秦川肉牛FGF2基因多态性与其生长和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川肉牛FGF2基因的多态性及其与肉牛生长和肉质性状的关联性。【方法】选取18~24月龄的健康秦川肉牛384头,测定其生长和肉质性状指标,采集血样,采用DNA技术检测FGF2基因全部外显子中的单核苷酸突变位点,对突变位点进行基因型分型,研究其单核苷酸基因多态性(SNP),并以一般线性模型(GLM)分析该SNP位点与秦川肉牛生长和肉质性状的关联性。【结果】在第1、2外显子上未发现突变位点,在第3外显子上存在4个SNP突变位点:SV1(g.A54740T),SV2(g.A54758C),SV3(g.T56809C)和SV4(g.C59443T)。其中,SV1有AA、AT和TT 3种基因型,SV2有AA、AC和CC 3种基因型,SV3有TT、TC和CC 3种基因型,SV4有CC、CT和TT 3种基因型。相比其野生基因型,SV1位点突变会降低体斜长、体高、腰高、胸深、胸围、腰角宽、尻长和体质量性状(P0.05);SV2、SV3和SV4位点突变会改善这些性状(P0.05);SV1位点突变会降低坐骨端宽性状(P0.05),但SV3和SV4位点突变会改善坐骨端宽性状(P0.05);SV4位点突变会改善背膘厚性状(P0.05);SV2和SV4位点突变会改善眼肌面积性状(P0.05);SV1突变会改善肌间脂肪性状(P0.05)。【结论】FGF2基因对秦川肉牛生长性状和肉质性状有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

优质肉鸡肌苷酸与肌内脂肪含量相关基因聚合效应研究

【目的】探讨多基因聚合在优质肉鸡分子育种中的可行性。【方法】运用PCR-SSCP和测序技术检测ADSL、GARS-AIRS-GART和A-FABP3个基因的优势纯合基因型(CCAAMM)。【结果】研究结果显示,3个基因的优势纯合基因型聚合后代完全也是优势纯合基因型(CCAAMM),在后代个体中优势纯合基因型个体的肌苷酸含量显著高于其他非完全有利聚合基因型个体(P<0.05)。除了CCBBMM型,CCAAMM型的肌内脂肪含量显著高于其他聚合基因型(P<0.05)。【结论】推测CCAAMM聚合基因型可作为大恒优质肉鸡肉质性状有效的候选标记。     

麦洼牦牛SMPX基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】本研究旨在探讨SMPX基因在麦洼牦牛中的遗传多态性,并筛选其SNP位点,分析突变位点不同基因型与其生长性状的相关性,为牦牛优良性状定向选育提供依据。【方法】以89头健康成年的麦洼牦牛为试验材料,采用DNA混合池技术辅以直接测序法筛选候选基因的SNPs,同时利用SPSS 19.0软件对不同基因型与牦牛生长性状进行关联分析。【结果】在麦洼牦牛SMPX基因的3个外显子区域未发现突变位点,在启动子区域共检测到2个SNPs,分别为G532A和C1481G,多态信息含量(PIC)均属中度多态(0.25PIC0.5),且符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析显示,除G532A位点在纯黑麦洼牦牛中GG型个体的体高显著高于AA型个体外(P0.05),其他位点的不同基因型在牦牛生长性状上均无显著性差异。【结论】SMPX基因与牦牛生长发育性状相关,G532A位点可作为影响牦牛生长发育性状的分子标记用于后续育种研究。     

伊犁马DMRT3基因多态性研究

【目的】以103匹伊犁马(速步型)为研究对象,研究伊犁马DMRT3基因多态性与步法性状之间的相关性。【方法】运用PCR-RFLP方法对伊犁马DMRT3基因进行多态性分析。【结果】该基因在伊犁马上存在3种基因型,分别为CC、CA和AA,测序结果显示:DMRT3的碱基突变位置为g.22999655CA,该突变导致氨基酸编码提前终止,经关联分析,该突变对伊犁马速度有显著影响(P0.05)。【结论】伊犁马DMRT3基因突变与速度之间存在关联性,且可能是伊犁马步法性状的重要位点。     

宣和猪PLIN2基因5′-UTR和3′-UTR多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】揭示PLIN2基因对宣和猪生长性状的影响。【方法】以357头宣和猪为试验材料,采用PCR产物直接测序法检测了PLIN2基因的5′-UTR和3′-UTR多态性,分析了各SNP位点不同基因型的生长性状差异。【结果】在5′-UTR检测到2个SNP位点(G158A、T491G)、3′-UTR检出1个SNP位点(G5689A),上述3个SNP位点分别以GG、TT和GG基因型频率最高,G、T和G为优势等位基因;除G158A位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)外,其余2个突变位点均处于平衡状态(P0.05),且杂合度较高、遗传多样性较为丰富。在6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重上,G158A位点的GG型、T491G位点的TT型和G5689A位点的GG型均显著高于同位点其他基因型(P0.01或P0.05);且3个SNP位点不同单倍型组合对生长性状的影响呈现了明显的协同作用,即GTG/GTG组合的6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重最高(P0.01或P0.05)。【结论】研究结果从PLIN2基因多态性角度印证了宣和猪新品种选育工作的有效性,初步证实PLIN2基因与宣和猪生长性状间存在显著关联。     

鸡白细胞介素-1β基因内含子1、2多态与部分免疫性状的相关性分析

【目的】以白细胞介素-1β(Interleukin-1β,IL-1β)基因为候选基因,研究其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),及其与部分免疫性状的关系。【方法】根据红色原鸡IL-1β基因序列设计引物一对,利用PCR-SSCP方法检测了如皋鸡、文昌鸡以及安卡鸡IL-1β基因内含子1、2的SNP,同时检测了56日龄的血清IL-1浓度、异嗜性粒细胞/淋巴细胞(heterophil/lymphocyte,H/L)值、绵羊红细胞(sheep red blood cell,SRBC)抗体滴度、新城疫(newcastle disease,ND)抗体滴度、禽流感(avian influenza,AI)抗体滴度5个免疫性状,并进一步分析了SNP位点与免疫性状的关系。【结果】共检测出6个SNP位点,分别为T107G突变、T130A突变、C143T突变、A208C突变、T241G突变及T274C突变。经关联分析,发现107、208、241及274位点存在显著的基因型效应(P0.05或P0.01),基因型组合对H/L值及ND抗体滴度两个性状上存在显著效应(P0.05)。【结论】241位点突变型个体3个免疫性状均优于野生型,有望在鸡的抗病育种中筛选为新的标记位点。利用基因型组合选择效果优于对单个位点的选择。     

鸭色素合成相关基因TYR外显子1单核苷酸多态性及其与羽色性状相关性分析

【目的】旨在探究鸭羽色群体中TYR外显子1单核苷酸多态性与羽色性状的相关性。【方法】以樱桃谷鸭D系与连城白鸭杂交后代F1自群繁育得到的四个羽色群体为实验样本,对其进行采血提取DNA并记录羽色性状,扩增得到TYR基因外显子1序列,送至测序并分析其SNP位点分布与羽色性状的相关性。【结果】结果表明:鸭TYR基因外显子1长843 bp,编码281个氨基酸,核苷酸序列与鸡相似性为99%,A+T共417个碱基(49.46%),C+G共438个碱基(51.95%)。A+T含量与G+C含量大致相同;比对外显子1序列后发现,存在1个新发现的SNP位点(507 T→C),属无义突变,该位点存在3种基因型(TT CT CC);通过卡方标准检验,表明基因型分布在各个羽色群体中分布差异不显著;得到羽色性状分布与C基因频率(P=0.07)、CC基因型频率的相关系数(P=0.055),可知羽色性状分布与C基因型频率存在一致性,但不显著。【结论】TYR可能并非控制羽色的主效基因,但它和羽色存在相关性。     

家兔XKR4基因遗传多态性及其与生长性能的相关性

【目的】研究家兔XKR4基因的遗传多态性,并分析其与家兔生长速度的相关性。【方法】以新西兰兔(184只)和伊拉兔(193只)为研究材料,取其耳部组织,提取DNA,PCR扩增XKR4基因,采用直接测序法寻找CDS区单核苷酸多态性(SNP)位点,利用HRM技术对突变位点进行分型,并分析其与生长性状的相关性。【结果】在家兔XKR4基因内检测到3个SNP位点(内含子1中的c.804-8CT及外显子3中的c.1668CT和c.1698CT)。针对外显子3中的2个SNP位点,对40个样本直接测序,结果发现仅存在CC和CT 2种基因型,且处于完全连锁状态。对2种兔突变位点的群体遗传参数分析发现其总杂合度为0.287 1,总有效等位基因数为1.402 7,多态性属于中等多态,表明该群体在该位点的遗传变异较高,有较大的选择潜力,可以利用该位点进行与生长性状相关的标记辅助选择。关联性分析发现,CTCT单倍型个体70日龄体质量显著高于CCCC单倍型个体(P0.05),且35到70日龄平均日增重极显著高于CCCC单倍型个体(P0.01)。【结论】XKR4基因可作为影响家兔生长性状的候选基因。     

海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因（IGF2R）遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区（CDS）进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态...     

秦川肉牛FABP3及FABP4基因SNP与肉质性状的关联性

【目的】探索脂肪酸结合蛋白3(Fat acid binding proteins 3,FABP3)及脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因对秦川牛肉用新品系肉用性状的影响,为秦川肉牛的选育提供理论基础。【方法】随机选择18~24月龄健康的秦川肉牛571头,尾静脉采血10mL/头,提取血液DNA,PCR扩增FABP3及FABP4基因,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析SNP位点基因型和单倍型组合对肉牛肉用性状(背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量)的影响。【结果】测序发现,在FABP3基因第3个内含子上检测出1个SNP位点:g.60298CT。在FABP4基因第1个内含子上检测出2个SNP位点:g.2686AT和g.2834CG;在第4外显子上检测出1个SNP位点:g.4220AG。FABP3基因g.60298CT位点不同基因型的肌内脂肪含量差异显著(P0.05),TT基因型显著高于CT和CC基因型。对FABP4基因而言,g.2834CG位点上的CC基因型肉用性状表现较优,其眼肌面积极显著高于GG和CT基因型(P0.01),肌内脂肪含量显著高于GG和CG基因型(P0.05);g.4220AG位点上的TT基因型的肉用性状较优,其背膘厚显著高于CC和CT基因型(P0.05)。H1H1是最优秀的单倍型组合,其眼肌面积和肌内脂肪含量分别极显著高于单倍型组合H3H3和H3H7(P0.01)。【结论】FABP3及FABP4基因与秦川牛肉用新品系肉用性状关联紧密。