杜撒♂×大长撒♀F1代猪ARHGEF37基因多态性及其对生长性状的影响

【目的】揭示ARHGEF37基因多态性及其对猪生长性状的影响,为利用该基因标记推进滇撒猪配套系的进一步选育及开发利用提供参考依据。【方法】以274头杜撒♂×大长撒♀F₁代猪为试验材料,采用PCR扩增产物直接测序法检测ARHGEF37基因外显子8多态性,采用最小二乘模型分析各SNP位点基因型及单倍型组合对5个生长性状的影响。【结果】在杜撒♂×大长撒♀F₁代猪ARHGEF37基因外显子8上检测出C1262G、T1293C、G1395A和C1398T 4个SNPs位点,分别以CC、TT、GA、CC基因型、等位基因C、T、G、C及单倍型CTGC的频率最高;除T1293C位点外,其余各位点的杂合度在0.4552~0.4940,遗传多样性较丰富。C1262G位点GG基因型个体达100 kg体重日龄(258.93±2.95 d)显著高于CG基因型个体(249.87±2.68 d)(P<0.05,下同),CG基因型个体30~60 kg日增重(462.44±15.44 g)显著高于CC基因型个体(409.29±14.30 g);T1293C位点TT基因型个体30~60 kg日增重(445.04±9.70 g)极显著高于TC基因型个体(329.33±42.26 g)(P<0.01),TT基因型个体30~100 kg日增重(516.96±6.44 g)显著高于TC基因型和CC基因型个体(470.92±28.08 g和480.64±16.94 g)。此外,达60 kg体重日龄和达100 kg体重日龄均以CTGC/GTGC组合最短(161.84±5.07 d和241.00±5.11 d),CTGC/CCGC组合最长(188.80±11.33 d和272.60±11.42 d);30~60 kg日增重和30~100 kg日增重分别以CTGC/GTAT组合和CTGC/GTGC组合最高(479.56±20.66 g和545.42±19.76 g),均以CTAC/CCGC组合最低(275.00±84.33 g和437.00±55.88 g)。【结论】ARHGEF37基因的G1395A和C1398T位点的遗传多样性较丰富;C1262G位点的CG基因型、T1293C位点的TT基因型及CTGC/GTGC单倍型组合对杜撒♂×大长撒♀F₁代生长性状的影响较大,携带有CTGC单倍型个体的各生长性状均处于较高水平。     

绵羊ADIPOQ多态性与生长性状的关联分析

【目的】 探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】 首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】 共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X ²检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡）。SNP1（F₂代除外）、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,SNP2和SNP3在F₂代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,而在其他群体中处于低度多态（PIC<0.25）。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明：SNP1位点在F₁代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型（P<0.05）,在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型（P<0.05）。SNP2位点在H₁代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型（P<0.05）。SNP3位点在F₁代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型（P<0.05）。SNP4位点在F₁代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型（P<0.05）,在F₂代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,在H₂代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型（P<0.05）。SNP5位点在F₂代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）。SNP6位点的不同基因型在F₂代、H₁代和H₂代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异（P<0.05）。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型（P<0.05）。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）,SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型（P<0.05）、初生胸围显著高于GG基因型（P<0.05）,其他5个位点的基因型在生长性状上均无显著差异（P>0.05）。单倍型组合关联分析发现：H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型（P<0.05）;而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6（P<0.05）、初生体高显著高于H5H6（P<0.05）、初生胸围显著高于H6H6（P<0.05）,H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型（P<0.05）、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型（P<0.05）、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型（P<0.05）。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型（P<0.05）。【结论】 ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。     

乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58; GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ²适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25),其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT 为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6 种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05）,在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。     

大白母猪PTGS2基因内含子3的SNP检测及其与繁殖性状的关联分析

【目的】为揭示PTGS2基因多态性与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法对401头大白母猪PTGS2基因第3内含子的SNP位点进行检测,结合1 786窝母猪繁殖性能记录,采用最小二乘模型分析了各多态位点基因型及其单倍型组合对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪PTGS2基因第3内含子区域存在3个紧密连锁的SNP位点:G227A、A392C和T409C,分别以等位基因G、A、T及其纯合子(GG、AA和TT)、GAT单倍型及GAT/GAT组合的频率最高,各位点杂合度在0.320 9～0.353 6之间,遗传多样性较为丰富;G227A位点的GA基因型、A392C位点的AC基因型、T409C位点的TC基因型及GAT单倍型具有显著提高母猪总产仔数、产活仔数和仔猪21日龄成活数的效应(P0.05或P0.01),AA、CC和CC基因型及GCC/GCC单倍型组合具有显著提高仔猪21日龄窝重的效应(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果丰富了猪PTGS2基因的SNP标记,初步证实PTGS2基因对母猪繁殖性状有显著影响,但其具体效应可能会因品种(或猪群)及具体性状的不同而有一定差异。     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

F3代香苏杂交猪DKK1基因多态性与生长性状的关联性

【目的】筛选出F₃代香苏杂交猪Dickkopf-1基因(DKKI)的单核苷酸多态性位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育香苏杂交猪新品系提供参考依据,同时为深入研究DKK1基因生物学功能打下基础。【方法】通过DNA混池测序的方法对164头F₃代香苏杂交猪群体DKK1基因进行SNPs鉴定,采用Excel 2017计算不同基因型的基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及多态信息含量(PIC),以卡方(χ2)检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并在此基础上分析F₃代香苏杂交猪SNPs位点与生长性状的关联性。【结果】在F₃代香苏杂交猪DKK1基因的Exon-3,4区域发现6个SNPs位点,分别是A2010T、G2012C、C2014T、A2040C、C2042A和G2044C。6个SNPs位点的Ho均高于He,其中,A2010T、G2012C、A2040C、C2042A和G2044C等5个SNPs位点的PIC处于中度多态水平,C2014T位点的PIC则处于低度多态水平。χ2检验结果表明,仅C2042A位点处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01),其他5个SNPs位点(A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C)均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,F₃代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点的不同基因型在体高、胸围、管围、胸深和腿臀围方面表现出差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)。【结论】F₃代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点不同基因型与体高、胸围、管围、胸深和腿臀围呈显著或极显著相关,可作为培育新品系的主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

绵羊ACAA1基因多态性及其与肉质性状的关联性分析

为研究绵羊乙酰辅酶A酰基转移酶1(Acetyl-Coenzyme AAcyltransferase 1,ACAA1)基因多态性对绵羊肉质性状的影响。以68只杜泊羊×小尾寒羊杂交后代为研究对象,采用PCR扩增和Sanger测序技术检测绵羊ACAA1基因单核苷酸多态性（SNP）位点。结果显示,绵羊ACAA1基因存在2个SNPs位点：3′非翻译区（UTR）A/G突变,存在3种基因型AA、AG和GG,2个等位基因A和G,其中AG为优势等位基因型,G为优势等位基因;内含子14处C/T突变,存在3种基因型CC、CT和TT,2个等位基因C和T,其中CT为优势等位基因型,C型为优势等位基因;A/G和C/T 2个SNPs位点均处Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;上述2个SNPs位点在该群体内变异较小且均处于中度多态（0.250.05）。ACAA1基因多态性对绵羊肉质性状有一定影响,为后续...     

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

黄牛与牦牛 ANGPTL4_exon5多态性与生长性状的相关性

以5个地方黄牛及青海牦牛为研究对象,利用PCR-SSCP和DNA测序技术对367头黄牛与牦牛的类血管生长因子4基因的第5外显子（ANGPTL4_exon5）序列进行SNP检测,并分析该SNP与黄牛与牦牛生长性状的相关性。结果发现1个新的SNP多态位点（NC₀07305:g.C4899T）,并检测出CC、TT和CT3种基因型。黄牛和牦牛不同基因型与生长发育性状的相关分析显示,黄牛TT基因型个体的体质量（399.096±32.946）kg、体斜长（147.447±4.456）cm、胸围（175.188±5.814）cm和腹围（204.657±7.113）cm,显著大于CT基因型个体,依次为（275.636±51.266）kg、（126.470±6.933）cm、（154.031±9.047）cm、（178.911±11.069）cm,其余各项指标基因型间差异不显著。因此,该位点有可能作为黄牛生长性状辅助选择的标记之一。青海牦牛群体中没有发现与该基因座多态显著相关的性状。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因遗传多态性与体细胞评分的关联分析

【目的】研究中国荷斯坦奶牛CXCR1基因的多态性及其与体细胞评分(Somaticcellscore,SCS)的关系,寻找与中国荷斯坦牛SCS相关的分子遗传标记,加快抗病育种进程。【方法】采用PCR-SSCP技术对来自30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛CXCR1基因进行多态性检测,利用最小二乘均数法对CRCR1基因的多态位点与SCS进行相关分析,利用PHASE软件对4个多态位点进行单倍型分析。【结果】检测到4个SNPs,在5侧翼区发现了3个SNPs(-1830(A/G)、-1768(T/A)、-344(T/C)),在编码区783(C/A)位点为新发现的SNP。-1830(A/G)位点AA基因型个体SCS极显著低于AG基因型个体(P0.01),-1768(T/A)位点TT基因型个体SCS极显著低于TA基因型个体(P0.01),-344(T/C)位点TT基因型个体SCS极显著低于TC、CC个体(P0.01)。783(C/A)位点基因型个体的SCS差异不显著。单倍型Haplo2(ATTA)纯合基因型的SCS极显著低于Haplo1(ATCA)、Haplo3(GACA)和Haplo4(GATA)单倍型纯合基因型(P0.01)。【结论】-1830(A/G)位点AA基因型、-1768(T/A)位点TT基因型和-344(T/C)位点TT基因型以及单倍型Haplo2(ATTA)纯合体对中国荷斯坦牛的SCS具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性的筛选。     

中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因第4和第5外显子多态性与泌乳性状的关联分析

 【目的】研究中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因第4和第5外显子多态性与泌乳性状的关联性,为培育高乳蛋白及高乳脂率奶牛提供参考依据。【方法】采用DNA测序、PCR-RFLP和CRS-PCR技术,对544头中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因的外显子4和5序列进行研究,通过SHEsis 软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】发现6个新的SNPs,包括外显子5上A12907G、G12950A、C12989T、A13028G、T12980C共5个SNP位点,证实前4个位点紧密连锁;外显子4上A10996T共1个SNP位点。单位点基因型与泌乳性状关联分析表明,A10996T突变位点的TT和AT基因型个体乳脂率显著高于AA基因型个体(P＜0.05);T12980C突变位点的TC和CC基因型个体乳脂率、乳蛋白率分别极显著(P＜0.01)、显著(P＜0.05)高于TT基因型个体;紧密连锁的4个突变位点的DE基因型个体乳脂率极显著高于DD基因型个体(P＜0.01)。与泌乳性状的关联分析表明,共构建出7种单倍型,发现16种单倍型组合;其中H6H6单倍型组合个体乳脂率最高,H1H4次之;H1H4单倍型组合个体乳蛋白率最高;H5H6单倍型组合个体乳蛋白率及乳脂率最低。【结论】H1H4单倍型组合在乳蛋白率和乳脂率方面为有利单倍型组合,可作为选择高乳蛋白高乳脂率牛群的分子标记。     

SCD1基因不同基因型的差异表达及与牛奶中脂肪酸组成的相关性

【目的】探索中国南方荷斯坦奶牛SCD1基因不同基因型的差异表达及与牛奶中脂肪酸组成的相关性。【方法】以同一奶牛养殖场的303头中国荷斯坦奶牛为样本,利用PCR-SSCP技术检测SCD1基因第5外显子878 bp位置的多态性,采用定量FQ-PCR技术初步检测3种基因型的相对表达量,并运用气相色谱技术分析牛奶中脂肪酸的组成。【结果】共检测到3种基因型,即CC、CT和TT,基因型频率分别为0.617、0.339和0.044,等位基因C和T的频率分别为0.787和0.213,仅发现CT表达量显著高于TT（P＜0.05）。CC、CT和TT在脂肪酸C4﹕0、C12﹕0、C17﹕0上存在显著差异（P＜0.05）;在脂肪酸C6﹕0、C8﹕0、C14﹕0、C15﹕0和c9t11CLA上,3种基因型间差异极显著（P＜0.01）。在总饱和脂肪酸含量上TT显著高于CC和CT（P＜0.05）。【结论】SCD1基因C878T位点的突变对中国荷斯坦牛SCD1基因不同基因型的表达和乳脂肪酸成分有较大的遗传效应。     

孕酮受体基因多态性及其与济宁青山羊产羔数关系

 【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】设计15对引物,采用PCR-SSCP技术检测孕酮受体（progesterone receptor,PGR）基因全部9个外显子在济宁青山羊、波尔山羊、辽宁绒山羊和安哥拉山羊中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对山羊繁殖力的影响。【结果】只有引物P1、P8与P9扩增片段具有多态性。对于P1扩增片段,济宁青山羊中检测到AA、AB和BB型,其余山羊中均检测到AA和AB型;测序表明BB与AA型相比有一处突变（31G→A）,并导致丙氨酸变为苏氨酸;BB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型多0.52只（P＜0.05）,比AA基因型多0.98只（P＜0.001）,AB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AA基因型多0.46只（P＜0.05）。对于P8扩增片段,济宁青山羊中只检测到CC型,波尔山羊中检测到CC和CD型,其余山羊中检测到CC、CD和DD型;测序表明DD型和CC型相比有一处突变（2810C→G）,未导致氨基酸改变。对于P9扩增片段,济宁青山羊和波尔山羊中检测到FF和FG型,其余山羊中检测到FF、FG和GG型;测序表明GG型和FF型相比有一处碱基突变（60128T→A）,未导致氨基酸改变;FF基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比FG基因型多0.32只（P＞0.05）。【结论】本试验结果初步表明,PGR基因可能是控制济宁青山羊多羔性的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。