甘肃高山细毛羊优质毛品系微卫星标记与经济性状的相关性分析

利用15个微卫星位点对甘肃高山细毛羊优质毛品系153只母羊的个体基因型进行检测,并用SPSS13.0程序下的GLM对具有多态性的14个微卫星位点与羊毛及体重的关系进行方差分析和多重比较。结果发现7个微卫星位点与甘肃高山细毛羊优质毛品系羊毛及体重存在显著或极显著相关,同时在这些位点上找到了对经济性状有利的基因型,为集成甘肃高山细毛羊优质毛品系的早期分子标记辅助选择育种技术提供了依据。     

微卫星标记OarFCB128在10个绵羊品种中的遗传多样性

利用微卫星标记OarFCB128对10个绵羊品种,即甘肃高山细毛羊、滩羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角陶赛特、澳洲美利奴、德国美利奴、白萨福克、特克赛尔和波德代等羊的基因频率、多态性信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了分析.结果表明,微卫星标记OarFCB128在10个绵羊品种中的平均多态信息含量、平均有效等位基因数及平均群体杂合度分别是0.901 2、12.544和0.919 8.微卫星标记OarFCB128在绵羊品种中的多态性丰富,该微卫星位点可以用于绵羊遗传多样性的评估.     

甘肃高山型细羊毛KRT35基因序列遗传多态性分析

采用PCR-SSCP方法,检测甘肃高山型细毛羊优质毛品系111只KRT35CDS区部分序列的遗传多态性,并与羊毛弯曲度进行关联分析.结果表明:KRT35CDS区部分序列存在1个等位基因3种基因型.χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.4526,属于中度多态(0.5＞PIC＞0.25).测序结果显示,与绵羊该基因序列(EU216426)相比,A等位基因在154处发生T→C的突变.关联分析表明:优质毛品系不同基因型之间羊毛弯曲度差异不显著.     

甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星多态性与生长速度的关联分析

通过220只甘肃高山细毛羊生长性能测定、DNA测序验证、微卫星DNA多态性检测和相关性分析,研究了甘肃高山细毛羊DRB1 基因内含子2微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星重复单位是由GT/GA组成的复合型微卫星座位。研究共检测到13个等位基因和40种基因型,等位基因201、195和193 bp是优势等位基因,201/201 bp是优势基因型。该微卫星座位多态信息含量为0.830,杂合度为0.847,属高度多态座位。相关性分析表明,183、191、207和197 bp等位基因对应的甘肃高山细毛羊群体出生体质量极显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因群体(P<0.01),同时显著高于179、189、193和201 bp等位基因群体(P<0.05),含有179、189、193和201 bp等位基因的群体的出生重显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因的群体(P<0.05)。就甘肃高山细毛羊1月龄、2月龄、3月龄和6月龄体质量综合考虑,含有197和207 bp等位基因群体的体质量较高,从甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星座位选择考虑,在选种时尽量保留含有197和207 bp等位基因的个体作为种用,将可能提高甘肃高山细毛羊的出生体质量和出栏体质量(6月龄体质量)。     

微卫星标记多态性与番鸭屠宰性能的关联分析

研究微卫星标记与番鸭屠宰性能的相关关系,为采用分子标记辅助选择的方法提高选种效果,并进一步加快育种进展提供相关参考依据.根据番鸭遗传图谱及相关文献报道,选择了与番鸭屠宰性能QTL连锁的8个微卫星基因座,对160只白羽番鸭的屠宰性状进行群体遗传学检测:计算其多态信息含量、等位基因数、杂合度.每个微卫星基因座的等位基因数3-6个不等,8个微卫星的平均等位基因数为4.25个,平均杂合度与平均多态信息含量分别为0.723和0.672.并进行微卫星标记与屠宰性能的关联分析.结果表明,不同基因型各屠宰指标的最小二乘均数以位点CAUD035和位点CAUD076差异性最显著CP<0.05),可作为番鸭屠宰性状选择参数.     

5个绵羊群体微卫星多态性分析

采用微卫星DNA标记对甘肃高山细毛羊、滩羊等5个绵羊群体(125只个体)的5个微卫星座位等位基因进行检测,分析5个绵羊群体的遗传多样性和亲缘关系。结果表明:5个绵羊群体中共发现78个等位基因,其中在甘肃高山细毛羊肃南县群体中发现的等位基因数最多(57个),滩羊最少(43个)。多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度的数据分析表明:在研究的5个绵羊群体中甘肃高山细毛羊天祝县群体和肃南县群体的遗传多样性较丰富,而滩羊的遗传多样性相对较低。DA遗传距离和DS遗传距离构建的邻接(NJ)系统发育树均表明:甘肃高山细毛羊天祝县群体和肃南县群体与藏羊的亲缘关系较近,为一类;而滩羊与小尾寒羊的遗传距离较近,为另一类。     

陇东绒山羊微卫星多态性及其与部分经济性状相关性的研究

为了在陇东绒山羊群体实施标记辅助选择,根据山羊遗传连锁图谱和相关文献资料,选用9个微卫星座位,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳PCR扩增产物,对我国特有遗传资源50只陇东绒山羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测,通过标记多态性与生产性状的最小二乘线性模型,进行了分子标记与经济性状的相关分析.结果表明:9个微卫星座位在陇东绒山羊群体中共检测到90个等位基因,平均每个座位的等位基因数为10个.其中微卫星座位LSCV24等位基因数最多,为14个,等位基因数最少的是DB6,只有6个;在所标记群体内平均多态信息含量为0.84±0.03,平均遗传杂合度为0.86±0.03.在9个基因座上发现与某些经济性状密切相关的标记效应(P＜0.05),同时在这些位点上找到各经济性状优势基因型以及对相应性状具有正效应或负效应的等位基因.     

绵羊KRTAP20-1基因变异及其在不同组织的表达特征

【目的】研究角蛋白关联蛋白(keratin-associated proteins,KAPs)编码基因的遗传变异对绒毛性状的影响,以丰富绵羊功能基因组学并开发基因标记。【方法】采用PCR-SSCP和DNA测序技术,检测KAP20-1编码基因(KRTAP20-1)在甘肃高山细毛羊(细毛羊)、青海半细毛羊(半细毛羊)和藏绵羊(粗毛羊)3个群体中的变异情况;利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,检测KRTAP20-1基因在甘肃高山细毛羊、小尾寒羊(粗毛羊)成年母羊和羔羊不同组织中的表达情况。【结果】3个绵羊群体KRTAP20-1基因共检测到4个SNPs,其中3个为非同义突变导致氨基酸的改变(P.Gly10Ser、P.Tyr29Phe和P.Ser61Gly),1个为同义突变。等位基因A在3个绵羊群体中均为优势等位基因,其余3个等位基因在不同绵羊群体中分布差异较大。甘肃高山细毛羊KRTAP20-1基因的遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量均高于其他2个群体。KRTAP20-1基因只在绵羊皮肤中表达,在其他组织中均无表达;在小尾寒羊和甘肃高山细毛羊2个群体中,羔羊皮肤组织中KRTAP20-1表达量均高于母羊,且在小尾寒羊皮肤组织中的表达量高于同期甘肃高山细毛羊,即表现出明显的群体差异性和时空差异性。【结论】绵羊KRTAP20-1基因在不同用途毛用绵羊中的等位基因分布差异及组织表达的种群特异性和时空特异性提示,该基因对羊毛相关性状的形成和表型均有影响。     

利用微卫星标记对3个绵羊品种肉用性状多态性的研究

[目的]研究3个绵羊品种肉用性状的多态性。[方法]利用微卫星标记技术研究新疆地区无角陶塞特、萨福克与中国美利奴绵羊群体的遗传多态性,并对所列举微卫星位点的多态性进行统计分析。[结果]所测3个绵羊群体的基因频率分布不均匀,其有效等位基因数在12～15,不同等位基因间片段大小的差异不等。3个品种绵羊群体的变异程度很高,各绵羊品种的杂合度为0．8214-0．9252。所选4个微卫星座位均表现出了高度多态性,多态信息含量（PIC）为0．7923～0．9167,是普遍适合于绵羊肉用生产性状的多态标记。[结论]该研究为进一步寻找与生产性能相关的遗传标记提供了理论依据。     

利用微卫星DNA标记分析高原型细毛羊的种质特性

 【目的】利用微卫星DNA遗传标记,分析中国高原型细毛羊品种间的遗传差异,为评价其种质特征、开展品种保护和遗传改良提供依据。【方法】运用15个微卫星DNA标记,以甘肃高山细毛羊和青海细毛羊为研究对象,其它9个绵羊群体为对照,分析群体遗传结构、遗传分化和种质特性。【结果】系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构推导均得出一致的结果：即所研究的11个群体可分为3类,其中青海细毛羊和甘肃高山细毛羊聚为一类,具有较近的主成分值,群体遗传结构也较相似。【结论】青海细毛羊和甘肃高山细毛羊具有相似的遗传背景,这与他们的育种历史等一致,表明微卫星DNA标记是研究动物种质特征的可靠遗传标记之一,在未来的品种资源保护和利用中,根据系统保种理论,可将青海细毛羊和甘肃高山细毛羊按一个细毛羊品种来对待。     

SPF莱航鸡种群的微卫星多态性分析

【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。     

灵昆鸡群体微卫星DNA遗传多样性研究

为阐明灵昆鸡群体遗传变异和遗传结构状况,采用23个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,检测其等位基因。结果表明,共检测到174个等位基因,23个座位都呈现出多态性,23个微卫星座位的等位基因数在3～12个,平均等位基因数为7.5个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.758和0.723。分析结果表明灵昆鸡自然群体遗传多样性较丰富。     

北京褐斯坦奶牛中四个微卫星座位的遗传变异

利用4个微卫星座位BM1818，BM1258，BM1443和BM1905，对240头北京褐斯坦奶牛进行了遗传检测，计算了4个微卫星座位的等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数、杂合度，其中BM1443的遗传变异最大，BM1818的最小。     

云南屏边大围山微型鸡遗传多样性*

 云南屏边大围山微型鸡是我国具有独特遗传特性的、属于亚热带热带型早熟地方家禽品种。研究采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测,目的在于阐明其群体遗传变异和遗传结构状况。研究结果显示：33个微卫星座位共检测到65个等位基因,每个座位的等位基因数在1～3个之间,这些等位基因的频率大小在0.0333～1.000之间,平均每个座位的等位基因数为1.9697个,有效等位基因数在100～263个之间, 平均有效等位基因数为1.6846。群体平均杂合度（H）和群体平均多态信息含量（PIC）为0.1737和0.3279。结果表明,大围山微型鸡群体平均杂合度和群体平均多态信息含量较低,纯合度较高,未受到其它外来血液的混杂,是一个封闭的原始群体,具有较高的遗传一致性     

利用多重荧光PCR分析秦川牛遗传多样性

[目的]分析秦川牛的遗传多样性,加强对该品种资源的保护。[方法]利用15个微卫星座位,运用多重荧光PCR技术对59头秦川牛个体的基因组DNA进行扩增,通过等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数分析秦川牛品种的遗传多样性。[结果]结果表明:在15个座位的等位基因数为5～18个,平均等位基因数为10.3个;各座位上的杂合度都较高,平均杂合度为0.7959;平均有效等位基因数为5.3066;15个座位中多态信息含量为0.6441～0.8649,均为高度多态。[结论]通过荧光标记可用于牛品种遗传多样性的分析,并可为进一步QTL定位和标记辅助选择研究提供参考。     

人工饲养蓝狐微卫星DNA的多态性

选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。     

利用微卫星标记分析蓝孔雀群体的遗传多样性*

 蓝孔雀不仅具有观赏价值,其作为特禽来养殖也具有较高的经济价值。为了进一步了解蓝孔雀群体的遗传变异状况,筛选出10对家鸡微卫星引物,利用PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对西双版纳蓝孔雀群体的59个个体进行了遗传多样性检测。10个微卫星座位共检测到35个等位基因,各基因座位的等位基因数为2~5个,平均每个座位的等位基因数和有效等位基因数分别为3.50和3.00个;群体平均多态信息含量为0.5533,平均杂合度为0.6168。表明蓝孔雀群体遗传多样性丰富。     

应用两类遗传标记方法分析湖羊和同羊的遗传多样性

随机抽取湖羊 6 3只、同羊 6 5只分别进行 14个结构基因座和 7个微卫星标记的遗传检测 ,比较由两种遗传标记获得的群体基因平均杂合度 (H)、多态信息含量 (PIC)及群体有效等位基因数 (Ne)。结果表明 :由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的 ,且在两群体中变化趋势一致。提示 :结构基因座和微卫星标记是绵羊群体遗传多样性研究的可靠遗传标记 ,而微卫星标记揭示更为丰富的遗传变异 ;两绵羊群体在结构基因座和微卫星DNA两个层次上具相当的遗传多样性 ;微卫星标记可有效用于近缘群体间的遗传分析。     

微卫星标记BMSS2508在4个山羊品种中的DNA多态性

为寻找山羊繁殖性能的多胎性分子标记,根据比较基因组学方法,选用位于绵羊6号染色体上与多胎基因(FEC^B)紧密连锁的微卫星标记BMS2508,分别检测了湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊该微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度．研究结果表明：BMS2508位点的多态信息含量／有效等位基因数／平均杂合度在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊中分别为0．5927／2．6822／0．6272,0．7002／3．5366／0．7172,0．5765／2．3653／0．5772,0．7506／4．3295／0．7690．故该微卫星位点在4个山羊品种中具有比较丰富的遗传多态性,可用于山羊遗传多态性评估,也为研究该微卫星位点的DNA多态性与山羊繁殖性能的相关打下了基础．     

地方鸡种微卫星DNA指纹图谱建立与遗传多样性研究*

 利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测，构建了各个品种的微卫星DNA指纹图谱，通过计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离，并用类平均法进行聚类分析，分析了所研究鸡种的遗传关系。研究结果表明：20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因，平均为9.2个,基因频率分布在0.013～0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824～0.7432之间。其中藏鸡最高，白耳鸡最低。20个微卫星座位的平均多态信息含量在0.5238～0.7023之间，均大于0.5，表现为高度多态性；19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的，从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。