应用巢式PCR检测猪戊型肝炎病毒核酸及其序列分析

根据GenBank注册的AJ272108等序列,利用Oligo6应用软件设计内外2对引物,采用RT-PCR技术时本实验室分离的猪戊型肝炎病毒进行探索性扩增,并对测定的序列进行分析,结果用套式引物扩增出了目的条带,序列·分析表明该序列属于基因Ⅳ型,并与其核苷酸同源性在85.6%～94.8%之间,氨基酸同源性在99.1%～100%之间.而与基因Ⅲ型核苷酸同源性最低,与基因Ⅱ型氨基酸同源性最低.     

广东部分地区猪戊型肝炎的分子流行病学调查

为了解广东地区猪戊型肝炎的感染情况,本试验于2015年在广东不同猪场收集了2月龄内猪胆汁73份,RTnPCR检测、全基因组测序、同源性及进化分析结果显示:猪感染戊型肝炎的阳性率为6.8%(5/73),5个ORF2部分核苷酸序列同源性为87.2%~99.4%,属于基因4型,4b、4h亚型。对4b亚型中的1个阳性样品(GZHD)株进行全基因测序,其核苷酸序列与swGX40(EU676172)同源性最高为96.5%,与广东株SS19(JX855794)同源性为93.9%,与人源戊型肝炎病毒(HEV)株CVS-Sie10(LC042232)同源性为94.8%。结果表明:广东地区猪群间HEV流行毒株仍以基因4型为主,且为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。     

2015年-2016年度南宁部分地区猪戊型肝炎病毒基因型分析

为了解广西猪群中戊型肝炎病毒(HEV)基因型,利用套式RT-PCR用对南宁周边猪场采集到的104份新鲜猪粪便进行HEV检测、分离并成功扩增和克隆了11株阳性毒株的ORF2基因部分保守片段.序列测定结果表明,11株HEV ORF2序列自身核苷酸同源性为97.7%~100%,推导编码的氨基酸同源性为97.9%~100%;与4型HEV代表毒株Ch-S-1、Ch-T11、swGX40等的核苷酸同源性为84.6%~90.6%,而与其他各型之间的同源性较低.系统发育进化树结果表明,11株HEV广西株为基因4型,其中,10株HEV为4a亚型,1株毒株为4e亚型.结果表明,广西猪群中流行的HEV均为基因4型,且以4a亚型为优势流行毒株.     

鸡西地区猪戊型肝炎病毒的检测及序列分析

本文探讨鸡西地区猪戊型肝炎病毒检测结果及分析其序列特征．为确定本地区猪戊型肝炎病毒基因型提供可靠依据。方法：在鸡西地区采集600份猪粪便样本作为本次研究对象．经PCR后检测HEV—RNA阳性率及分析序列,记录结果并给予统计学分析后得出结论。结果：600份猪粪便样本中106份经检测为HEV—RNA阳性（阳性率17．67％）,494份阴性（阴性率82．33％）,阳性样本序列与基因IV型相似度最高,对比结果具有统计学意义（P〈0．05）。结论：养殖工作者及防疫工作者应提高警惕,将预防及干预猪戊型肝炎病毒感染作为工作重点．采取多种有效措施降低猪感染戊型肝炎病毒的几率．阻断人畜共患疾病传播途径,保障人们饮食健康。     

猪戊型肝炎病毒吉林地区分离株全基因序列的分析

为了了解吉林地区HEV分子背景和流行特征,对2013年采自吉林地区养殖场的毒株编号为Ch-S-1的Ⅳ型戊型肝炎病毒(HEV)的全基因序列进行了分析。通过提取病毒RNA,采用RT-PCR方法分段扩增HEV全长基因,两端采用RACE法扩增,经过序列测定和拼接,利用ClusterX1.81、MEGA3.0、Phylop win 3.0软件分析基因序列。最终得到了HEV Ch-S-1全长基因组(GenBank登录号EF077630,7 261bp),其中ORF1、ORF2和ORF3分别编码1 706,674,114个氨基酸。与人源及猪源各基因型HEV相比,Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF1片段同源性在78.8%~86.9%之间,而与基因Ⅳ型的ORF1片段同源性在93.7%~97.6%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF2片段同源性在87.5%~92.4%之间,而与基因Ⅳ型的ORF2片段同源性在95.9~98.2%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF3片段同源性在75.2%~84.0%之间,而与基因Ⅳ型的ORF3片段同源性在97.5%~99.2%。结果表明:HEV Ch-S-1全序列的基因结构特征与HEVⅣ型基本一致。     

我国鸡群禽戊型肝炎病毒RT-PCR检测及部分ORF2基因序列分析

为从核酸水平证实我国鸡群中禽戊型肝炎病毒(HEV)的存在,本实验从山东省某鸡场患有肝脾肿大综合征的病鸡中采集10份粪便和8份胆汁样品,利用RT-PCR方法检测其中禽HEV ORF2基因片段,并将阳性PCR产物克隆测序。结果显示:18份粪便和胆汁样品中,13份为禽HEV RNA阳性;其序列间的同源性为97%～99%,与GenBank中登录的参考序列同源性为76.6%～98.1%;进化树显示与欧洲地区的禽HEV在同一分支,属于禽HEV基因3型。禽HEV ORF2基因的检出为进一步了解禽HEV对我国家禽养殖业的危害以及在我国的流行情况奠定了基础。     

猪戊型肝炎病毒ORF2片段克隆及原核表达

设计套式引物，内套引物含有BamHⅠ／XhoⅡ酶切位点，采用RT-PCR技术扩增猪戊型肝炎病毒（UEV）结构蛋白基因ORF2部分片段，长度为634bp，将其克隆于PGEX-T载体，测序结果表明插入的片段属于戊型肝炎病毒ORF2部分，将该片段插入PproEXHTb表达载体，经酶切鉴定证实获得了重组表达质粒。将重组质粒转化大肠杆菌BL21，经1mmol／L IPTG诱导，得到表达，表达蛋白分子量为27Ku，以包涵体形式存在。Western blot分析表明，该蛋白可以与猪戊型肝炎阳性血清反应，表明该蛋白具有良好的反应原性。     

大庆市猪戊型肝炎病原基因型分析

猪戊型肝炎病毒(H EV)是一种无囊膜的正链单股R NA病毒,直径为27～32nm,表面粗糙,呈不规则球形。H EV基因组全长大约为7.3kb,具有3个互相重叠的开放阅读框架即O RF1、OR F2和O R F3,并且5'端有27个核苷酸的非编码区,3'末端为非结构区。H EV通过喝了污染水而经粪便-口腔途径传播。最近有人从猪血清中检测到抗H EV抗体,并克隆出戊肝人肝炎病毒基因,因此认为戊型肝炎是一种人畜共患性疾病。本研究使用通用引物对来源于猪粪便中的H EV进行了序列分析,以期确定该地区猪群中流行的H EV的基因型,以便更深入的分析猪源H EV与人源H EV…     

四川地区猪源戊型肝炎病毒感染的分子流行病学调查

为了解四川地区猪源戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)的感染情况,采集四川13个地区屠宰场的358份生猪组织样品,采用荧光RT-PCR进行HEV检测,对阳性样品进行开放阅读框(open reading frame,ORF)两部分序列测序、同源性及系统进化分析.结果 显示:猪感染HEV的阳性率为4....     

RT-nPCR检测屠宰场胆汁中猪戊型肝炎病毒

戊型肝炎病毒(hepatitis E virus, HEV)基因组为单股正链RNA,约 7.5 Kb,具有3个互相重叠的开放读码框架(open reading frame,ORF).自5′末端到 3′末端依次排列着 5′UTR、ORF1、ORF3、ORF2、3′UTR以及 150～200 或更多的PolyA尾,其中ORF3与ORF1和 ORF2 部分重叠, 或完全包含在ORF2中[1].     

动物戊型肝炎病毒(HEV)RT-nPCR检测方法的建立及应用

根据戊型肝炎病毒(HEV)的4个基因亚型,寻找其保守序列ORF2,成功设计了一套以Ⅰ、Ⅳ型为主兼顾Ⅱ、Ⅲ型的通用简并引物,摸索条件,建立检测动物戊型肝炎病毒反转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)的方法,扩增片段为507 bp。该方法检测所需时间为5 h,灵敏度可达10 pg,特异性强、重复性好;经优化研制了动物戊型肝炎病毒RT-nPCR检测试剂盒,保存期半年以上,该试剂盒可用于动物粪便、胆汁HEV RNA的检测。     

Detection of hepatitis E virus RNA in rats caught in pig farms from Northern Italy

Hepatitis E virus (HEV) strains belonging to the Orthohepevirus genus are divided into four species (A–D). HEV strains included in the Orthohepevirus A species infect humans and several other mammals. Among them, the HEV‐3 and HEV‐4 genotypes are zoonotic and infect both humans and animals, of which, pigs and wild boar are the main reservoirs. Viruses belonging to the Orthohepevirus C species (HEV‐C) have been considered to infect rats of different species and carnivores. Recently, two studies reported the detection of HEV‐C1 (rat HEV) RNA in immunocompromised and immunocompetent patients, suggesting a possible transmission of rat HEV to humans. The role of rats and mice as reservoir of HEV and the potential zoonotic transmission is still poorly known and deserves further investigation. To this purpose, in this study, the presence of HEV RNA was investigated in the intestinal contents and liver samples from 47 Black rats (Rattus rattus) and 21 House mice (Mus musculus) captured in four pig farms in Northern Italy. The presence of both Orthohepevirus A and C was investigated by the real‐rime RT‐PCR specific for HEV‐1 to HEV‐4 genotypes of Orthohepevirus A species and by a broad spectrum hemi‐nested RT‐PCR capable of detecting different HEV species including rat HEV. The intestinal content from two Black rats resulted positive for HEV‐C1 RNA and for HEV‐3 RNA, respectively. None of the House mice was HEV RNA positive. Sequence analyses confirmed the detection of HEV‐C1, genotype G1 and HEV‐3 subtype e. The viral strain HEV‐3e detected in the rat was identical to swine HEV strains detected in the same farm. Liver samples were negative for the detection of either rat HEV or HEV‐3.     

云南省部分猪场猪戊型肝炎的流行情况调查

为了解云南省猪群戊型肝炎感染情况,从云南省8个猪场采集166份新鲜猪粪便样品,用套式RT-PCR技术对戊型肝炎病毒(HEV)核酸进行检测,结果 21份样品阳性,阳性率为12.7%,感染率较高。通过PCR产物片段的测序分析,去除重复序列后得到11株基因序列。同源性分析结果表明,这11株毒株序列与选定的Gen Bank中基因1型、2型、3型和4型参考序列的核苷酸序列同源性分别为85.6%~87.8%,85.6%~87.8%,85.6%~95.6%和92.8%~98.9%,说明这些株毒株属于基因4型,与中国其他地区分离的毒株同源性最高,证实HEV的流行具有地理分布的特征。     

检测猪戊型肝炎病毒的荧光定量PCR方法的建立

根据GenBank中猪戊型肝炎病毒的ORF2核苷酸序列的保守区域设计合成一对特异性引物,建立了一套SYBRGreen Ⅰ荧光定量PCR检测猪源戊型肝炎病毒(swHEV)的方法,并评价了该方法的灵敏度、稳定性和特异性,同时与常规的RT-nPCR进行对比分析.结果表明,建立标准曲线的相关系数为0.998,斜率为-3.039,Ct值变异系数(CV)在0.17％～1.41％之间,有良好的稳定性.同时在检测猪群常见病中显示出很好的特异性,并且比RT-nPCR更灵敏,适合于swHEV的检测.     

规模化猪场脐带血猪瘟病原检测及遗传变异分析

为了了解某规模化猪场母猪猪瘟病毒(CSFV)带毒及病原遗传变异情况,应用荧光定量PCR对117份分娩母猪的脐带血进行猪瘟病原检测,对阳性样品进行CSFV E2基因RT-PCR扩增,研究CSFV遗传变异特性。结果表明,该猪场猪瘟病原阳性率为7.69%(9/117),5株CSFVE2基因之间的核苷酸同源性为97.8%~100%,与参考株的同源性为80.0%~97.5%,与C株和HCLV株的同源性分别为95.6%~96.7%、96.4%~97.5%;5株CSFVE2基因推导的氨基酸同源性为97.8%~100%,与参考株之间同源性为83.5%~96.7%,与C株和HCLV株同源性均为95.5%~96.7%。遗传进化树分析表明,5株CSFV E2基因属于1.1亚群,与疫苗株HCLV亲缘性最近;氨基酸变异位点分析表明,5株CSFV E2基因在位于抗原决定区内氨基酸发生较小程度的变异。表明该猪场通过胎盘屏障感染仔猪的猪瘟病毒可能来源疫苗株,这种现象应该引起重视。     

猪瘟病毒感染仔猪接种猪瘟疫苗后抗原的跟踪检测

为了解猪瘟病毒感染仔猪免疫猪瘟疫苗后带毒情况,并比较实验室几种猪瘟抗原检测方法的适用性,采用(CSFV)RT-nPCR、猪瘟兔化弱毒疫苗荧光定量RT-PCR(HCLV-FQ-PCR)和CSFV实时荧光定量RT-PCR(CSFV-FQ-PCR)3种检测方法对田间感染CSFV仔猪疫苗免疫前后带毒情况进行定期跟踪检测.结果显示:本实验室建立的CSFV-FQ-PCR灵敏度高于CSFV-RT-nPCR;猪瘟疫苗免疫48 d后,采用HCLV-FQ-PCR方法检测不到血液中的HCLV;猪瘟病毒感染猪免疫疫苗后仍存在持续带毒现象,因此对猪瘟病毒感染猪必须彻底淘汰.     

猪源多重耐药大肠杆菌中整合子的检测

为了解猪源多重耐药大肠杆菌中整合子的流行状况和分子特性,分析整合子在细菌多重耐药中的作用,采用PCR方法检测75株多重耐药大肠杆菌中整合酶基因和整合子基因盒。结果显示,猪源大肠杆菌Ⅰ型整合子流行普遍,75株猪源大肠杆菌中检出Ⅰ类整合子56株,检出率为74.7%;检出Ⅱ类整合子4株,检出率5.3%;未检出Ⅲ类整合子。共检出5种Ⅰ型整合子,各种Ⅰ型整合子整合不同种类、不同数目的耐药基因盒。这表明Ⅰ型整合子对细菌多重抗药性的产生和传播起着重要作用,整合子是介导细菌多重耐药性的重要分子机制。