用高通量测序技术分析红皮云杉梢枯病前后叶围微生物多样性

采用Illumina Miseq高通量测序技术来探究红皮云杉(Picea koraiensis)梢枯病(Dothiorella gregaria)病叶与健康叶之间共生真菌和细菌群落结构的差异。结果表明：红皮云杉叶片感病前后细菌的OTU变化巨大,真菌的OTU变化也偏大。两组样品共有的细菌种类45个,占细菌总数的16.13%,真菌种类73个,占真菌总数的29.32%。两组样品中菌落结构基本相同,但相对丰度差异较大,在门水平下,细菌中变形菌门(Proteobacteria)在两组样品占据绝对优势,真菌中子囊菌门(Ascomycota)在两组样品占据绝对优势。在属水平下,克雷伯菌属(Klebsiella)是健康叶中的优势细菌,马赛菌属(Massilia)在病叶中占据绝对优势;亚隔孢壳属(Didymella)是健康叶及病叶中的优势真菌,在健康叶及病叶中优势真菌种类未有太大变化,小穴壳菌属(Dothiorella)及Naganishia属仅存在于病叶组。     

杨树灰斑病的防治试验

通过药剂防治、林间清除侵染源、清除侵染源结合喷药防治杨树灰斑病,观察防治效果,三种处理的平均防治效果分别为27%、60.2%和97.1%,清除侵染源后喷药防治比直接喷药防治更显著,防治效果更佳。     

小黑杨灰斑病综合管理技术研究

以小黑杨灰斑病(Coryneum populinum Bres.)流行动态为基础,以预测预报、防治指标为依据,对小黑杨灰斑病的综合管理技术做了系统的阐述。由此提出了综合管理程序及生产适用的管理工作规范。     

杨树灰斑病与褐斑病的发生与防治

本文阐述了杨树灰斑病与褐斑病发生规律,并提出了防治措施。     

杨树灰斑病的发生与防治

杨树灰斑病在双鸭山农场多发生在苗圃1年生小黑杨干部,发病率为30．6％,病情指数为20．1。该病苗圃受害较重,幼树也易发病。病害可造成叶片早落,干部溃疡,顶梢枯死,生长量降低,严重可使幼苗死亡,移栽成活率降低。1症状杨树受害部位有叶片、嫩梢、干部。叶片发病呈水渍状圆形褐色斑点,后扩大呈不规则形斑,边缘黑褐色,病斑中央灰白色,天气潮湿出现灰绿色霉点,多个霉点相连成片,使叶片枯萎脱落。嫩叶受害时,病斑扩展迅速,边缘不明显,     

小黑杨灰斑病流行动态的研究

采用分期调查病情,引入模糊集论中模糊等价关系的模糊聚类分析方法,将发病数量(强度)、空间和时间动态的相互关系联系起来,作为统一体,研究了小黑杨灰斑病的流行动态,同时结合孢子捕捉观测,将灰斑病在一个生长期内的流行动态划分为J_1,J_2,J_3,J_4四个阶段。在此基础上提出了灰斑病的发展进程为始期、始盛期、盛期、未期,其时间系列大致分别为:6月上旬、6月中旬、7月上旬、8月上旬。     

一次防治大豆灰斑病籽粒灰斑

通过室内及田间大豆不同生育期接种试验证明，籽粒感染灰斑病的关键时期是Ｒ３－Ｒ５期．Ｒ２期以前侵染不造成籽粒斑驳，据此提出一次防治大豆籽粒灰斑病的关键时期为Ｒ２－Ｒ４期．     

昆明地区玉米灰斑病病斑的扩展规律

在田间条件下采用喷雾法接种,观测昆明地区玉米灰斑病不同叶层和部位病斑面积与数量,分析其与接种天数和温湿度持续时间的关系。结果表明:玉米灰斑病病斑扩展与温度在20～30℃的时间累计值、10℃以上的有效积温、接种天数、相对湿度90%以上的时间积累值和品种抗性等均极显著相关(P0.01);抗病品种病斑小而少、产孢少,感病品种则相反;病害主要发生在穗位及以下叶片,病斑主要分布在叶片的中上部,并以纵向扩展为主,横向扩展不明显。     

小黑杨灰斑病损失测定及防治指标的研究

通过对小黑杨苗木、幼林的田间试验,控制发病强度,摸清了苗木不同病情造成的生长量损失及幼林病情与损失之间的关系,确立了插条苗、留床苗的防治指标;建立了幼林经济允许损失率的动态模型及相应的防治指标动态模型。同时文中给出了松嫩平原西部速生丰产林的防治指标。     

基于高通量测序分析青贮玉米微生物多样性

青贮饲料发酵质量好坏很大程度上由其微生物组成决定。为了解青贮玉米微生物的多样性,利用高通量测序技术结合传统的纯培养技术,对31个青贮饲料样本进行微生物多样性分析。结果表明,青贮玉米微生物群落组成的共享核心菌属41个,占总样本微生物组成的87. 7%,丰度较大的(≥1%)有10个菌属,其中乳杆菌属、克雷伯菌属及魏斯氏菌属分别占42. 9%、12. 1%、10. 3%;真菌主要有念珠菌属、黑粉菌属、半乳糖霉菌属等。比较乳熟期组与蜡熟期组青贮的微生物群落,发现玉米的成熟度不同,青贮发酵产品中某些属微生物在数量上存在差别,但微生物群落组成无明显差异。本研究可为青贮饲料微生物群落结构及功能的研究提供参考。     

应用高通量测序技术对东部白松和旱柳叶片表面真菌多样性的测定

以相同树龄和相同生境下的东部白松(Pinus strobus)和旱柳(Salix matsudana)叶片为材料,采用高通量测序技术测定了二者叶片表面的真菌种类,并进行了多样性比较分析。结果表明:东部白松叶片表面包含的真菌分为3门、16纲、36目、65科、72属,总计75种;旱柳叶片表面真菌分为3门、16纲、33目、60科、78属,总计75种。东部白松叶片表面对酵母菌类具有一定的选择性,旱柳叶片表面真菌的多样性、丰富度高于东部白松,但是东部白松叶片表面真菌的均匀度更高。     

基于高通量测序技术的藏系绵羊瘤胃与粪便微生物群落结构差异分析

为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析。结果表明,从藏系绵羊瘤胃液和粪便10个样品中共获得729 326条原始序列,经过滤后平均每个样品产生(64 145±320)条优化序列,平均长度(435.20±2.78) bp,聚类后共得到1 207个OTU。藏系绵羊瘤胃微生物的Chao 1指数和ACE指数显著高于粪便微生物,而Simpson指数和Shannon指数在两组之间差异均不显著,且两组的菌群结构有显著分化。在门分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的优势菌门为拟杆菌门,粪便中相对丰度最高的优势菌门为厚壁菌门;在属分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的属为细菌和普雷沃氏菌属₁,粪便中相对丰度最高的属为瘤胃球菌科Ruminococcaceae_UCG₀10。对瘤胃和粪便的微生物群落进行功能预测,发现有显著性差异的代谢通路34个,主要富集在代谢、...     

高通量测序技术及其在贝类转录组研究中的应用

高通量测序是传统DNA测序的一次重大技术创新,它为贝类养殖物种的研究带来了新的机遇。着重对454、Solexa和SOLi D高通量测序平台的技术原理、数据分析及其在贝类转录组的研究应用进行综述,同时对高通量测序未来发展方向做了总结和展望。     

银杏叶点霉叶斑病病原菌鉴定

为明确银杏叶点霉引起的叶斑病病原菌的分类地位,对贵州采集的叶斑病病原菌进行了分离,并采用形态和分子结合的方法进行鉴定。结果表明：引起银杏叶点霉叶斑病的病原菌为 Phyllosticta captilensis 。     

运用高通量测序技术分析人参不同栽培模式根际土壤微生物多样性

采用高通量测序技术对林下护育、采伐迹地栽培和农田栽培3种栽培模式的人参(Panax ginseng C.A.Mey.)根际土壤微生物多样性进行研究。结果表明:细菌群落中,变形菌纲(Gammaproteobacteria)最丰富,在3种类型土样中相对丰度分别为45.30%、15.24%、17.19%;真菌群落中,粪壳菌纲(Sordariomycetes)为优势真菌菌群,在3种人参土样中分别占65.49%、68.47%和48.58%。采伐迹地栽培和农田栽培的人参土样中,主要细菌种类的相对丰度比较接近,但与林下护育人参土样差异较大;不同栽培模式的真菌群落差异较小。在林下护育和采伐迹地栽培模式下,有益微生物链霉菌属(Streptomyces)所占比重较大。农田栽参土壤改良时,通过外源添加可提高土壤肥力。伯克氏菌属(Burkholderiaceae)在林下护育栽培模式下占有一定比例,可成为人参土壤改良的生物菌剂备选资源。     

高通量测序技术分析光叶珙桐根际土壤微生物多样性

【目的】通过了解不同地区光叶珙桐根际土壤微生物的种类和多样性差异,为光叶珙桐的引种繁 育提供基础数据和理论依据。【方法】采用高通量测序技术对昭通 3 个地区光叶珙桐根际土壤微生物种类及多 样性进行研究,分析了物种组成和丰度、Alpha 多样性、Beta 多样性和菌群结构。【结果】结果表明,细菌群 落中 α- 变形菌纲 Alphaproteobacteria 最丰富（＞ 17.02%）,真菌群落在不同地区存在明显差异,在永善三江口 Pezizomycetes 最丰富（17.01%）,彝良小草坝 Archaeorhizomycetes 最丰富（29.79%）,镇雄塘房 Sordariomycetes 最丰富（20.77%）;3 个地区中永善三江口、镇雄塘房的光叶珙桐根际土壤微生物种群结构相似性较高,其中 永善三江口的光叶珙桐根际土壤细菌多样性最丰富,镇雄塘房的光叶珙桐根际土壤真菌多样性最丰富。【结论】 3 个地区的光叶珙桐根际土壤微生物菌群都具有较高的生物多样性,但物种组成分布上存在差异。     

基于高通量测序技术对三种太岁样品细菌组成的分析

利用Illumina公司Mi Seq技术,检测3种太岁样品细菌群落的差异性,分析太岁样品的细菌多样性和群落结构,揭示细菌在太岁构成中的作用和在不同太岁间的内在联系。结果表明,3种太岁样品的高通量测序分析共得到有效序列64 114条,归为4 033个OTU,属于35个门、61个纲、89个目、201个科及625个属,还有一些未有明确的分类学信息。变形菌门和厚壁菌门为优势门,在2、8、9号太岁样品中所占比例分别是63.95%、79.65%、76.82%。2、8、9号太岁中的最优势属及所占比例分别为Edaphobacter(23.84%)、梭菌属(12.94%)、芽孢杆菌属(17.60%)。3种太岁样品各自的优势属不尽相同,没有共有且占比均大的属。3种太岁样品的细菌群落的多样性丰富,且三者的细菌组成差异较大,不能建立起明显的内在联系。     

盐穗木叶片及根际土壤微生物群落高通量分析

[目的]研究新疆盐碱环境中,极端耐盐植物盐穗木的根际土壤及叶片内生微生物群落组成和结构,为利用根际促生细菌制作生物菌肥提供科学依据.[方法]应用16S rDNA和ITS高通量测序技术,测定分析盐穗木根际土壤与叶片内生微生物群落结构及多样性.[结果]在门水平上根际土壤细菌群落中的优势菌门为放线菌门(Actinobacte...     

基于高通量测序技术的酿酒葡萄产区土壤微生物多样性

【目的】研究新疆4大酿酒葡萄产区土壤中的微生物群落结构及多样性,为构建新疆酿酒葡萄主产区的微生物菌库奠定基础。【方法】分别从新疆酿酒葡萄主产区采集土壤样品,提取总DNA,通过Illumina MiSeq高通量测序结合生物信息学分析,得到新疆酿酒葡萄主产区的土壤微生物群落结构及多样性。【结果】在12份土壤样品中,伊犁河谷土壤中细菌的群落多样性最高,天山北麓土壤中细菌群落多样性最低;吐哈盆地中真菌群落多样性最低,焉耆盆地中真菌的群落多样性最高。节杆菌属细菌和耐冷酵母属真菌是吐哈盆地和天山北麓葡萄园土壤中的优势菌属;芽单胞菌属细菌和刚毛四枝孢属真菌是伊犁河谷葡萄园土壤中的优势菌属;节杆菌属细菌和赤霉菌属真菌是焉耆盆地葡萄园土壤中的优势菌属。土壤pH值对细菌群落组成的影响最显著,Mn元素含量对真菌群落组成的影响最显著。【结论】揭示了新疆酿酒葡萄主产区土壤中细菌和真菌群落组成,新疆酿酒葡萄产区的微生物多样性存在差异。     

基于高通量测序技术分析奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性

[目的]研究奶牛乳房炎主要病原微生物及乳汁中微生物群系分布.[方法]对CJ和HZS 2个牛场的奶牛进行乳房炎检查,视觉和触觉等临床检查奶牛乳房及乳汁后,将2个场中确诊为临床乳房炎的奶牛随机采集乳汁样本各3份,并将非临床型奶牛的乳汁样本随机采集各1份,通过对乳房炎奶牛和非临床型奶牛乳样中细菌的16S rRNA基因V3-V...