优质肉鸡繁殖性能相关基因聚合效应的研究

为研究优质肉鸡M系NPY、NCOA-1、IGF-1和GDF-9基因聚合与繁殖性能的关联性分子标记,进一步提升多基因聚合技术在优质肉鸡分子育种中的应用普及率,试验采用SNP分型检测和x2检验等生物统计方法分析了NPY、NCOA-1、IGF-1和GDF-9基因多态性及优质肉鸡多基因聚合后混合基因型与繁殖性能的关联性。结果表明,优质肉鸡M系4个基因均有多种基因型,其中NPY、IGF-1和GDF-9基因SNP位点所在受试群体达到Hardy-Weinberg平衡,NCOA-1基因所在受试群体未达到Hardy-Weinberg平衡。Aa BBCCGg基因型在开产日龄上显著低于其他基因型(P0.05),在开产体重上显著高于AABBCCGg(P0.05),在300日龄合格种蛋率上显著高于其他基因型(P0.05);AABBCCGg在开产蛋重、300日龄蛋重上显著低于其他基因型(P0.05),而aa BBCCGg在300日龄产蛋量上优势显著(P0.05)。聚合基因型Aa BBCCGg基因型在开产日龄、开产体重和300日龄合格种蛋率上显著优于其他基因型(P0.05),AABBCCGg在开产蛋重、300日龄蛋重上显著低于其他基因型(P0.05),而aa BBCCGg在300日龄产蛋量上优势显著(P0.05)。综合比较得出Aa BBCCGg聚合基因型为最有利聚合基因型,可作为有效改良优质肉鸡繁殖性能的候选标记。     

‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2变异对胸肌常规肌肉品质的影响

【目的】探研肉鸡IL8RB基因变异对肉质性状的遗传效应.【方法】采用PCR产物直接测序和结合序列比对软件筛查鉴定IL8RB基因外显子2遗传变异,分析其与‘黔画乌鸡’肉质性状的相关性.【结果】在‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2中发现4个中度多态的同义突变位点g.22589317 C>T、g.22589423 C>T、g.22589485 C>T和g.22589476 T>C,4个SNP位点均产生3种基因型,基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡;g.22589317 C>T位点对嫩度的影响达到显著水平(P<0.05),基因型TT个体的嫩度值显著高于基因型CC个体(P<0.05);g.22589423 C>T和g.22589476 T>C位点均对粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),g.22589423 C>T位点的基因型TT个体显著高于基因型CT个体(P<0.05),g.22589476 T>C位点的基因型CC个体显著高于基因型CT和TT个体(P<0.05).【结论】综合各基因型各指标之间的差异,揭示g.22589317C>T位点的CC基因型、g.22589423 C>T位点的TT基因型和g.22589476 T>C位点的CC基因型是改善肉质的有利基因型,可能作为提高肉鸡肌肉品质的分子遗传标记.     

鸡肌内脂肪性状候选基因的聚合效应及初步验证

 【目的】旨在探讨影响鸡脂肪性状重要候选基因A-FABP、Ex-FABP的聚合效应,并对其进行初步验证,为进一步开发利用脂肪性状的有效分子标记提供依据。【方法】运用PCR-SSCP技术分别检测如皋鸡A-FABP、Ex-FABP基因所有外显子区域的单核苷酸多态性（SNPs）,分析单基因型和聚合基因型与12周龄胸肌脂肪含量之间的关系;同时,采用荧光定量PCR技术检测后代分离群体单基因型和聚合基因型的发育性表达规律,进行聚合基因型遗传效应的初步验证。【结果】如皋鸡A-FABP的外显子3、Ex-FABP基因外显子4区域中存在A/G突变,共出现3种基因型;AA型(A-FABP)、BB（Ex-FABP）型个体的肌内脂肪含量显著高于其它基因型（P＜0.05）,为有利基因型,两者聚合的AABB型个体同样为最佳基因型。经后代分离群体Q-PCR证实,单基因表达和聚合基因型的表达均不存在性别效应,在胸肌组织中,两候选基因在4周龄时表达量最高,8周龄下降,至12周龄缓慢上升。在聚合基因型个体中,均以AABB型表达水平最高,ABAB型表达量较低。【结论】A-FABP、Ex-FABP两个基因存在聚合效应;其中,AABB型与胸肌组织中高肌内脂肪含量具有紧密关联性。A-FABP、EX-FABP两基因及其聚合基因型可作为如皋鸡肌内脂肪性状有效的候选标记。     

内蒙古白绒山羊GHR和GDF9基因多态性及其与生产性状的相关性分析

【目的】探究生长激素受体(GHR)和生长分化因子9(GDF9)基因多态性与内蒙古白绒山羊生产性状的相关性。【方法】采集452只阿拉善品系内蒙古白绒山羊雌性个体(其中包括382只18月龄左右的育成羊和70只36月龄左右的成年羊)的耳组织并测定其体质量和体尺数据。提取试验羊耳组织的DNA,通过InDel分型和琼脂糖凝胶电泳技术鉴定出452只内蒙古白绒山羊GHR和GDF9基因的多态性,利用SPSS 23.0分析软件探讨其与生产性状的相关性。【结果】在内蒙古白绒山羊GHR基因第1内含子中检测到9-bp插入缺失标记(InDel)位点(NC_022312:g.42801_42809delCTGTGGCAT),该位点属于低度多态(PIC0.25)且处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05);在GDF9基因3′调控区检测到12-bp InDel位点(NC_022299.1:g.66028950insTACTTTCAACAA),该位点属于中度多态(0.25PIC0.50)且处于哈代-温伯格非平衡状态(P0.05),2个InDel位点均存在纯合插入型、杂合型和纯合缺失型3种基因型。在育成羊中,GHR基因第1内含子中9-bp InDel位点纯合插入基因型个体体质量、体长、胸围和胸宽均值显著大于杂合基因型个体(P0.05);在成年羊中该位点两种基因型间各生长指标差异不显著(P0.05)。在育成羊中,GDF9基因3′调控区12-bp InDel位点杂合基因型和纯合缺失基因型个体体质量、体高和胸围均值极显著大于纯合插入基因型(P0.01);在成年羊中,GDF9基因该InDel位点纯合插入基因型个体体质量、胸围和管围均值显著大于纯合缺失基因型(P0.05)。【结论】GDF9基因3′调控区12-bp InDel位点和GHR基因第1内含子中9-bp InDel位点多态性与内蒙古白绒山羊体质量和部分生长性状具有显著或极显著的相关性。     

美系獭兔和伊拉肉兔FABP4基因多态性及其与肌肉脂肪酸含量的相关性

【目的】探寻影响兔肉中脂肪酸性状的优势基因型。【方法】利用PCR-RFLP技术检测60只美系獭兔、51只伊拉肉兔FABP4基因的单核苷酸多态性,分析其与兔肉中脂肪酸含量的相关性。【结果】2个兔品种在intron1中存在C/T突变,该突变位点能被TaiⅠ限制性酶识别,且经酶切后发现,2个兔群体中存在CC、CT和TT 3种基因型。美系獭兔的3种基因型频率分别为0.083,0.467和0.450,等位基因C和T的基因频率分别为0.683和0.317;伊拉肉兔的3种基因型频率分别为0.137,0.549和0.314,等位基因C和T的基因频率分别为0.588和0.412。关联分析结果表明,在美系獭兔群体中,CC型个体肌肉组织中的脂肪酸C14:0含量和脂肪酸C18:1,n-9含量显著高于CT和TT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;TT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。在伊拉肉兔群体中,CC基因型个体肌肉组织中的C18:1,n-9含量显著高于CT和TT基因型个体(P<0.05);CC型个体脂肪酸C18:2,n-6含量显著高于CT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;CT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。【结论】FABP4基因可作为美系獭兔和伊拉肉兔脂肪酸性状选育的候选基因。     

鲁西牛ANGPTL6基因的3个多态位点与其生长性状的关联性分析

【目的】揭示鲁西牛ANGPTL6 (angiopoietin-like protein 6)基因的遗传变异特征,发现与鲁西牛生长性状显著相关的候选分子标记,为鲁西牛分子育种积累基础资料。【方法】以183头鲁西牛血样为材料,运用DNA池测序和PCR-RFLP等技术检测ANGPTL6基因的序列变异。【结果】检测到鲁西牛ANGPTL6基因内含子中3个新的SNPs。χ2检验表明这3个多态位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。遗传变异特征分析显示,T2359C 和 G3258T位点属于中度多态性,C2403A位点属于低度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,鲁西牛ANGPTL6基因3个多态位点之间为弱连锁,单倍型TCG（野生型）属于优势单倍型（频率为44.3%）。方差分析表明,单个的SNP和不同SNPs之间的组合均与鲁西牛生长性状有着显著或极显著的关联,杂合型个体的生长性状指标均高于纯合型个体。【结论】鲁西牛ANGPTL6基因的3个SNPs与其生长性状显著相关,并且杂合基因型个体明显优于纯合基因型个体,此结果可以应用于鲁西牛的分子育种实践。     

牦牛DGAT1基因多态性及其与乳质性状关联分析

【目的】检测牦牛DGAT1基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛及野血牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区突变,分析基因突变对乳品质性状的影响。【结果】牦牛DGAT1基因intron5-exon7区发现c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,等位基因M、基因型MM频率最高为优势等位基因和基因型,各类群牦牛PIC0.5属中度或低度多态;intron15-exon17区检测到c.1249-23CT和c.1336CT的突变,其中exon17发现的c.1336CT突变导致编码氨基酸p.Arg447Cys转变,等位基因A频率最高为优势等位基因,甘南牦牛、天祝白牦牛和青海牦牛中基因型AA为优势基因型,野血牦牛基因型AB为优势基因型,各类群牦牛0.25PIC0.5属中度多态;两区域3处突变位点构建出6种单倍型和11种单倍型组合,突变位点间存在连锁关系且接近于连锁平衡。关联分析表明,甘南牦牛intron5-exon7区基因型与乳质性状无显著相关;intron15-exon17区基因型BB个体乳品质性状最低,且乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量中显著低于其他基因型个体(P0.05);携带等位基因A的个体乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量及无脂固体含量显著高于未携带者(P0.05),携带等位基因C的个体乳脂率也显著高于未携带者(P0.05),而携带等位基因B的个体乳脂率、总固体物质含量显著低于未携带者(P0.05);单倍型组合H1H3个体的乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量和无脂固体物质含量均较高,且乳脂率及总固体物质含量显著高于其他单倍型组合(P0.05),而H2H2单倍型组合个体则较低,除乳糖率以外的其他乳品质性状均显著低于其他7种单倍型组合(P0.05)。【结论】牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区为低度和中度多态,intron6存在c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,intron15和exon17分别检测到c.1249-23CT突变和c.1336CT的非同义突变。intron15-exon17区突变影响甘南牦牛乳品质性状,选留携带等位基因A的个体和淘汰携带等位基因B的个体、或选留H1H3单倍型组合及淘汰H2H2单倍型组合个体,均可显著改善后代群体的乳品质。     

肌苷酸合成酶系2个基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的遗传效应

采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区多态性,分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联.结果表明,ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区的多态位点C3484T、C-179T与IMP含量显著相关(P0.05),TT为2种有利单基因型,其对IMP含量的加性效应分别为0.108和0.067 mg.g-1,显性效应分别为-0.065和-0.136 mg.g-1.2种有利单基因型聚合个体TTTT的IMP含量显著高于其他基因型聚合个体(除TTCC型),且在聚合基因型中2种有利单基因型TT对IMP含量的影响均达到显著水平(P0.05),但两者间的互作效应并不显著(P0.05).     

中国荷斯坦牛CXCR1基因遗传多态性与体细胞评分的关联分析

【目的】研究中国荷斯坦奶牛CXCR1基因的多态性及其与体细胞评分(Somaticcellscore,SCS)的关系,寻找与中国荷斯坦牛SCS相关的分子遗传标记,加快抗病育种进程。【方法】采用PCR-SSCP技术对来自30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛CXCR1基因进行多态性检测,利用最小二乘均数法对CRCR1基因的多态位点与SCS进行相关分析,利用PHASE软件对4个多态位点进行单倍型分析。【结果】检测到4个SNPs,在5侧翼区发现了3个SNPs(-1830(A/G)、-1768(T/A)、-344(T/C)),在编码区783(C/A)位点为新发现的SNP。-1830(A/G)位点AA基因型个体SCS极显著低于AG基因型个体(P0.01),-1768(T/A)位点TT基因型个体SCS极显著低于TA基因型个体(P0.01),-344(T/C)位点TT基因型个体SCS极显著低于TC、CC个体(P0.01)。783(C/A)位点基因型个体的SCS差异不显著。单倍型Haplo2(ATTA)纯合基因型的SCS极显著低于Haplo1(ATCA)、Haplo3(GACA)和Haplo4(GATA)单倍型纯合基因型(P0.01)。【结论】-1830(A/G)位点AA基因型、-1768(T/A)位点TT基因型和-344(T/C)位点TT基因型以及单倍型Haplo2(ATTA)纯合体对中国荷斯坦牛的SCS具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性的筛选。     

6个黄牛群体MyoG基因单核苷酸多态性及其与体尺性状的相关性

【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体(鲁西牛、鲁杂牛(鲁西牛×西门塔尔牛)、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛)共779头3~4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3-′UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体(P<0.05);鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型(P<0.05);郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型(P<0.05)。3种基因型对其他体尺性状没有显著影响(P>0.05)。【结论】MyoG基因对黄牛体尺性状有一定影响,可作为黄牛体尺性状标记辅助选择的候选基因。