利用SSR和SRAP标记分析油菜骨干亲本的遗传多样性

【目的】分析甘蓝型油菜骨干亲本的遗传多样性,揭示参试材料的遗传差异。【方法】利用筛选到的8对SSR引物和12对SRAP引物,对30份甘蓝型油菜骨干亲本材料及1份芥菜型油菜和1份白菜型油菜材料进行遗传多样性分析,结合聚类分析、主成分分析、群体结构分析以及分子方差分析揭示参试材料之间的遗传多样性。【结果】在参试材料中,8对SSR引物共扩增出49条多态性条带,多态性比率为96.08%,平均每对引物扩增6.1条,平均多态性信息含量(PIC)为0.43,遗传距离均值0.34;12对SRAP引物共扩增出77条多态性条带,多态性比率为98.72%,平均每对引物扩增6.4条,PIC为0.59,遗传距离均值0.46。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.65处,大部分参试材料被分为两大类,第Ⅰ类包括19份材料,其中14份为恢复系,5份为保持系;第Ⅱ类包括9份材料,均为保持系。主成分分析、群体结构分析的结果与聚类分析结果基本一致。分子方差分析结果显示,参试甘蓝型油菜群体内变异系数为95.46%,群体间变异系数仅为4.54%。保持系与恢复系材料间差异为2.03%。【结论】参试甘蓝型油菜骨干亲本间存在一定的遗传差异,恢复系和保持系群体内部遗传变异大于群体间的遗传变异。     

39份油菜品种的SRAP遗传多样性分析

为从分子水平上了解油菜的遗传性,采用SRAP标记,对39份2010—2011年度参加国家区试的油菜品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:13对SRAP引物共扩增出314条带,其中,68条带具有多态性,多态率为21.7%,平均每对引物组合的谱带数和多态性带数为24.2条和5.2条。通过UPMGA法进行聚类分析显示,在相似系数0.670处供试材料可被分为(A,B,C,D,E,F)6个簇,其中,A簇包括11份材料,B簇15份材料,C簇6份材料,D簇4份材料,E簇2份材料,F簇1份材料。同一地区或同一育种单位的材料除少数表现出亲缘关系较近外,其余均表现出更丰富的多态性。来自于湖北的10个材料分属于A、B1、B2、D、E、F共6个簇;来自四川的7个材料分属于A、B、C共3个簇。各育种单位的育种材料遗传多样性较之前有所增加。     

基于SSR和SRAP标记苦瓜种质遗传多样性分析

种质资源遗传多样性是苦瓜遗传改良的材料基础。用SSR、SRAP标记对46份苦瓜种质遗传多样性进行分析及评价,结果表明,从26对SSR和196对SRAP引物中分别筛选获得14和33对多态性引物,并分别扩增出70和637条谱带,其中多态性条带分别为60和90个。利用软件进行聚类分析,46份供试苦瓜种质的遗传相似系数在0.61~0.88之间,取阈值0.656可将46份苦瓜分为4大类群。依据供试材料的亲缘关系,可以为亲本选配和杂种优势利用提供理论基础。     

用SRAP标记分析中国甘蓝型油菜品种的遗传多样性和遗传基础

 【目的】探讨中国甘蓝型油菜遗传多样性和遗传基础。【方法】采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）标记对建国以来不同时期选育的130个品种进行分析。【结果】25个SRAP引物组合共扩增到509个谱带、123个多态性带；多态性带的比例为24%。每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为20.4个和4.9个。在遗传距离为0.12处，将130个甘蓝型油菜品种（系）分为A、B、C、D 4个类群，其中78.5%的品种归入C类。C类又可在遗传距离0.10处分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5个亚群，又有58.5%的品种归入Ⅲ亚群。说明我国近60%的甘蓝型油菜品种遗传多样性较匮乏。遗传基础分析结果表明，20世纪80年代前育成的甘蓝型油菜品种的遗传基础最窄，80年代最宽，90年代略有下降。进入21世纪，品种间的遗传基础进一步下降。差异显著性测验结果表明，1991~2000年间与2000年以后育成的品种间的平均遗传距离差异不显著，80年代前育成品种与80年代育成的品种平均遗传距离间差异达到0.01显著水平，80年代与90年代育成的品种间遗传距离差异达到0.05的显著水平。我国育成的品种间的遗传距离与引进品种间的遗传距离差异达到0.01的极显著水平。【结论】SRAP标记是一种经济、有效和可靠的分子标记手段。     

中国主要苎麻品种遗传多样性的SSR标记分析

从76对SSR引物中筛选出29对多态引物,对我国9个主要苎麻品种进行了遗传多样性研究。结果表明:共检测到152个位点,其中多态性位点为127,占总扩增位点的83.55%,每对引物检测到2～11个位点,平均为4.38个,片段大小介于100～600bp;Popgene分析显示Nei基因多样性为0.337 1,Shannon信息指数为0.507 1;聚类分析结果显示9个苎麻品种的遗传相似系数为0.58～0.78,在遗传相似系数为0.62处可将全部材料分为A、B、C三大类,聚类分析结果与系谱来源有较好的一致性。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

苦荞地方品种SRAP标记遗传多样性分析

利用从120对SRAP标记中筛选出的多态性丰富的23对引物组合,分析主要来源于湖北鄂西南地区的28份苦荞麦农家品种的遗传多样性。聚类分析结果表明,28份苦荞麦品系分属两大不同的类群,第一大类包括3个不同的亚类;第二大类包括两个亚类。主成分分析结果显示,两大类群间存在相互渗透的情况,说明材料间存在一定的亲缘关系和种质渗透。经综合比较分析,推断湖北省鄂西南地区是我国苦荞麦的一个生态分布中心。     

不同生态类型甘蓝型油菜的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了35个甘蓝型油菜(17个春性品种(系)和15个半冬性品种(系)以及3个春性品系与半冬性品系杂交选育出来的品系)的遗传多样性及其亲缘关系。研究结果表明:①30对SSR标记共扩增出90个多态性片段,其中多态性位点占总扩增位点的92.8%,平均每对引物检测等位基因3个,片段大小介于100~1 000 bp间。②利用由非加权类平均法(UPGMA)聚类分析表明,在遗传相似系数0.698处将35份材料分为5类,第I类包括17个材料,这17个材料除22号YYC-2为半冬性外,其余的均为春性材料;第Ⅱ类包括12个材料,其中18、19、20为春性和半冬性品系杂交选育出来的品系,其他的均为半冬性材料;第Ⅲ类包括3个半冬性材料,分别为华双3号、浙油758和华双2号;第IV类包括一个春性材料Wester;第V类包括两个半冬性材料中双9号和中双10号。从上述聚类结果看出总体上春性和春性材料聚在一起,半冬性和半冬性材料聚在一起,表明春性和半冬性品种(系)的遗传差异比较大。     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

水稻育成品种遗传基础的宽窄及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素。为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择,选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的18个粳稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,选取的30对SSR引物有28对具有多态性,多态性位点百分率为93%。这些多态性引物在18个材料中共扩增出144条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均5.14/位点。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将18份材料分为4个类群,同一生态型的稻种基本聚为一类,部分不同生态型的稻种聚在一起,说明这几个品种之间有了一定的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。育种亲本的选择不能单单考虑生态型。     

基于SSR和SRAP标记的红花玉兰品种遗传关系分析及分子鉴定

目的为了解析红花玉兰各品种间的遗传多样性和遗传差异等问题,本研究采用SSR和SRAP分子标记方法对红花玉兰不同品种的遗传多样性水平和遗传分化程度进行评估,以建立其分子标记体系。方法以35个红花玉兰品种为实验材料,分别进行SSR和SRAP标记扩增,计算出SSR和SRAP分子标记的各遗传参数。利用NTSYS-pc2.1软件计算各品种间的遗传相似系数并用非加权法（UPGMA）进行聚类分析。通过R语言分析筛选出能够完全区分红花玉兰品种的引物对组合。结果经筛选共获得18对具有多态性且条带清晰的SSR引物,分别以35个红花玉兰品种基因组DNA为模板,共扩增出DNA条带128条,每对引物扩增条带在2 ~ 15之间,平均每对引物扩增7.1条,平均带型数为10.6,平均有效带型数为5.4,平均分辨能力（D）为0.72;不同引物的多态性位点百分比变化范围很大,在0.142 9 ~ 1.000 0之间,均值为0.730 2;Shannon’s指数平均为0.304 2,范围是0.086 4 ~ 0.433 7;平均期望杂合度为0.248 8,范围是0.059 2 ~ 0.282 3。利用筛选获得的11对SRAP引物对35个红花玉兰品种进行鉴定,共扩增156条DNA条带,引物扩增条带数在7 ~ 18之间,平均每对引物扩增14.2条,平均带型数为22.7,平均有效带型数为13.2,平均分辨能力（D）为0.93;11对引物的多态性位点百分比平均数为0.815 6,变异范围是0.657 1 ~ 1.000 0;平均Shannon’s指数为0.375 9,变异区间在0.287 2 ~ 0.455 3;平均期望杂合度为0.240 4,范围在0.180 2 ~ 0.311 6之间。结论红花玉兰具有较高的遗传多样性,经筛选和优化后的SSR和SRAP引物组合均能将现有红花玉兰品种完全区分开,实现了对红花玉兰品种的简便、快速、准确地鉴定,并为红花玉兰的保护和繁育,以及新品种的选育提供了重要的参考。      

黄籽甘蓝型油菜核心种质的 SSR 标记分析

核心种质筛选是植物遗传资源研究和利用的便捷途径,利于种质资源杂种优势利用。遗传多样性分析有利于最优亲本组合的鉴定,以期能够产生遗传变异最大的后代群体和促进不同资源的有利基因渗透到栽培品种。该研究通过表型数据分析表明,初选核心种质能够有效地代表参试群体的遗传多样性,利用20对 SSR 标记对20份黄籽甘蓝型油菜的核心种质进行了遗传多样性分析,共检测出128个等位基因,每对引物在不同材料之间的等位基因数在4～11之间,平均位点为6?40个,多态信息量 PIC 值在0?81～0?92之间,通过 UPGMA 法,核心种质的遗传相似系数介于0?17～0?61之间,说明黄籽甘蓝型油菜核心种质具有较丰富的遗传多样性。该研究为甘蓝型黄籽油菜基因资源的挖掘和黄籽杂交育种的利用提供了理论基础。     

甘蓝型油菜DH系的SSR遗传多样性研究

由甘蓝型油菜杂交组合青油14号×四达和北山繁×46号的F1植株通过小孢子培养所获得的DH(doubled haploid)群体中,各随机选择31个DH系,分别编号为:1～31,32～62,采用SSR标记对其进行遗传多样性分析.30对SSR引物分别扩增出82、80个多态性片段,其中多态性位点各占总扩增位点的75.2%和74.1%,片段大小介于120～900 bp间.每对引物在不同DH系间的等位基因数在2～9间,平均位点为3.63个.1～31 DH系PIC(位点多态性信息含量)变幅为0.06～0.85,平均为0.60;32～62 DH系PIC变幅为0.06～0.86,平均为0.56.遗传距离分布频数分析表明,两个组合DH系之间的遗传距离分布在>1.0范围内的频数都超过了30%(分别为37%和34.4%).对SSR扩增结果进行UPGMA分析,在0.66处可将62个DH系聚为四大类.以上结果表明,通过小孢子培养获得的DH系遗传多样性比较丰富,且不同组合的DH系基因型多样性不同.     

芦笋种质资源的SRAP遗传多样性分析

为了更深入地揭示芦笋品种（系）的遗传多样性,本研究采用SRAP技术对国内外12 个芦笋栽培种和杂交种的遗传多态性进行分析。结果表明,从170 对引物中筛选出29 对多态性强、条带清晰的引物,每对引物产生12~36 条谱带,共产生551 条谱带,其中多态性条带343 条,占总带数的61.21%。平均每个引物扩增的DNA带数是20.41 条,多态性带数是12.7 条。采用NTSYSpc2.1 软件对SRAP扩增结果进行聚类分析,12 份芦笋材料的相似系数在0.39~0.97 之间,平均相似系数为0.69。在Coefficient=0.69处划等值线,可将12份芦笋材料划分为4类。第一类：‘鲁芦笋一号’、‘88-5’、‘格兰德’、‘07-1’和‘06-6’。第二类：‘阿波罗’、‘泽西巨人’和‘阿特拉斯’。第三类：‘西班牙达玛斯’。第四类：‘荷兰全雄’、‘UC800’和‘西德全雄’。     

野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样性

【目的】为指导种质资源的引进和利用及选育优质狗牙根新品种提供科学依据。【方法】采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对52份野生狗牙根材料进行遗传多样性分析。【结果】①利用4个表型差异显著的野生狗牙根对SRAP的150对引物组合及SSR的200对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合各18对,SRAP和SSR扩增总条带分别为236和346条,多态性条带206和255条,平均每对引物扩增出多态性条带各11.4和14.17条,多态性位点百分率分别为87.29%和73.70%;②两种标记结合进行聚类分析,当GS=0.68时,可将所有供试材料分成5个组群;当GS=0.78时,可将第V个组群分成6个小组,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;③基于聚类分析,可将供试材料分为8个生态地理类群,据各类群间的Nei氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值表明,生态地理环境相似的地理类群遗传距离较小;④SRAP和SSR标记之间具有显著的相关性,且相关性较高。【结论】野生狗牙根有丰富的遗传多样性,其聚类和生态地理环境有一定的相关性。     

基于SRAP分子标记的马铃薯品种遗传多样性分析

[目的]研究10个马铃薯品种之间的遗传差异性,了解其亲缘关系.[方法]利用SRAP分子标记技术,共计56对引物组合,对10份马铃薯的DNA进行遗传多样性分析,共筛选出10对背景干净、条带清晰、扩增条带丰富、重复性好的SRAP引物组合进行PCR扩增.[结果]扩增出的96条条带中多态性条带有36条,占比为37.50％.以阈值0.758作为标准,可将马铃薯分为四大类:地泰高原红土豆、云南乌洋芋、威芋3号、云斯特和转心乌;威芋7号和黔芋7号;云南七彩土豆;黑金刚和黑美人.[结论]选用SRAP分子标记技术能较好地区分供试品种之间的亲缘关系,且品种之间的遗传差异性较大,SRAP分子标记技术有助于马铃薯遗传资源的进一步挖掘和利用,对下一步马铃薯改良杂交材料的组配利用和新品种选育具有指导意义.     

SCOT标记分析抗菌核病油菜资源的遗传多样性

【目的】探索SCOT标记在油菜遗传多样性研究中的应用。【方法】以8份具有代表性的甘蓝型油菜品种(系),对130个SCOT引物进行筛选。综合考虑多态性的大小,条带的清晰度,筛选出40个SCOT引物作为核心引物,对43份在田间接种鉴定表现抗菌核病的油菜材料进行遗传多样性分析。【结果】SCOT标记共检测到372个位点,每个引物可以检测到5~12个多态性位点,多态性信息含量值(PIC)介于0.25~0.99,平均值为0.65。供试材料的遗传相似系数集中在0.60~0.88之间。遗传相似度较高,亲缘关系较近。【结论】SCOT标记可以用于油菜遗传多样性的研究。     

甘蓝型油菜种质资源遗传多样性的RAPD分析

为了研究甘蓝型油菜种质资源的多态性,对来自我国19个省市和国外8个油菜主产国的104份不同类型、不同性状的甘蓝型油菜种质资源进行了RAPD分析,在300条随机引物中筛选出条带清晰、多态性丰富、表现稳定的引物40条,在此基础上共扩增出DNA片段288条,其中具多态性的252条,多态率87.5%,每引物平均多态位点6.3个.采用非加权类平均法(UPGMA)对统计数据进行聚类分析,当遗传距离为0.3时,可将104份材料分为8大类,其中最大遗传距离0.6467,最小0.0729,表明来自不同国家、地区的各类种质资源间具有丰富的遗传多样性,聚类结果与材料的来源具有高度的相关性和对应性.研究结果表明目前甘蓝型油菜育种资源间材料的遗传关系已明显的表现出遗传多样、基因融合、区域弱化的复杂状态.     

茄子种质资源SRAP、SSR遗传多样性研究

利用SRAP和SSR技术对42份茄子材料进行了分子鉴定,开展了SRAP和SSR标记分析,12对SRAP引物获得244条特征带,13对SSR引物获得62对特征带,共计306条特征带。聚类结果显示:茄子的遗传多样性丰富,聚类结果与果实性状存在一定的相关性,但整个聚类图呈现茄子基因互相渗透现象,单基因特性和茄子的表型不能完全对应,说明茄子资源在常年自然选择过程中基因聚合发挥作用比较普遍。     

基于SSR标记的水稻光温敏不育系遗传多样性分析

采用SSR分子标记对17个水稻光温敏不育系进行遗传多样性分析。结果表明,在水稻基因组中较均匀分布的168个SSR位点中91个SSR位点具有多态性,多态性频率为54.17%。91个SSR标记共检测出229个等位基因,每个SSR位点检测到2⁴个,平均2.517个等位基因,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.412。根据17份光温敏不育系的遗传相似系数矩阵作出树状图,聚类分析结果表明17个不育系遗传相似系数变幅为0.594个,平均2.517个等位基因,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.412。根据17份光温敏不育系的遗传相似系数矩阵作出树状图,聚类分析结果表明17个不育系遗传相似系数变幅为0.59⁰.93;以遗传相似系数0.61为阀值,可将供试不育系分为4个群,聚类分析结果与亲缘系谱分析结果基本吻合。