马尾松叶表微生物多样性

为发掘对林木生长发育有利的优良微生物资源,并筛选适合叶表微生物的收集方法,以马尾松针叶为试验材料,分别用悬摇法和超声波法收集马尾松叶表微生物,用扩增子高通量测序技术、MUSCLE和Qiime软件研究马尾松叶表微生物的多样性。结果表明:扫描电镜观测结果显示,马尾松针叶表面定殖有大量微生物,包括真菌(菌丝及孢子)和细菌。扩增子高通量测序结果表明,马尾松叶表微生物物种丰富,包含细菌运算分类单位(OTUs)490个,真菌OTUs 1273个。马尾松叶表细菌以未分类的蓝细菌属(unidentified_Cyanobacteria)(36.53%)、未分类的拜叶林克氏菌属(unidentified_Beijerinckia)(28.60%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)(2.35%)为优势属;叶表真菌以枝孢属(Cladosporium)(2.45%)、拟盘多毛孢属(Pestalotiopsis)(0.92%)、无头孢菌属(Capnobotryella)(0.91%)为优势属。针对叶表细菌多样性的研究表明,悬摇法和超声波法均有较高的物种检出度;在叶表真菌多样性的研究中超声波法优于悬摇法,但超声波法样品间数据变异性较大,测定结果不稳定。     

山桐子叶际微生物群落多样性、结构及功能预测分析

【目的】山桐子是优良的木本油料树种,叶片是山桐子植株的一个关键器官,分析健康与感病山桐子叶际微生物群落的丰富度、多样性、群落组成以及功能预测,为探明山桐子病害特征及发病机理,科学开展山桐子林地抚育管理提供参考依据。【方法】采用Illumina平台对健康与感病山桐子叶际微生物群落DNA片段进行双端（Paired-end）测序。通过Vsearch软件聚类获取OTUs,根据其在不同样本的分布,评估每个样本的Alpha多样性水平,进一步衡量不同样本间的物种丰度组成差异;根据基因测序结果,预测菌群代谢功能。【结果】1）健康山桐子和感病山桐子的叶际细菌运算分类单位（OTUs）分别为212和198个,叶际真菌OTUs分别为101和79个。针对山桐子叶际微生物的研究表明,健康山桐子叶际细菌及真菌的丰富度和多样性均高于感病叶片。2）山桐子叶际细菌以不动杆菌属Acinetobacter为优势菌属,在健康和感病植株中相对丰度分别为32.67%和24.90%;健康山桐子叶际真菌以链格孢属Alternaria(17.41%)、亚隔孢壳属Didymella(15.44%)为优势菌属,感病山桐子叶际真菌以链格孢属（...     

红壤区不同生态恢复林分的土壤微生物群落差异

为探究红壤侵蚀区不同生态恢复林分微生物群落特征,采用高通量测序技术比较阔叶纯林(木荷)、针叶纯林(马尾松)和针阔混交林(木荷林与马尾松林)土壤微生物群落结构和多样性。结果表明:各林分土壤共得到细菌943个分类操作单元(OTU),真菌962个OTU,分类学地位明确的细菌有19门46纲99目138科198属207种,真菌有9门22纲59目109科177属167种。其中,优势细菌门为变形菌门、酸杆菌门和放线菌门,优势真菌门为担子菌门、子囊菌门和被孢菌门。林分类型对土壤真菌丰富度(Chao1指数)和多样性(Shannon指数)影响显著(P<0.05),对土壤细菌丰富度(Chao1指数)和多样性(Shannon和Simpson指数)几乎无影响,针阔混交林土壤真菌丰富度和多样性显著高于纯林土壤(P<0.05)。在门水平上,针阔混交林与阔叶纯林土壤细菌门相对丰度变化差异较小,而与针叶纯林差异较大(P<0.05),针阔混交林和阔叶纯林土壤中放线菌门相对丰度比针叶纯林低9.96%和29.43%。土壤真菌门相对丰度在各林分类型间差异较大,被孢菌门相对丰度在针叶纯林土壤中最高,毛霉门和壶菌...     

野生小熊猫主食竹叶围细菌的年际变化

竹叶作为竹林健康状况的重要指示器官，是竹子叶围微生物生存繁衍的重要场所，同时也是病原微生物入侵的重要入口，进而会影响野生小熊猫的健康状况。为了探究野生小熊猫主食竹叶围细菌的年际变化，本文以四川美姑大风顶国家级自然保护区的熊竹(Yushania ailuropodina)为研究对象，通过高通量测序技术探究了熊竹叶围细菌组成、多样性、群落结构的年际变化。研究发现，熊竹叶围细菌11月份OTUs最丰富，且OTUs丰富度秋冬季高于春夏季。12个月份的优势门均为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)和酸杆菌门(Acidobacteriota)，夏季(6月—8月)的变形菌门(Proteobacteria)相对丰度高于其他月份，但拟杆菌门的相对丰度低于其他月份。夏季(6月—8月)假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度明显高于其他月份，但1174-901-12的相对丰度低于其他月份。秋季(9月—11月)和冬季(12月—2月)小熊猫主食竹熊竹叶围细菌的丰富度(Sobs index)和多样性(Shannon index)高于其他季节；群落结构(un)weigh...     

广东省四种松林林地土壤微生物物种多样性差异研究

土壤微生物在地球化学循环中扮演着重要角色,很多生态功能和土壤微生物物种的丰富度密切相关。研究不同林地土壤微生物物种之间的差异,可以加深对不同林地土壤生态的了解,寻找松科植物林地土壤微生物群落特征的共性。本研究基于传统的土壤微生物研究原理和方法,以二代高通量测序技术为辅助,研究了4种松林林地土壤微生物的多样性。结果表明,加勒比松、湿地松、马尾松林地土壤真菌香农指数差异不显著,但显著高于湿加松(P<0.05);湿地松林地土壤的细菌香农指数与湿加松差异不显著,但显著高于加勒比松(P<0.05)和马尾松(P<0.01);门分类水平下4种松林林地土壤真菌和细菌结构相似,其中优势真菌门为子囊菌门、担子菌门、球囊菌门,优势细菌门为变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、拟杆菌门;在属分类水平下,不同林地土壤大量真菌和细菌属存在差异,显著差异真菌、细菌属平均丰度和最高的分别为Lophotrichus、Gemmatimonas。综上所述,4种松林林地土壤微生物物种多样性具有明显的差异,这些差异可能造就了不同的土壤生态功能,但需进一步研究明确优势土壤微生物功能性及与地上植物的关联性。     

内蒙古不同地区柠条根际土壤真菌群落多样性特征研究

柠条是内蒙古荒漠区改良生态环境的重要植物资源,根际土壤微生物对其生长发育具有重要影响作用。为探究不同地区柠条根际土壤真菌群落结构及其多样性特征,以巴彦淖尔(BS)、赤峰(CS)、乌兰察布(LS)三个地区9个取样点的柠条根际土壤为研究对象,用真菌ITS区的通用引物建库,进行高通量测序和生物信息学分析,并探讨其与环境因子的相关性。结果显示：(1)三个地区柠条根际土壤真菌共获得1 589个OTUs,隶属于9门、31纲、 81目、186科、326属,其中主要的优势菌门为子囊菌门(Ascomycota, 42.66%～93.81%)和担子菌门(Basidiomycota, 4.69%～50.85%),优势菌属为镰刀菌属(Fusarium)和未分类菌属(unclassified＿f＿Didymellaceae);不同样本优势菌群相对丰度不同,三个地区真菌群落多样性及丰富度为LS>BS>CS。(2)冗余分析(RDA)和Spearman分析发现,有效氮(AN)、速效磷(AP)与柠条根际土壤真菌组成和多样性具有显著相关性(P<0.05)。研究结果表明,不同地区柠条根际土壤真菌群落多样性...     

林龄对马尾松林外生菌根真菌多样性的影响

以黔中地区龙里林场不同林龄马尾松林为研究对象,采用形态学鉴定与分子生物学相结合的方法,分析了不同林龄马尾松林外生菌根真菌(EMF)的群落多样性特征及其影响因素。结果表明：在不同林龄马尾松林的EMF中共鉴定出48个可操作分类单元(OTU),隶属于15科21属,其中担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota)分别占81.11%和18.19%,担子菌门丰富度明显高于子囊菌门;不同林龄马尾松林的EMF群落组成结构存在明显差异,马尾松林EMF的物种丰富度随着林龄增加呈现出先升高后降低(单峰型)的变化趋势,表现为特有OTUs高于共有OTUs。其中,马尾松人工林EMF优势属主要为棉革菌属(Tomentella)和红菇属(Russula),而对照(针阔混交林)主要以Piloderma、糙缘线革菌属(Amphinema)、棉革菌属和乳菇属(Lactarius)为主;冗余分析结果表明,土壤p H值和全磷含量是影响不同林龄马尾松林EMF群落的重要环境因子。黔中地区林龄对马尾松EMF群落组成与结构产生重要影响。     

基于高通量测序的4种不同树种人工林根际土壤细菌结构及多样性

【目的】研究黄河三角洲4个不同树种人工林根际土壤细菌群落结构及多样性,揭示人工林改善土壤生产力的微生物学机制,为人工林的栽培和管理提供理论依据。【方法】应用高通量测序技术,比较臭椿、榆树、绒毛白蜡和刺槐4种人工林根际土壤细菌群落结构及多样性,并结合根际土壤理化性质进行相关性分析。【结果】1)臭椿、榆树、白蜡和刺槐人工林根际土壤细菌分别有27、26、28和28门,酸杆菌门、变形菌门和放线菌门3门细菌在4种人工林根际土壤中相对丰度大于10%,是根际土壤中的优势群落;硝化螺旋菌门、绿弯菌门、浮游菌门、芽单胞菌门和疣微菌门5门细菌相对丰度超过1%,是根际土壤中的主要群落。4种人工林根际土壤中变形菌门、WS3、蓝藻菌门、广古菌门、厚壁菌门、OD1和软皮菌门7门细菌丰度差异显著。2)4种人工林中刺槐根际土壤细菌多样性最高,物种数、Chao1指数、Shannon多样性指数和Simpson指数分别为1 828.49、2 602.81、8.92和0.95。榆树根际土壤细菌物种数和白蜡根际土壤细菌Chao1指数最低,分别为1 703.36和2 161.69。臭椿根际土壤细菌Shannon指数最低,Simpson指数最高,分别为8.73和0.98。3)榆树根际土壤碱解氮、有效磷、速效钾和有机质含量最低。刺槐根际土壤有效磷含量为3.47 mg·kg-1,显著高于其他3种人工林。臭椿根际土壤pH、碱解氮、速效钾和有机质含量最高,分别为8.52、48.63 mg·kg-1、330.27 mg·kg-1和74.83 g·kg-1,土壤含水量和有机质含量显著高于其他3种人工林。4)人工林根际土壤电导率、含水量、碱解氮、有效磷、速效钾和有机质含量与根际土壤细菌多样性相关关系显著,土壤pH与细菌多样性指数无显著相关关系。【结论】黄河三角洲4种人工林根际土壤细菌结构相似,但部分细菌丰度差异显著;刺槐根际土壤细菌多样性最高。土壤电导率、碱解氮、有效磷和速效钾含量是细菌结构和多样性的主要影响因素。     

基于高通量测序的三种园林植物叶际真菌多样性及群落结构解析

植物叶际真菌与植物健康息息相关，其群落结构和多样性是植物、微生物与其他环境因子相互作用的结果。为了解同一生境下，不同植物叶际真菌群落和多样性差异，确定不同植物对叶际真菌组成的影响，采用高通量测序技术，调查大理大学古城校区校园内50m范围内的大青树（Ficus altissima）、广玉兰（Magnolia grandiflora）和枇杷树（Eriobotyra japonica）三种园林植物叶际真菌群落结构组成。叶际真菌群落Alpha多样性由高到低依次为广玉兰（M. grandiflora）、枇杷树（E. japonica）和大青树（F. altissima）。三种园林植物叶际真菌群落注释阶元中，Ascomycota门，Cladosporium属皆为三种植物叶际真菌群落的优势类群，其相对丰富度略有不同。此外，不同植物也有其特有物种，三种植物叶际真菌群落组成存在明显差异。植物种类决定叶际真菌群落组成及其多样性，不同植物自身的特性会塑造其独特的叶际真菌群落。     

毛棉杜鹃根际与非根际土壤微生物群落多样性

【目的】通过研究深圳梧桐山毛棉杜鹃土壤理化性质、根际与非根际土壤微生物群落特征,为探究毛棉杜鹃根际土壤微生态提供理论依据。【方法】以毛棉杜鹃根际(R)与非根际(NR)土壤为研究对象,测定其土壤理化指标,同时利用高通量测序技术分析土壤细菌、真菌群落特征。【结果】1)根际与非根际土壤均为微酸性,且根际明显低于非根际(P<0.05),根际土壤速效磷显著高于非根际土壤(P<0.05),根际土壤有机质、全氮、碱解氮等均高于非根际土壤,但无显著性差异。2)根际细菌分别注释到23门291种,非根际注释到25门305种;而根际真菌注释到8门520种,非根际真菌注释到8门,518种。3)根际与非根际优势细菌门均为酸杆菌门、变形菌门、放线菌门、绿弯菌门等。土壤优势真菌均为子囊菌门、担子菌门以及被孢菌门等。毛棉杜鹃根际与非根际优势细菌目,主要为Subgroup＿2、酸杆菌目、Solibacterales、根瘤菌目等。根际与非根际优势真菌目主要是散囊菌目、肉座菌目、蜡壳耳目等。4)丰富度指数及多样性指数结果表明：根际与非根际细菌、真菌无显著性差异,而β多样性分析则表明,根际与非根际在土壤细菌以及真...     

除草剂草甘膦对板栗根际土壤微生物多样性的影响

近年来,除草剂的使用已成为提高作物产量和品质的一种常用手段,伴随而来的是土壤微生物多样性失调及污染严重等生态问题。为了促使板栗能健康生长并保证其果实品质,利用Illumina Miseq高通量技术,分别对草甘膦施用后不同时间采集的根际土壤样品中细菌16S rRNA的V3-V4区和真菌ITS1-ITS2区进行测序,分析微生物群落的组成和多样性的变化情况。多样性分析结果表明:以草甘膦处理6和12d后,板栗根际土壤细菌的多样性和丰富度均无显著变化,真菌多样性显著降低,真菌丰富度先增加后不变。群落结构分析结果表明:板栗根际土壤优势细菌菌门主要是变形菌门、放线菌门、酸杆菌门等,优势真菌菌门主要是子囊菌门和担子菌,随着草甘膦处理时间的增加,变形菌门、子囊菌门的相对丰度均先增加后不变,酸杆菌门的相对丰度先增加后降低,担子菌门的相对丰度先增加后保持不变。研究结果表明:草甘膦对板栗根际土壤微生物多样性及群落组成均产生了一定的影响,其影响随着施药时间的延长而发生变化。     

不同品种油茶根际丛枝菌根真菌群落结构特征

[目的]探究油茶品种对丛枝菌根(arbuscular mycorrhiza,AM)真菌的影响,为进一步揭示AM真菌对植物基因型的响应和菌肥的研发提供依据。[方法]采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析江西省5种主栽品种油茶(长林3、长林4、长林53、赣无84-8和赣兴48)根际AM真菌群落结构特征。[结果]在5个品种油茶中共获得2 538个OTUs,隶属于1门、1纲、4目、10科、12属,球囊霉科Glomeraceae相对丰度最高,占AM真菌41.12%。辛普森指数、Chao 1指数、ACE指数和香农指数在5个品种油茶间无显著差异。菌根侵染率、Glomus丰度、Paraglomus丰度、Gigaspora丰度和Claroideoglomus丰度在5个品种油茶间存在显著差异。NMDS分析表明,油茶品种改变了根际AM真菌的群落结构;RDA分析表明,硝态氮是土壤因子中影响油茶根际AM真菌群落组成的最主要因素。[结论]油茶品种对AM真菌群落结构有显著影响,对AM真菌多样性影响不大,硝态氮含量变化是最主要影响因素。     

马尾松人工林干扰对土壤微生物群落结构的短期影响

【目的】揭示马尾松林土壤微生物群落结构对不同干扰的响应特征,初步探究响应机制,评估不同干扰方式对地下生态系统的影响。【方法】对马尾松人工林样地分别采取除灌、轻度干扰(清除少量非马尾松乔木)、重度干扰(清除较大胸径马尾松),以未经处理的样地为对照。对每个样地多点混合采集0～10 cm表层土壤,采用Illumina Miseq高通量测序方法,获取并分析了不同干扰方式下土壤微生物群落组成与结构的响应特征,并结合相似性和系统发育指数初步探究微生物响应机制。【结果】1)马尾松人工林土壤中细菌的优势菌群主要是变形菌门、酸杆菌门和放线菌门等;真菌的优势菌群是担子菌门、子囊菌门、接合菌门。在门水平上对细菌群落相对丰度进行组间差异显著性检验表明,拟杆菌门、β-变形菌门、δ-变形菌门和γ-变形菌门相对丰度的组间差异显著(P0.05)。不同干扰方式分别与对照样地的土壤微生物比较:轻度干扰样地的变形菌门、β-变形菌门、δ-变形菌门和γ-变形菌门相对丰度显著降低;重度干扰样地的拟杆菌门、δ-变形菌门相对丰度显著降低(P0.05);而除灌样地在门和纲水平上都无显著变化。2)主成分分析结果表明不同样地的土壤微生物(细菌和真菌)群落结构能够明显分开,非参数多元方差分析表明不同样地的土壤细菌与真菌的群落结构整体差异显著(P0.05);不同样地土壤微生物的群落结构与对照相比,只有除灌样地土壤的细菌群落无显著差异,而轻度干扰和重度干扰样地有显著差异(P0.05);除灌、轻度干扰和重度干扰样地土壤的真菌群落结构与对照均有显著差异(P0.05)。3)与对照相比,细菌的相似性在轻度干扰和重度干扰时显著降低(P0.05),真菌的相似性在除灌、轻度干扰和重度干扰均产生显著差异(P0.05)。4)基于零模型的差异分析表明,只有轻度干扰样地土壤的微生物群落谱系多度和谱系多样性变化达到显著水平(P0.05)。【结论】马尾松人工林的干扰措施显著影响土壤微生物群落的组成和结构特征,降低了土壤养分有效性;显著降低了土壤微生物群落的相似性,导致土壤微生物群落稳定性下降;改变了土壤微生物谱系多样性,即土壤微生物的养分含量和生态位多样性,降低了生态系统的稳定性。轻度干扰和重度干扰都显著降低了土壤质量,导致土壤养分含量下降,因此,不宜进行轻度和重度干扰。     

油茶根际AM真菌群落对不同季节、土层和品种的响应

【目的】探究油茶根际丛枝菌根(Arbuscular mycorrhizas, AM)真菌群落对不同季节、土层和品种的响应,为油茶菌根生物技术的研发和集约化可持续发展提供理论依据。【方法】以5年生的油茶为研究对象,采集3个季节2个土层5个品种的油茶根际土,采用Illumina Miseq高通量测序技术探究油茶根际AM真菌多样性与群落组成。【结果】在集约化经营模式下,油茶能与AM真菌形成共生关系,AM真菌对油茶的侵染率受季节和油茶品种的影响。油茶根际土壤中共检测到4目8科9属AM真菌,相对丰度最高的为球囊霉属Glomus(58.50%),其次是类球囊霉属Paraglomus(19.43%)和近明球囊霉属Claroideoglomus(3.28%)。秋季油茶根际AM真菌丰富度和多样性显著高于春季和夏季,且春季最低;0～20 cm土层油茶根际AM真菌丰富度高于20～40 cm土层,而其多样性低于20～40 cm土层。品种对油茶根际AM真菌的丰富度没有显著影响,对AM真菌的多样性指数Shannon有显著影响。相似性分析(Anosim)表明,季节对AM真菌群落结构没有显著影响,土层和品种显著影响A...     

缓控释肥处理下油橄榄土壤微生物多样性特征分析

为了探究油橄榄健康施肥和实现土壤可持续化经营管理提供理论和实践依据,采用Illumina Miseq高通量测序技术对不同缓释肥处理下的油橄榄种植地0～10 cm和10～20 cm土层土壤微生物多样性及群落特征进行研究。结果显示：(1)细菌OUT隶属于35门111纲268目485科1 087属;真菌OUT隶属14门42纲95目230科431属。(2)变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、绿弯菌门和芽单胞菌门为优势细菌门,子囊菌门、担子菌门和被包霉门为优势真菌门;假单胞菌属、67-14、索利红杆菌属、Subgroup＿6和红色杆菌属为优势细菌属,镰刀菌属、无茎真菌属、瓶毛壳属、小囊菌属和葡孢霉属为优势真菌属。(3)施肥处理能明显促进土壤中0～20 cm土层的真菌和0～10 cm土层的细菌生长,而抑制10～20 cm细菌生长。(4)细菌和真菌群落分布与土层相关性较小;各个处理下土壤细菌群落结构差异不明显,而真菌则存在明显差异。研究表明,施用缓控释肥能够有效增加土壤中微生物多样性,尤其是混合施肥效果更明显,6 kg半焦肥+8颗力浮丸的组合可作为生产实践中的优选参考方案。     

“香玲”核桃炭疽病果与健果的青皮微生物多样性比较

采用高通量测序分析"香玲"核桃炭疽病病果与健果青皮的微生物多样性,以期为病害的科学防治提供新的思路。结果表明,"香玲"核桃感染炭疽病后,病果青皮真菌多样性及优势度显著提高。相对丰度分析发现,炭疽病果不仅刺盘孢属Colletotrichum(炭疽病菌)相对丰度提高,赤霉Gibberella(赤霉病菌)、葡萄座腔菌属Botryosphaeria(干腐病菌)、链格孢属Alternaria(叶斑病菌)和月盾霉属Peltaster(煤污病菌)等病原菌的相对丰度也明显提高。在选用化学药剂防治时,需兼顾多种病原菌。对细菌而言,病果青皮中鞘氨醇杆菌Sphingobacterium、根瘤菌Rhizobium、假单胞菌属Pseudomonas等的相对丰度明显提高。可见病原菌丰度的增加,可在一定程度上提高核桃青皮益生细菌的含量。     

辣椒秧苗种植对基质土壤真菌群落结构的影响

为明确种植辣椒秧苗前后土壤真菌群落结构差异性和相似性,分析辣椒种植对耕作土壤的影响,以云南丘北辣椒和观赏辣椒为试验材料,通过ITS rDNA测序技术对根际土壤真菌群落组成进行分析.结果表明,5个样本中共同含有的OTU数为55个;门水平下共获得7个物种种类,在4个辣椒样本中,子囊菌门Ascomycota为优势菌,相对丰度...     

川西高原昆虫病原真菌的多样性

【目的】探讨川西高原的昆虫病原真菌种类多样性及其分布特点,为昆虫病原真菌的开发利用及川西高原物种多样性的研究提供参考。【方法】以川西高原13个不同海拔区域土壤总DNA为研究材料,通过illumina HiSeq测序平台测序得到有效数据,分析土壤样品中真菌群落结构组成、昆虫病原真菌的种类及其与海拔梯度变化的相关性。【结果】1)在门分类水平上,子囊菌门与担子菌门在每个海拔样品中的共同占比超过69%,占绝对优势;从属水平分布来看,各样品间的差异显著,最优势属均有不同。2)在13个土壤样品中检测到的昆虫病原真菌分属于肉座菌目3个科的18个属,其中麦角菌科的优势属为绿僵菌属,虫草科的优势属为棒束孢属与虫草属,线虫草科的优势属在不同的样品中存在差异。3)虫草科的虫草属与棒束孢属的种类丰度在肉座菌目中的占比分别在4 300与3 700 m时达到2个顶峰。【结论】川西高原病原真菌种类丰富,在不同海拔其丰度存在差异。昆虫病原真菌主要集中于子囊菌门肉座菌目的 3个科,其中虫草科的变化差异最为明显:虫草属集中在海拔3 400～4 300 m,而棒束孢集中在海拔3 400～3 700 m。说明在海拔3 400～4 300 m的范围内虫草菌科真菌相对丰度较高。     

苹小吉丁自然种群肠道微生物多样性

【目的】明确不同虫态、不同环境苹小吉丁自然种群肠道真菌和细菌种类组成及其可能对宿主生长发育和生理变化的影响。【方法】分别将新疆野果林(W)和栽培果园(C)获取的成虫(A)与幼虫(L)进行完整肠道解剖,利用Illumina MiSeq技术对ITS2基因(真菌)和16S rRNA V3-V4变异区(细菌)进行测定,统计肠道微生物的操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)数量,分析物种丰度、组成及Alpha多样性,并运用PICRUSt2对其功能进行预测。【结果】获得苹小吉丁肠道真菌ITS2优质序列177 028条,细菌16S rRNA优质序列253 712条,聚类分析分别获得285和1 470个OTUs。最终注释到真菌5门22纲50目92科122属,细菌40门103纲231目364科594属。从属级水平来看,不同虫态、不同环境苹小吉丁肠道微生物各具特有的真菌和细菌类群,其中,其中CA特有真菌11属,特有细菌2属;CL特有真菌28属,特有细菌223属;WA特有真菌37属,特有细菌47属;WL特有真菌12属,特有细菌68属,而核心菌群中真菌7属,细菌21属。...     

油用凤丹牡丹不同种植时间根际细菌群落多样性变化

【目的】土壤微生物在林业生态系统中具有重要的功能,解析油用凤丹牡丹长期人工种植后根际土壤中细菌群落结构多样性变化情况,为揭示油用凤丹牡丹长期连作后根际病害抑制性土壤形成的机制奠定基础。【方法】试验采集种植2、4、5、10和32年生凤丹牡丹的根际土壤,应用Illumina Mi Seq高通量测序技术,分析土壤细菌16S rRNA基因V3+V4区域的丰富度和多样性指数,研究连作对凤丹牡丹根际细菌群落结构及多样性的影响。【结果】源于不同种植时间(年限)的15个根际土壤样本共获得2 366个涵盖24门、79纲、113目、117科、103属的OTUs。凤丹牡丹根际土壤中心优势菌群为:变形菌门(34%)、酸杆菌门(14%)、浮霉菌门(14%)和放线菌门(10%)等。纲层次上的优势菌群为:变形菌门的δ-变形菌纲(26%)、α-变形杆菌纲(25%)、β-变形菌纲(15%)和γ-变形菌纲(15%);酸杆菌门的酸杆菌纲(44%)和Solibacteres(14%);浮霉菌门的浮霉菌纲(27%)和Planctomycetia(60%);放线菌门的放线菌纲(25%)、酸微菌纲(18%)、嗜热油菌纲(17%)、MB-A2-108(15%)、红杆菌纲(10%)。【结论】不同种植年限凤丹牡丹土壤中细菌优势菌群组成结构变化较小,但菌群多样性呈下降趋势;不同种植年限的土壤具有特异性、高丰度和低丰度细菌种属。随种植年限延长,酸杆菌门等细菌群落逐年积累,绿菌门和纤维杆菌门等特异性菌群出现,放线菌门、变形菌门、浮霉菌门等菌群丰度逐年降低,疣微菌门等菌群消失的现象可能是造成多年连续单一种植凤丹牡丹土壤细菌选择性抑制生长以及土壤病害发生、土壤退化的重要原因之一。凤丹牡丹根际微生物对维持根际土壤微环境具有重要的生态学意义。