高粱生长素反应因子(ARF)基因的全基因组分析与进化研究

生长素在植物发育中的各个阶段都起着重要作用,而生长素反应因子(auxin response factors,ARF)特异性的调节生长素反应基因的表达,是植物细胞中重要的一类转录因子家族.在拟南芥、玉米、水稻等模式作物中先后克隆了一些ARF基因,但是高粱作为一种重要的经济作物,这方面的研究未见报道.随着高粱全基因组序列的公布,利用基因组序列分析ARF基因的数目、结构、进化具有重要的意义.利用公布的高粱全基因组数据,利用DNATOOLS、BLAST、MEGA4.0以及Genomepixelizer等生物信息学软件对高粱(Sorghum bicolor)生长素反应因子ARF基因的数量、物理位置、系统进化树、氨基酸序列及保守基序(motif)的保守性等进行分析. 结果表明, 在高粱全基因组中共有26个ARF基因,26个ARF基因根据其进化关系分为A、B、C 3类; 通过对全基因组内ARF基因进行物理位置和基因家族分析,发现高粱基因组中ARF基因存在明显的基因复制现象, 基因的复制对高粱基因组中ARF基因数量扩张起到了重要的作用.     

基因组测序技术及其应用研究进展

基因组测序技术从第1代Sanger测序经第2代高通量测序已发展到第3代单分子测序,第2代高通量测序技术是当前基因组测序中最主要的分析技术。对高通量测序技术在全基因组de novo测序、全基因组重测序、简化基因组测序、宏基因组测序分析和表观基因组学研究等领域的应用原理、步骤及现状进行综述,以为基因组测序技术的应用提参考。     

马铃薯基因组序列框架图公布将使育种过程缩短到5年左右

2009年9月23日,由14国科学家组成的“国际马铃薯基因组测序协作组”同时在北京、阿姆斯特丹、伦敦、纽约、利马等地公布了马铃薯基因组序列框架图。     

美科学家测序得出玉米基因组草图

美国科学家2月28日在华盛顿宣布,他们成功测序得出了玉米基因组的草图,这是人类成功测序的第2种农作物基因组,第1种被测序的农作物是水稻。测序项目负责人——圣路易斯华盛顿大学基因组测序中心主任理查德.威尔逊当天在玉米遗传学会议第50次年会上公布了玉米基因组草图。玉米基因组测序项目始于2005年,美国全国科学基金会、农业部、能源部为这个项目提供了2950万美元的经费。     

我国首次研究完成大熊猫基因组精细图

<正>由深圳华大基因研究院领衔,中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心共同参与的大熊猫基因组测序研究项目近日正式完成,并绘制出大熊猫基因组精细图。这是我国科学家第一次全面系统地对大熊猫基因组进行测序研究。     

马铃薯基因组序列框架图公布将使育种过程缩短到5年左右

<正>9月23日,由14国科学家组成的"国际马铃薯基因组测序协作组"同时在北京、阿姆斯特丹、伦敦、纽约、利马等地公布了马铃薯基因组序列框架图。     

美国新型降糖食品问世

美国科学家2008年2月28日在华盛顿宣布,他们成功测序得出了玉米基因组的草图,这是人类成功测序的第二种农作物基因组,第一种被测序的农作物是水稻.有了这份草图,科学家们就可以按图索骥,破解玉米的各种遗传信息,玉米品种改良有望驶入一条快车道.     

作物多倍体基因组不对称进化规律研究获得突破

由我国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得了阶段性重大成果,项目组完成了甘蓝基因组测序和分析,并在此基础上与其他近缘种植物基因组比较,发现了作物种间和种内基因组呈现多层次的不对称的进化规律。该研究目前在线发表在国际权威学术期刊《Naturecommunications》。     

种菜成为农民增收亮点

11月2日，记者从中国农业科学院举行的新闻发布会上获悉，由我国科学家发起和主导的国际黄瓜基因组计划研究取得重大突破，通过采用新一代测序技术，自主开发了一套全新序列拼接软件，成功的以较低成本绘制出了黄瓜基因组精细图，并于11月1日在《自然遗传学》（Nature Genetics）杂志上发表了世界第一个蔬菜作物基因组测序和分析的重要论文。     

我国科学家绘制出毛白杨基因组序列框架图

近日,我国林木基因组学研究取得突破。北京林业大学的科学家们选用百年古树作为测序的样本,利用最新的全基因组鸟枪法测序和拼接策略,绘制完成了毛白杨的基因组序列图谱,标志着毛白杨分子育种进入基因组时代。     

玉米基因组测序工作完成

作为人类最重要的农作物之一,玉米在世界上很多国家被广为种植。长期以来,它都是人类维持生存的基本食物和主要的动物饲料原料。 美国科学家在“玉米遗传学会议”第50次年会上公布了玉米基因组草图。这是人类成功测序的第二种农作物基因组。有了这份草图,科学家们就可以按图索骥,破解玉米的各种遗传信息,玉米品种改良有望驶入一条快车道。     

科学家加大对水稻品种的测序力度

国际水稻研究所(IRRI)启动了一项雄心勃勃的合作计划,从而在两年时间里对1万种水稻品种的基因组进行测序,这可能有助于培育更健壮、生长更快速或者产量比以前更高的新品种。这个项目是在2004年国际水稻基因组测序项目的来自10个国家的科学家首次对日     

国外高粱食品及品质评价简介

Vogel和Graham(1979)评述了世界各地的高粱食品。他们与非洲、亚洲和拉丁美洲的科学家通讯交流及现场观察,记录了高粱食品的利用,加工方法。高粱食品的名字很多,大体可规纳为8种基本形式。     

牦牛基因组和转录组研究进展

为了解牦牛基因组和转录组研究现状,以"牦牛、基因组、转录组和高通量测序"为关键词,对2012—2018年的研究进展进行文献检索。研究发现:在牦牛基因组研究方面,已有研究对牦牛基因组进行了首次测序和重测序分析,构建了基因组"草图"和变异图谱,比较了家、野牦牛及与其他物种间全基因组水平上的异同,阐释了牦牛高原适应的遗传学机制,探究了牦牛的驯化和群体历史发展动态,初步揭示了牦牛与普通牛种间杂交渐渗状况,并对部分性状(如角、多肋性状)进行了全基因组关联分析和遗传机理揭示;在牦牛转录组研究方面,已有研究对牦牛睾丸、卵巢、心脏等多个组织器官及不同发育阶段的卵母细胞和胚胎细胞进行了转录组分析,发掘出一批潜在的与牦牛经济性状及一些生物学变化相关的差异表达基因。为推动牦牛分子育种进程,应进一步利用高通量测序技术获得牦牛大数据,继续完善牦牛全基因组结构。     

“焦单6号”玉米667米2产突破900千克

以中国为首、14国科学家组成的“国际马铃薯基因组测序协作组”，宣布马铃薯基因组序列框架图完成。这标志着人类将能够以马铃薯基因组序列为工具，把马铃薯新品种育种的速度从10～12年缩短到5年，并迅速提高其产量、品质和抗病性。     

我国科学家完成花生全基因组测序

最近,由我国科学家牵头组织的花生二倍体野生种全基因组测序在河南省郑州市宣布完成,这在全球尚属首次,标志着我国花生育种走在了世界的前列。     

高粱CBL家族基因的鉴定和初步分析

植物CBL家族基因在逆境响应过程中具有重要功能。本文利用生物信息学的方法,从高粱的基因组中鉴定出8个CBL基因,并对这些基因的染色体分布、序列特征、遗传进化和蛋白基序进行了系统分析。结果表明,高粱的CBL基因分为3个不同的进化类群,它们在基因组中的分布是不均匀的。高粱CBL基因预测编码的蛋白大多含有3个EF一手型结构,而且它们被预测定位在不同的细胞组分中。这些结果说明高粱CBL存在结构上的分化,可能它们的功能有所不同,这为进一步研究高粱CBL基因的功能以及利用它们进行高粱的分子育种改良奠定了基础。     

高粱DNA的提取纯化及抗丝黑穗病基因的初步分析

[目的]为快速选育抗病高粱新品种提供理论依据。[方法]采用CTAB法提取高粱基因组DNA,运用RAPD分子标记技术对高粱的抗丝黑穗病基因进行初步分析。[结果]琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,采用CTAB法提取高粱叶片DNA有较好的提取效果。通过对70个随机引物进行筛选,获得了34个具有多态性扩增谱带的RAPD引物,确定为适宜引物。34个适宜引物共扩增出107条谱带,平均每个引物扩增出3.1条谱带,使高粱基因组呈现出1种多态性。[结论]高粱抗丝黑穗病基因的RAPD扩增谱带集中分布在600～3 000 bp。     

辽宁省农业科学院国家高粱改良中心

正国家高粱改良中心2000年经农业部批准组建,是全国高粱科研、种质资源交换、信息交流、人才培训和对外科技合作的中心。中心在职职工30人,其中国家高粱现代产业技术体系首席科学家1名,岗位科学家1名     

中国科学家公布日本血吸虫“基因天书”——首次通过国内生物信息平台向全世界发布大规模基因组序列数据

我国自主测序的日本血吸虫基因组工作框架图，共计300多万条DNA序列（reads），供全球开展血吸虫病及其他寄生虫病相关研究的机构和科学家共享．这不仅是我国首次对人体寄生虫展开全基因组测序，也是我国生命科学研究机构首次通过国内生物信息平台向全世界发布大规模基因组序列数据．这不仅表明我国的基因组学和生物信息学研究和技术支撑体系已经在国际上占有重要地位，而且也第一次向世界显示我国科学数据共享技术平台已经具有汇交、集成和发布大规模基因组数据的能力和权威，