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1.
《江西农业学报》2022,(4)
基于杨梅全基因组Ty1-copia类型逆转座子LTR序列设计开发S-SAP引物组合,利用48份杨梅试材对其多态性指数进行评价,使用UPGMA(Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean)法,构建了系统聚类树,并进行了二维和三维主坐标分析,进而探讨了杨梅种质资源遗传亲缘关系。成功开发了18个杨梅S-SAP引物组合,共扩增获得3739个条带,平均每个引物组合可扩增208个条带(100500 bp),每个引物组合扩增条带数量范围为98500 bp),每个引物组合扩增条带数量范围为98292,Shannon信息指数范围为0.2041292,Shannon信息指数范围为0.20410.4522。其中,引物组合JY20的多态性最高,可扩增出292个条带。基于18个S-SAP引物组合,使用UPGMA法构建所有试材的系统聚类树,结果共分为3个组及3个亚组。聚类分析与主坐标分析结果高度相似,具有相同地域来源的品种大部分被划分于同一个分组,使用聚类分析与主坐标分析所得结果基本一致,但是聚类结果与果实色泽没有明显的关联性,利用三维主坐标分析更能全面且真实地反映杨梅品种间的亲缘关系。 相似文献
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采用ISSR分子标记对42个银杏雄株进行亲缘关系分析。从100条引物中筛选出12条多态性引物,共扩增得到94条带,多态性条带56条,平均每个引物扩增的多态性带数为7.83条,多态性百分率为59.57%,表明银杏雄株的遗传多样性较高。用UPGMA方法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.51水平上将42个银杏雄株分为3个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析,建立亲缘关系的三维图。两种分类方法所获结果基本一致,雄株的亲缘关系与地区分布不完全相关,山东与江苏的部分银杏雄株试材亲缘关系较近。 相似文献
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【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚... 相似文献
4.
采用ISSR和SRAP分子标记研究16个分布于不同地区无患子种质的亲缘关系。基于优选出的13条ISSR引物和3对SRAP引物介导的稳定PCR扩增图谱,采用NTSYS数据分析软件计算材料间的Dice相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析。结果表明,ISSR和SRAP条引物共扩增出90个稳定条带,平均每个引物扩增出5条,其中多态性条带共55条,多态性条带比率约为61%,表明分布于不同地区的无患子种质间存在较高的多态性,遗传多样性较为丰富,各地区种质间的遗传差异较大。基于UPGMA法构建的分子树状图,可将16个无患子种质划分为3个大类,其中分布于福建与分布于四川的无患子种质亲缘关系最远,分子聚类结果并不完全与其地理分布一致。 相似文献
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应用RAPD标记对中国东北地区6种3变种共34份野生百合试材的遗传多样性进行研究.筛选12个随机引物对其总DNA进行扩增,共扩增出101条带,其中83条带具多态性,多态性比率为82.1%,平均每个引物扩增出6.9条多态性谱带.基于 RAPD标记,利用 UPGMA构建了聚类树状图,34份野生百合资源的Nei&Li相异系数介于 0.013 7与0.601 3 之间.结果表明,中国东北地区野生百合具有丰富的遗传多样性,聚类树状图将34份试材分为2大类,第1类包括细叶百合和垂花百合,共5份试材,第2类包括卷丹、毛百合、有斑百合、大花百合、大花卷丹、朝鲜百合和东北百合,共29份试材;卷丹与有斑百合的亲缘关系较近,而与同为卷瓣组的朝鲜百合、细叶百合、大花卷丹等亲缘关系较远.细叶百合与垂花百合亲缘关系较近. 相似文献
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为进一步研究唐菖蒲杂交育种亲本选配和杂种的早期鉴定,以21个唐菖蒲品种为试材,对这些品种的表型性状特征进行聚类分析,并利用SRAP技术对其构建指纹图谱。结果表明:21个品种的表型性状表现出一定的遗传多样性,变异6.78%~147.29%。经过对SRAP-PCR反应条件的优化,从100对引物中筛选出16对引物适用于唐菖蒲PCR反应;通过对21个品种SRAP标记的试验与分析,共在468个位点上扩增出条带,多态性位点411个,平均每个引物组合扩增多态性条带25.7个;基于SRAP标记的UPGMA聚类分析显示,21个品种间Jaccardp’s相似系数0.46~0.75。将2种聚类结果进行比较发现,唐菖蒲品种的分类与表型性状无显著相关性,说明其品种具有复杂的遗传背景。 相似文献
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利用SCoT分子标记对28份猕猴桃种质资源进行遗传多样性和UPGMA聚类关系研究。结果表明,8条引物对供试猕猴桃材料显示多态性,共扩增出75条清晰的条带,平均每条引物扩增9.1个多态性条带,多态性比率为97.3%。遗传相似系数在0.47~0.86,显示供试的猕猴桃种质资源具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,在遗传相似系数0.64处可将28份猕猴桃种质划分为3个明显的聚类分支,部分中华猕猴桃、2个软枣猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚类,显示中华猕猴桃、软枣猕猴桃与美味猕猴桃具有较高的遗传相似性,种质亲缘关系较近;部分中华猕猴桃种质遗传变异较高,并与大籽猕猴桃有较近的遗传关系。 相似文献
10.
为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带。在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段。87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88~0.98,显示出栽培种的遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类。结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值。 相似文献