基于SSR构建中国主栽草莓品种指纹图谱

【目的】利用SSR分子标记构建中国主栽草莓品种的DNA指纹图谱,为保护育种者权益和实现草莓资源的高效鉴定提供基础数据。【方法】以中国目前主栽的草莓品种(70个)为材料,采用荧光毛细管电泳技术对28个SSR分子标记进行评估,利用筛选后的高效SSR标记构建草莓品种的DNA指纹图谱。【结果】从28对引物中选出了5对多态性较高、重复性较好的核心引物。核心引物共检测出40个等位位点,平均每对引物检测出8个等位位点;共检测到142个带型,平均每对引物检测出28.4个带型;各标记的多态信息含量(PIC)为0.79～0.87,平均PIC值为0.83;聚类分析结果表明,草莓品种之间的相似系数范围为0.65～0.97。【结论】成功构建了具有唯一对应关系的70个草莓品种的DNA指纹图谱,为未来草莓品种的资源保护和利用推广提供数据支撑。     

20个花生品种的SSR标记指纹图谱构建

为了保护农民以及育种者的利益,发展稳定可靠的品种鉴定方法具有重要意义。对南方花生主产区20个品种进行了SSR标记指纹图谱研究,从64对SSR标记引物中筛选出4对构建了20个花生品种的指纹图谱,该图谱能使19个品种相互区分。     

9个白杨品种SSR指纹图谱构建及遗传关系的研究

利用SSR分子标记,对4个白杨杂交新品种及父母本和3个近缘品种进行了指纹图谱构建和遗传关系分析。结果表明:筛选出的9对引物共扩增出106条清晰条带,平均每对引物扩增条带为11.7条,其中,多态性条带89条,多态性比率为83.1%,说明这些品种间具有较高的遗传多样性。9个品种间的遗传相似系数在0.41~0.75之间;通过系统聚类分析发现,4个杂交新品种与父本截叶毛白杨遗传相似度较高。选用扩增效果好,重复性高的3对引物构建了DNA指纹图谱,为这些品种的商业化生产应用提供了技术依据。     

基于SSR标记辣椒品种DNA指纹图谱的构建

基于辣椒全基因组开发的SSR标记,对青海地区主栽的26份主栽辣椒品种进行遗传多样性分析并构建分子指纹图谱.结果从117对SSR标记中筛选出6对扩增稳定,多态性较好的引物,6对标记共扩增到36个基因位点,多态性比例为97％;26份青海地区主栽辣椒品种之间遗传相似系数为0.42～1.00,在GS 0.5处可将26份辣椒材料...     

甜樱桃品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建甜樱桃品种的分子指纹图谱,为甜樱桃品种鉴定提供依据。以“泰山朝阳”、“泰山红日”和“红南阳”等品种为试材,从38对引物中筛选出5对多态性及稳定性高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物扩增出的多态性带数在10—15条,平均为12．6条;引物的多态信息量（PIC）在0．8347—0．9020,平均0．8708。依据甜樱桃SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化甜樱桃SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱。表明SSR标记技术可用于鉴定甜樱桃种质。     

新疆陆地棉SSR标记指纹图谱构建和杂种纯度鉴定研究

以新疆近50年来的50个陆地棉种质资源及品种为试材,从50对SSR引物中筛选出10对多态性好的引物,就可以建立新疆陆地棉品种的指纹图谱,每对引物可以检测到1～4个数目不等的多态性片段(allele), 10对引物共检测到27个多态性片段,平均为2.7个,片段大小介于85～300 bp.从10对引物中随机挑选了3对引物对当前新疆主栽品种进行了指纹图谱构建和杂交种纯度鉴定的实践验证.     

贵州12个辣椒杂交种SSR标记指纹图谱的构建与分析*

 从辣椒基因组的75个SSR标记中筛选出15个多态性较好的标记,用于构建12个辣椒杂交种的数字化指纹图谱。在构建指纹图谱的基础上,用每个标记的指纹数据分别作聚类分析,结果表明：标记Hpms1 69和Hpms2 281的鉴别能力较强。再用标记Hpms1-69和Hpms2- 281的指纹数据分别与其他标记的指纹数据进行三标记组合,进行聚类分析,结果表明：约30%的三标记组合能鉴别参试杂交种,其中又以标记组合Hpms1-69+Hpms2-281+CA514272和Hpms1-69+Hpms2-281+BM61461为优。此外,15个SSR标记在12个辣椒杂交种中共检测到38个等位基因,出现两个杂交种指纹图谱完全相同的概率为3.63×10-12,表明这些标记可以用作目前构建辣椒指纹图谱的核心标记。     

基于SSR分子标记的福建百香果品种（系）鉴定及指纹图谱构建

【目的】基于SSR分子标记鉴别福建百香果品种的遗传多样性,构建福建百香果品种的分子指纹图谱。【方法】基于转录组测序,开发西番莲SSR分析标记,并筛选出15个重复性好、多态性高的分子标记用于17个福建百香果品种（系）鉴定及遗传多态性分析,构建百香果品种（系）的SSR分子指纹图谱。【结果】利用MISA软件对1 kb以上的24 319条西番莲（Passiflora caerulea L.） Unigene进行搜索,于8 742条Unigene上检测出11 385个SSR位点,出现频率为46.82%,平均分布距离为7.15 kb。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸分别占总SSR的63.72%、20.40%和14.28%,为数量较大的优势重复基序,其优势重复基元分别为A/T、 AG/CT和AAG/CTT。通过Primer 3.0共获得出28 257对SSR引物。从26对有效扩增引物中选择重复性好的15对引物,对17份百香果品种（系）进行多态性验证分析。15对SSR引物共产生235条多态性条带,PIC平均值为0.95。利用UPGMA进行聚类分析并作图,在遗传距离0.765处,可将17个品种（系）分为7个...     

西北地区主栽豌豆品种SSR指纹图谱构建

采用SSR标记技术对7个西北地区主栽豌豆品种基因组DNA进行扩增,构建了不同品种豌豆的指纹图谱。结果表明,21对不同的SSR引物中有6对扩增出多态性DNA片段,其中1对引物PSAC75可使每一品种具有其自身的特征谱带。因此,SSR技术可从DNA水平鉴别豌豆品种的分子差异,从而为分子标记辅助育种提供技术依据。     

柑橘品种鉴定的SSR标记开发和指纹图谱库构建

【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。     

利用SSR分子标记建立杂交水稻指纹图谱

利用微卫星标记对大穗稻1126进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定的研究,77对引物中具有多态性的引物共36对,占所用引物的46．75％。利用这些SSR引物建立了1126的DNA指纹数据库,可以有效解决杂交水稻亲本1126的真伪性及与其他品种的区分问题。三组引物RM21、RM505、RM212共同扩增可以很好地将1126与其亲本Lemont与蜀恢527区分开来,可作为大穗稻1126的特征引物加以鉴定。由此可见利用微卫星分子标记技术进行水稻种子质量鉴定应用前景广阔。     

非洲菊耐热变异株系的筛选和田间鉴定

 【目的】以非洲菊‘深圳5号’（S5）品种为材料筛选耐热株系。【方法】利用组织培养体系,以EMS诱变和多代间歇高温筛选的方法获得耐热变异体EH和H10,经继代增殖、生根后定植于大棚,在自然高温条件下测定植株叶的生长及耐热相关生理生化变化、产花量以及花品质等指标。【结果】经间歇高温筛选获得的非洲菊组培苗耐热变异株系H10与对照相比,叶面积增大,叶绿素含量有所提高,在珠海温度最高的7、8月份,产花量分别比对照提高55.67%和53.27%,花径增加5.57%和5.70%,花梗长度增加10.35%和11.77%,花瓣的花色素苷含量明显高于对照组;在自然高温条件下,H10的叶片细胞膜透性具有较好的稳定性,且明显低于对照组,脯氨酸含量增高,超氧物歧化酶（SOD）、过氧化物酶（POD）及抗坏血酸过氧化物酶（APX）活性增强。EH在生长状况、产花量和成花品质等各方面都未优于对照组。【结论】经过大棚种植鉴定和相关生理生化指标测定,认为H10可以作为一个优良的非洲菊耐热新品系。     

SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用

介绍了SSR分子标记的特点及其在作物种质资源鉴定中的应用,主要包括亲缘关系鉴定、品种鉴定、真实性鉴定及纯度鉴定;提出了改进方法,并对其应用前景作了展望。     

基于SSR荧光标记的79份桃种质遗传多样性分析

【目的】利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对取自国家果树种质南京桃资源圃的79份种质进行基因分型和遗传多样性分析,筛选出多态性高的引物可用于桃品种间鉴定、亲缘关系分析,并用于分子标记辅助选种体系建立。【方法】对母本‘中油4号’进行从头测序,以物理距离1 Mb为单位在全基因组范围内开发SSR标记。以79个桃品种为材料进行PCR扩增,扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后筛选目标条带清晰且多态性丰富的标记。对筛选出的标记进行5′端荧光修饰,PCR产物在ABI3730XL测序仪测序,实现对标记的复筛。利用Genemapper 4.0软件对测序结果进行统计,Data Formater 2.1软件将统计得到的bp数据转换成Power Marker v3.25软件所需要的数据格式。对筛选出的引物进行多态性分析,选择多态信息含量（PIC）大于0.45的荧光SSR引物作为79份种质材料的核心引物。以Nei’s为参数,利用NTSYSpc 2.1软件中的UPDM聚类方法分析品种间的遗传多样性。利用基于贝叶斯模型的Structure v2.3.4软件解析79份种质的居群遗传结构。【结果】基于79份种质,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对覆盖全基因的SSR标记进行初筛,共筛选出207对多态性良好的引物;利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对207对引物进行复筛,最终筛选出26对核心引物,利用其中5对核心引物可将79份品种完全区分开。26对SSR核心引物在79份桃种质中共扩增出174种多态性基因型,每对引物扩增出的基因型为4—13种,平均每对引物扩增出6.69个基因型,每对引物的多态信息含量PIC在0.45以上。基于207对SSR引物在79份种质中扩增出的位点信息,构建了79份种质的遗传关系图谱和居群遗传结构图。207对引物从遗传距离上将79份种质划分为7组,从居群结构上分为2组。79份品种遗传多样性较高,部分品种聚类结果与系谱图相符。【结论】构建了79份材料的聚类分析图和居群遗传结构图,在一定程度上揭示了79份材料的亲缘关系。由于桃复杂的遗传背景,不能依据单一特性对品种间亲缘关系进行判定。本研究筛选出的26对核心引物可用于全基因组范围内连锁性状的鉴定、桃种质资源鉴定、新品种鉴定及保护、分子标记辅助育种体系构建。     

贵州48个玉米杂交种及其亲本SSR指纹图谱的构建与分析

从北京市农林科学院筛选出的100对玉米SSR核心引物中选取20对,利用SSR分子标记技术,构建了贵州省2000年以来审定的48个玉米杂交种及其亲本的数字化指纹图谱.图谱构建所用的20个SSR标记每个位点的等位基因数平均为5.3个,多态信息量平均为0.66,标记索引系数平均为3.58,多态性丰富.图谱中,来自不同地区或不同育种家的同名自交系,有的指纹图谱较一致,有的有差异,有的扩增片段大小不同,有的扩增片段数目也不同;杂交种的谱带表现为偏母型、偏父型、杂种型和双亲互补型4种类型.经验证,建立图谱时所用的材料符合最小品种内变异的原则,表明所建立的图谱是准确的.该图谱对于玉米品种及其亲本的纯度鉴定、真实性鉴定以及维护育种家的权益有一定的应用价值.     

沙田柚杂交后代群体的SSR鉴定与遗传多样性分析

【目的】利用SSR标记对沙田柚杂交后代群体进行杂种鉴定和遗传多样性研究,为柑橘种质创新和遗传改良提供技术、材料和理论支持。【方法】利用SSR技术分析沙田柚两个杂交组合159株后代的杂种性质,采用UPGMA聚类分析法分析后代群体和亲本的遗传关系。【结果】4对引物可以从104株沙田柚×强德勒柚的杂交后代鉴定出103株真杂种,鉴定率达到99.04%,且在引物AGC9的扩增图谱中有70个单株出现了双亲都没有的新条带;5对引物可鉴定出沙田柚×红江橙的全部杂交后代均为真杂种,一个纯合显性标记AAT12被发现,在引物GA18和AGC9的扩增结果中出现了亲本位点的缺失;UPGMA聚类分析结果显示,两个杂交组合后代群体均出现较显著的遗传变异,两个组合的遗传多样性也有较大的差异。【结论】SSR标记适合柑橘杂种的鉴定和遗传多样性分析,杂交是获得柑橘遗传变异株系的有效途径。     

黑杨派杨树种质资源的SSR分析及鉴定

以50份黑杨派种质资源为试验材料,利用筛选的15对SSR引物对其进行遗传多样性分析和鉴定,依据相似系数构建聚类图并进行遗传关系分析,结果表明：15对引物共检测到187个多态位点,多态性位点百分率为100%,每对引物检测到多态位点数8～19个,平均12.47个;期望杂合度（H_e）平均为0.8207,观测杂合度（H_o）平均为0.7391,多态信息含量（PIC）平均为0.79;有12对引物在17份样品中检测到了特异性位点,共检测到特异性位点36个,每个引物检测到特异性位点数量为1～5个。UPGMA聚类分析表明,50份杨树种质相似系数为0.7273～0.9893,平均0.8045,具有较高的遗传相似性,当相似系数在0.79时,参试样品可分为4大类,聚类分析结果与种质的系谱关系及引种种源基本吻合,能够较好的反映种质间的亲缘关系;综合特异性位点的检测和聚类分析的结果,初步判断N024、N018、N017、N009、YN和47#可能不是纯种美洲黑杨,N4和N51可能不是纯种欧洲黑杨,还有待于进一步验证。依据各引物等位位点特征,选取引物组合GCPM−2826、P139、P3和P141构建辽宁地区主栽的14份种质的指纹图谱,能够有效的区分14份种质。     

基于SSR技术的水稻DNA指纹图谱构建

水稻是我国重要的粮食作物,具有种植面积大、分布范围广等特点,然而由于水稻的遗传基础比较狭窄,在新品育种、品种区分及质量监控等方面经常出现问题。SSR技术作为第二代分子标记的典型代表,具有标记数量丰富、定位精准等优点,在水稻SSR指纹图谱的构建中提到不可替代的重要作用。该文主要综述了基于SSR技术构建的水稻DNA指纹图谱,对其技术要点及其构建意义进行分析,并对其发展趋势进行展望。     

我国部分香稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以太湖稻区和引自国内其它地区的39个香稻品种以及2个籼型恢复系对照品种为研究材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析.从已公布的40对水稻SSR引物中筛选出13对核心引物,在这41个水稻品种中共检测到36个多态性片段.据此建立41个水稻品种的DNA指纹图谱,进行聚类分析,发现它们的遗传相似系数在0...