侵染贵州火龙果的仙人指X病毒的基因组序列变异

为仙人指X病毒(Schlumbergera virus X,SchVX)的分子检测与防控提供理论基础,利用基于Illumina平台的高通量测序分析6份疑似病毒感染贵州火龙果样品,研究侵染火龙果的仙人指X病毒发生情况和遗传变异。结果表明:在5份样品中获得大量SchVX相关序列,占样品序列数的3. 7%～17. 5%;SchVX贵州分离物与参考基因组(Genbank登录号:KP090203)的序列一致性为82. 8%～100. 0%; SchVX贵州分离物之间编码外壳蛋白的核苷酸序列和推导的氨基酸序列一致性分别为92. 5%～97. 3%和96. 0%～99. 1%,分别与来自于仙人掌科其他寄主的NI、K11和Palma-PE分离物序列一致性类似,略高于nopal verdure 1分离物; SchVX贵州分离物与NI、K11和Palma-PE分离物亲缘关系较近,与nopal verdure 1分离物较远。样品采集地的火龙果普遍受SchVX侵染,其基因组序列存在一定程度的分子变异。     

犬细小病毒河南株的分离鉴定及全基因组序列分析

为了研究河南省当前犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的流行情况,收集经CPV胶体金试纸检测阳性的病犬血便病料,对其处理后进行特异性PCR扩增,然后将粪便处理物经滤器过滤后接种于F81细胞,进行细胞盲传并观察细胞的病变情况,同时对病毒进行理化性质及血凝试验等检测,最后对病毒的全基因组进行测序。结果表明,该病毒经特异性PCR扩增初步鉴定为CPV,接种于F81细胞盲传2代后,出现明显细胞病变。全基因组测序显示,该病毒分离株基因组全长5 052 bp,其中包含U型发卡结构188 bp,Y型发卡结构120 bp。此外,其ORF1全长2 007 bp,能够编码非结构蛋白NS1,ORF2全长2 257 bp,能够编码结构蛋白VP1、VP2。经VP2氨基酸序列分析,鉴定其为New CPV-2b亚型,命名为CPV/HN1,该病毒分离株TCID_(50)为10~(-4.85)/0.1 mL,血凝效价为1∶256。与国内的17株参考毒株全基因组序列核苷酸同源性为96.4%～99.9%,其中与北京分离毒株同源性为99.9%。     

马铃薯X病毒黑龙江分离物外壳蛋白基因克隆与序列分析

马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)是重要的马铃薯病毒之一,几乎分布于全国所有马铃薯种植区域,严重影响马铃薯的产量和品质。对其建立RT-PCR分子检测体系以及对其外壳蛋白(CP)基因进行序列分析尤为重要。根据已报道的PVX的核苷酸序列设计合成1对引物,以带毒植株总RNA为模板,应用RT-PCR方法,克隆了PVX黑龙江分离物(P2)全长CP基因序列。序列分析表明:P2CP基因全长711 bp,编码237个氨基酸残基,与GenBank中17个不同分离物的CP核苷酸序列同源性为75.5%~96.3%,氨基酸序列同源性为89.4%~99.2%。依据PVXCP氨基酸序列建立系统进化树,将PVX不同分离物划分为两大类群,P2与PVX中国分离物亲缘关系较近,同属于类型Ⅱ,表现一定的地域相关性。同时,应用该RT-PCR分子检测体系进行马铃薯样品检测。     

甘薯羽状斑驳病毒O株系和RC株系中国分离物全基因组序列分析及其遗传特征

【目的】对甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)O株系中国分离物(SPFMV-O-Ch1)和RC株系中国分离物(SPFMV-RC-Ch1)的基因组全序列进行克隆,明确SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的基因组结构特征及其遗传变异情况,为研究甘薯羽状斑驳病毒的致病机制打下基础。【方法】根据GenBank中登录的SPFMV基因组全序列设计2对简并引物和3对特异性引物,利用RT-PCR方法,从感染SPFMV的甘薯叶片中扩增SPFMV O株系和RC株系中国分离物的基因组全长序列,将目的片段分别克隆到pMD19-T载体上,经序列测定、分析和拼接,获得SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的全序列,利用DNAMAN和MEGA7对SPFMV基因组全序列及不同编码区序列进行遗传变异和系统进化树分析,利用RDP软件分析SPFMV基因组重组情况。【结果】经序列测定和拼接,结果表明SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1基因组分别包含10 922和10 851 nt,均包含一个开放阅读框,分别由10 557和10 ...     

口蹄疫病毒R株基因组序列分析研究

根据GenBank上发表的口蹄疫（foot-and-mouth disease，FMD）全基因序列数据，设计了多对引物，采用RT-PCR的方法，分别对R株编码区和非编码区基因进行扩增，将各片段克隆至pMD18-T载体，进行核苷酸序列测定．按顺序拼接各基因的序列，将结果序列与GenBank上各FMDV毒株的序列进行比较和同源性分析．序列的比较和分析表明，R株编码区全长为6966个核苷酸，共编码2322个氨基酸；非编码区5’端内部核糖体结合位点（intemal ribosome entry site，IRES）长约450个核苷酸，3’非翻译区（untranslatable region，UTR）从TAA始至Poly（A）前长度为94个核苷酸，所测出Poly（A）尾长度为18个核苷酸．与GenBank世界流行毒株的序列比较，编码区核苷酸序列同源性为88％～90％，推导氨基酸序列同源性为88％～95％．     

番茄黄化曲叶病毒安徽分离物的基因组结构特征及变异分析

利用滚环扩增（RCA）技术从安徽淮北番茄温室表现曲叶症状的番茄上获得番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus, TYLCV）的2个分离物全基因组。 2个TYLCV DNA-A核苷酸序列全长均为2 781 nts,共编码6个ORF。序列比对结果表明,2个TYLCV安徽分离物DNA-A核苷酸序列同源性为99.7%,与已报道的国内外其他24个TYLCV各分离物同源性高达97.8% ~ 99.9%。系统进化分析显示,TYLCV安徽分离物与来自吉林、沈阳、天津、邯郸和山东的5个TYLCV分离物亲缘关系最近。     

马铃薯X病毒贵州分离物的分子鉴定

从贵州威宁县染病马铃薯植株中分离得到马铃薯X病毒贵州分离物(PVX-GZ),采用RT-PCR扩增并克隆了该分离物的外壳蛋白基因(CP).经测序,该CP基因长714 bp,编码237个氨基酸残基,分子量25.2 ku;与19种已报道的PVX各地分离物的同源性相比,其核苷酸和氨基酸序列分别在78.6％～97.5％和84.8％～99.6％之间,其中,与两种典型的PVX X3株系(荷兰分离物X3和英国分离物UK3)的基因序列同源性达97.1％以上.结合寄主鉴别结果,判断该分离物属PVX的X3株系.     

猪圆环病毒Ⅱ型的分离与全基因组序列分析

从福建省表现为断奶猪多系统衰竭综合征的猪群中分离到两株猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2),分别命名为FUQING0401和PUTIAN0401。通过对这两个分离株的全基因组序列测定,并同GenBank登录的12个代表毒株进行了遗传进化分析,结果表明：福建省两分离株的ORF1核苷酸同源率为97.5％,rep蛋白之间有6个氨基酸的差别,ORF2的核苷酸同源率为99.7％,而两者氨基酸同源率为98.7％。福建省两分离株与加拿大、美国、欧洲以及中国其他地方毒株之间的同源性很高,遗传进化分析表明这两毒株与其他代表毒株可分为几个小分支,但它们之间的核苷酸同源率在91.6％～99.9％,并没有发现福建的两个毒株之间存在地区特异性。     

猪细小病毒河南分离株全基因组克隆及序列分析

[目的]进一步了解河南地区猪细小病毒(PPV)的变异特点.[方法]利用PCR方法,对河南郑州、周口、济源等地采集的疑似PPV感染的病料进行检测.PCR检测为阳性的病料经处理后,同步接种猪睾丸细胞盲传6代,对4株PPV全基因组进行分段克隆及测序,并与GenBank登录的国内外PPV流行株全基因组进行比较.[结果]获得的4株PPV全基因组序列全长均为4679 bp.4个毒株之间的核苷酸同源性介于99.6％ ～99.8％,与其他毒株间核苷酸同源性为98％～100％,遗传进化较为稳定.[结论]为PPV在河南地区分子流行病学调查及遗传变异分析奠定了基础.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州流行株ORF5序列变异分析

通过RT-PCR扩增9株贵州省PRRSV流行毒株的ORF5基因,并将其连接到pMD18-T载体进行克隆测序得到目的基因序列.参考国内外毒株,分析其变异特点.结果表明,9株PRRSV贵州流行株都属于美洲型毒株,其ORF5序列之间同源性为99.5%~100.0%.以GZCJ株为贵州省代表毒株,与美洲型参考毒株之间的同源性为89.7%~98.7%,与近年流行的毒株遗传距离较近,与早期流行毒株遗传距离较远,其发生了大量点突变.     

贵州火龙果的气孔特征及其日变化规律

[目的]研究火龙果气孔特征及其日变化规律,为贵州火龙果气孔研究、树体水分调控和田间水分管理提供科学支撑.[方法]以贵州火龙果主栽品种紫红龙为试验材料,在电镜下观察火龙果肉质茎及果实表皮气孔特征,分析火龙果气孔日变化和气孔导度变化规律.[结果]火龙果各部位气孔的表面形态及空间格局明显不同,火龙果果实表皮气孔呈下陷形态,为...     

火龙果矿物元素含量分析

用原子吸收光谱法测定了火龙果果肉、果籽、果皮中Ca、Mg、Fe、Zn、Cu、Ni、Co、Cr、Bi和Sb等矿物元素的含量,讨论了火龙果果肉、果籽、果皮矿物元素的变化规律.结果表明,火龙果果肉、果籽、果皮中矿物元素含量不同,果肉中含量顺序为Mg＞Ca＞Fe＞Cu＞Zn＞Bi＞Ni＞Cr＞Co,Sb未检出;果籽中含量顺序为Mg＞Zn＞Ca＞Cu＞Fe＞Bi＞Ni＞Cr＞Co,Sb未检出;果皮中含量顺序为Ca＞Mg＞Zn＞Fe＞Bi＞Cu＞Ni＞Co＞Cr,Sb未检出.果皮中以Ca含量最高,果肉与果籽中以Mg含量最高,Zn主要富集在果籽中.常食用火龙果可以补充人体Mg、Ca、Zn、Fe、Cu等矿物元素.果皮中Ca很高,果皮可以作为Ca及其他矿物元素的饲料添加剂.     

广东火龙果果柄腐烂病病原菌的分离及鉴定

在广东省广州市从化区一火龙果种植基地发现了一种火龙果新病害,命名为火龙果果柄腐烂病。通过病原菌分离与纯化培养、柯赫氏法则验证、形态学观察和分子生物学鉴定,对引起火龙果果柄腐烂病的病原菌进行鉴定。病原菌菌落呈圆形,白色,大型分生孢子镰刀状,其形态特征与木贼镰刀菌(Fusarium equiseti)相似。病原菌接种后,火龙果果柄出现白色菌丝,与自然发病果实症状一致。病原菌的核糖体DNA内转录间隔区(rDNA-ITS)序列与已有木贼镰刀菌的rDNA-ITS序列同源性高达100%。结合形态学分析和rDNA-ITS基因序列鉴定结果,最终确定木贼镰刀菌(F.equiseti)为火龙果果柄腐烂病的病原菌。     

火龙果的棱片离体培养

以火龙果带刺座的幼嫩棱片切块为外植体,进行离体培养技术研究.结果表明,诱导培养基用MS+6-BA 5.0 mg*L-1 +NAA 0.05 mg*L-1,不定芽诱导率75%;增殖培养基用MS+6-BA 5.00～8.00 mg*L-1 +NAA 0.05～0.10mg*L-1,继代周期45 d,平均繁殖系数为4.5;生根培养基选用1/2MS+NAA 0.10～0.40 mg*L-1 +6- BA 0～0.3 mg*L-1,生根率96%;试管苗的移栽成活率86%以上.     

侵染贵州甘蓝的芜菁花叶病毒 CP 基因序列分析

【目的】明确贵州省甘蓝芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)的发生分布,为科学防控提供指导。【方法】在贵州省安顺市、威宁县和修文县采集甘蓝病毒病样品,采用酶联免疫吸附试验法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)和RT-PCR对病样进行TuMV检测,利用相关生物学软件分析TuMV CP基因序列的一致性,并构建系统进化树。【结果】152份甘蓝样品中66份检测出阳性,检出率为43.42%;测序的15个TuMV CP基因核苷酸同源性为88.70%～100%,与已报道TuMV 6个组的分离物构建系统进化树发现,14个分离物属于basal-BR,1个分离物属于world-B组。【结论】TuMV在贵州省甘蓝不同种植区普遍发生,且basal-BR为感染甘蓝的优势毒源。     

火龙果组培增殖快繁技术研究

为了建立火龙果的组培快繁体系,以火龙果的茎段为外植体,消毒后接种到含有不同浓度的6-BA和IAA的MS培养基上,从中筛选出增殖系数最高的培养基配方;将增殖出的火龙果芽接种到含有不同浓度的6-BA和IAA的MS培养基上,从中筛选出最好的伸长培养基配方;将生长到4cm的火龙果幼苗接种到含有不同生长素的生根培养基上,从中筛选出生根效果最好的培养基配方。试验结果显示,最好的增殖培养基配方是:MS+6-BA3.0mg·L-1+IAA0.5mg·L-1;最好的伸长培养基配方是:MS+6-BA1.0mg·L-1+IAA1.0mg·L-1;最好的生根培养基是:1/2MS+IAA1.0mg·L-1。     

火龙果茎段组织培养快繁技术研究

以火龙果的幼嫩茎段为外植体进行组培快繁研究,结果表明,火龙果不同长度的茎段均能产生愈伤组织,茎上的不定芽大部分可以启动生长,其中,以3 cm长的幼嫩茎段诱导效果最佳,愈伤组织诱导率为100%;不定芽诱导培养基以MS+6-BA 4 mg/L+NAA 0.1 mg/L效果最好,诱导率可达75%;当6-BA质量浓度为8 mg/L和NAA质量浓度为0.05 mg/L时,不定芽的繁殖系数最高,当6-BA质量浓度为1 mg/L和NAA质量浓度为0.2 mg/L时,虽然不定芽的繁殖系数低,但其不定芽生长较快、苗壮,可以依生产的需要交替使用这2种培养基;适宜的生根培养基为1/2 MS+IBA2.0 mg/L。     

仙蜜果引种及开花结果习性观察

仙蜜果又称火龙果、仙人掌蜜果、红龙果等,为仙人掌科量天尺属(hylocereus undatus)和蛇鞭柱属(seleniereus meja-lantous)多年生攀缘性肉质植物,原产中美洲热带地区墨西哥等地.杭州市蔬菜科学研究所于2002年4月从台湾省引进仙蜜果品种5个,在温室栽培条件下对其进行适应性观察.现将有关结果报道如下.     

黏土改良对火龙果生长及光合特性的影响

【目的】探明不同土壤改良条件下火龙果生长发育及光合特性变化的生理机制,为火龙果在不同土壤的水肥管理提供依据。【方法】采用盆栽试验,选取当地主栽品种紫红龙扦插苗为试验材料,通过黏土配以不同比例（0,20%,40%,60%）的河沙为盆栽基质,研究不同黏土河沙配比下火龙果生长发育状况及光合特性变化的生理机制。【结果】含河沙40%的黏土较其他配比土壤火龙果结果期枝条宽度、厚度和茎围均最优,增幅范围分别达12.45%～38.45%、2.93%～71.56%和0～4.75%;新枝和根生物量均最大,与其他配比土壤相比,分别提高12.15%%～58.91%和5.88%～38.46%;叶绿素a、叶绿素b和总叶绿素含量均最高,较其他配比土壤分别提升3.19%～42.87%、21.43%～41.67%和3.19%～42.68%;各处理间火龙果根系形态无明显差异。7月（除综合能指数）、8月、9月、10月（除气孔导度）含40%河沙黏土火龙果枝条的最大光化学效率（Fv/Fm）、潜在光化学效率（Fv/Fo）、吸收光能为基础的性能指标（PIABC）、综合性能指数（PItotal）及气孔导度（Gs）均达峰值。【结论】含河沙40%的黏土有利于火龙果枝条的生长发育、物质积累及光合色素生成,可明显增强枝条光合能力。