43份油菜菌核病抗性资源的SCoT、SSR与SRAP标记分析

【目的】探索SCoT、SSR和SRAP 3类分子标记在油菜遗传多样性研究中的应用。【方法】用8份有代表性的油菜资源,从SRAP和SCoT标记中各筛选出40对扩增条带清晰、多态性高的引物和40对SSR核心标记,对43份抗菌核病油菜育种亲本材料的遗传多样性进行分析,比较这3类标记在多态性(PPB)、多态性信息含量(PIC)及标记指数(MI)等方面的差异,最后依据材料两两间遗传相似系数,对43份油菜材料进行聚类分析。【结果】在位点检测能力方面以SCoT最高,每条SCoT引物可检测的平均条带数为9.3,其次为SRAP(8.6),SSR最少(7.3)。但多态性信息含量(PIC)则相反,SSR的PIC值最高(0.76),其次为SRAP(0.69),SCoT的PIC值最低(0.65)。基于SCoT、SSR和SRAP 3种分子标记的材料间遗传相似系数分别为0.43~0.87,0.56~0.84和0.46~0.83。聚类分析表明,SRAP标记聚类结果接近于3种分子标记混合统计的聚类结果。【结论】多态性位点检测能力和标记效率之间并无直接的相关性;3类标记在43份材料间的遗传距离显著不相关,研究每类分子标记在相应物种中的核心标记更为重要。     

结球甘蓝西园六号种子纯度的SSR和SRAP鉴定

用SSR和SRAP标记技术对结球甘蓝西园六号进行品种纯度鉴定,从94对SSR引物和109对SRAP引物 中分别筛选出4对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物.依据8对引物在西园六号及其亲本的聚丙烯酰 胺凝胶电泳检测结果,构建了清晰的品种指纹图谱.通过对特异片段的序列分析,比较了亲本特异片段的碱基差异 并揭示了杂交后代中产生非亲条带的本质,将SSR转化为SCAR标记.SSR和SRAP分子标记构成的DNA 指纹 图谱及SCAR标记,为西园六号品种纯度快速鉴定提供了科学依据.     

甜瓜作图亲本相关序列扩增的多态性分析

以中国甜瓜地方品种自交系4G21(香瓜)和3A832(哈密瓜)为作图亲本,利用SRAP(Se-quence-relatedAmplifiedPolymorphism)分析了甜瓜作图亲本的多态性,结果表明:在184个SRAP引物组合中有176个扩增出多态性条带,不同引物组合扩增的多态性条带的变异幅度在1～15之间,共扩增出614个,平均每个引物组合扩增出3.34个,说明SRAP标记揭示甜瓜作图亲本多态性的效率很高。     

瓠瓜类型砧木遗传作图群体双亲多态性分析

以耐湿涝瓠瓜类型砧木材料JZS与不耐湿涝材料T_2002为遗传作图双亲,利用随机扩增多态性DNA(random amplification polymorphicDNA,简称RAPD)法与瓠瓜及其他近源瓜类简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行多态性分析。从供试1 678个RAPD、SSR标记中共筛选到26个多态性引物,其中包括14个RAPD、4个瓠瓜SSR、2个甜瓜SSR、5个黄瓜SSR、1个南瓜SSR,扩增出28个多态性位点。几种标记多态性检测效率不同,瓠瓜SSR引物揭示,双亲多态性比例最高(0.47%),其次是RAPD(0.38%),近源瓜类SSR选择效率最低,仅有0.14%~0.15%。结果表明,尽管瓠瓜作图亲本表型差异大,但分子标记结果显示亲本遗传背景相近;甜瓜、黄瓜和南瓜与瓠瓜亲缘关系远,具有种属特异性的SSR引物在瓠瓜亲本JZS、T_2002多态性分析中通用性不高。为了提高分子标记多态性分析效率,绘制高密度遗传图谱,下一步应尽快开展基于基因组测序技术检测单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)位点的研究。     

玉米分子遗传图谱的SSR和AFLP标记构建

以黄早四×Mo17自交形成的191个F2单株为作图群体,利用240对SSR引物和280对AFLP选扩引物,在亲本黄早四和Mo17之间进行了多态性检测,筛选出91对SSR引物和20对AFLP选扩引物用于F2群体分析。利用上述引物组合共检测到248个多态性标记位点,其中的218个标记构建了玉米分子连锁图谱,该图谱覆盖基因组全长2015.5cM,标记间平均间距9.69cM。     

基于SSR和SRAP标记的苹果品种亲缘关系分析

【目的】用SSR和SRAP分子标记技术,分析苹果(Malus domestica Borkh.)重要栽培品种的亲缘关系,为苹果杂交育种亲本及组合的选配提供参考。【方法】用亲缘关系较近的金冠和秦冠筛选SSR和SRAP多态性引物,利用SSR和SRAP分子标记技术对37个苹果栽培品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】筛选出了用于37个苹果主栽品种亲缘关系分析的10对SSR和10对SRAP引物,其分别产生56和64条扩增带,平均多态性比率分别为61.09%和70.8%。根据SSR+SRAP分析结果,37个苹果品种被聚为6大类。【结论】所选取的引物能够有效地揭示供试苹果品种的遗传多样性,并且苹果品种分类与传统系谱基本一致。     

SSR、AFLP和SRAP分子标记用于玉米杂交种鉴定的多态性比较

选取2个普通玉米杂交种和1个糯玉米杂交种及其亲本自交系作为试验材料,分别采用SSR、AFLP、SRAP三种分子标记技术进行扩增,比较三种标记间的多态性差异,明确三者用于玉米杂交品种鉴定效率。结果表明:SSR、AFLP、SRAP标记平均每对引物扩增谱总带数分别是3.4、19.7、15.4条,三者用于品种鉴定每个引物特征带分别是2.2、2.5和2.4条,三种标记用于鉴定的无效扩增引物数分别占总引物的19.4%、7.8%和14.6%,另外还筛选出三种标记针对三个玉米杂交种鉴定的10个最佳引物组合。总之,三种标记在实际应用中各具优缺点,不同生产部门可根据需要进行选择。     

烟草MITE位点间多态性(IMP)标记开发及其遗传作图应用

为在烟草(Nicotiana tabacum)上进行IMP (inter-MITE polymorphism,MITE位点间多态性)标记开发,利用美国烟草基因组测序数据和MITE (miniature inverted repeat transposable element,微型反向重复转座元件)结构特征,通过生物信息学方法获得11 581组具有特异TIR (terminal inverted repeat,末端重复元件)序列的MITE及其多序列联配结果,并根据联配结果设计219条烟草IMP引物;利用9个不同类型烟草代表性品种进行测试,其中119条引物PCR扩增成功,引物开发成功率为54.6％;进一步对一个烤烟遗传群体亲本‘红花大金元’和‘Hicks Broadleaf'进行标记筛选,共获得29个多态性标记,群体检测表明有21个标记可以整合定位到一个SSR标记遗传连锁图上.说明IMP标记在烟草中是一种可以利用的分子标记,但跟其他标记一样表现出较低的多态性,需高通量检测平台与之配套来提高其开发效率.     

简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较

利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplified polymorphism, SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)值为0.628 4;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.911 4。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。     

利用SSR分子标记鉴定甜瓜杂交种纯度

以2个甜瓜杂交种东之星、含香雪及其亲本为材料,利用SSR标记对2组杂交种进行纯度鉴定。从供试的72对SSR引物中筛选到亲本间具有多态性的引物,东之星为3对,含香雪为3对,其中1对引物在2个杂交种的亲本间均存在多态性。对2个杂交种东之星和含香雪分别用筛选出的3个多态性的SSR引物进行甜瓜杂交种子纯度鉴定,鉴定结果分别为992%和972%。