梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记。研究结果如下：（1）17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.764 7个等位基因;（2）从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;（3）六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数（A）、基因型数、基因多样性（H）、多态性信息含量（PIC）分别为4.647 1、7.000 0、0.675 4、0.628 3,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;（4）聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间。综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础。     

湖北巴东县野生茶树种质资源遗传多样性及种群结构亲缘关系分析

野生茶树种质资源具有较高的遗传多样性,是开展茶树品种选育的优质基因库。收集了来自湖北省巴东县的26份野生茶树资源,利用简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记并结合对照栽培型茶树品种对野生茶树资源的遗传多样性及种群结构等进行分析。结果如下：（1）16对引物在供试材料中共扩增得到82个等位位点,每对引物扩增所得的等位基因范围为3～8个,平均检测出等位位点5.12个,有效位点数量3.65个,香农多样性指数平均值1.378。（2）从16对引物中筛选出6个核心引物位点,可对26份野生茶树进行有效检测并鉴别。（3）UPGMA进化树将48份材料分为7个类别,野生茶树与栽培型茶树能通过SSR标记进行有效划分;进一步种群遗传结构分析发现26份野生茶树可分为2个亚群。（4）依据生化成分含量,筛选得出2份高EGCG含量的茶树种质资源及2份适制红茶的茶树种质资源。研究结果显示,巴东野生茶树多样性丰富,种群内部遗传变异高,为进一步保护、开发和利用巴东野生茶树种质资源奠定了基础。     

云南白莺山地区茶树遗传多样性研究

云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（H_E）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。     

基于SSR标记评价江西赣东北茶树遗传多样性

遗传多样性评价是茶树种质资源鉴定和新品种选育的重要内容.本研究采用筛选的9对SSR引物对17份江西赣东北茶树种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:9对SSR标记在17个品种中共检测到32个等位基因,平均每个标记3.56个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.54和1.07,参试品种的Nei's遗传距离(D)在0.1...     

野生和栽培大理茶居群的遗传多样性与群体结构

大理茶是栽培型茶树的野生近缘种,了解大理茶居群的遗传多样性和群体结构,对于大理茶资源的有效保护和开发利用至关重要.利用30对茶树核心SSR引物,对3个代表性的野生和栽培大理茶居群进行遗传分析.结果表明,30对SSR引物在所有大理茶样本中都能扩增出特异性产物,每个位点检测到的等位基因数为2～14个,PIC范围为0.041...     

基于SSR标记的55份清远野生茶树种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

遗传多样性分析是开展茶树种质资源聚类、茶树品种筛选和产品开发的重要基础，利用SSR分子标记技术从DNA水平首次对清远全市8个县（市、区）的55份本土野生茶树资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析评估。16对SSR引物共扩增出189个等位基因，每对引物为3～20个，平均11.812 5个；多态信息含量（PIC）在0.305 5～0.904 2之间，平均值为0.698 7；观测杂合度（Ho）在0.056 6～0.836 4之间，平均值为0.539 1；期望杂合度（He）在0.091 8～0.919 5之间，平均值为0.723 8;Shannon多样性指数（I）在0.221 8～2.635 6之间，平均值为1.796 8；按遗传距离0.53为阈值可将参试的55份资源分为7个类群。研究认为清远野生茶树资源间的遗传差异较大、遗传基础较宽，具有比较丰富的遗传多样性。     

糙柱花草遗传多样性SSR分析

为鉴定糙柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高其利用效率,利用来自不同柱花草种中的16个SSR标记对14份糙柱花草种质进行遗传多样性和聚类分析。结果表明：在16个SSR标记中,10个SSR标记在14份糙柱花草种质间具有多态性。10个多态性SSR标记共检测到32个等位基因,每个标记可检测到2～8个等位基因,平均为3.20个;每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.191～0.796和0.173～0.769,平均为0.474和0.411。14份糙柱花草种质间的遗传相似系数为0.438～0.938,平均为0.733。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.74处,14份供试糙柱花草种质可明显被分为3类,其中III类中的CPI 93116柱花草与其他种质遗传关系较远。     

东南亚与南亚稻属AA基因组种间的遗传多样性差异

选用36对水稻微卫星（SSR）引物,对稻属428份东南亚及南亚AA组种进行遗传多样性分析。试验结果显示选取的SSR标记均具有多态性,多态性位点百分率（P）达100%。36个多态位点共扩增出311个等位基因,每个位点3～17个,平均8.6。Nei基因多样性指数（He）平均为0.650,变幅为0.337（RM455）～0.865（RM169）。东南亚稻属AA组的SSR多样性大于南亚,两地区又以普通野生稻的多样性指数（He）最大。种（类型）间遗传分化东南亚小于南亚,其中以尼瓦拉野生稻与亚洲栽培稻的遗传分化程度最大。特异等位基因的数量、涉及的位点数及频率均表明东南亚及南亚稻属AA组间具有较大的遗传差异,而某些特异位点（如RM161）等位基因所显示的较高频率,则表明该位点较高的鉴别效率。     

四川茶树资源遗传多样性及高EGCG资源筛选

为促进四川茶树资源评价与茶树特异资源鉴定,本文利用11对SSR引物对109份四川茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析,并对其夏梢的茶多酚含量及儿茶素组分进行分析测定。结果表明：11对SSR引物共扩增出35个观测等位基因,遗传多态信息量（PIC）、Nei’s多态性指数及Shannon信息指数的平均值分别为0.58、0.58、0.98。将109份种质资源聚为7个类群,在分子水平上具有较大差异性,材料来源地间遗传距离与地理距离不存在显著的相关性。同时对茶多酚及儿茶素组分进行分析,109份材料夏梢的茶多酚为(21.59%±0.25%)~(30.56%±0.72%)（平均25.17%±1.87%）,儿茶素为21.82%~25.04%（平均23.29%）,酯型儿茶素为17.91%~22.08%（平均19.46%）,EGCG为9.71%~16.24%（平均13.86%）。结果显示,四川茶树资源遗传背景较复杂,遗传基础较宽且差异较大,具有丰富的遗传多样性。从中筛选出一批特异资源材料,其中高儿茶素资源8份（>19%）,高酯型儿茶素资源10份（>15%）,高EGCG资源14份（>13%）,超高EGCG资源的5份（>15%）。为核心茶树资源圃建设及高EGCG资源鉴定评价提供理论依据。     

基于EST-SSR标记的福建云霄县和尤溪县野生茶树遗传多样性分析

为了对福建云霄县、尤溪县野生茶树种质资源初步鉴定与筛选,以福建省茶树主要栽培品种为参照,利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明：云霄县、尤溪县野生茶树种质资源与参照品种亲缘关系较远,云霄县野生茶树种质资源与广东省凤凰水仙等类型茶树品种资源亲缘关系最接近;尤溪县野生茶树种质资源与参照品种亲缘关系较远。福建云霄县、尤溪县野生茶树种质资源平均等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、Shannon多样性指数（I）分别为3.8966,3.3103、2.4550,2.2908、0.5264,0.4980、0.9463,0.8595,说明遗传多样性较为丰富。群体间Nei’s遗传距离、遗传分化指数（FST）与分子方差分析（AMOVA）结果一致表明群体间存在显著遗传分化,且群体间的遗传变异为21%。本研究对野生茶树种质资源进行鉴定分析,为福建野生茶树种质资源发掘、利用和保护以及育种工作提供一定参考。     

基于瓠瓜转录组测序的EST-SSR标记的开发及其应用

为丰富瓠瓜分子标记库、开发瓠瓜SSR标记、寻找有效的瓠瓜种质资源鉴定方法,利用MISA软件对瓠瓜转录组测序获得的87 518条unigene序列进行筛选,共检测出11 029个SSR位点,发生频率为9.85%,分布距离为平均每8.3 kb有1个SSR 位点。其中只包含1个SSR位点的unigene 序列有6759条,其发生频率为7.72%;有1858条unigene序列含有2个及2个以上的SSR位点,发生频率为2.123%;有920条unigene序列属于混合形式的SSR标记,频率为1.051%。瓠瓜转录组中优势重复基序为单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的55.51%、25.41%和17.07%。A/T、AG/CT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的98.22%、55.39%和39.86%。用Primer 3.0共设计出8617对SSR引物,利用6对条带清晰、多态性稳定的SSR引物构建了36个品种的指纹图谱,部分位点具有高度的一致性,说明基因来源范围较小。聚类分析显示,在相似系数为0.68时将36个瓠瓜品种分为6类。其表明我国瓠瓜品种资源遗传多样性非常狭窄,利用现有瓠瓜资源开展品种选育潜力有限,应加强对野生特异种质的引进与发掘利用。利用瓠瓜转录组数据进行SSR标记开发,获得的SSR位点能为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。     

安徽茶区优良群体种的表型性状和遗传多样性分析

安徽省是中国茶叶的重要产区,种质资源分布广泛。本研究经过初步筛选后,对选取的10个区域优质群体种的表型性状进行比较分析,并利用SSR分子标记对这10个不同的群体种进行遗传多样性分析,建立不同区域间亲缘关系树状图。这对于充分发掘和利用丰富的地方群体种种质资源、整合和保护茶树种质资源、选育优良的茶树新品种具有重要的理论和实践意义。     

热辣2号辣椒纯度鉴定及优良自交系遗传多样性分析

为了提高种子质量和充分利用辣椒种质资源,应用SSR分子标记对热辣2号杂交种纯度进行鉴定并对部分辣椒优良自交系进行遗传多样性分析。以热辣2号母本材料CAYB02和父本材料CAYB01为模板筛选85对辣椒SSR引物,其中12对引物在亲本间能扩增出明显的多态性,多态性比率为14.12%,多态性标记分别位于辣椒1、3、4、6、7、9、11、12号染色体,利用3对位于不同染色体上的SSR标记对热辣2号黄灯笼椒杂交种的纯度进行鉴定,热辣2号种子纯度为98.79%,标记鉴定结果与田间鉴定结果一致。研究结果表明,利用SSR标记鉴定辣椒杂交种纯度是切实可行的。利用12对多态性明显、稳定可靠的SSR引物对部分辣椒自交系进行遗传多样性分析,共扩增出60条条带,多态性位点比率为100%,平均每对引物检测出5个等位基因。30份辣椒自交系间遗传相似系数变幅为0.33~1.00,平均为0.65,表明供试材料间具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.47时,可以将中国辣椒和一年生辣椒区分开来。在遗传相似系数为0.85时,30份辣椒优良自交系分为11个类群,辣椒种质遗传关系与地理来源和农艺性状具有一定的相关性。     

基于荧光标记SSR的CID法快速鉴定福建茶树品种

茶树品种真实性鉴定是茶树种质资源研究的重要组成部分,是茶树品种知识产权保护的前提。在茶树基因组上按照均匀分布的原则选择45个SSR标记合成荧光标记引物,利用这些标记引物对54个福建无性系茶树品种进行PCR扩增,标记基因型分型后进一步筛选出9个SSR标记核心引物。这批核心引物的多态性信息含量(Polymorphism information content,PIC)均大于0.5,等位位点数在3~5之间,基因型数在5~10之间,属于高度多态性引物且方便进行基因型数据统计,适宜用来进行无性系茶树品种的真实性鉴定。利用其中的6个标记核心引物建立了54个福建无性系茶树品种的品种鉴别图(Cultivar identification diagram,CID),该CID能直观地提供对其中任意品种进行鉴定所需要的标记引物以及相应的标记基因型,且能够方便地进行扩容以用来对更多的无性系茶树品种进行真实性鉴定。利用该方法对无性系茶树品种进行真实性鉴定,操作方便、快速准确、稳定性高、实用性强。本实验所获得的茶树品种鉴定图(CID)对茶树品种知识产权保护,以及促进茶树品种选育工作健康可持续发展具有重要的意义。     

利用SSR标记分析金观音(半)同胞茶树品种遗传差异

准确鉴定无性系茶树品种的遗传差异是对其进行保护与利用的重要前提。实验对金观音同胞及半同胞茶树品种的遗传差异进行了分析,结果表明,参试的31个SSR标记分型结果具有高度的稳定性。共扩增出117个等位位点,单个标记为2.0~8.0个,平均3.77个。基因型数为2.0~11.0个,平均5.16个。基因多样性指数范围为0.15~0.80,平均0.54。基因杂合度范围为0.17~0.94,平均0.61。引物多态信息含量范围为0.14~0.77,平均0.48。引物鉴别力范围为0.07~0.73,平均0.29。参试品种两两之间的遗传距离变化范围为0.10~0.52,平均0.35。遗传多样性大小顺序为:同胞茶树品种半同胞茶树品种非同胞茶树品种。利用系统发育树可将参试茶树品种分为5类,与茶树品种的叶色、制茶特征分类结果基本一致。任意两个品种同时在6个核心引物处(基因座)的基因型存在相同的可能性很低,为3.85×10-5,这组核心引物具有较高的鉴别力,可将参试茶树品种完全鉴定。     

茶树PVP申请品种的SSR分子标记鉴定和系谱关系分析

利用30对SSR引物,对26个植物新品种保护(PVP)申请茶树品种及其13个近似品种与亲本进行了分子鉴定和系谱关系分析,探讨SSR分子标记在茶树新品种保护工作和DUS测试中的应用。研究结果显示,30对SSR引物共检测到131个等位基因,每对引物检测的等位基因数为3~7个,平均4.4个。平均Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为1.04和0.51。39个参试品种的遗传距离在0.03~0.70之间。在遗传距离为0.15时,可将39个品种划分为7类,其中地理来源一致或遗传背景相似的材料基本上聚为一类。30对引物的品种鉴定能力差异较大,每对引物能鉴定的品种数为3~16个。通过4对核心引物的组合可以鉴定全部39个参试品种,并依此构建了SSR指纹图谱。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。