杨梅S-SAP分子标记体系的建立及应用

基于杨梅全基因组Ty1-copia类型逆转座子LTR序列设计开发S-SAP引物组合,利用48份杨梅试材对其多态性指数进行评价,使用UPGMA(Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean)法,构建了系统聚类树,并进行了二维和三维主坐标分析,进而探讨了杨梅种质资源遗传亲缘关系。成功开发了18个杨梅S-SAP引物组合,共扩增获得3739个条带,平均每个引物组合可扩增208个条带(100⁵00 bp),每个引物组合扩增条带数量范围为98500 bp),每个引物组合扩增条带数量范围为98²92,Shannon信息指数范围为0.2041292,Shannon信息指数范围为0.2041⁰.4522。其中,引物组合JY20的多态性最高,可扩增出292个条带。基于18个S-SAP引物组合,使用UPGMA法构建所有试材的系统聚类树,结果共分为3个组及3个亚组。聚类分析与主坐标分析结果高度相似,具有相同地域来源的品种大部分被划分于同一个分组,使用聚类分析与主坐标分析所得结果基本一致,但是聚类结果与果实色泽没有明显的关联性,利用三维主坐标分析更能全面且真实地反映杨梅品种间的亲缘关系。     

银杏雄株ISSR分子标记及亲缘关系分析

采用ISSR分子标记对42个银杏雄株进行亲缘关系分析。从100条引物中筛选出12条多态性引物,共扩增得到94条带,多态性条带56条,平均每个引物扩增的多态性带数为7.83条,多态性百分率为59.57%,表明银杏雄株的遗传多样性较高。用UPGMA方法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.51水平上将42个银杏雄株分为3个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析,建立亲缘关系的三维图。两种分类方法所获结果基本一致,雄株的亲缘关系与地区分布不完全相关,山东与江苏的部分银杏雄株试材亲缘关系较近。     

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现：四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示：聚...     

无患子种质资源多样性与亲缘关系的ISSR和SRAP分析

采用ISSR和SRAP分子标记研究16个分布于不同地区无患子种质的亲缘关系。基于优选出的13条ISSR引物和3对SRAP引物介导的稳定PCR扩增图谱,采用NTSYS数据分析软件计算材料间的Dice相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析。结果表明,ISSR和SRAP条引物共扩增出90个稳定条带,平均每个引物扩增出5条,其中多态性条带共55条,多态性条带比率约为61％,表明分布于不同地区的无患子种质间存在较高的多态性,遗传多样性较为丰富,各地区种质间的遗传差异较大。基于UPGMA法构建的分子树状图,可将16个无患子种质划分为3个大类,其中分布于福建与分布于四川的无患子种质亲缘关系最远,分子聚类结果并不完全与其地理分布一致。     

东北地区野生百合遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD标记对中国东北地区6种3变种共34份野生百合试材的遗传多样性进行研究.筛选12个随机引物对其总DNA进行扩增,共扩增出101条带,其中83条带具多态性,多态性比率为82.1%,平均每个引物扩增出6.9条多态性谱带.基于 RAPD标记,利用 UPGMA构建了聚类树状图,34份野生百合资源的Nei&Li相异系数介于 0.013 7与0.601 3 之间.结果表明,中国东北地区野生百合具有丰富的遗传多样性,聚类树状图将34份试材分为2大类,第1类包括细叶百合和垂花百合,共5份试材,第2类包括卷丹、毛百合、有斑百合、大花百合、大花卷丹、朝鲜百合和东北百合,共29份试材;卷丹与有斑百合的亲缘关系较近,而与同为卷瓣组的朝鲜百合、细叶百合、大花卷丹等亲缘关系较远.细叶百合与垂花百合亲缘关系较近.     

基于SRAP标记的番木瓜种质资源遗传多样性及亲缘关系分析初报

从625个组合种筛选出的28对SRAP引物对农业农村部(广州)番木瓜种质资源圃中的20份番木瓜种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果显示,扩增产物多态性比率为24.16%,参试材料间的遗传相似系数为0.27～0.89;当相似性系数为0.62时,可将所有试材分为4类,UPGMA聚类分析与主坐标分析基本一致,初步分析聚类结果与果型大小相关性较高。本研究揭示了参试资源的遗传背景和亲缘关系,为番木瓜种质资源的鉴定评价和关键性状基因标记的挖掘提供了基础数据,为其分类保存和创新利用提供了参考依据。     

利用SRAP技术分析海南野生兰属植物的亲缘关系

利用SRAP分子标记技术对8种海南野生兰属植物的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果显示：从30对引物中筛选出20对SRAP引物组合,共扩增出195条多态性条带,平均每个引物组合产生9．75个多态性条带。UPGMA聚类分析可将8种供试材料划分为4类：第Ⅰ类为冬凤兰;第Ⅱ类为纹瓣兰;第Ⅲ类为多花兰和独占春;第Ⅳ类为寒兰、建兰、墨兰和兔耳兰,这与传统的形态分类学结果基本一致。本研究可为兰属品种的鉴定和系统分类研究提供依据。     

基于表型和SRAP标记的唐菖蒲品种遗传多样性分析

为进一步研究唐菖蒲杂交育种亲本选配和杂种的早期鉴定,以21个唐菖蒲品种为试材,对这些品种的表型性状特征进行聚类分析,并利用SRAP技术对其构建指纹图谱。结果表明:21个品种的表型性状表现出一定的遗传多样性,变异6.78%~147.29%。经过对SRAP-PCR反应条件的优化,从100对引物中筛选出16对引物适用于唐菖蒲PCR反应;通过对21个品种SRAP标记的试验与分析,共在468个位点上扩增出条带,多态性位点411个,平均每个引物组合扩增多态性条带25.7个;基于SRAP标记的UPGMA聚类分析显示,21个品种间Jaccardp’s相似系数0.46~0.75。将2种聚类结果进行比较发现,唐菖蒲品种的分类与表型性状无显著相关性,说明其品种具有复杂的遗传背景。     

基于SCoT标记的猕猴桃种质资源遗传多样性研究

利用SCoT分子标记对28份猕猴桃种质资源进行遗传多样性和UPGMA聚类关系研究。结果表明,8条引物对供试猕猴桃材料显示多态性,共扩增出75条清晰的条带,平均每条引物扩增9.1个多态性条带,多态性比率为97.3%。遗传相似系数在0.47～0.86,显示供试的猕猴桃种质资源具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,在遗传相似系数0.64处可将28份猕猴桃种质划分为3个明显的聚类分支,部分中华猕猴桃、2个软枣猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚类,显示中华猕猴桃、软枣猕猴桃与美味猕猴桃具有较高的遗传相似性,种质亲缘关系较近;部分中华猕猴桃种质遗传变异较高,并与大籽猕猴桃有较近的遗传关系。     

肾茶种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带。在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段。87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88~0.98,显示出栽培种的遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类。结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值。