6个罗非鱼群体的遗传多样性及遗传关系研究

【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

基于微卫星标记的东北黑蜂群体遗传多态性分析

【目的】探讨东北黑蜂（Apis mellifera ssp.）国家级自然保护区内的蜜蜂群体遗传多态性情况。 【方法】采用16个微卫星位点对来自中国黑龙江省饶河县7个不同区域的东北黑蜂样本进行遗传多样性检测。【结果】245只东北黑蜂个体在16个微卫星座位上共发现725个等位基因;除A028、A024和A088外,其余的13个微卫星座位均表现出高度多态性;东北黑蜂7组样本的平均多态信息含量（PIC）为0.60±0.05,平均观察杂合度（Ho）为0.62±0.21,平均期望杂合度（He）为0.65±0.19;除第2组样本外,其它样本的近交系数（Fis）均为正值,表明这些样本内存在不同程度的近交现象;7组样本间的分化系数（Fst）为0.03―0.14,遗传距离（DA）为0.08―0.35;群体的总基因流（Nm）为1.59,总分化系数（Fst）为0.14。聚类分析结果表明东北黑蜂具有2个不同的进化分支。【结论】东北黑蜂群体朝着2个不同的方向进化;总体遗传多态性程度较高;由于群体间的基因交流程度比较频繁,因此目前仅产生了中等程度的遗传分化。本研究结果对东北黑蜂的选育和保护具有重要的指导意义。     

3个尖塘鳢引进群体繁育后代的遗传多样性分析

【目的】分析3个尖塘鳢引进群体繁育后代的遗传多样性和遗传结构,为尖塘鳢亲本管理和资源可持续利用提供基础资料,同时为尖塘鳢的遗传改良及新品种培育打下基础。【方法】采用微卫星分子标记分析2000年引进的线纹尖塘鳢群体繁育后代（AZ1）、2005年引进的线纹尖塘鳢群体繁育后代（AZ2）及1986年引进的云斑尖塘鳢群体繁育后代（TG）的遗传多样性,运用PopGene32、CERVUS 3.0、Arlequin 3.1计算3个尖塘鳢群体的等位基因数（Na）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）及遗传分化系数（F_st）等遗传参数,基于Nei氏遗传距离利用MEGA 7.0中的非加权组平均法（UPGMA）构建系统发育进化树,并以Structure 2.3分析群体间的遗传结构。【结果】12个微卫星分子标记在3个尖塘鳢群体中扩增得到32个等位基因。AZ1群体、AZ2群体和TG群体的平均Na分别为1.33、1.92和2.33,平均He分别为0.034、0.180和0.214,平均PIC分别为0.031、0.155和0.191。3个尖塘鳢群体间的F_st为0.077～0.384、遗传相似度为0.926～0.950、遗传距离为0.052～0.077。3个尖塘鳢群体有22.54%的变异来自于群体间,77.46%的遗传变异来自群体内。基于Nei氏遗传距离构建的UPGM系统发育进化树显示,AZ1群体和AZ2群体先聚类为一支,然后与TG群体聚类在一起。【结论】3个尖塘鳢引进群体繁殖后代遗传多样性水平较低,尤其是AZ1群体近交程度较高,因此相关引种单位或繁殖场需尽快采取相应的选育手段提高现有杂交鳢群体遗传多样性,避免近交衰退带来的风险,也可通过引进新的种质资源提高杂交鳢遗传多样性。此外,3个杂交鳢群体尚未出现种质混杂和杂交情况,仍可作为杂交鳢遗传育种奠基种群。     

陕南水牛微卫星DNA遗传多样性研究

【目的】分析4个陕南水牛群体的遗传多样性,为陕南水牛品种的资源保护和开发利用提供理论支持。【方法】利用10对微卫星引物,采用PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对192头陕南水牛(分别采自城固、南郑、宁强和汉滨4个群体,每群体48头)进行了遗传多样性检测,统计了各群体的等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(H)、各群体间的奈氏标准遗传距离及多态信息含量(PIC),根据遗传距离进行了聚类分析。【结果】4个陕南水牛群体在10个微卫星位点共发现104个等位基因,其中有8个特有等位基因,等位基因频率为0.0052～0.3490,总群体各位点平均有效等位基因数为4.0174～13.1469;10个微卫星位点平均多态信息含量为0.7007～0.8932,均为高度多态;平均杂合度为0.7550～0.9288。聚类分析结果显示,城固群体与南郑群体首先聚在一起,然后依次同宁强、汉滨水牛群体聚在一起。【结论】10对微卫星标记可作为有效的遗传标记用于陕南水牛遗传多样性的分析;陕南水牛群体变异程度多样性丰富,选育程度较低;聚类分析结果符合陕南水牛的地理分布格局和产区的自然环境,4个群体之间遗传差异较小,遗传一致性程度较大。     

不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析

【目的】明确不同凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度,为构建适应上海独特气候对虾品种繁育计划中的交配系谱分析提供参考依据。【方法】选用13对微卫星引物对来自厄瓜多尔恒兴对虾养殖公司2个养殖场（Pesquera和San Alfonso）共9个凡纳滨对虾养殖群体进行遗传多样性分析,探究不同群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度。【结果】13个微卫星位点在9个凡纳滨对虾养殖群体中检测到的等位基因数（Na）为2～6个,共有37个等位基因,多态信息含量（PIC）为0.1292～0.6799,平均为0.3326。在13个微卫星位点中,仅有1个微卫星位点（TUMXLV9.116）呈高度多态性,有4个微卫星位点（TUMXLV10.147、TUMXLV5.45c、TUMXLV10.191c和TUMXLV10.96）呈低度多态性,其余8个微卫星位点呈中度多态性。9个凡纳滨对虾养殖群体的观测杂合度（Ho）为0.2225～0.3662,平均为0. 2915;期望杂合度（He）为0.3317～0.4539,平均为0. 3974;Hardy-Weinberg平衡指数（D）为0.0214～0.4214,其中San Alfonso P23群体和Pesquera P23群体的D相对更接近于0,其基因型分布接近于Hardy-Weinberg平衡状态。9个凡纳滨对虾养殖群体的F_st平均值为0.1259,说明有12.59%的遗传分化来源于群体间,而87.41%的遗传分化来自群体内部;群体间的平均基因流（Nm）为1.7356,表明遗传漂变未能主导种群遗传结构的变化。在9个凡纳滨对虾养殖群体间,以Pesquera 29群体与Pesquera 15群体的遗传距离最大（0.2426）,San Alfonso 23群体与Pesquera 23群体的遗传距离最小（0.0215）;基于遗传距离的UPGMA聚类分析结果表明,9个凡纳滨对虾养殖群体可分为两大类,其中Pesquera 29群体和San Alfonso 12群体独立聚为一类。【结论】在9个凡纳滨对虾养殖群体中存在观测等位基因丢失现象,且遗传多样性较低,群体间分化程度为中等水平。因此,可通过引进不同地区拥有不同遗传背景且亲缘关系较远的群体作为亲本,以丰富子代群体的遗传多样性。     

基于SSR标记的中国绿豆种质资源遗传多样性研究

【目的】分析中国栽培绿豆种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育奠定基础。【方法】利用40对SSR引物对18个不同地理来源（共272份种质）的绿豆群体进行遗传多样性分析。【结果】共检测到125个等位基因,平均等位基因数（NA）为3.1个,平均有效等位基因数（NE）为1.8个,平均Nei’s基因多样性（H）为0.4233,平均多态性信息含量(PIC)为0.3497,平均期望杂合度（He）为0.4241,平均Shannon信息指数（I）为0.6754,比较发现,河北、山东和安徽是绿豆资源遗传变异较为丰富的地区;平均观测杂合度（Ho）为0.1001,种群内总近交系数（Fis）为0.6759,表明中国绿豆种质间存在一定程度地近交现象;18个参试群体整体水平上的基因流（Nm）值为0.6936,种群间遗传分化系数（Fst）为0.2649,遗传变异水平较高;基于Popgene软件的聚类结果可将272份参试个体聚为2大类,将18个参试群体分为3大类,群体间地理来源越近,亲缘关系也越近。【结论】中国绿豆种质资源遗传多样性较高;地理生态条件等对绿豆种质资源的遗传变异影响很大;群体间遗传分化较大,但同时也存在一定程度地近交现象。     

牦牛品种的遗传多样性及其分类研究

 【目的】对中国部分牦牛品种即麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的遗传多样性及其分类进行研究，从而揭示其遗传多样性程度和进行较为合理的类型划分。【方法】用9个微卫星标记对上述牦牛品种的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行合理的聚类分析和分类研究。【结果】（1）9个微卫星标记在所检测的牦牛群体中都表现出较丰富的多态性，均为高度多态位点。每个微卫星标记平均检测到6.8个等位基因（5～9）；9个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6534（0.5037～0.7351），各群体的平均多态信息含量（PIC）差异不显著；全部群体平均杂合度为0.6625，麦洼牦牛（若尔盖群体）平均杂合度最高，为0.6883，而九龙牦牛杂合度最低，为0.6317；各群体平均有效等位基因数为3.2680（3.189～3.4478），其中九龙牦牛最少。这显示牦牛群体的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标有较好的一致性，说明牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）通过各指标的分析可以看出，九龙牦牛与其它牦牛品种的差异比较大，遗传距离和聚类分析结果也表明了这一差异。在遗传距离中九龙牦牛和麦洼牦牛（红原群体）的遗传距离最大，为1.506；麦洼牦牛两个群体之间的遗传距离最小，为1.062。5个牦牛群体被聚为两大类，九龙牦牛单独成一大类，其他牦牛品种聚为一类。麦洼牦牛的两个群体在较近的水平上首先聚在一起，大通牦牛和天祝白牦牛在稍远的距离处聚在一起。该聚类结果与各牦牛品种的地理分布、所处生态条件、育成史及其分化的实际情况是一致的,也同蔡立等的分类结果相同。【结论】（1）中国牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性；（2）本研究中的5个牦牛群体聚为两大类，与蔡立等将中国牦牛划分为横断高山型和青藏高原型的结果基本一致，说明中国牦牛分为两个类型是合理的。     

北部湾皮氏叫姑鱼的遗传多样性分析

【目的】分析北部湾两个野生皮氏叫姑鱼的群体遗传多样性和遗传结构,为其种质资源的合理开发利用提供参考依据。【方法】利用已开发的皮氏叫姑鱼微卫星标记对北部湾临高县西海域（N 20°20',E 109°40'）和乐东县西海域（N 19°30',E 107°80'）的两个野生群体进行遗传多样性和遗传结构分析。【结果】筛选出的7个微卫星位点中有4个位点（Jobe50、Jobe45、Jobe24、Jobe13）呈多态性。4个多态位点的等位基因数（No）介于10～13个,平均10.75个,期望杂合度（He）为0.772～0.844,观测杂合度（Ho）为0.827～0.892,多态信息含量（PIC）为0.824～0.847。两个皮氏叫姑鱼群体各多态位点的群体内近交系数（Fis）为-0.114～0.015,总群体近交系数（Fit）为-0.049～0.031,群体内有明显的杂合过剩现象;群体遗传分化系数（Fst）为0.016～0.082,基因流（Nm）为2.804～28.236。【结论】两个北部湾野生皮氏叫姑鱼群体均具有中等遗传多样性,有明显杂合过剩的现象,群体间存在较大的基因流,群体遗传分化水平较低,临东县西海域群体的遗传多样性水平高于乐东县西海域群体。     

合作猪和迪庆猪的微卫星遗传多样性分析

采用5个微卫星位点对合作猪和迪庆猪的遗传多样性进行了分析。结果表明,2个猪种在5个微卫星位点的有效等位基因数分别为4.510 4,3.069 6;位点平均杂合度分别为0.771 3,0.602 2;位点平均多态信息含量分别为0.740 2,0.565 6;估计的群体平均近交系数分别为0.115 2,0.091 3。表明合作猪和迪庆猪遗传多样性高,近交程度低。     

福建黄牛的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量（PIC）、遗传杂合度（日）和有效等位基因数（E）等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究、结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性，4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因，每个微卫星标记平均检测到7、2个等位基因（3—11）；8个微卫星标记的PIC平均为0.6471（0.3942—0．8062），各群体的PIC差异不显著；全部群体的日为0.2930：各群体的E平均为3．37（3.03—3.84）、这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性，说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性．（2）根据Nei氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示，4个群体间的遗传变异不大．福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性；遗传距离及聚类分析结果表明，这些群体黄牛属于同一个地方品种．     

畜禽保种群体遗传多样性的模拟

 【目的】基于微卫星标记特点,采用计算机模拟技术,探讨畜禽保种群遗传多样性的变化过程。【方法】选择30个均匀分布于基因组、具有4—10个等位基因的标记位点,位点间无相互作用;模拟产生的畜禽保种群公母比例为1﹕5、随机交配、各家系随机等量留种、群体规模保持世代恒定,世代间无重叠,群体有效大小分别为Ne=10、20、50、100和200,保种繁殖50个世代,1 000次重复。采用多态性位点数（num-p）、平均等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ae）、观测基因杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、稀有等位基因数（RA）、缺乏丰富位点数（NRP）作为遗传多样性度量指标。【结果】保种群体的遗传多样性总体趋势随保种世代而逐渐降低,不同群体规模遗传多样性的降低速度差异显著,相比基础群,Ne值越大,num-p、Na、Ae、Ho、He和 RA的下降速率越慢,且当Ne=100和200时,num-p基本维持50个世代不变,RA则分别增加0.86%和2.49倍;而Ne值越大,NRP的增加速率越慢。【结论】遗传漂变导致了群体内遗传多样性的丢失。小群体中遗传漂变导致的遗传多样性丢失速度比大群体更高,发生在闭锁群体水平上的有效群体规模的减少将加快基因漂变速度,从而降低保种群体内的遗传多样性。     

中国8个地方驴种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

 【目的】为分析我国驴品种的遗传多样性和系统发生关系。【方法】利用24对微卫星标记，采用PCR扩增，用非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染法显色，对中国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测，统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数（E），利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）和群体间的遗传距离（DA）。利用DISPAN软件，采用邻接法构建系统发生树，并进行了系统发生分析。【结果】结果表明，24对微卫星座位在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外，其余23对微卫星均为高度多态；8个驴种的平均PIC（0.6940）、h(0.7119)和E（3.94），基因多态性和遗传多样性相对较高；大型品种关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和中型品种庆阳驴聚为一类，中型品种泌阳驴、淮阳驴和佳米驴聚为另一类，各驴种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。【结论】24对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于各个驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

基于微卫星分子标记的重庆地区桔小实蝇遗传分化研究

【目的】探讨重庆地区桔小实蝇遗传分化情况。【方法】以8对微卫星引物对重庆地区6个桔小实蝇种群155个个体的遗传多样性进行研究。【结果】在8个微卫星位点上共检测到51个等位基因。6个种群在各位点的平均表观杂合度Ho为0.1731—0.2958,平均期望杂合度He为0.1311—0.6796,经卡方检验,各种群在大多数位点上不符合Hardy-Weinberg平衡。对多态位点百分率P、基因多样性指数Nei’s,Shannon信息指数I的分析表明,本文所研究的6个桔小实蝇种群具有较丰富的遗传多样性。种群间分化系数FST平均值为0.0777,说明遗传变异主要发生在种群内。武隆种群和永川种群之间的遗传距离最大(0.2367),江津种群和北碚种群之间的遗传距离最小(0.0667)。UPGMA聚类分析显示,重庆地区桔小实蝇大致分为两个亚群,北碚、江津、万州、秀山、永川5个种群为一个亚群,武隆种群单独为一个亚群。【结论】重庆地区的桔小实蝇出现了一定的遗传分化,但分化程度不高。桔小实蝇在重庆地区的入侵处于初级阶段。     

中国美利奴羊(新疆型)及其杂交后代群体遗传多态性研究

[目的]研究4个微卫星标记在3个绵羊群体中的遗传多态性,以期找到与生长性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究4个微卫星标记在3个绵羊群体(中国美利奴羊、中国美利奴羊与德国美利奴羊的杂交后代、中国美利奴羊与萨福克羊的杂交后代)中的遗传多态性,利用Popgene( Versionl.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC - CALC软件计算多态信息含量(PIC).[结果]4个微卫星标记在3个绵羊群体中共检测到26个等位基因,平均每个标记检测到6.5个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)分别为4.384 8、5.4520、5.006 8,平均杂合度(H)分别为0.771 3、0.812 2、0.799 6,平均多态信息含量(PIC)分别为0.742 2、0.785 3、0.770 6.[结论]4个微卫星标记在3个绵羊群体中均表现为高度多态,可以用作绵羊遗传多样性的评估,可望作为生长性状选择的遗传标记.