基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

5种乳白蚁ITS序列及系统发育关系分析

对我国口岸截获的5种乳白蚁及黄胸散白蚁的ITS区基因序列进行克隆并测序,进行序列分析和构建系统发育树,探讨其系统发育关系.研究结果表明:乳白蚁rDNA-ITS基因序列长度约900 bp,CG碱基含量为62.3％,明显高于AT含量(37.7％).同巢群3种不同品级的乳白蚁(工蚁、兵蚁、有翅成虫)ITS序列没有遗传分歧.乳白蚁属内不同种间的同源性为94.3％～98.7％,同种不同地理种群之间的同源性均大于99％.大家白蚁C.curvignathus和塞庞乳白蚁C.sepangensis关系最近,婆罗乳白蚁C.travians与其他种进化距离最远.     

基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系

通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分支间的关系作出了与传统的形态分类方法不同的推断:与在形态分类中不同,短花冠亚属(Ligustrina)并未与其余种构成姐妹群关系,而是和巧玲花系(Pubescentes)关系最近,二者组成的分支与欧丁香系(Vulgares)形成姐妹群关系;顶生花序系(Villosae)是系统树中的基部分支。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

利用ITS序列探讨谷精草属5个种的系统发育

以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草（Eriocaulon nepalense）、白药谷精草（E. cinereum）、高山谷精草（E. alperstre）、华南谷精草（E. sexangulare）、南亚谷精草（E. oryzetorum）等5个种为研究对象，通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列，并对ITS序列进行分析. 结果发现，供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致，其ITS1的长度范围为171～306 bp，G+C含量为38.24%～55.04%；ITS2的长度范围为184～288 bp，G+C含量为 36.46%～57.02%. 在此基础上，采用Clustal W version 1.7对所得的ITS序列进行排序与分析，以灯心草属（Juncus）的一个种J. dregeanus为外类群，并使用PAUP 4.0 10 b软件采用最大简约法分析获得最简约的系统发育树. 结果表明，在检测的ITS序列的738个位点中稳定位点174个、变异位点564个 (包括276个信息位点). 另外，从发育树上平行分出两个大的总分支，其中E. nepalense、E. oryzetorum、E. alpestre和E. cinereum（云南宣威）为一支；E. sexangulare为一支. 上述二个分支与外类群聚在一起，bootstrap值为100％.      

基于matK序列的木犀属植物系统发育初步研究

以流苏树属的流苏树,女贞属的女贞和木犀榄属的木犀榄作为外类群,利用叶绿体matK基因序列,对木犀属19个种进行种间亲缘关系及系统分类学研究。结果表明:①木犀属植物叶绿体matK基因序列较为保守,特别表现在3′端;②木犀属植物是一单系类群;③19种木犀属植物可以分为3个分支:香花木犀和华东木犀各单独聚为一个分支;其余聚为一个分支;其中美洲木犀、牛矢果和厚边木犀聚为一个亚分支,都属于圆锥花序组;木犀组的红柄木犀、毛木犀、石山桂、狭叶木犀和管花木犀组的山桂花5种植物聚为一个亚分支;其余的9种木犀组植物聚为一个亚分支;④经典的基于形态学的P.S.Green分类系统没有得到分子数据的支持,圆锥花序组聚在一起,而木犀组和管花木犀组之间的亲缘关系是交叉的。因此作者认为matK序列需要结合其他分子序列以及形态学指标进行综合分析,才能获得科学合理的木犀属分类系统。      

几种槭属植物亲缘关系的ITS序列分析

为了选择适宜挪威槭"皇家红"嫁接的砧木,笔者对槭属植物的8个种(含变种)核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增和序列分析,扩增出约750bp左右的的序列(包含完整的ITS1、5.8S和ITS2序列及部分18S和26S rRNA基因片段.各样品的ITS1长度为221～236bp,ITS2为231～237bp,含有多个特异性信息位点.并利用ITS序列为依据对8种槭属植物系统发育进行分析,从分子水平上阐明了8种槭属植物的亲缘关系,为挪威槭"皇家红"嫁接生产中适宜砧木的选择提供了理论依据.     

河南省几种白粉菌的ITS序列分析

采用改良CTAB法提取河南省5种植物白粉菌DNA,扩增其rDNA内转录间隔区(ITS)序列,并进行亲缘关系分析。结果表明:寄生于凤仙、豇豆和菊芋的叉丝单囊壳属白粉菌,其ITS序列聚在一支,遗传距离小,亲缘关系近;寄生在大叶黄杨上的冬青卫矛白粉菌和番茄上的新番茄粉孢菌,其ITS序列聚在另外一支。此分析结果与5种白粉菌的形态学分类结果相一致,说明ITS序列分析技术可以为病原菌的分类鉴定及系统发育等研究提供依据。     

基于ITS2和matK序列的红景天属植物条形码鉴定研究

本研究旨在开发一种准确快速鉴别红景天属植物的方法。选用14种红景天属植物进行ITS2和matK序列的测定,并对其进行序列特征和系统发育分析。ITS2和matK条形码序列的扩增成功率均为100%。ITS2序列测序成功率为94.7%,matK序列的测序成功率为100%。系统发育分析表明ITS2序列能够区分大花红景天、西藏红景天和长鞭红景天,但是不能把柴胡红景天和狭叶红景天区分开;matK序列能够区分大花红景天和柴胡红景天,但是不能把西藏红景天和长鞭红景天区分开,也不能把异鳞红景天、长毛圣地红景天与互生红景天区分开。基于ITS2和matK序列联合构建的系统发育树能够区分14种红景天属植物。以ITS2和matK序列组成联合序列的DNA条形码鉴定方法能够对14种红景天植物进行快速准确的鉴定。     

基于ITS和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物分子系统学研究

【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54.3%,该序列的平均进化距离为0.016,但进化距离总体较小。trnL-F序列对位后长度为867bp,有94个简约信息位点,G+C平均含量为33.7%,该序列的平均进化距离为0.018,总体进化距离较ITS序列大。ITS序列较叶绿体trnL-F序列含有较多的系统发育信息。在基于2个序列构建的系统发育树中,大花棘豆亚属除少数居群外均形成单系分支,说明以心皮有无隔膜来划分棘豆属属下分类系统可以较好地获得分子系统学的支持;但在其他亚属及组水平上,并不构成单系。【结论】棘豆属各类群间系统发育信息含量明显较低,说明棘豆属物种分化发生较晚,尤其是在青藏高原这样一个始于第三纪造山运动的年轻区域,其棘豆属物种的新近起源和形态的快速分化还难以在遗传水平上固定下来。     

镰刀菌rDNA ITS序列的克隆及序列分析

[研究目的]为了利用rDNA ITS区的遗传变异的特点,为镰刀菌种内及种间的分类鉴定提供一定的分子技术辅助手段,[方法]试验以PMD18-T为栽体,对10个不同镰刀菌菌株的rDNA的ITS区及28S部分片段进行了克隆、测序,用DNAMAN4.0软件进行序列分析,分析了菌株间的同源性及遗传距离,并建立了分子系统进化树.[结果]试验结果表明:所测各菌种间的亲缘关系在92.2%～99.9%之间,反映了种间较大的遗传差异,这与形态学上把它们鉴定为不同的种相吻合,而从不同地区、不同寄主上分离的同一菌种的不同专化型,其同源性高达96.6%～100%,说明同一菌种的不同专化型,在rDNA基因序列上碱基差异甚微,同源性很高.[结论]利用ITS对镰刀菌进行种间的分类鉴定是稳定可行的,但对于种内及专化型的鉴定存在困难.     

两性生殖卤虫16S rDNA分子系统学研究

[目的]对两性生殖卤虫的分类地位和系统发育情况进行探讨。[方法]测定了中国分布的A.sinicatibetiana、未定名的新疆鲸鱼湖卤虫和青海小柴旦卤虫3种两性生殖卤虫的16SrDNA序列,测序结果与Genbank已发表的另外11个两性生殖种卤虫的16SrDNA序列进行分析比较,并选取丰年虫科Artemiopsisstefanssoni为外群,运用MEGA软件中的NJ法构建分子系统树。[结果]A.persimilis是卤虫属中原始的类群,A.franciscana和A.monica为进化类群,A.urmiana与A.s.sinica以及中国的其它种类有密切的亲缘关系。[结论]基于线粒体16SrDNA序列的两性生殖卤虫系统发育关系为：A.persimilis→A.urmiana、A.sinica和A.tibetiana→A.tunisiana→A.monica→A.Franciscan.     

延边膜荚黄芪rDNA ITS区域克隆与序列分析

用PCR方法克隆延边地区膜荚黄芪的核糖体DNA ITS区域并进行序列分析。结果表明:延边地区膜荚黄芪ITS1的序列长度为228bp,5.8SrDNA长度为164bp,ITS2的序列长度为210bp;序列分析表明延边地区和甘肃的ITS1和5.8SrDNA完全一致,而ITS2第82位处有1个碱基的置换(T/C)。     

基于ITS的我国桑科植物分子系统学研究

[目的]基于ITS序列初步探讨我国桑科植物的分子系统学。[方法]测定33份桑科材料的ITS序列,通过最大简约法分析它们的分子系统学,并将分析结果与经典分类做比较。[结果]在原始类群和单系类群的确定上与经典分类基本一致;"刺桑、叶被木、圆叶刺桑与桑属的亲缘关系近"这一结果与经典分类不一致。[结论]该研究为我国桑科植物的系统学分析积累了分子生物学资料。     

芦笋枯萎病菌的鉴定及rDNA ITS序列分析

为准确鉴定芦笋枯萎病致病菌并确定其分类地位,通过形态学观察和核糖体DNA内转录间区(rDNA ITS)序列比对方法,对该病菌进行形态学和分子生物学鉴定,比较其与近缘真菌rDNA ITS序列的差异,并进行系统发育分析。鉴定结果表明,芦笋枯萎病的致病菌为尖孢镰刀菌天门冬专化型Fusarium oxysporum f.sp.asparagi。芦笋枯萎病菌F.oxysporumf.sp.asparagi及其同属近缘种木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum的rDNA ITS序列比对结果表明,其序列在76~80、104~115、129~138、151~158、175~178、382~402、438~445和473~479bp等rDNA ITS区段上存在差异性碱基。芦笋枯萎病菌及其近缘真菌系统发育分析结果表明,6属真菌大致聚为2个组群2个亚群,芦笋枯萎病菌F.oxysporum f.sp.asparagi与木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum亲缘关系最近。     

葛属植物基于形态学和rDNAITS分类的一致性比较研究

试验以来自不同地区的葛属(Pueraria DC)植物11个种质作为材料,基于其叶色、茎粗、茎节长、茎色、茎粗、茎被毛等9个形态性状进行形态学分类,并对11个种质的r DNA ITS序列进行克隆测序和序列比较分析,采用MEGA 6.0软件构建ITS序列系统进化树。结果表明,基于ITS序列和基于形态特征的分类结果虽有一定的相似性,但仍存在较大的差异。不同分类方法导致的结果差异可能与形态特征受其生长条件、性状的选取等多方面因素的影响有关,而基于r DNA ITS序列的分类结果更为可靠。     

rDNA和mtDNA在昆虫系统发育与区系研究中的应用

核酸序列分析技术在昆虫系统发育与区系研究中的应用较为广泛。根据近期国内外的研究,详述核糖体DNA(rDNA)序列,线粒体DNA(mtDNA)序列以及其他较保守基因序列在昆虫系统发育与区系研究中的应用。     

基于rDNA ITS序列和RAPD分子标记的桑黄菌遗传多样性分析

[目的]分析桑黄菌的遗传多样性。[方法]利用ITS序列分析和RAP／）分子标记技术对16株不同来源的桑黄菌株进行遗传多样性分析。[结果]16株桑黄菌株的ITSl_5．8s-ITS2序列长度在590～714bp,其中5．8S序列最为保守,均为160bp：ITSl长度为220～310bp,ITS2长度为210-245bp。基于ITS序列构建的系统进化树分析结果,同属不同种的桑黄菌株遗传距离较远,对相同种的杨树桑黄一瓦尼木层孔菌进行RAPD分子标记,表明10株瓦尼木层孔菌（Phellinusvaninii）遗传多态性丰富,10株杨树桑黄菌主要分布在我国东北三省的东部山区,区域相对集中,RAPD的聚类分析结果与地域分布差异关系不明显,没有表现出地域性的遗传多样性差异。[结论]试验研究了菌株的分类地位及系统发育进化关系,并首次在桑黄菌物资源库内积累到杨黄分类学地位和遗传多样性的基础信息,对掌握和积累区域桑黄菌物资源的基础信息,并对将来更好地开发利用这一珍稀菌物资源具有重要的学术价值和现实意义．     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.