半番鸭和北京鸭MC1R基因的克隆与序列分析

羽色是半番鸭一个重要的经济性状。黑素皮质素受体1 （melanocortin receptor 1,MC1R）基因是控制动物黑色素合成的重要基因。本研究根据鸡、鹌鹑、雪雁、孔雀等MC1R基因同源序列的保守区设计1对引物,以半番鸭、北京鸭总DNA 为模板,PCR扩增,克隆测序。结果,获得了2个长度为900bp 的基因片段, 并提交GenBank, 登录号分别为EU877265和EU877264。经比对,发现北京鸭与半番鸭核苷酸序列存在8个变异位点,其中位于184bp（T/A）、229bp（G/A）、364bp（A/G）、385bp（G/A）处的变异导致了氨基酸序列分别在第62位（C/S）、77位（E/K）、122位（T/A）和129位（V/I）发生突变。为进一步研究半番鸭羽色MC1R基因单核苷酸多态性（SNP）奠定了基础;通过BLAST进行相似性搜索,结果表明,鸭与黑雁MC1R基因的核苷酸序列同源性最高为98.4％,与其他家禽的同源性也保持在92.8％～98.2%之间。可见禽类的MC1R 基因编码区序列具有高度的保守性;系统进化分析表明,半番鸭、北京鸭与雪雁、黑雁、皇雁亲缘关系相近,从分子角度验证了它们在动物学分类上的地位。     

五个绵羊群体KAP11-1基因核苷酸序列变异分析

为了分析绵羊KAP11-1基因的核苷酸序列变异,采用PCR-SSCP方法和DNA测序技术检测了欧拉羊、甘肃高山细毛羊、滩羊、湖羊和青海细毛羊5个群体(749只个体)KAP11-1基因的单核苷酸多态性,同时分析了等位基因频率、遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等群体遗传特征。结果表明,5个绵羊群体的KAP11-1基因中共检测到c.93C/T、c.240G/A、c.285C/G/A和c.331A/G 4个单核苷酸多态位点,且c.331A/G为非同义突变。等位基因A在5个群体中出现的频率最高(87.70%),为优势等位基因,其次为等位基因B(基因频率为11.03%),等位基因C和D的频率最低(分别为0.53%和0.74%)。群体遗传学分析结果表明,滩羊KAP11-1基因的遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量均高于其余4个群体。KAP11-1基因作为羊毛经济性状的主要候选基因之一,其核苷酸序列的变异导致KAP11-1中相应氨基酸的改变,最终可能会影响羊毛纤维的结构和羊毛主要经济性状。     

红褐色乌苏里貉MC1R基因的克隆及序列分析

为了探讨红褐色貉的促黑素细胞激素受体(MC1R)的序列长度、多态性以及与其他物种的同源性。以青岛莱西养殖基地的野生型乌苏里貉8只,红褐色乌苏里貉7只,吉林白貉6只,银黑狐6只为研究对象,用提取貉和银黑狐的毛囊DNA作为模板,根据GenBank已知序列(GenBank：HM852533.1)设计引物,利用克隆测序技术,通过SNP检测,分析MC1R基因在不同毛色乌苏里貉的表达水平和毛色之间相关性以及与其他物种的同源性。结果表明：本实验成功成功获得了红褐色貉MC1R基因序列长度为1329bp,与已知序列同源性98%,13处突变,与野生型乌苏里貉同源性达到99%,8处突变。通过酶切鉴定在MC1R基因约300bp处酶切得到2种基因型AB型和BB型,红褐色貉为AB型,野生型貉为BB型。根据实验结果推测MC1R基因存在红褐色毛色性状相关的功能突变位点,从而导致毛色突变。     

高邮鸭MyoD1 SNP位点变异与胸肌发育性状的关联分析

为筛选重要地方鸭品种——高邮鸭早期肌肉生长标记,利用连接酶检测反应,以高邮鸭群体为研究对象,筛选肌分化因子基因Myo D1第一内含子区域的SNP位点,以期获得高邮鸭早期生长分子标记。筛选获得Myo D1基因第一内含子区的位点突变T→A,检测到AA,TA和TT 3种基因型,其中AA和TA是优势基因型,处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析结果表明TA基因型群体在49日龄的体重、胸肌重、胸肌横截面积、胸肌纤维直径以及胸肌纤维密度均显著高于AA、TT基因型群体(P0.05),TT和AA基因型间差异不显著(P0.05)。相较于传统育种,分子标记辅助育种具有快速、精准的优点。结果预示TA基因型可作为高邮鸭胸肌早期选择的分子标记。     

甘蓝枯萎病抗性基因FOC1序列分析及抗性相关变异位点分析

旨在发掘甘蓝抗枯萎病基因FOC1中与抗性相关的特异性单核苷酸多态性(SNP),为进一步开发FOC1特异分子标记提供理论依据。在对11份甘蓝自交系材料枯萎病抗病表型鉴定基础上,通过基因测序,对每份材料中FOC1等位基因及相应的氨基酸序列变异进行分析。结果表明,FOC1等位基因序列之间共存在92处SNP变异和2处Indel变异,其中包含C381A/G等18个在抗、感材料中表现出特异性差异的SNPs。此18个特异的SNP中转换型比率为86.11%、颠换型比率为13.89%,4种碱基变异率以T/C、G/A最高,分别占47.22%和38.89%,而C/G和A/C变异率共占13.89%。本研究也发现抗、感材料中存在4个特异的SNP,可造成3个氨基酸的变化。     

野家杂交猪F1代群体8个繁殖功能基因的多态性分析

【研究目的】检测和分析野猪与大白猪杂交后F1代群体内8个与繁殖性状相关基因的群体遗传情况,以期为猪的杂交育种以及标记辅助选择提供一定的理论依据。【方法】采用PCR-RFLP法对248头杂交猪（大白♀×野猪♂）的ESR、FSHβ、GPX5、FUT1、PRLR、NCOA1、OPN和RBP4基因的多态位点进行了检测,并计算了每个位点的基因型频率和基因频率。【结果】大白猪群体内引入野猪血统后,F1代的ESR、FSHβ和PRLR的优势等位基因频率都有不同程度的下降,FUT1和GPX5的优势等位基因频率与现有研究结果基本一致,而NCOA1和OPN的优势基因频率都高于已检测的杂交品种,只有RBP4基因处于哈代－温伯格平衡状态。【结论】野猪与家猪杂交育种工作中,要选择ESR、FSHβ和PRLR的优势等位基因频率较高的母本群体。     

MC4R与Leptin、MC3R和CCKAR基因的互作研究

为了研究4个与采食量相关功能基因可能存在的互作关系,采用基因重组的方法构建了黑素皮质激素受体-4(MC4R)基因的真核表达载体,采用脂质体法将该表达载体转染入成纤维细胞,瞬时转染24 h后,采用Real-timePCR的方法检测和分析了Leptin、黑素皮质激素受体-3(MC3R)和猪缩胆囊素受体(CCKAR)基因mRNA的表达变化情况。结果表明,在成纤维细胞中,过表达MC4R基因后,Leptin、MC3R和CCKAR基因的mRNA水平均无显著变化。据此推测,MC4R基因与其他3个基因虽都参与调节动物的采食量,但很可能是通过不同的调控路径来发挥功能的。     

小麦资源胚乳蛋白Glu-1、Glu-3、Gli-1基因位点变异特点

141个普通小麦品种及农家种中，由Glu-1位点控制的高分子量谷蛋白亚基共27种图谱，最常见的图谱是（N，7+8，2+12）占22%和（N，7+9，2+12）占19.9%，Glu-A1、Glu-B1、Glu-D1位点控制的均为正效应亚基，其图谱（1，7+8，5+10），（1，14+15，5+10），（1，13+16，5+10），（1，17+18，5+10），（2*，7+8，5+10），（2*，13+16，5+10）占13.4%; 由Glu-3位点控制的低分子量谷蛋白亚基共48种以上的图谱，最常见的图谱是（a, j, c）, Glu-A3位点存在6个以上等位基因，新发现的占5.7%, Glu-B3位点存在10个以上等位基因，新发现的占2.8%, Glu-D3位点存在3个等位基因；由Gli-1位点控制的醇溶蛋白共81种以上图谱，Gli-1A1位点存在7个以上等位基因，新发现的占7.1%, Gli-B1位点存在12个以上等位基因，新发现的等位基因占3.5%, Gli-D1位点存在10个等位基因，Gli-B1位点的l为1B/1R易位系，占总数的33.6%; 由Gli-1位点控制的醇溶蛋白和由Glu-3位点控制的低分子量谷蛋白亚基基因变异远比由G1u-1位点控制的高分子量谷蛋白亚基复杂和丰富。     

甘蓝BoKIN1基因的ploy(A)位点的预测及其频率分析

多聚腺苷酸化(Polyadenylation)是真核生物中一种重要的pre-mRNA加工机制,是mRNA成熟的一个必经过程。为了解甘蓝BoKIN1基因的多聚腺苷酸化加工情况,本研究从甘蓝全基因组数据库中下载得到BoKIN1基因序列,并利用生物信息学手段分析了BoKIN1的基因结构和基因表达。研究结果显示:BoKIN1基因在花器官中表达最高;然后基于EST文库发现了3个ploy(A)位点,并计算了这些ploy(A)位点在premRNA加工过程中被选择的大致频率情况,结果显示BoKIN1基因在pre-mRNA加工过程中至少有6个ploy(A)位点可供选择加尾,其中AP4位点被选择加尾的频率最高,其次是AP5位点。因此选择AP4位点加尾后形成的mRNA是转录后加工的主要产物。通过本研究我们确定了甘蓝类BoKIN1基因6个选择性加尾位点及其3'UTR的主要产物和次要产物,可对于未来进一步利用这些3'UTR奠定基础。     

苏云金杆菌vip1A/vip2A基因的鉴定及其与cry1基因的联系

利用PCR方法检测vip1A/vip2A基因在野生型Bt菌株中的分布,进行基因片段的克隆和序列分析.结合cry1基因的PCR-RFLP基因型鉴定体系,分析与vip1A/vip2A基因有联系的cry1类基因.结果表明,分离保存的171株野生型Bt菌株中,有20株菌株含有vip1A/vip2A基因,分布率为11.69%.成功克隆了菌株Bt16的vip1A/vip2A基因片段,命名为vip1A/vip2A-16,GenBank 登录号为EU594327.cry1基因的PCR-RFLP鉴定结果表明,该20株菌株均含有cry1Fa基因,说明vip1A/vip2A基因与cry1Fa可能具有某种联系.     

水稻耐盐基因SKC1等位变异突变体耐盐性评价

SKC1基因是已经克隆的水稻耐盐主效基因,位于水稻1号染色体。为了在水稻育种中高效利用SKC1耐盐基因,前期研究利用TILLING技术检测宁夏水稻主栽品种宁粳28号EMS诱变群体,得到了SKC1基因的SNP突变体。本研究通过芽期、苗期、孕穗期、全生育期耐盐性鉴定,对16份农艺性状优良的水稻耐盐基因SKC1等位变异突变体的耐盐性进行了全面评价,结果表明:耐盐性强的突变材料有:18NY-10、18NY-12、18NY-14,耐盐性较强的突变材料有:18NY-2、18NY-4、18NY-5、18NY-6、18NY-7、18NY-8、18NY-13、18NY-16。结果可为宁夏水稻耐盐育种提供种质资源。     

草坪草AsEXP1基因片段的序列多样性分析

草坪草的种类繁多,包含禾本科十几个属.本研究根据已报导的AsEXP1基因序列设计引物,扩增并测序了草坪草3个属共计6个品种植物材料约460 by的AsEXP1基因片段.序列比对显示,不同草坪草品种间存在基因序列的差异,并呈现种属特征,即同属品种存在特定的碱基插入、缺失或替换等,同属品种间同源率超过97%,不同属品种间同...     

棉花GhRDL1基因启动子分析

通过PCR法扩增出陆地棉GhRDL1基因ATG上游1.2 kb的片段,将该片段融合GUS报告基因进行棉花、拟南芥及烟草转化。分析显示,GhRDL1基因启动子是一个棉纤维或表皮毛特异的启动子,能够驱动靶基因在单细胞的表皮毛(如棉纤维和拟南芥表皮毛)表达;在烟草表皮毛中,GUS基因在多细胞的腺毛(包括顶端的腺体细胞和柄细胞)和非腺毛中皆有表达。表明GhRDL1基因启动子是一个多功能的表皮毛特异启动子,可以用于棉花基因工程改良和植物次生代谢工程的研究。     

1B/1R易位在小麦花药培养中作用的研究

对1B×1B、1B×1B/1R和1B/1R×1B/1R三类杂交组合共23个F1及其15个亲本的花药培养效应进行了研究；并对1B×1B/1R类型9个杂交组合的593个F1花粉植株进行了根尖细胞染色体鉴定。研究结果表明：在1B背景下，1B/1R易位能显著提高小麦花粉愈伤组织诱导率、绿苗分化率和绿苗诱导率，并发现由1B×1B/1R类型杂交组合F1获得的花粉植株     

中国部分绵羊品种BMPR-IB基因RFLP多态性的研究

为了研究骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)基因对绵羊排卵控制的作用,进一步寻找与多胎绵羊相关的遗传标记,为中国地方绵羊品种繁殖性状的标记辅助选择提供一定的理论基础。以影响Booroola Merino高产性能的BM-PR-IB基因为候选基因,采用PCR-RFLP方法分析内蒙古地方品种,蒙古羊、呼伦贝尔羊、内蒙古细毛羊与中国美利奴多胎品系共206只绵羊个体的基因多态性,以及BMPR-IB基因多态性与绵羊进化的关系。结果表明:高繁殖力的中国美利奴羊多胎品系BMPR-IB基因编码序列第746位碱基处发生了与Booroola Merino绵羊相同的突变(A746G),而低繁殖力的蒙古羊、呼伦贝尔羊、内蒙古细毛羊则没有发生这种突变。     

芥菜型油菜TT1基因的克隆和SNP分析

拟南芥的TT1基因(编码含有WIP结构域的锌指蛋白)对种皮的发育和颜色的形成具有重要的调控作用。本研究利用同源克隆和RACE技术分离了芥菜型油菜TT1基因,在芥菜型油菜黄黑籽材料的种皮中进行转录水平的分析,比较了黑籽油菜与黄籽油菜基因序列的差异,并采用等位基因特异(allele-specific)PCR技术对可能存在的单核苷酸多态位点进行验证。结果表明,芥菜型油菜TT1基因的DNA序列全长为2197bp,包含1个内含子,与甘蓝型油菜TT1-1基因的DNA序列的相似性为99%,与拟南芥的TT1基因DNA序列的相似性为85%;推导的TT1蛋白序列为300氨基酸残基,理论分子量为33.97kD,等电点为6.99;TT1在所有材料的种皮中均检测到表达;比较紫叶芥、四川黄籽、NILA和NILB的TT1基因序列,共发现8个核苷酸变异位点,均在基因的外显子区域,其中紫叶芥和NILA的序列相同,四川黄籽和黒籽近等基因系NILB的序列相同。与紫叶芥相比,黒籽近等基因系NILB有8个核苷酸差异,但种皮颜色与紫叶芥一样,均为黑色,TT1基因这些位点的突变并不影响芥菜型油菜种皮的颜色。通过等位特异PCR可以区分来自四川黄籽与紫叶芥的TT1基因。