胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

桑种质资源ITS序列与系统进化分析

目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M.bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M.nigra),北美默里桑(M.murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M.alba)→华桑(M.cathayana)→长穗桑(M.wittiorum)。结论ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。     

南瓜属蔬菜作物亲缘关系同工酶分析

本文应用同工酶凝胶电泳分离技术,比较分析了南瓜属3个栽培种9个品种的亲缘关系。结果表明中国南瓜是栽培南瓜种的主干,既与美洲南瓜接近,又与黑籽南瓜接近,而后两者亲缘关系则相距甚远。     

基于ITS条形码序列的枸杞属植物鉴定

采用改进CTAB法提取枸杞(Lycium Chinense Mill.)叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nr DNA ITS区进行扩增,利用ITS条形码序列,对枸杞属种质资源进行鉴定,分析其亲缘关系。结果表明,测序得到了17份枸杞属近缘种的ITS条形码序列,整个ITS序列长度变异范围为603~632 bp,平均为624 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,有194个变异位点,占40%;保守位点288个,占60%。聚类分析结果表明,17份种质资源可分为5个大类群。基于ITS条形码序列分析在鉴定枸杞属种质遗传多样性及其亲缘关系具有一定的优越性。     

南瓜属4个种及种间杂种耐热性比较

针对当前南瓜生产中存在的越夏困难问题,选取中国南瓜、美洲南瓜、印度南瓜、黑籽南瓜等4个栽培种以及部分种间杂种共18个材料,进行了田间耐热性调查、人工高温胁迫条件下生存率及POD活性的研究。结果表明,黑籽南瓜耐热性最好,中国南瓜耐热性次之,印度南瓜耐热性中等,美洲南瓜耐热性最差;同一个种内的不同试材存在耐热性差异;中国南瓜与美洲南瓜或印度南瓜种间杂种一代的耐热性较杂交亲本美洲南瓜或印度南瓜有显著提高。     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

无籽刺梨及其近缘种ITS序列分析

为探讨无籽刺梨及其近缘种的关系,对采自贵州兴仁的无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi)、贵州安顺的光枝无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi var.leioclada M.T.An,Y.Z.Cheng et M.Zhong)及采自贵州遵义、兴仁的缫丝花(Rosa roxburghii Tratt.)以及从美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上下载的长尖叶蔷薇(Rosa longicuspis Bertal.)进行内转录间隔区(ITS)序列分析。利用MEGA6.0软件对ITS序列进行分析,ITS序列总长为629 bp,其中ITS1序列长度为253 bp,5.8S长度为164 bp,ITS2长度为212 bp;对无籽刺梨、缫丝花、长尖叶蔷薇进行组合分析,组合1(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)和组合2(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中整个ITS序列共有26个变异位点,占序列总长度的4.10%,组合3(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)、组合4(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中共有30个变异位点,占序列总长度的4.76%。4个组合中ITS1变异位点数都为7个,占ITS1序列长度的2.76%,占序列总长度的1.11%;5.8S序列均没有变异位点;组合1、2中ITS2的变异位点数为19个,占ITS2序列长度的8.96%,占序列总长度的3.02%;组合3、4中ITS2的变异位点数为23个,占ITS2序列长度的10.8%,占ITS序列总长度的3.65%。4个组合中无籽刺梨与光枝无籽刺梨都含有2种碱基叠加的变异位点,叠加的2种碱基中1个来自长尖叶蔷薇,1个来自缫丝花,无籽刺梨同时具有缫丝花、长尖叶蔷薇的2种ITS序列。通过最大简约法(MP)进行聚类分析,结果显示,无籽刺梨与长尖叶蔷薇聚为1支,通过形态学比较发现,无籽刺梨与贵州缫丝花、缫丝花较为接近。研究结果为进一步探讨无籽刺梨的物种起源提供了一定的理论基础。     

基于nrDNA ITS对23种兜兰属植物的分子系统学分析

采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717～787 bp;G+C含量为48.6%～51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393～451 bp及155～180 bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。     

基于ITS条形码序列对枸杞杂交种的早期鉴定

采用改进CTAB法提取枸杞(Lycium Linn)叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nr DNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段进行测序分析,以期利用ITS条形码序列对枸杞杂交种进行早期鉴定。结果表明,7份枸杞属不同种间杂交种的ITS序列长度变异范围为558~632 bp,平均为610 bp。排序后的总长度为632 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为478 bp,共有138个变异位点,ITS1和ITS2分别为85和53个,占28.9%;保守位点340个,占71.1%;有6个信息位点,占1.3%;51个转换位点,12个颠换位点,其中ITS1区的信息位点所占比例低于ITS2区,而ITS1区的转换位点与颠换位点比值高于ITS2区。通过对宁夏枸杞、北方枸杞、黑果枸杞及其种间杂交育种产生的杂交后代分析,得出基于ITS聚类分析能够初步判别杂交后代与父母本的亲缘关系与差异,可以作为早期鉴定枸杞属不同种间杂交种后代的方法之一。     

石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。