检出限均为10 pg的RNA.应用建立的二重RT-PCR对132份从广西采集的病鸡样品进行检测,结果得到NDV阳性样品26份、APV阳性样品2份,与血清学方法的鉴定结果一致.随机选取的2份NDV阳性PCR产物与NDV(GenBank登录号JX840454)的F基因序列一致,同源性达100%;2份APV阳性PCR产物与APV(GenBank登录号AF187154)的F基因序列也完全一致,同源性达100%.[结论]针对NDV和APV建立的二重RT-PCR具有特异性好、灵敏度高、简便快速的特点,可用于临床快速鉴别诊断,为有效防控鸡新城疫和禽肺炎病毒病提供了技术支持.     

禽流感病毒H5,H7,H9亚型多重RT-PCR检测方法的建立

依据GenBank中亚洲流行株禽流感病毒(AIV)H5,H7,H9亚型血凝素基因及M基因序列保守区域设计特异性引物,利用多重反转录聚合酶链式反应技术建立了AIV及H5,H7,H9亚型的检测方法.该方法能一次性检测出AIV保守区域M基因的同时,直接区分H5,H7,H9亚型.对新城疲病毒、传染性法氏囊病毒、传染性支气管炎病毒、传染性喉气管炎病毒等特异性检测均为阴性.样品经100倍稀释后仍能检出.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒nsp2基因缺失株RT-PCR检测方法的建立

为了快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) nsp2基因缺失流行株,在对不同PRRSV分离株nsp2基因核苷酸序列分析的基础上,设计了针对nsp2基因的1对兼并PCR引物和1条基因特异性反转录引物.RT-PCR试验结果表明,经典PRRSV S1毒株和高致病性nsp2缺失株SY0608毒株的PCR扩增片段的大小分别为768 bp和678 bp.特异性试验和敏感性试验证明,该检测方法特异性较好,但敏感性相对较低,可用于快速鉴别诊断PRRSV nsp2基因缺失毒株和经典PRRSV毒株.     

RT-PCR技术检测猪流感病毒

根据猪流感病毒(SIV)的M基因的序列,设计合成了1对引物,建立了检测猪流感的RT-PCR方法.应用该方法对H1、H3、H9亚型的猪流感病毒进行基因扩增,均获得了分子量为460bp的特异性目的片段,而对PRRSV、PCV2、PRV、CSFV进行同条件检测,结果均为阴性;SIV扩增产物测序结果与SIV其他毒株序列同源性达99%～100%.敏感性试验表明,该方法可检测到103 EID50的SIV;可直接从猪流感病毒感染小鼠的组织样品中检测到病毒.     

猪促炎细胞因子多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立及应用定量检测猪促炎细胞因子mRNA表达水平的方法,从分子水平研究脑心肌炎病毒(EMCV)的致病机制,分别构建含有猪促炎细胞因子IL-1β、IL-6、TNF-α以及管家基因β-actin基因片段的重组质粒标准品,建立了检测IL-1β/β-actin、IL-6/β-actin、TNF-α/β-actin的多重TaqMan real-time PCR检测方法。标准曲线的相关系数均达到0.998以上;初始模板的检出下限均达到10拷贝/μL;只有以目标cDNA为模板,并加入特异性引物和探针的反应才能检测到荧光信号;组内与组间的变异系数均小于2%。应用所建立的检测方法,对猪源EMCV GXLC株感染仔猪心肌中IL-1β、TNF-α、IL-6mRNA的表达水平进行检测。结果表明,所建立的多重TaqMan real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于猪IL-1β、IL-6、TNF-α基因的检测及定量分析。     

猪传染性胃肠炎病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

【目的】建立一种能检测猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）含量的荧光定量RT-PCR方法,为猪传染性胃肠炎（TGE）的诊断和防治提供技术支持。【方法】根据TGEV TH98株的N基因序列设计1对特异性引物,扩增出目的片段,连接克隆载体后构建质粒标准品;对荧光定量的循环条件进行优化,建立猪传染性胃肠炎病毒荧光定量RT-PCR检测方法,对其重复性、特异性进行检测,并与普通PCR检测方法进行比较,最后应用该方法对采自陕西杨凌周边的30份临床样品进行检测。【结果】成功构建了质粒标准品,建立了检测猪传染性胃肠炎病毒的荧光定量RT-PCR方法,该方法特异性高、重复性好、敏感性比普通PCR检测方法高2个数量级,对质粒标准品的线性检测范围为1.0×10⁷～1.0×10¹拷贝/μL。用建立的检测方法对从陕西杨凌周边猪场采集的30份样品进行检测,检出4份阳性,与普通PCR检测方法符合率为100%。【结论】建立的TGEV荧光定量RT-PCR方法敏感性高、特异性好、省时省力,可以对猪传染性胃肠炎病毒进行快速检测。     

鸭副粘病毒与H9亚型禽流感病毒双重PCR检测方法的初步建立

通过对GenBank发表的鸭副粘病毒(DPV)和鸭H9亚型禽流感病毒(AIV,H9)基因序列分析,针对保守区分别设计并合成2对特异性引物.通过对扩增条件的优化,建立了检测两种病毒的快速双重PCR方法.结果表明,该检测方法可同时扩增出DPV (363 bp)和H9亚型AIV (732 bp)的特异性片段,而对照DHV、I...     

水禽源禽1型副黏病毒强毒RT-PCR方法的建立

参照GenBank上登录的水禽源禽1型副黏病毒强毒株F基因序列设计引物,建立检测水禽源禽1型副黏病毒强毒株的RT-PCR方法.该方法能从水禽源禽1型副黏病毒强毒株扩增出1条400 bp的特异片段,从水禽源禽1型副黏病毒弱毒、鸭瘟病毒、鸭1型肝炎病毒、减蛋综合征病毒、传染性法氏囊病病毒、H9亚型禽流感病毒和禽多杀性巴氏杆菌等均不能扩增出目的片段.敏感性试验显示该RT-PCR方法最低可检测出10 pg的病毒核酸.因此,该RT-PCR方法可用于水禽源禽1型副黏病毒强毒的临床诊断.     

鸭坦布苏病毒一步法RT-PCR检测方法的建立和应用

鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)是一种新发现可引起鸭产蛋下降的新型黄病毒,建立一种病原学检测方法对于疫病的诊断和流行病学研究具有重要意义。在对DTMUV序列的比对分析的基础上,设计了1对特异性引物,通过优化PCR反应条件,建立了DTMUV的一步法RT-PCR检测方法。该方法具有特异、快速、敏感、准确等特点,可以检出1.82个TCID50的病毒核酸。对2010年至2011年6月份前的106份产蛋下降鸭群临床病料进行了检测,结果显示样品阳性率为46.2%,表明DTMUV在浙江及其周边省份的产蛋鸭群具有较高的感染率。     

鸭副粘病毒病RT-PCR诊断方法的建立与应用

【目的】建立快速、准确检测鸭副粘病毒病的方法。【方法】根据GenBank中发表的新城疫F基因序列设计1对引物,扩增鸭副粘病毒融合蛋白基因727bp的特异性片段,进行特异性试验和敏感性试验,建立了鸭副粘病毒病的RT-PCR诊断方法。应用建立的诊断方法,对从山东不同地区分离的20株疑似鸭副粘病毒毒株和150份疑似感染副粘病毒鸭的病变组织进行了检测。【结果】特异性试验表明,建立的RT-PCR检测方法能够从鸭副粘病毒SDFCH株中扩增到727bp的特异性片段,而对鸭瘟病毒、H9N2亚型禽流感病毒、鸭肝炎病毒的扩增结果均为阴性;敏感性试验表明,该法最低检出量的cDNA质量浓度为3pg/μL;山东不同地区20株疑似鸭副粘病毒分离株中有15份为阳性;150份疑似感染副粘病毒鸭的病变组织有125例为阳性。【结论】建立的鸭副粘病毒病的RT-PCR诊断方法,且有快速、准确、特异性强、敏感性高的特点。